坂本 尚昭Naoaki Sakamoto

Last Updated :2024/05/07

所属・職名
大学院統合生命科学研究科　准教授
ホームページ
https://home.hiroshima-u.ac.jp/naosaka/
https://www.mls.sci.hiroshima-u.ac.jp/smg/index.html
メールアドレス
naosakahiroshima-u.ac.jp
自己紹介
ウニの初期発生では、遺伝子を取り巻く環境は劇的に変化する。このような核内環境の変化の中でも、膨大なゲノム情報の中から必要な遺伝情報が正確に発現する。このような遺伝子発現の制御機構を解明するために、バフンウニを使って、初期胚の核内環境・遺伝子の核内配置・染色体の境界配列（インスレーター）について解析を行っている。また、ウニの発生の分子メカニズムについても解析を行っている。

基本情報

主な職歴

  • 1997年06月01日, 2000年05月25日, テキサスA&M大学, ポスドク研究員
  • 2000年06月01日, 2002年04月30日, 理化学研究所 脳科学総合研究センター, ポスドク研究員／基礎科学特別研究員
  • 2002年05月01日, 2004年03月31日, 広島大学大学院 理学研究科 数理分子生命理学専攻, ポスドク研究員

学歴

  • 広島大学, 理学研究科, 生物科学専攻, 日本, 1994年04月, 1997年03月
  • 山口大学, 理学部, 生物学科, 日本, 1988年04月, 1992年03月

学位

  • 博士（理学）　(広島大学)
  • 修士（理学）　(広島大学)

教育担当

  • 【学士課程】 理学部 : 生物科学科 : 生物学プログラム
  • 【博士課程前期】 統合生命科学研究科 : 統合生命科学専攻 : 数理生命科学プログラム
  • 【博士課程前期】 統合生命科学研究科 : 統合生命科学専攻 : 生命医科学プログラム
  • 【博士課程後期】 統合生命科学研究科 : 統合生命科学専攻 : 数理生命科学プログラム
  • 【博士課程後期】 統合生命科学研究科 : 統合生命科学専攻 : 生命医科学プログラム

担当主専攻プログラム

  • 生物学プログラム

研究分野

  • 総合生物 / ゲノム科学 / ゲノム生物学
  • 生物学 / 生物科学 / 分子生物学
  • 生物学 / 生物科学 / 発生生物学

研究キーワード

  • ウニ
  • DNA構造
  • クロマチン
  • インスレーター
  • ゲノム編集

所属学会

教育活動

授業担当

  1. 2024年, 教養教育, ３ターム, Introduction to Biology
  2. 2024年, 教養教育, ２ターム, 教養ゼミ
  3. 2024年, 学部専門, １ターム, 生物科学セミナー
  4. 2024年, 学部専門, ２ターム, 先端生物学
  5. 2024年, 学部専門, １ターム, 分子遺伝学Ａ
  6. 2024年, 学部専門, セメスター（後期）, 分子遺伝学演習
  7. 2024年, 学部専門, セメスター（前期）, 卒業研究
  8. 2024年, 学部専門, セメスター（後期）, 卒業研究
  9. 2024年, 学部専門, セメスター（前期）, 生物科学基礎実験I
  10. 2024年, 学部専門, セメスター（後期）, 生物科学基礎実験II
  11. 2024年, 学部専門, セメスター（後期）, 生物科学基礎実験IV
  12. 2024年, 学部専門, ３ターム, 生物学実験Ａ
  13. 2024年, 修士課程・博士課程前期, ３ターム, 生命科学研究法
  14. 2024年, 修士課程・博士課程前期, １ターム, 生命理学概論
  15. 2024年, 修士課程・博士課程前期, 年度, 数理生命科学特別研究
  16. 2024年, 修士課程・博士課程前期, ２ターム, 分子遺伝学
  17. 2024年, 修士課程・博士課程前期, ２ターム, 生命理学特論Ｃ
  18. 2024年, 修士課程・博士課程前期, ４ターム, 生命理学特論Ｄ
  19. 2024年, 修士課程・博士課程前期, セメスター（前期）, 生命理学特別演習Ａ
  20. 2024年, 修士課程・博士課程前期, セメスター（後期）, 生命理学特別演習Ｂ
  21. 2024年, 修士課程・博士課程前期, ３ターム, 生命医科学セミナー Ａ
  22. 2024年, 修士課程・博士課程前期, ３ターム, 生命医科学セミナー Ｂ
  23. 2024年, 修士課程・博士課程前期, １ターム, 先端生命技術概論
  24. 2024年, 博士課程・博士課程後期, ３ターム, 生命医科学セミナーＣ
  25. 2024年, 博士課程・博士課程後期, ３ターム, 生命医科学セミナーD
  26. 2024年, 博士課程・博士課程後期, ３ターム, 生命医科学セミナーE
  27. 2024年, 修士課程・博士課程前期, ４ターム, ゲノム機能学概論

研究活動

学術論文（★は代表的な論文）

  1. The Egg Nucleus Regulates the Behavior of Sperm Nuclei as well as Cycling of MPF in Physiologically Polyspermic Newt Eggs., Developmental Biology, 160巻, 1号, pp. 15-27, 1993
  2. Corrected Structure of the 5' Flanking Region of Arylsulfatase Gene of the Sea Urchin, Hemicentrotus pulcherrimus., Development Growth and Differentiation, 36巻, 4号, pp. 633-636, 1994
  3. ★, A Triplex DNA Structure of the Polypyrimidine: Polypurine Stretch in the 5' Flanking Region of the Sea Urchin Arylsulfatase Gene., Zoological Science, 13巻, 1号, pp. 105-109, 1996
  4. ★, Two Isoforms of Orthodenticle-Related Proteins (HpOtx) Bind to the Enhancer Element of Sea Urchin Arylsulfatase Gene., Developmental Biology, 181巻, 2号, pp. 284-295, 1997
  5. Structure and Function of Sea Urchin Orthodenticle-Related Gene (HpOtx)., Developmental Biology, 193巻, 2号, pp. 139-145, 1998
  6. Differential expression of sea urchin Otx isoform (HpOtxE and HpOtxL) mRNAs during early development., International Journal of Developmental Biology, 42巻, 5号, pp. 645-651, 1998
  7. ★, Self-Association Properties of Long GAA•TTC Repeats in R•R•Y Triplex Structures from Friedreich's Ataxia., Molecular Cell, 3巻, 3号, pp. 465-475, 1999
  8. A nonpathogenic GAAGGA repeat in the Friedreich gene: implications for pathogenesis., Neurology, 53巻, 8号, pp. 1854-1857, 1999
  9. Functional annotation of a full-length mouse cDNA collection., Nature, 409巻, 6821号, pp. 685-690, 2001
  10. ★, Sticky DNA, a self-associated complex formed at long GAA•TTC repeats in intron 1 of the frataxin gene, inhibits transcription., Journal of Biological Chemistry, 276巻, 29号, pp. 27171-27177, 2001
  11. ★, GGA•TCC-interrupted triplets in long GAA•TTC repeats inhibit the formation of triplex and sticky DNA structures, alleviate transcription inhibition, and reduce genetic instabilities., Journal of Biological Chemistry, 276巻, 29号, pp. 27178-27187, 2001
  12. T-brain homologue (HpTb) is involved in the archenteron induction signals of micromere descendant cells in the sea urchin embryo., Development, 129巻, 22号, pp. 5205-5216, 2002
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク
  13. Utilization of a particle gun DNA introduction system for the analysis of cis-regulatory elements controlling the spatial expression pattern of the arylsulfatase gene (HpArs) in sea urchin embryos., Development Genes and Evolution, 213巻, 1号, pp. 44-49, 2003
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク
  14. Pro-apoptotic protein kinase C delta is associated with intranuclear inclusions in a transgenic model of Huntington's disease., Journal of Neurochemistry, 87巻, 2号, pp. 395-406, 2003
  15. The Otx binding site is required for the activation of HpOtxL mRNA expression in the sea urchin, Hemicentrotus pulcherrimus., Development Growth and Differentiation, 46巻, 1号, pp. 61-67, 2004
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク
  16. A new G-stretch-DNA-binding protein, Unichrom, displays cell-cycle-dependent expression in sea urchin embryos., Development Growth and Differentiation, 46巻, 4号, pp. 335-341, 2004
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク
  17. Decreased expression of hypothalamic neuropeptides in Huntington disease transgenic mice with expanded polyglutamine-EGFP fluorescent aggregates., Journal of Neurochemistry, 93巻, 3号, pp. 641-653, 2005
  18. ★, Unichrom, a novel nuclear matrix protein, binds to the ars insulator and canonical Mars., Zoological Science, 23巻, 1号, pp. 9-21, 2006
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク
  19. Developmental expression of HpNanos, the Hemicentrotus pulcherrimus homologue of nanos., Gene Expression Patterns, 6巻, 5号, pp. 572-577, 2006
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク
  20. Sodium channel beta4 subunit: down-regulation and possible involvement in neuritic degeneration in Huntington's disease transgenic mice., Journal of Neurochemistry, 98巻, 2号, pp. 518-529, 2006
  21. Functional analysis of the sea urchin-derived arylsulfatase (Ars)-element in mammalian cells., Genes to Cells, 11巻, 9号, pp. 1009-1021, 2006
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク
  22. DNA variations within the sea urchin Otx gene enhancer., FEBS Letter, 581巻, 27号, pp. 5234-5240, 200711
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク
  23. Analysis of cis-regulatory elements controlling spatio-temporal expression of T-brain gene in sea urchin, Hemicentrotus pulcherrimus., Mechanisms of Development, 125巻, 1-2号, pp. 2-17, 2008
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  24. The Ars insulator facilitates I-SceI meganuclease-mediated transgenesis in the sea urchin embryo., Developmental Dynamics, 237巻, 9号, pp. 2475-2482, 2008
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク
  25. Suppressor of Hairless (Su(H)) is required for foregut development in the sea urchin embryo., Zoological Science, 26巻, 10号, pp. 686-690, 200910
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク
  26. Role of nanos homolog during sea urchin development., Developmental Dynamics, 238巻, 10号, pp. 2511-2521, 2009
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク
  27. Targeted mutagenesis in the sea urchin embryo using zinc-finger nucleases., Genes to Cells, 15巻, 8号, pp. 875-885, 2010
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  28. HpSulf, a heparan sulfate 6-O-endosulfatase, is involved in the regulation of VEGF signaling during sea urchin development., Mechanisms of Development, 127巻, 3-4号, pp. 235-245, 2010
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  29. Mammalian arlysulfatase A functions as a novel component of the extracellular matrix., Connective Tissue Research, 51巻, 5号, pp. 388-396, 2010
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  30. Implication of HpEts in gene regulatory networks responsible for specification of sea urchin skeletogenic primary mesenchyme cells., Zoological Science, 27巻, 8号, pp. 638-646, 2010
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  31. ★, Dicer is required for the normal development of sea urchin, Hemicentrotus pulcherrimus., Zoological Science, 27巻, 6号, pp. 477-486, 2010
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  32. HpSumf1 is involved in the activation of sulafatases responsible for regulation of skeletogenesis during sea urchin development., Development Genes and Evolution, 221巻, 3号, pp. 157-166, 2011
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  33. ★, Nucleosome exclusion from the interspecies conserved central AT-rich region of the Ars insulator., Journal of Biochemistry, 151巻, 1号, pp. 75-87, 2012
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  34. Zinc-finger nuclease-mediated targeted insertion of reporter genes for quantitative imaging of gene expression in sea urchin embryos., Proc Natl Acad Sci U S A, 109巻, 27号, pp. 10915-10920, 2012
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  35. Repeating pattern of non-RVD variations in DNA-binding modules enhances TALEN activity., Scientific Reports, 3巻, pp. 3379, 2013
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  36. Targeted mutagenesis in sea urchin embryos using TALENs., Development Growth and Differentiation, 56巻, 1号, pp. 92-97, 2014
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  37. Microhomology-mediated end-joining-dependent integration of donor DNA in cells and animals using TALENs and CRISPR/Cas9., Nature Communications, 5巻, pp. 5560, 2014
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク
  38. Simple Elastic Network Models for Exhaustive Analysis of Long Double-Stranded DNA Dynamics with Sequence Geometry Dependence., PLoS One, 211巻, 4号, pp. 775-784, 2015
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク
  39. Viable neuronopathic Gaucher disease model in Medaka (Oryzias latipes) displays axonal accumulation of alpha-synuclein., PLoS Genetics, 11巻, pp. e1005065, 2015
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク
  40. LOC-Based High-Throughput Cell Morphology Analysis System., IEEE transactions on automation science and engineering, 12巻, 4号, pp. 1346-1356, 2015
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク
  41. In vivo tracking of histone H3 lysine 9 acetylation in Xenopus laevis during tail regeneration., Genes to Cells, 2016
  42. ★, Cilia play a role in breaking left–right symmetry of the sea urchin embryo., Genes to Cells, 2016
  43. The 3 ' UTR of nanos2 directs enrichment in the germ cell lineage of the sea urchin, Developmental Biology, 377巻, 1号, pp. 275-283, 2013
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク
  44. The 1-Particle-per-k-Nucleotides (1PkN) Elastic Network Model of DNA Dynamics with Sequence-Dependent Geometry, FRONTIERS IN PHYSIOLOGY, 8巻, 20170314
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク
  45. Establishment of expanded and streamlined pipeline of PITCh knock-in - a web-based design tool for MMEJ-mediated gene knock-in, PITCh designer, and the variations of PITCh, PITCh-TG and PITCh-KIKO, BIOENGINEERED, 8巻, 3号, pp. 302-308, 2017
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク
  46. ★, Dynamic changes in the interchromosomal interaction of early histone gene loci during development of sea urchin, JOURNAL OF CELL SCIENCE, 130巻, 24号, pp. 4097-4107, 201712
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  47. Biased genome editing using the local accumulation of DSB repair molecules system., Nature Communications, 9巻, 1号, pp. 3270, 2018
  48. Insulator Activities of Nucleosome-Excluding DNA Sequences without Bound Chromatin Looping Proteins, JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B, 123巻, 5号, pp. 1035-1043, 20190207
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  49. ★, Establishment of knockout adult sea urchins by using a CRISPR-Cas9 system., Development, Growth & Differentiation, 61巻, 6号, pp. 378-388, 2019
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  50. Recycling endosomes associate with Golgi stacks in sea urchin embryos., Communicative and Integrative Biology, 13巻, 1号, pp. 59-62, 20200430
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  51. CRISPR-Cas9 editing of non-coding genomic loci as a means of controlling gene expression in the sea urchin, DEVELOPMENTAL BIOLOGY, 472巻, pp. 85-97, 202104
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  52. ★, Partial exogastrulation due to apical-basal polarity of F-actin distribution disruption in sea urchin embryo by omeprazole, GENES TO CELLS, 27巻, 6号, pp. 392-408, 202206
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  53. Identification of the genes encoding candidate septate junction components expressed during early development of the sea urchin, Strongylocentrotus purpuratus, and evidence of a role for Mesh in the formation of the gut barrier, DEVELOPMENTAL BIOLOGY, 495巻, pp. 21-34, 202303
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  54. ★, The crucial role of CTCF in mitotic progression during early development of sea urchin., Development, Growth & Differentiation, 65巻, 7号, pp. 395-407, 20230920
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  55. Possibilities of skin coat color-dependent risks and risk factors of squamous cell carcinoma and deafness of domestic cats inferred via RNA-seq data., Genes to Cells, in press巻, 20231021
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク

著書等出版物

  1. 2006年04月, DNA Structure, Chromatin and Gene Expression, Chapter 14, "Involvement of nuclear matrix and chromatin loop formation in the function of insulators.", Transworld Research Network, 2006年, 04, 単行本（学術書）, 共編著, Akasaka K. , 8178952289
  2. 2009年03月31日, Shall We 遺伝学, 講談社, 2009年, 3, 単行本（学術書）, 単著, 日本語, 坂本 尚昭, 4061554514, 184

招待講演、口頭・ポスター発表等

  1. ムラサキウニにおけるCRISPR/Cas9システムを用いたゲノム編集, 坂本尚昭, 渡辺開智, 粟津暁紀, 山本卓, 日本ゲノム編集学第7回大会, 2022年06月, 通常, 日本語, WEB
  2. エンハンサー・プロモーター間のDNA特性による転写活性化への影響, 中川春風, 高木春奈, 立本小百合, 粟津暁紀, 山本卓, 坂本尚昭, 日本動物学会 第92回大会, 2021年06月, 通常, 日本語
  3. ウニ胚形態形成の細胞骨格観察に基づくモデル化, 渡辺 開智, 安井 優平, 黒瀬 友太, 坂本 尚昭, 粟津 暁紀, 日本動物学会 第92回大会, 2021年06月, 通常, 日本語
  4. MaChIAto：CRISPRによるゲノム編集結果と標的のゲノム特性との関連性プロファイリングツール, 中前 和恭、武永 充正、中出 翔太、名塚 一郎、粟津 暁紀、坂本 尚昭、佐久間 哲史、山本 卓, 第43回 日本分子生物学会年会, 2020年12月, 通常, 日本語
  5. ウニ胚形態形成の細胞骨格観察に基づくモデル化, 渡辺 開智, 黒瀬 友太, 安井 優平, 坂本 尚昭, 粟津 暁紀, 日本動物学会 第91回大会, 2020年09月, 通常, 日本語
  6. ウニの発生初期における核内染色体構造の動的および細胞特異的変化, 安井 優平, 杉山 文香, 坂本 尚昭, 粟津 暁紀, 日本動物学会 第91回大会, 2020年09月, 通常, 日本語
  7. Extended analysis of amplicon sequencing data with MaChIAto for Prime Editing, Kazuki Nakamae, Mitsumasa Takenaga, Shota Nakade, Takashi Mitsuhashi, Ichiro Nazuka, Akinori Awazu, Naoaki Sakamoto, Tetsushi Sakuma, Takashi Yamamoto, CSHL meeting - Genome Engineering: CRISPR Frontiers, 2020年08月, 通常, 英語
  8. MaChIAto enables detailed profiling of genomic and epigenomic features affecting the efficacy of MMEJ-assisted knock-in, Kazuki Nakamae, Mitsumasa Takenaga, Shota Nakade, Takashi Mitsuhashi, Ichiro Nazuka, Akinori Awazu, Naoaki Sakamoto, Tetsushi Sakuma, Takashi Yamamoto, Keystone Symposia - Engineering the Genome, 2020年02月, 通常, 英語, カナダ
  9. ウニ初期胚発生における核内染色体の動的構造変化および細胞特異的変化, 安井優平, 日本動物学会第90回大会, 2019年09月12日, 通常, 日本語
  10. ウニ胚形態形成の細胞骨格観察に基づくモデル化, 渡辺 開智, 黒瀬 友太, 坂本 尚昭, 粟津 暁紀, 日本動物学会第90回大会, 2019年09月12日, 通常, 日本語, 日本動物学会, 大阪
  11. ANALYSIS OF GENOMIC AND EPIGENOMIC FEATURES AFFECTING THE EFFICACY OF MMEJ-ASSISTED KNOCK-IN USING MACHIATO, Kazuki Nakamae, Mitsumasa Takenaga, Shota Nakade, Takashi Mitsuhashi, Ichiro Nazuka, Akinori Awazu, Naoaki Sakamoto, Tetsushi Sakuma, Takashi Yamamoto, Frontiers in Genome Editing, 2019年11月, 通常, 英語
  12. Detailed profiling with MaChIAto reveals various genomic and epigenomic features affecting the efficacy of MMEJ-assisted knock-in, Kazuki Nakamae, Mitsumasa Takenaga, Shota Nakade, Takashi Mitsuhashi, Ichiro Nazuka, Akinori Awazu, Naoaki Sakamoto, Tetsushi Sakuma, Takashi Yamamoto, CSHL meeting - Genome Engineering: Frontiers of CRISPR-Cas, 2019年10月, 通常, 英語, New York, USA
  13. MMEJ依存的ノックインの効率に寄与するゲノム・エピゲノム要因の解析, 中前 和恭、武永 充正、中出 翔太、三橋 孝史、名塚一郎、粟津 暁紀、坂本 尚昭、佐久間 哲史、山本 卓, 日本ゲノム編集学会第4回大会, 2019年06月, 通常, 日本語
  14. Establishment of knockout adult sea urchin by using CRISPR-Cas9 system, Liu D, Awazu A, Sakura T, Yamamoto T, Sakamoto N, 日本ゲノム編集学会第4回大会, 2019年06月, 通常, 日本語, 日本ゲノム編集学会第4回大会
  15. Dynamic changes in the interchromosomal interaction of early histone gene loci during development of sea urchin, 松下将也, 落合博, 鈴木賢一, 林紗弥香, 杉山文香, 山本卓. 粟津 暁紀, 坂本 尚昭, 日本生物物理学会第56回年会, 2018年, 通常, 日本語, 日本生物物理学会
  16. ヌクレオソーム排他的領域のインスレーター機能の解析, 松島佑樹, 西森拓, 坂本尚昭, 粟津暁紀, 日本生物物理学会第56回年会, 2018年, 通常, 日本語, 日本生物物理学会
  17. CRISPR/Cas9システムを用いたバフンウニにおけるゲノム編集, Liu Daming, 粟津暁紀, 佐久間哲史, 山本卓, 坂本尚昭, 第41回 日本分子生物学会, 2018年, 通常, 日本語, 日本分子生物学会

受賞

  1. 2013年09月11日, 日本生化学会JB論文賞, 公益社団法人日本生化学会会長

外部資金

競争的資金等の採択状況

  1. 科学研究費助成事業(基盤研究(C)), ゲノム編集を利用した非コードDNAによるインスレーター機能の解析, 2020年, 2022年
  2. 科学研究費助成事業(基盤研究(C)), 初期胚の核構造変化と細胞分化におけるゲノム動態のイメージング解析, 2017年, 2019年
  3. 科学研究費助成事業(基盤研究(C)), ゲノム機能の適正な発現を担うインスレーターと非コードDNAの物理的特性, 2013年, 2015年
    関連URL
  4. 科学研究費助成事業(基盤研究(C)), 発生のロバストネス(頑強性)を支える細胞間相互作用の定量的解析, 2009年, 2011年
    関連URL
  5. 科学研究費助成事業(若手研究(B)), Arsインスレーター作用機構の解明, 2007年, 2008年
    関連URL
  6. 科学研究費助成事業(基盤研究(C)), 発生過程の特異的遺伝子発現を担う遺伝子ネットワークの解明, 2005年, 2007年
    関連URL
  7. 科学研究費助成事業(若手研究(B)), ポリグルタミン病モデル系のトランスクリプトーム解析, 2002年, 2002年
    関連URL

社会活動

委員会等委員歴

  1. 広報委員会委員, 2020年08月, 2022年06月, （社）日本ゲノム編集学会
  2. 幹事, 2020年07月, 2022年06月, （社）日本ゲノム編集学会
  3. 広報委員, 2020年07月, 2022年06月, （社）日本ゲノム編集学会
  4. 会計幹事, 2020年07月, 2022年06月, （社）日本ゲノム編集学会
  5. 広報委員, 2018年08月, 2020年06月, （社）日本ゲノム編集学会

学術会議等の主催

  1. 日本発生生物学会第39回大会, 大会実行委員, 2006年06月
  2. 日本ゲノム編集学会第1回大会
  3. 日本ゲノム編集学会第3回大会