冨樫 祐一YUICHI TOGASHI

Last Updated :2017/11/01

所属・職名
大学院理学研究科 数理計算理学講座 准教授
ホームページ

基本情報

主な職歴

  • 2017年04月01日, 広島大学, 大学院理学研究科, 准教授
  • 2014年01月01日, 2017年03月31日, 広島大学, 大学院理学研究科, 特任准教授
  • 2011年04月01日, 2013年12月31日, 神戸大学, 大学院システム情報学研究科, 講師
  • 2009年09月01日, 2011年03月31日, 大阪大学, サイバーメディアセンター, 講師
  • 2007年04月01日, 2009年08月31日, 大阪大学, 大学院生命機能研究科, 特任助教
  • 2005年04月01日, 2007年03月31日, 日本学術振興会, ドイツ・マックスプランク協会フリッツハーバー研究所物理化学部門, 海外特別研究員
  • 2004年04月01日, 2005年03月31日, 日本学術振興会, 東京大学大学院総合文化研究科, 特別研究員(PD)
  • 2003年04月01日, 2004年03月31日, 日本学術振興会, 東京大学大学院総合文化研究科, 特別研究員(DC2)
  • 1999年08月01日, 2003年03月31日, 株式会社多聞, チーフエンジニア(非常勤正社員)

学歴

  • 東京大学, 大学院総合文化研究科, 広域科学専攻 相関基礎科学系, 日本, 1998年04月, 2004年03月
  • 東京大学, 教養学部, 理科一類/基礎科学科第一, 日本, 1994年04月, 1998年03月

学位

  • 博士(学術) (東京大学)
  • 修士(学術) (東京大学)

教育担当

  • 理学部:数学科, 理学研究科:数理分子生命理学専攻, 理学研究科:数理分子生命理学専攻

研究分野

  • 数物系科学 / 物理学 / 生物物理・化学物理・ソフトマターの物理
  • 生物学 / 生物科学 / 生物物理学
  • 総合理工 / 計算科学 / 計算科学
  • 情報学 / 情報学フロンティア / 生命・健康・医療情報学

所属学会

  • 日本物理学会
  • 日本生物物理学会
  • 人工知能学会
  • 日本分子生物学会
  • The Biophysical Society
  • Institute of Electrical and Electronics Engineers

教育活動

授業担当

  1. 2017年, 教養教育, セメスター(前期), 情報活用演習[1理数]
  2. 2017年, 学部専門, セメスター(前期), 複雑系数理
  3. 2017年, 修士課程・博士課程前期, セメスター(前期), 数理計算理学概論

研究活動

学術論文(★は代表的な論文)

  1. The 1-Particle-per-k-Nucleotides (1PkN) Elastic Network Model of DNA Dynamics with Sequence-Dependent Geometry, FRONTIERS IN PHYSIOLOGY, 8巻, pp.103, MAR 14 2017
  2. 書評 CELL BIOLOGY by the numbers, 生物物理, 56巻, 6号, pp.352-pp.352, 20161129
  3. Non-RVD mutations that enhance the dynamics of the TAL repeat array along the superhelical axis improve TALEN genome editing efficacy, SCIENTIFIC REPORTS, 6巻, pp.37887, NOV 24 2016
  4. Dynamic Nucleosome Movement Provides Structural Information of Topological Chromatin Domains in Living Human Cells, PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY, 12巻, 10号, pp.e1005136, OCT 2016
  5. 書評 エントロピーからはじめる熱力学, 生物物理, 56巻, 4号, pp.246-pp.246, 20160725
  6. Screening for mechanical responses of proteins using coarse-grained elastic network models, IEICE NONLINEAR THEORY AND ITS APPLICATIONS, 7巻, 2号, pp.190-pp.201, 20160401
  7. An Analytical Framework for Studying Small-Number Effects in Catalytic Reaction Networks: A Probability Generating Function Approach to Chemical Master Equations, FRONTIERS IN PHYSIOLOGY, 7巻, pp.89, MAR 24 2016
  8. Integrin LFA-1 regulates cell adhesion via transient clutch formation, BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS, 464巻, 2号, pp.459-pp.466, AUG 21 2015
  9. Spatiotemporal patterns enhanced by intra- and inter-molecular fluctuations in arrays of allosterically regulated enzymes, NEW JOURNAL OF PHYSICS, 17巻, pp.033024, MAR 12 2015
  10. DNA Structural Dynamics (Team 5), Dagstuhl Reports, 4巻, pp.191-pp.194, 201503
  11. Spying “Minorities” in the Cell, Dagstuhl Reports, 4巻, pp.165-pp.166, 201503
  12. 領域12,領域11「N=1と∞の狭間の生命現象の物理」(2014年秋季大会シンポジウムの報告,学会報告), 日本物理學會誌, 70巻, 2号, pp.149-pp.149, 20150205
  13. 少数分子反応系理論・少数性生物学, 生体の科学, 65巻, pp.450-pp.451, 2014
  14. Energetics of Single Active Diffusion Trajectories, Europhys. Lett., 105巻, pp.30002, 20140218
  15. Spontaneous Structural Changes in Actin Regulate G-F Transformation, PLOS ONE, 7巻, 11号, pp.e45864, 201211
  16. Complex Intramolecular Mechanics of G-actin - An Elastic Network Study, PLOS ONE, 7巻, 10号, pp.e45859, 201210
  17. 生体分子機械の粗視化モデリング手法の検証, 第56回システム制御情報学会研究発表講演会 講演論文集, pp.T24-2, 201205
  18. Myosin-V as a Mechanical Sensor: An Elastic Network Study, Biophysical Journal, 102巻, 3号, pp.542-pp.551, 201202
  19. Modeling Bio-Molecular Machinery in the Complex Environment inside the Cell, Proceedings of 2011 IEEE/IPSJ International Symposium on Applications and the Internet, pp.266-pp.266, 201107
  20. A Mesoscopic Model for Protein Enzymatic Dynamics in Solution, Physical Chemistry Chemical Physics, 13巻, 22号, pp.10527-pp.10537, 201103
  21. Nonlinearity of Mechanochemical Motions in Motor Proteins, PLoS Computational Biology, 6巻, 6号, pp.e1000814, 201006
  22. Mesoscale Modeling of Molecular Machines: Cyclic Dynamics and Hydrodynamical Fluctuations, Physical Review E, 77巻, 5号, pp.050901, 200805
  23. タンパク分子機械の力学的特徴と設計原理―弾性ネットワークモデルによる試み, 生物物理, 48巻, 2号, pp.114-pp.118, 200803
  24. Molecular Synchronization Waves in Arrays of Allosterically Regulated Enzymes, Physical Review Letters, 99巻, 4号, pp.048301, 200707
  25. Nonlinear Relaxation Dynamics in Elastic Networks and Design Principles of Molecular Machines, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 104巻, 21号, pp.8697-pp.8702, 200705
  26. Switching Dynamics in Reaction Networks Induced by Molecular Discreteness, Journal of Physics: Condensed Matter, 19巻, 6号, pp.065150, 200701
  27. Discreteness-induced Stochastic Steady State in Reaction Diffusion Systems: Self-consistent Analysis and Stochastic Simulations, Physica D, 205巻, 1-4号, pp.87-pp.99, 200502
  28. Molecular Discreteness in Reaction-Diffusion Systems Yields Steady States Not Seen in the Continuum Limit, Physical Review E, 70巻, 2号, pp.020901, 200408
  29. Alteration of Chemical Concentrations through Discreteness-Induced Transitions in Small Autocatalytic Systems, Journal of the Physical Society of Japan, 72巻, 1号, pp.62-pp.68, 200301
  30. 画像検索サービス知的化の試み: TINAMI, 人工知能学会全国大会論文集, pp.212, 2002
  31. 反応ネットワークにおける分子数の離散性効果(修士論文(2000年度)), 物性研究, 76巻, 5号, pp.702-pp.702, 20010820
  32. Transitions Induced by the Discreteness of Molecules in a Small Autocatalytic System, Physical Review Letters, 86巻, 11号, pp.2459-pp.2462, 200103

著書等出版物

  1. 2017年03月25日, 少数性生物学, 日本評論社, 2017年, 3, 単行本(学術書), 共編著, 永井 健治; 冨樫 祐一, 978-4-535-78816-9, 192
  2. 2013年02月, Engineering of Chemical Complexity, World Scientific Publishing, 2013年, 2, 単行本(学術書), 共著, IWAKI Mitsuhiro;MARCUCCI Lorenzo;TOGASHI Yuichi;YANAGIDA Toshio, Chapter 4: Single Molecule and Collective Dynamics of Motor Protein Coupled with Mechano-Sensitive Chemical Reaction
  3. 2008年03月, バイオナノプロセス―溶液中でナノ構造を作るウェット・ナノテクノロジーの勧め―, シーエムシー出版, 2008年, 3, 単行本(学術書), 共著, 冨樫 祐一;柳田 敏雄, 第35章

外部資金

競争的資金等の採択状況

  1. 科学研究費助成事業(基盤研究(C)), アロステリック制御を実現するタンパク構造の設計原理, 2016年, 2019年
  2. 科学研究費助成事業(新学術領域研究(研究領域提案型)), 少数分子反応ネットワーク理論の構築-少数性と階層性の観点からのモデリング-, 2011年, 2015年
  3. 科学研究費助成事業(若手研究(B)), 細胞内環境を想定した反応拡散系モデリング, 2008年, 2011年

社会活動

委員会等委員歴

  1. 会誌編集委員, 2016年01月, 2017年12月, 日本生物物理学会
  2. 領域12 運営委員, 2014年10月, 2015年09月, 日本物理学会