清水 典明Noriaki Shimizu

Last Updated :2021/01/05

所属・職名
大学院統合生命科学研究科　教授
ホームページ
http://home.hiroshima-u.ac.jp/shimizu/index.html
メールアドレス
shimizuhiroshima-u.ac.jp
その他連絡先
東広島市鏡山1-7-1 総合科学研究科棟Ｃ３２１号室
TEL:082-424-6528 FAX:082-424-0759
自己紹介
広くゲノムと染色体の不安定性に興味を持っている。より具体的には、ゲノム由来の染色体外遺伝因子に関する研究と、それを介した遺伝子増幅の機構について研究している。そのような研究は、基礎染色体研究と癌生物学に意義を持ち、工業的組換え蛋白質の生産に応用できる。

基本情報

学歴

  • 京都大学, 理学研究科, 化学, 日本, 1980年04月, 1983年03月
  • 京都大学, 農学部, 食品工学科, 日本, 1974年04月, 1978年03月

学位

  • 理学博士　(京都大学)
  • 理学修士　(京都大学)

教育担当

  • 【学士課程】 生物生産学部 : 生物生産学科
  • 【博士課程前期】 統合生命科学研究科 : 統合生命科学専攻 : 食品生命科学プログラム
  • 【博士課程後期】 統合生命科学研究科 : 統合生命科学専攻 : 食品生命科学プログラム

担当主専攻プログラム

  • 分子農学生命科学プログラム

研究分野

  • 農学 / 境界農学 / 応用分子細胞生物学
  • 生物学 / 基礎生物学 / 遺伝・染色体動態
  • 生物学 / 生物科学 / 細胞生物学

研究キーワード

  • 染色体外因子
  • 微小核
  • 遺伝子増幅
  • 発がん
  • 組換え蛋白質生産

所属学会

  • 日本分子生物学会, 1990年
  • 日本生化学会, 1989年
  • 日本癌学会, 2003年
    関連URL
  • 日本動物細胞工学会, 2009年
    関連URL
  • 日本生物工学会, 2015年
    関連URL

教育活動

授業担当

  1. 2020年, 教養教育, ４ターム, 生物生産と自然との関わり［旧パッケージ］
  2. 2020年, 教養教育, １ターム, 化学実験法・同実験I[1生]
  3. 2020年, 教養教育, ３ターム, 化学実験法・同実験I[1工一]
  4. 2020年, 教養教育, ２ターム, 化学実験法・同実験II[1生]
  5. 2020年, 教養教育, ４ターム, 化学実験法・同実験II[1工一]
  6. 2020年, 学部専門, ４ターム, Introduction to Applied Biological Science II
  7. 2020年, 学部専門, １ターム, 動物分子生物学
  8. 2020年, 学部専門, 集中, 生体分子機能学実験
  9. 2020年, 学部専門, 年度, 卒業論文
  10. 2020年, 修士課程・博士課程前期, ３ターム, 遺伝子機能構造学概論
  11. 2020年, 修士課程・博士課程前期, ４ターム, 遺伝子機能構造学演習
  12. 2020年, 修士課程・博士課程前期, ４ターム, 応用分子細胞生物学Ⅱ

研究活動

学術論文（★は代表的な論文）

  1. ★, Repeat induces not only gene silencing, but also gene activation in mammalian cells, PLOS ONE, 15巻, 6号, 20200624
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク
  2. ★, Double-strand breakage in the extrachromosomal double minutes triggers their aggregation in the nucleus, micronucleation, and morphological transformation, GENES CHROMOSOMES & CANCER, 59巻, 3号, pp. 133-143, 202003
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク
  3. ★, Targeted amplification of a sequence of interest in artificial chromosome in mammalian cells, Nucleic Acids Research, 47巻, 11号, pp. 5998-6006, 2019,6,20
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク
  4. An efficient protein production system via gene amplification on a human artificial chromosome and the chromosome transfer to CHO cells, SCIENTIFIC REPORTS, 9巻, 20191118
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク
  5. ★, Generation and maintenance of acentric stable double minutes from chromosome arms in inter-species hybrid cells, BMC MOLECULAR AND CELL BIOLOGY, 20巻, 20190320
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク
  6. Phosphorylated SIRT1 associates with replication origins to prevent excess replication initiation and preserve genomic stability., Nucleic Acids Research, 45巻, 13号, pp. 7807-7824, 2017,7,27
  7. ★, Amplification of a transgene within a long array of replication origins favors higher gene expression in animal cells., PLoS ONE, 12巻, 4号, pp. e0175585, 20170412
  8. ★, Epigenetic Repeat-Induced Gene Silencing in the Chromosomal and Extrachromosomal Contexts in Human Cells., PLoS ONE, 11巻, 8号, pp. e0161288, 20160815
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク
  9. ★, Cloning and characterization of a human genomic sequence that alleviate the repeat-induced gene silencing, PLOS ONE, 11巻, 4号, pp. e0153338, 20160414
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク
  10. IR/MAR遺伝子増幅法の開発と、組換え蛋白質生産への応用, バイオサイエンスとインダストリー, 73巻, 3号, pp. 194-197, 20150501
  11. ★, How a Replication Origin and Matrix Attachment Region Accelerate Gene Amplification under Replication Stress in Mammalian Cells, PLOS ONE, 9巻, 7号, pp. e103439, 20140725
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク
  12. ★, Dissection of the Beta-Globin Replication-Initiation Region Reveals Specific Requirements for Replicator Elements during Gene Amplification, PLOS ONE, 8巻, 10号, pp. e77350, 20131004
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク
  13. ★, Fusion of the Dhfr/Mtx and IR/MAR Gene Amplification Methods Produces a Rapid and Efficient Method for Stable Recombinant Protein Production, PLOS ONE, 7巻, 12号, pp. e52990, 20121231
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク
  14. ★, DNA replication occurs in all lamina positive micronuclei, but never in lamina negative micronuclei, MUTAGENESIS, 27巻, 3号, pp. 323-327, 20120512
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク
  15. ★, Efficient Recombinant Production in Mammalian Cells Using a Novel IR/MAR Gene Amplification Method, PLOS ONE, 7巻, 7号, pp. e41787, 20120723
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク
  16. High levels of human recombinant cyclooxygenase-1 expression in mammalian cells using a novel gene amplification method, PROTEIN EXPRESSION AND PURIFICATION, 80巻, 1号, pp. 41-46, 20111111
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク
  17. ★, Generation of Micronuclei during Interphase by Coupling between Cytoplasmic Membrane Blebbing and Nuclear Budding, PLOS ONE, 6巻, 11号, pp. e27233, 20111102
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク
  18. ★, Amplification of a plasmid bearing a mammalian replication initiation region in chromosomal and extrachromosomal contexts, Nucleic Acids Research, 39巻, 3号, pp. 958-969, 20110211
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク
  19. Molecular mechanisms of the origin of micronuclei from extrachromosomal elements, MUTAGENESIS, 26巻, 1号, pp. 119-123, 20110111
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク
  20. ★, Emergence of Micronuclei and Their Effects on the Fate of Cells under Replication Stress, PLOS ONE, 5巻, 4号, pp. e10089, 20100408
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク
  21. Age-dependent increase in lysosome-associated membrane protein 1 and early-onset behavioral deficits in APPSL transgenic mouse model of Alzheimer's disease, NEUROSCIENCE LETTERS, 469巻, 2号, pp. 273-277, 20100122
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク
  22. 哺乳動物ゲノム由来の染色体外遺伝因子・・・その細胞内動態と、遺伝子増幅への寄与, 化学と生物, 48巻, 6号, pp. 395-401, 20100601
  23. ★, How transcription proceeds in a large artificial heterochromatin in human cells, Nucleic Acids Research, 37巻, 2号, pp. 393-404, 20090209
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク
  24. ★, Episomal High Copy Number Maintenance of Hairpin-capped DNA Bearing a Replication Initiation Region in Human Cells, The Journal of Biological Chemistry, 284巻, 36号, pp. 24320-24327, 20090904
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク
  25. Extrachromosomal Double Minutes and Chromosomal Homogeneously Staining Regions as Probes for Chromosome Research, CYTOGENETIC AND GENOME RESEARCH, 124巻, pp. 312-326, 2009
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク
  26. ★, Micronuclei bearing acentric extrachromosomal chromatin are transcriptionally competent and may perturb the cancer cell phenotype., Molecular Cancer Research, 5巻, 7号, pp. 695-704, 20070702
  27. ★, Nonselective DNA damage induced by a replication inhibitor results in the selective elimination of extrachromosomal double minutes from human cancer cells, Genes Chromosomes & Cancer, 46巻, 10号, pp. 865-874, 200701
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク
  28. ★, Dissection of mammalian replicators by a novel plasmid stability assay, Journal of Cellular Biochemistry, 101巻, 3号, pp. 552-565, 2007
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク
  29. Regulation of c-myc through intranuclear localization of its RNA subspecies., Biochemical and Biophysical Reseach Communications, 358巻, 3号, pp. 806-810, 20070706
  30. ★, Interconversion of Intra- and Extra-chromosomal Sites of Gene Amplification by Modulation of Gene Expression and DNA Methylation., Journal of Cellular Biochemistry, 102巻, pp. 515-529, 20070327
  31. Suppression of replication fork progression in low-dose-specic p53-dependent S-phase DNA damage checkpoint, Oncogene, 25巻, 44号, pp. 5921-5932, 20060928
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク
  32. A hyper-dynamic equilibrium between promoter-bound and nucleoplasmic dimers controls NF-kB-dependent gene activity., The EMBO Journal, 25巻, pp. 798-810, 20060222
  33. ★, When, where and how the bridge breaks: anaphase bridge breakage plays a crucial role in gene amplification and HSR generation, Experimental Cell Research, 302巻, 2号, pp. 233-243, 20050115
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク
  34. ★, Tracking of microinjected DNA in live cells reveals the intracellular behavior and elimination of extrachromosomal genetic material., Nucleic Acids Research, 33巻, 19号, pp. 6296-6307, 20051101
  35. Mechanism of Gene Amplification Mediated by an Extrachromosomal Circular Molecule having a Mammalian Replication Initiation Region., International Journal of Molecular Medicine, 14巻, 4号, pp. S18-S18, 20040401
  36. ★, Macroscopic folding and replication of the homogeneously staining region in late S phase leads to the appearance of replication bands in mitotic chromosome, Journal of Cell Science, 117巻, 22号, pp. 5303-5312, 20041101
  37. ★, Amplification of plasmids containing a mammalian replication initiation region is mediated by controllable conflict between replication and transcription, Cancer Research, 63巻, 17号, pp. 5281-5290, 20030901
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク
  38. ★, Plasmids with a mammalian replication origin and a matrix attachment region initiate the event similar to gene amplification, Cancer Research, 61巻, 19号, pp. 6987-6990, 20011001
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク
  39. ★, Replication timing of amplified genetic regions relates to intranuclear localization but not to genetic activity or G/R band, Experimental Cell Research, 268巻, 2号, pp. 201-210, 20010815
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク
  40. ★, Selective elimination of acentric double minutes from cancer cells through the extrusion of micronuclei, Mutation Research-Fundamental and Molecular Mechanisms of Mutagenesis, 448巻, 1号, pp. 81-90, 20000314
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク
  41. ★, Induced detachment of acentric chromatin from mitotic chromosomes lead to their Cytoplasmic localization at G1 and the micronucleation by lamin rearganization at S- phase, Journal of Cell Science, 111巻, pp. 3275-3285, 20000401
  42. ヒト細胞の微小核-染色体外遺伝因子の選択的排出機構, 化学と生物, 37巻, 7号, pp. 435-442, 19990401
  43. ★, DNA replication-dependent Intranuclear Relocation of Double Minute Chromatin, Journal of Cell Science, 11巻, pp. 3275-3285, 19980401
  44. Survival by Mac-l-Mediated abherence and Anoikis in Phorbal Ester-treated HL-60 cells, The Journal of Biological Chemistry, 273巻, 25号, pp. 15345-15351, 19980401
  45. ★, Selective Entrapment of Extrachromosomally Amplified DNA by Nuclear Budding and Micronucleation during S-phase, The Journal of Cell Biology, 140巻, pp. 1307-1320, 19980401
  46. Involvement of Mac-l-Mediated Adherence and Sphingosine-l-Phosphate in Survival of Phorbol Ester-treated U937 cells, Biochemical and Biophysical Research Communications, 244巻, 3号, pp. 745-750, 19980401
  47. ★, Selective capture of acentric fragments by micronuclei provides a rapid method for purifying extrachromosomally amplified DNA, Nature genetics, 12巻, 1号, pp. 65-71, 19960401
  48. ★, Loss of Amplified c-myc Genes in the Spontaneously Differentiated HL-60 Cells, Cancer Research, 54巻, pp. 3561-3567, 19940401
  49. Interplay between differentiation and cell cycle arrest at G1 in phorbol diester-treated human myelocytic leukemia cells(共著), Int. J. Hematology, 58巻, pp. 125-128, 19930401
  50. A Gene Coding for a Zinc Finger Protein is Induced during 12-0-Tetradecanoylphorbol-13-acetate-stimulated HL-60 Cell Differentiation, J. Biochem., 111巻, pp. 272-277, 19920401
  51. Determination of Transcriptional Activities of Typical Gene Promoters in HL-60 Cells, J. Biochem., 111巻, pp. 103-108, 19920401
  52. Expression of a Novel Immediate Early Gene during 12-0-Tetradecanoylphorbol-13-acetate-induced Macrophagic Differentiation of HL-60 Cells, J. Biol. Chem., 266巻, pp. 12157-12161, 19910401
  53. Molecular Cloning and Expression in Escherichia coli of the cDNA Coding for Rat Lipocortin I (Calpactin II), Gene, 65巻, pp. 141-147, 19880401
  54. Immunological Cross-Reactivity between Large and Small(2’-5’)Oligoadenylate Synthetases from Pig Cells, J. Biochem., 95巻, pp. 1827-1830, 19840401
  55. Presence of(2’-5’)Oligoadenylate Synthetase in Avian Erythrocytes, J. Biochem., 96巻, pp. 215-222, 19840401
  56. (2’-5’)Oligoadenylate Synthetare in Pig Spleen : Isolation and Characterization, J. Biochem., 94巻, pp. 1421-1428, 19830401
  57. インターフェロン, 臨床免疫, 14巻, 10号, pp. 875-853, 19821001
  58. インターフェロンと２-５Ａシステム, 蛋白質　核酸　酵素, Suppl.25巻, pp. 209-219, 19811201
  59. 2’, 5’-Oligoadenylate Synthetase Activity in Lymphocytes from Normal Mouse, J. Biol. Chem., 254巻, pp. 12034-12037, 19790401

著書等出版物

  1. 2009年03月, 分子から見た生命の不思議, 広大生物圏出版会, 2009年, 3, 教科書, 共編著, 4925221191, 148
  2. 2011年09月, 基礎化学実験（改訂第三版）, 大学教育出版, 2011年, 9, 教科書, 共編著, 9.78E+12, 135
  3. 2010年12月10日, 生物学大辞典, 遺伝子増幅, その他
  4. 2010年12月10日, 生物学大辞典, ダブルマイニュート, その他
  5. 2013年04月, Brenner's Encyclopedia of Genetics, 2nd edition, Double Minutes (Chromosomes), Elsevier, 2013年, 4, その他

招待講演、口頭・ポスター発表等

  1. 染色体外での遺伝子増幅とゲノム不安定性に与える低酸素環境の影響, 山田 拓、小塩 結里恵、清水 典明, 第３７回日本分子生物学会, 2014年11月27日, 通常, 日本語, 日本分子生物学会, 横浜市
  2. 複製開始配列の逆位反復配列を用いることによる、動物細胞内で安定なエピソームの形成, 大崎 究, 清水 典明, 第３７回日本分子生物学会, 2014年11月26日, 通常, 日本語, 日本分子生物学会, 横浜
  3. サイレンシングを受けやすい反復配列からの遺伝子発現を高めるヒトゲノム配列の単離と解析, 福間 美樹,元明 優人,大懸 俊廣,三浦 理,大山 隆,清水 典明, 第３７回日本分子生物学会, 2014年11月26日, 通常, 日本語, 日本分子生物学会, 横浜市
  4. 染色体外遺伝因子と染色体との間で、 _同じ反復配列のエピジェネティック状態はどのように異なるのか?, 満田 祥平,清水 典明, 第３７回日本分子生物学会, 2014年11月25日, 通常, 日本語, 日本分子生物学会
  5. 動物細胞内で組み換え遺伝子を高度に増幅させるIR/MAR（アイ・アール/マー）法と、蛋白質生産, 清水典明, 第86回日本生化学会大会　Bio-industry Seminar, 2013年09月11日, 招待, 日本語, 日本生化学会, 横浜
  6. IR/MAR遺伝子増幅法と、蛋白質生産への応用, 清水典明, 日本動物細胞工学会　2013年大会 シンポジウム４「日本発、世界を目指すバイオ医薬生産」, 2013年07月19日, 招待, 日本語, 日本動物細胞工学会, 福井
  7. 2012年11月30日, 通常, 英語
  8. 荒木 義雄、野口 千笑、清水 典明、濱藤 徹郎、能勢 博、 三木大輔, 2011年11月, 通常, 英語, Vienna, Austria
  9. Novel, Convenient and Efficient “IR/MAR Gene Amplification Method” for the Production of Recombinant Protein in Animal Cells, Noriaki Shimizu, 2011年09月25日, 招待, 英語, PEACe (Protein Expression in Animal Cell) conference
  10. Gene Amplification in Chromosomal and Extrachromosomal Context, 2010年10月15日, 招待, 英語, 基礎生物学研究所
  11. The palindrome at the extrachromosomal and the intrachromosomal context in mammalian cells., Noriaki Shimizu, 2010年07月10日, 招待, 英語
  12. 高タンパク産生細胞の樹立に向けた人工染色体搭載遺伝子増幅システムの開発, 大平 崇人、宮内 孝一、宇野 愛海、清水 典明、香月 康宏、押村 光雄、久郷 裕之, 第42回日本分子生物学会年会, 通常, 日本語, 日本分子生物学会, 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡
  13. 染色体外因子を介する遺伝子増幅に与える、SIRT1の影響, 谷口 諒之介、宇谷 公一、Mirit I. Aladjem、清水 典明, 第42回日本分子生物学会年会, 通常, 日本語, 日本分子生物学会, 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡
  14. 培養哺乳動物細胞での蛋白質生産------今求められているものと、それを達成するための新技術, 清水典明, 2009年度日本農芸化学会福岡大会シンポジウム, 招待, 日本語, 2009年度日本農芸化学会福岡大会, 福岡
  15. 自律複製する染色体外因子を介した遺伝子増幅に与える修復系の影響, 鈴木 航太、大畠 吉裕、清水 典明, 第42回日本分子生物学会年会, 2019年12月06日, 通常, 日本語, 日本分子生物学会, 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡
  16. 反復配列による遺伝子発現抑制 (RIGS)と、反復配列による遺伝子発現活性化 (RIGA), 大垣 祐介、福間 美樹、大崎 究、清水 典明, 第42回日本分子生物学会年会, 2019年12月06日, 通常, 日本語, 日本分子生物学会, 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡
  17. 細胞質運動が遺伝子増幅に与える影響, 大岡 侑司、宇谷 公一、Mirit I. Aladjem、清水 典明, 第42回日本分子生物学会年会, 2019年12月06日, 通常, 日本語, 日本分子生物学会, 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡
  18. 遺伝子発現が高い染色体領域を標的とした遺伝子増幅法の樹立とその評価, 池間 諒子、西島 謙一、清水 典明, 第42回日本分子生物学会年会, 2019年12月06日, 通常, 日本語, 日本分子生物学会, 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡
  19. 標的染色体部位での抗サイレンシング配列の増幅と、周辺遺伝子発現への影響, 森 麟太郎、桝本 耀太、清水 典明, 第42回日本分子生物学会年会, 2019年12月06日, 通常, 日本語, 日本分子生物学会, 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡
  20. 動物細胞内で増幅した遺伝子が受けるrepeat-induced gene silencing RIGS)の性状と解除法, 福間 美樹、元明 優人、 満田祥平,大崎究、清水 典明, 第３９回日本分子生物学会大会；BMB2016, 2016年12月, 通常, 日本語, 横浜
  21. 染色体外遺伝因子に特徴的なクロマチンのエピジェネティック状態, 満田 祥平,清水 典明, 第３８回日本分子生物学会・第88回日本生化学会　合同大会, 2015年12月03日, 通常, 日本語, 日本分子生物学会, 神戸市
  22. 哺乳動物複製開始配列の直列あるいは逆位反復配列を用いることによる、高発現環境での遺伝子増幅系, 大崎 究, 清水 典明, 第３８回日本分子生物学会・第88回日本生化学会　合同大会, 2015年12月02日, 通常, 日本語, 日本分子生物学会, 神戸市
  23. サイレンシングを受けやすい反復配列からの、遺伝子発現を高めるヒトゲノム配列の単離と解析, 福間 美樹,元明 優人,三浦 理,大山 隆,清水 典明, 第３８回日本分子生物学会・第88回日本生化学会　合同大会, 2015年12月02日, 通常, 日本語, 日本分子生物学会, 神戸市
  24. ヒト染色体の断片化による、増幅がん遺伝子を運ぶ安定な染色体外因子の形成, 山村勇貴、山田卓、坂丸 直人,浪花 修平,カプール リタ,宇谷 公一,清水 典明, 第３８回日本分子生物学会・第88回日本生化学会　合同大会, 2015年12月02日, 通常, 日本語, 日本分子生物学会, 神戸市
  25. IR/MAR遺伝子増幅法による組換え蛋白質生産, 清水 典明, 大崎 究, 福間 美樹, 第67回日本生物工学会大会, 2015年10月27日, 通常, 日本語, 日本生物工学会, 鹿児島市
  26. ヒト染色体に由来する自律複製する染色体外遺伝因子の、細胞内維持、排出と細胞間伝播, 坂丸直人、浪花修平、Rita Kapoor、宇谷 公一、清水典明, 第３７回日本分子生物学会, 2014年11月27日, 通常, 日本語, 横浜市

社会活動

学術雑誌論文査読歴

  1. 2015年, その他, 1
  2. 2014年, その他, Reviewer, 1
  3. 2014年, その他, 1
  4. 2013年, Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry, その他, Reviewer, 1
  5. 2013年, その他, Reviewer, 1
  6. 2011年, その他, 1
  7. 2011年, その他, 1
  8. 2011年, その他, 1
  9. 2009年, その他, 1
  10. 2009年, その他, 1
  11. 2008年, その他, Reviewer, 1
  12. 2006年, Oncogene, その他, 1
  13. 2002年, Cancer Research, その他, 1
  14. 2015年, その他, 1
  15. 2015年, その他, 1