坊農 秀雅HIDEMASA BONO

Last Updated :2020/08/03

所属・職名
大学院統合生命科学研究科 特任教授
ホームページ
メールアドレス
bonohuhiroshima-u.ac.jp
その他連絡先
〒739-0046 広島県東広島市鏡山3丁目10-23 イノベーションプラザ2B01
TEL:082-424-7305
自己紹介
ゲノム編集先端人材育成プログラム(卓越大学院プログラム)においてバイオインフォマティクス教育に取り組んでいます。 研究活動としては、公共データベースに登録されたデータをメタ解析し、そこから得た知見をもとに生体内で起こっている現象を探る共同研究を、エネルギー代謝系を制御するシグナル伝達経路の解明をメインターゲットとして、さまざまな分野の専門家と共同研究しております。 これまでの研究成果としては、低酸素刺激による遺伝子発現変化のデータを公共データベースから集めてメタ解析し、さまざまな研究者が出した遺伝子発現データから集合知によって低酸素感受性の遺伝子を多数見出し、公開しました(doi: 10.3390/biomedicines8010010)。 発現が下がる遺伝子群から実際に放射線感受性をコントロールする分子を発見しました(doi: 10.1371/journal.pone.0192136)。

基本情報

主な職歴

  • 2020年04月01日, 広島大学, 大学院統合生命科学研究科, 特任教授
  • 2007年07月01日, 2020年03月31日, 情報・システム研究機構, ライフサイエンス統合データベースセンター, 特任准教授
  • 2007年04月01日, 2007年06月30日, 埼玉医科大学, ゲノム医学研究センター, 准教授
  • 2005年04月01日, 2007年03月31日, 埼玉医科大学, ゲノム医学研究センター, 助教授
  • 2003年10月01日, 2005年03月31日, 埼玉医科大学, ゲノム医学研究センター, 講師
  • 2003年04月01日, 2003年09月30日, 埼玉医科大学, ゲノム医学研究センター, 助手
  • 2000年04月01日, 2003年03月31日, 理化学研究所, ゲノム科学総合研究センター, 基礎科学特別研究員

学歴

  • 京都大学, 大学院理学研究科, 生物科学専攻 生物物理学系 博士後期課程, 日本, 1997年04月, 2000年03月
  • 京都大学, 大学院理学研究科, 生物科学専攻生物物理学系 修士課程, 日本, 1995年04月, 1997年03月
  • 東京大学, 教養学部, 基礎科学科第一, 日本, 1991年04月, 1995年03月

学位

  • 博士(理学) (京都大学)

研究分野

  • 総合生物 / ゲノム科学 / ゲノム生物学
  • 農学 / 境界農学 / 昆虫科学
  • 総合生物 / ゲノム科学 / システムゲノム科学
  • 生物学 / 生物科学 / 分子生物学
  • 総合生物 / 腫瘍学 / 腫瘍生物学
  • 総合生物 / ゲノム科学 / ゲノム医科学

研究キーワード

  • バイオインフォマティクス
  • ゲノム編集
  • トランスクリプトーム解析
  • 機能アノテーション
  • 配列解析
  • 公共データベース
  • オープンソースソフトウェア
  • 低酸素
  • 酸化ストレス
  • 機能ゲノミクス

所属学会

教育活動

授業担当

  1. 2020年, 修士課程・博士課程前期, 3ターム, バイオインフォマティクス
  2. 2020年, 修士課程・博士課程前期, 1ターム, 先端生命技術概論

研究活動

学術論文(★は代表的な論文)

  1. Functional Annotation of Human Long Non-Coding RNAs via Molecular Phenotyping, Genome Research, 30巻, pp. 1060-1072, 20200727
  2. TogoEx: the integration of gene expression data, BioHackrXiv, 20200713
  3. Senescent cell death as an aging resistance mechanism in naked mole-rat, bioRxiv, pp. 2020.07.02.155903, 20200703
  4. Full-length 16S rRNA gene amplicon analysis of human gut microbiota using MinION™ nanopore sequencing confers species-level resolution, bioRxiv, pp. 2020.05.06.078147, 20200508
  5. Characterization of brown adipose tissue thermogenesis in the naked mole-rat (Heterocephalus glaber), a poikilothermic mammal, bioRxiv, 20200429
  6. Detailed classification of mariner-like elements, class II transposable elements, in six Apis species based on Dromar, bioRxiv, pp. 2020.04.15.035063, 20200416
  7. Thyroid Hormone Facilitates in Vitro Decidualization of Human Endometrial Stromal Cells via Thyroid Hormone Receptors, Endocrinology, pp. bqaa049, 20200403
  8. BioHackathon 2015: Semantics of data for life sciences and reproducible research, F1000Research, 20200224
  9. GLIS1, a novel hypoxia-inducible transcription factor, promotes breast cancer cell motility via activation of WNT5A., Carcinogenesis, pp. bgaa010, 20200212
  10. Analysis of molecular mechanism for acceleration of polyembryony using gene functional annotation pipeline in Copidosoma floridanum., BMC Genomics, 21巻, 1号, pp. 152, 20200211
  11. ★, All of gene expression (AOE): An integrated index for public gene expression databases., PLOS ONE, 15巻, 1号, pp. e0227076, 20200124
  12. ★, Meta-Analysis of Hypoxic Transcriptomes from Public Databases., Biomedicines, 8巻, 1号, pp. E10, 20200109
  13. Reference transcriptome data in silkworm Bombyx mori, bioRxiv, 20191017
  14. Superoxide dismutase down-regulation and the oxidative stress is required to initiate pupation in Bombyx mori., Scientific Reports, 9巻, 1号, pp. 14693, 20191011
  15. BioHackathon series in 2013 and 2014: improvements of semantic interoperability in life science data and services, F1000Research, 20190923
  16. Apoptosis-mediated vasa down-regulation controls developmental transformation in Japanese Copidosoma floridanum female soldiers., Developmental Biology, 456巻, 2号, pp. 226-233, 20190919
  17. Functional Annotation of Human Long Non-Coding RNAs via Molecular Phenotyping, bioRxiv, 20190714
  18. Cancerous phenotypes associated with hypoxia-inducible factors are not influenced by the volatile anesthetic isoflurane in renal cell carcinoma., PLOS ONE, 14巻, 4号, pp. e0215072, 20190415
  19. Comparative analysis of seven types of superoxide dismutases for their ability to respond to oxidative stress in Bombyx mori., Scientific Reports, 9巻, 1号, pp. 2170, 20190218
  20. Suppression of mitochondrial oxygen metabolism mediated by the transcription factor HIF-1 alleviates propofol-induced cell toxicity., Scientific Reports, 8巻, 1号, pp. 8987, 20180612
  21. Promotion of malignant phenotype after disruption of the three-dimensional structure of cultured spheroids from colorectal cancer., Oncotarget, 9巻, 22号, pp. 15968-15983, 20180323
  22. Differentiated embryo chondrocyte plays a crucial role in DNA damage response via transcriptional regulation under hypoxic conditions., PLOS ONE, 13巻, 2号, pp. e0192136, 20180221
  23. Construction of a simple evaluation system for the intestinal absorption of an orally administered medicine using Bombyx mori larvae., Drug Discoveries & Therapeutics, 12巻, 1号, pp. 7-15, 20180101
  24. ★, RefEx, a reference gene expression dataset as a web tool for the functional analysis of genes., Scientific Data, 4巻, pp. 170105, 20170829
  25. HIF-1-mediated suppression of mitochondria electron transport chain function confers resistance to lidocaine-induced cell death., Scientific Reports, 7巻, 1号, pp. 3816, 20170619
  26. ★, Calculating the quality of public high-throughput sequencing data to obtain a suitable subset for reanalysis from the Sequence Read Archive., Gigascience, 6巻, 6号, pp. 1-8, 20170601
  27. Identification of functional enolase genes of the silkworm Bombyx mori from public databases with a combination of dry and wet bench processes., BMC Genomics, 18巻, 1号, pp. 83, 20170113
  28. Update of the FANTOM web resource: high resolution transcriptome of diverse cell types in mammals., Nucleic Acids Research, 45巻, D1号, pp. D737-D743, 20161027
  29. Tumour resistance in induced pluripotent stem cells derived from naked mole-rats., Nature Communications, 7巻, pp. 11471, 20160510
  30. Can the silkworm (Bombyx mori) be used as a human disease model?, Drug Discoveries & Therapeutics, 10巻, 1号, pp. 3-8, 20160207
  31. Superoxide dismutases, SOD1 and SOD2, play a distinct role in the fat body during pupation in silkworm Bombyx mori., PLOS ONE, 10巻, 2号, pp. e0116007, 20150225
  32. Gateways to the FANTOM5 promoter level mammalian expression atlas., Genome Biology, 16巻, pp. 22, 20150105
  33. ★, CRISPRdirect: software for designing CRISPR/Cas guide RNA with reduced off-target sites., Bioinformatics (Oxford, England), 31巻, 7号, pp. 1120-1123, 20141120
  34. BioHackathon series in 2011 and 2012: penetration of ontology and linked data in life science domains., Journal of Biomedical Semantics, 5巻, 1号, pp. 5, 20140205
  35. Experimental design-based functional mining and characterization of high-throughput sequencing data in the sequence read archive., PLOS ONE, 8巻, 10号, pp. e77910, 20131022
  36. ★, Identification of key uric acid synthesis pathway in a unique mutant silkworm Bombyx mori model of Parkinson's disease., PLOS ONE, 8巻, 7号, pp. e69130, 20130724
  37. GGRNA: an ultrafast, transcript-oriented search engine for genes and transcripts., Nucleic Acids Research, 40巻, Web Server issue号, pp. W592-W596, 20120528
  38. Tutorial videos of bioinformatics resources: online distribution trial in Japan named TogoTV., Briefings in Bioinformatics, 13巻, 2号, pp. 258-268, 20110729
  39. Allie: a database and a search service of abbreviations and long forms., Database, pp. bar013, 20110415
  40. Gene expression profiling in multipotent DFAT cells derived from mature adipocytes., Biochemical and Biophysical Research Communications, 407巻, 3号, pp. 562-567, 20110316
  41. Id4, a new candidate gene for senile osteoporosis, acts as a molecular switch promoting osteoblast differentiation., PLOS Genetics, 6巻, 7号, pp. e1001019, 20100708
  42. Gendoo: functional profiling of gene and disease features using MeSH vocabulary., Nucleic Acids Research, 37巻, Web Server issue号, pp. W166-W169, 20090604
  43. Identification of novel PPARgamma target genes by integrated analysis of ChIP-on-chip and microarray expression data during adipocyte differentiation., Biochemical and Biophysical Research Communications, 19 May 2008, 372(2):362-366, 372巻, 2号, pp. 362-366, 20080519
  44. BioCompass: a novel functional inference tool that utilizes MeSH hierarchy to analyze groups of genes., In Silico Biology, 8巻, 1号, pp. 53-61, 20080101
  45. Identification of novel steroid target genes through the combination of bioinformatics and functional analysis of hormone response elements., Biochemical and Biophysical Research Communications, 339巻, 1号, pp. 99-106, 20051108
  46. The transcriptional landscape of the mammalian genome., Science, 309巻, 5740号, pp. 1559-1563, 20050901
  47. ★, SayaMatcher: genome scale organization and systematic analysis of nuclear receptor response elements., Gene, 364巻, pp. 74-78, 20050824
  48. The study of metabolic pathways in tumors based on the transcriptome., Seminars in Cancer Biology, 15巻, 4号, pp. 290-299, 20050801
  49. 脂肪・骨芽細胞分化ネットワークのクロストークと冗長性の解明, 蛋白質・核酸・酵素, 49巻, 17号, pp. 2965-2969, 20041215
  50. Identification and functional analysis of consensus androgen response elements in human prostate cancer cells., Biochemical and Biophysical Research Communications, 325巻, 4号, pp. 1312-1317, 20041201
  51. Identification of unique transcripts from a mouse full-length, subtracted inner ear cDNA library., Genomics, 83巻, 6号, pp. 1012-1023, 20040601
  52. Integrative annotation of 21,037 human genes validated by full-length cDNA clones., PLOS Biology, 2巻, 6号, pp. e162, 20040429
  53. Gene discovery in genetically labeled single dopaminergic neurons of the retina., Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 101巻, 14号, pp. 5069-5074, 20040326
  54. MaXML: mouse annotation XML., In Silico Biology, 4巻, 1号, pp. 7-15, 20031226
  55. Molecular basis of constitutive production of basement membrane components. Gene expression profiles of Engelbreth-Holm-Swarm tumor and F9 embryonal carcinoma cells., The Journal of Biological Chemistry, 278巻, 50号, pp. 50691-50701, 20030910
  56. Gene expression profile of normal lungs predicts genetic predisposition to lung cancer in mice., Carcinogenesis, 24巻, 11号, pp. 1819-1826, 20030814
  57. Targeting a complex transcriptome: the construction of the mouse full-length cDNA encyclopedia., Genome Research, 13巻, 6B号, pp. 1273-1289, 20030601
  58. Discovery of imprinted transcripts in the mouse transcriptome using large-scale expression profiling., Genome Research, 13巻, 6B号, pp. 1402-1409, 20030601
  59. Systematic expression profiling of the mouse transcriptome using RIKEN cDNA microarrays., Genome Research, 13巻, 6B号, pp. 1318-1323, 20030601
  60. The mouse secretome: functional classification of the proteins secreted into the extracellular environment., Genome Research, 13巻, 6B号, pp. 1350-1359, 20030601
  61. Continued discovery of transcriptional units expressed in cells of the mouse mononuclear phagocyte lineage., Genome Research, 13巻, 6B号, pp. 1360-1365, 20030601
  62. Analysis of the mouse transcriptome for genes involved in the function of the nervous system., Genome Research, 13巻, 6B号, pp. 1395-1401, 20030601
  63. G protein-coupled receptor genes in the FANTOM2 database., Genome Research, 13巻, 6B号, pp. 1466-1477, 20030601
  64. ★, Comprehensive analysis of the mouse metabolome based on the transcriptome., Genome Research, 13巻, 6B号, pp. 1345-1349, 20030601
  65. Human disease genes and their cloned mouse orthologs: exploration of the FANTOM2 cDNA sequence data set., Genome Research, 13巻, 6B号, pp. 1496-1500, 20030601
  66. Detection of genes with tissue-specific expression patterns using Akaike's information criterion procedure., Physiological Genomics, 12巻, 3号, pp. 251-259, 20030206
  67. ★, Analysis of the mouse transcriptome based on functional annotation of 60,770 full-length cDNAs., Nature, 420巻, 6915号, pp. 563-573, 20021201
  68. Inferring alternative splicing patterns in mouse from a full-length cDNA library and microarray data., Genome Research, 12巻, 8号, pp. 1286-1293, 20020801
  69. Functional transcriptomes: comparative analysis of biological pathways and processes in eukaryotes to infer genetic networks among transcripts., Current Opinion in Structural Biology, 12巻, 3号, pp. 355-361, 20020601
  70. ★, FANTOM DB: database of Functional Annotation of RIKEN Mouse cDNA Clones., Nucleic Acids Research, 30巻, 1号, pp. 116-118, 20020101
  71. ★, READ: RIKEN Expression Array Database., Nucleic Acids Research, 30巻, 1号, pp. 211-213, 20020101
  72. Protein-protein interaction panel using mouse full-length cDNAs., Genome Research, 11巻, 10号, pp. 1758-1765, 20011001
  73. ★, Functional annotation of a full-length mouse cDNA collection., Nature, 409巻, 6821号, pp. 685-690, 20010201
  74. Delineating developmental and metabolic pathways in vivo by expression profiling using the RIKEN set of 18,816 full-length enriched mouse cDNA arrays., Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 98巻, 5号, pp. 2199-2204, 20010201
  75. Preprocessing implementation for microarray (PRIM): an efficient method for processing cDNA microarray data., Physiological Genomics, 4巻, 3号, pp. 183-188, 20010119
  76. KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes., Nucleic Acids Research, 27巻, 1号, pp. 29-34, 19990101
  77. Genome-scale Gene Expression Analysis and Pathway Reconstruction in KEGG., Genome informatics. Workshop on Genome Informatics, 10巻, pp. 94-103, 19990101
  78. Two-component response regulators from Arabidopsis thaliana contain a putative DNA-binding motif., Plant & Cell Physiology, 39巻, 11号, pp. 1232-1239, 19981101
  79. ★, Reconstruction of amino acid biosynthesis pathways from the complete genome sequence., Genome Research, 8巻, 3号, pp. 203-210, 19980301
  80. Systematic Prediction of Orthologous Units of Genes in the Complete Genomes., Genome informatics. Workshop on Genome Informatics, 9巻, pp. 32-40, 19980101
  81. Organizing and computing metabolic pathway data in terms of binary relations., Pacific Symposium on Biocomputing, pp. 175-186, 19970101
  82. 注目を集める生命科学データ解析, 電脳会議, 193巻, pp. 7-7
  83. 遺伝子発現解析の基準となるデータを快適に検索できるウェブツール「RefEx」, 実験医学, 36巻, pp. 999-1003
  84. Next-Generation Sequencing and Bioinformatics, Molecular Targeted Therapy of Lung Cancer, pp. 97-115
  85. 遺伝子発現析の基準となるデータを快適に検索できるウェブツールRefEx, 新着論文レビュー
  86. 塩基配列データベースの現状とその有効活用方法, 生物工学, 95巻, pp. 152-155
  87. 次世代シークエンスデータベースの活用法最前線, 化学と生物, 54巻, pp. 873-877
  88. ウェブ上に散在する情報を生命科学研究にどう役立てるか, 生物工学, 94巻, pp. 572-575
  89. ★, 次世代シークエンサーにより得られたデータの解析, 領域融合レビュー, 4巻, pp. e008
  90. CRISPR/Cas9システムにおける標的認識とオフターゲット効果, 実験医学, 32巻, pp. 1697-1703
  91. Functional interpretation of omics data by profiling genes and diseases using MeSH-controlled vocabulary., Advances in the Study of Genetic Disorders, pp. 65-80
  92. ライフサイエンス統合データベースセンターと統合データベースプロジェクト, 情報の科学と技術, 59巻, pp. 165-170
  93. 統合データベースプロジェクトのサービスとその利用法, 蛋白質・核酸・酵素, 53巻, pp. 281-287
  94. 転写関連データベース, バイオインフォマティクス事典, pp. 417-419
  95. Expression profiling of parietal endoderm cells and development of systems for large scale production of laminins, Animal Cell Technology: Basic & Applied Aspects, pp. 7-11
  96. Study of mouse metabolic pathways with riken full-length cdna microarrays, Perspectives in Gene Expression
  97. マイクロアレイ・DNAチップデータを活用する, 蛋白質・核酸・酵素, 48巻, pp. 167-172
  98. FANTOM-DB: マウスcDNA機能アノテーションデータベース, 生化学, 75巻, pp. 149-152
  99. 遺伝子発現情報解析, 医学のあゆみ, 200巻, pp. 303-308
  100. READ: Practical Analysis System of Mouse Transcriptome with the FANTOM Database, Genome Informatics, 12巻, pp. 232-233
  101. Fully-automated spot recognition and quantification from cDNA microarray images, Proc. Int. Conf. Parallel and Distributed Processing Techniques and Applications, 3巻, pp. 1291-1297
  102. FANTOM+: The Interface for Functional Annotation of Mouse cDNA, Genome Informatics, 11巻, pp. 219-221
  103. Practical Organization and Functional Annotation of RIKEN cDNA Microarray, Genome Informatics, 11巻, pp. 260-261
  104. Representing functional annotations of mouse cDNA sequences in XML, Genome Informatics, 11巻, pp. 376-377
  105. Cluster analysis of genome-wide expression profiles to predict gene functions with KEGG, Nature Genetics, 23巻, 3号, pp. 33-34
  106. Constructing and annotating GENES database in KEGG, Genome Informatics, 9巻, pp. 226-227
  107. Genome Scale Prediction of Two-Component Signal Transducers from the Knowledge of Regulatory Interactions, Genome Informatics, 8巻, pp. 260-261
  108. Genome scale prediction of enzyme genes utilizing the knowledge of metabolic interactions, Genome Informatics, 7巻, pp. 252-253

著書等出版物

  1. 2019年, 次世代シークエンサーDRY解析教本, 学研メディカル秀潤社, 2019年, 単行本(学術書), 共編著, 日本語, 清水厚志, 坊農秀雅編著, 9784780909838
  2. 2019年, RNA-Seqデータ解析 : WETラボのための鉄板レシピ, 羊土社, 2019年, 単行本(学術書), 編著, 日本語, 坊農秀雅編集, 9784758122436
  3. 2019年, 生命科学者のためのDr. Bonoデータ解析実践道場, メディカル・サイエンス・インターナショナル, 単行本(学術書), 単著, 日本語, 坊農秀雅著, 9784815701727
  4. 2019年, 生命科学データ解析を支える情報技術, 技術評論社, 2019年, 単行本(学術書), 監修, 日本語, 坊農秀雅監修・著 ; 粕川雄也 [ほか] 著, 9784297103194
  5. 2018年09月25日, ゲノム 第4版, ゲノム 第4版, メディカルサイエンスインターナショナル, 2018年, 教科書, 共訳, 日本語, 4815701326, 576, 第5章、第6章
  6. 2018年, 生命科学データベース・ウェブツール : 図解と動画で使い方がわかる!研究がはかどる定番18選, メディカル・サイエンス・インターナショナル, 2018年, 単行本(学術書), 監修, 日本語, 坊農秀雅, 小野浩雅監修, 9784815701437
  7. 2017年, Dr. Bonoの生命科学データ解析, メディカル・サイエンス・インターナショナル, 2017年, 教科書, 単著, 日本語, 坊農秀雅著, 9784895929011
  8. 2016年04月10日, NGSアプリケーション RNA-Seq実験ハンドブック〜発現解析からncRNA、シングルセルまであらゆる局面を網羅! (実験医学別冊), RNA-Seqはこうして誕生したーそしてデータ再利用へ, 羊土社, 2016年, 単行本(学術書), 共著, 日本語, 4758101949, 228-229
  9. 2015年11月25日, モダンアプローチの生物科学, 生物学にはどんなデータがあるの?, 共立出版, 2015年, 単行本(学術書), その他, 日本語, 坊農秀雅, 9784320057784, 45
  10. 2015年, 次世代シークエンサーDRY解析教本, 学研メディカル秀潤, 清水厚志, 坊農秀雅監修, 9784780909203
  11. 2014年12月10日, 今日から使える!データベース・ウェブツール, ウェットな研究にデータベースやウェブツールを役立てるための秘訣, 羊土社, 2014年, 単行本(学術書), 単著, 日本語, 9784758103435, 42-47
  12. 2014年12月10日, 今日から使える!データベース・ウェブツール, GEO, ArrayExpress, 羊土社, 2014年, 単行本(学術書), 単著, 日本語, 9784758103435, 138-140
  13. 2014年12月10日, 今日から使える!データベース・ウェブツール, InterPro, 羊土社, 2014年, 単行本(学術書), 単著, 日本語, 9784758103435, 126-127
  14. 2014年12月10日, 今日から使える!データベース・ウェブツール, CRISPRdirect, 羊土社, 2014年, 単行本(学術書), 共著, 日本語, 内藤雄樹, 日野公洋, 坊農秀雅, 程久美子, 9784758103435, 114-115
  15. 2014年12月10日, 今日から使える!データベース・ウェブツール, Jalview, 羊土社, 2014年, 単行本(学術書), 単著, 日本語, 9784758103435, 108-109
  16. 2014年12月10日, 今日から使える!データベース・ウェブツール, Ensembl, 羊土社, 2014年, 単行本(学術書), 単著, 日本語, 1, 9784758103435, 65-67
  17. 2014年04月30日, いまさら聞けない「遺伝医学」, 生命科学データベース統合化の現状と活用法, メディカルドゥ, 2014年, 単行本(学術書), 単著, 日本語, 9784944157709, 190, 147-157
  18. 2009年12月22日, バイオチップの技術と応用, バイオチップデータ解析のためのバイオインフォマティクス技術, シーエムシー出版, 2009年, 単行本(学術書), 単著, 日本語, 9784781301549, 256, 92-99
  19. 2009年, ゲノミクス : 配列解析から見える種の進化と生命システム, メディカル・サイエンス・インターナショナ, アーサー・M.レスク著 ; 三枝小夜子訳, 9784895925891
  20. 2008年05月10日, マイクロアレイデータ統計解析プロトコール, クラスタリングの意義, 羊土社, 2008年, 単行本(学術書), 単著, 日本語, 9784758101738, 254, 133-138
  21. 2007年, バイオデータベースとウェブツールの手とり足とり活用法 : 遺伝子の配列・機能解析, タンパク質解析, プロテオミクス, 文献検索, 検索エンジン...etc. 真に役立つサイトを使い倒す!, 羊土, 中村保一 [ほか] 編集, 9784758108119
  22. 2005年, バイオインフォマティクス : ゲノム配列から機能解析へ, メディカル・サイエンス・インターナショナル, 2005年, 教科書, その他, 日本語, David W. Mount著 ; 香月祥太郎 [ほか] 訳, 4895924262
  23. 2005年, ゲノム情報はこう活かせ! : 比較ゲノム学を遺伝子・タンパク質の機能解析や疾患遺伝子探索に活用する方法がわかる, 羊土, 岡崎康司, 坊農秀雅編, 4897064856
  24. 2004年01月01日, ゲノムと疾患, マイクロアレイ技術とバイオインフォマティクス, 南山堂, 2004年, 単行本(学術書), 共著, 日本語, 坊農秀雅, 岡崎康司, 4525130512, 214, 15-27
  25. 2004年, DNAマイクロアレイ, ゲノミクス・プロテオミクスの新展開〜生物情報の解析と応用〜, エヌ・ティー・エス, 2004年, 単行本(学術書), 共著, 日本語, 坊農秀雅, 岡崎康司, 4-86043-049-2, 862-868
  26. 2004年, マウスゲノムとトランスクリプトーム, ゲノミクス・プロテオミクスの新展開〜生物情報の解析と応用〜, エヌ・ティー・エス, 2004年, 単行本(学術書), 共著, 日本語, 坊農秀雅, 岡崎康司,林崎良英, 4-86043-049-2, 385-398
  27. 2003年, バイオインフォマティクス基礎講義 : 一歩進んだ発想をみがくために, メディカル・サイエンス・インターナショナ, アーサー M. レスク著 ; 岡崎康司, 坊農秀雅監訳 ; 小沢元彦訳, 4895923436
  28. 2002年, 初心者でもわかる!バイオインフォマティクス入門 : やさしいUNIX操作から遺伝子・タンパク質解析まで, 羊土, 坊農秀雅著, 489706290X
  29. 2002年, バイオインフォマティクス : ゲノム配列から機能解析へ, メディカル・サイエンス・インターナショナ, David W. Mount著 ; 岡崎康司, 坊農秀雅監訳, 489592307X
  30. 2001年03月26日, 解読されたゲノム情報をどう活かすか, 発現プロファイル, 東京化学同人, 2001年, 単行本(学術書), 単著, 日本語, 4807913409, 25-30
  31. 2000年12月01日, DNAマイクロアレイ実戦マニュアル, データマイニング, 羊土社, 2001年, 単行本(学術書), 共著, 坊農秀雅, 門田幸二, 4897063787, 176, 131-140

招待講演、口頭・ポスター発表等

  1. 多胚性寄生蜂における寄主胚侵入に関わる分子メカニズムの探索, 坂本卓磨, 坊農秀雅、天竺桂弘子、岩淵喜久男, 第64回日本応用動物昆虫学会大会, 2020年03月17日, 通常, 日本語, 日本応用動物昆虫学会, 愛知
  2. RNA-Seqデータ解析 昆虫ラボのための鉄板レシピ, 坊農秀雅, 第64回日本応用動物昆虫学会大会 小集会「昆虫のRNA-Seq:解析からデータ登録まで」, 2020年03月16日, 招待, 日本語, 日本応用動物昆虫学会, 愛知
  3. RNA-Seqデータ解析入門, 坊農秀雅, 大阪大学免疫学フロンティア研究センター テクニカルセミナー, 2020年01月13日, 招待, 日本語, 大阪大学免疫学フロンティア研究センター, 大阪
  4. RefEx, a reference gene expression dataset as a web tool for the functional analysis of genes, Hiromasa Ono, Shuya Ikeda, Hidemasa Bono, International Plant & Animal Genome XXVIII (PAG), 2020年01月11日, 通常, 英語, San Diego, CA, USA
  5. Indices for NGS data and gene expression data registered in public databases, Hidemasa Bono, Tazro Ohta, Takeru Nakazato, International Plant & Animal Genome XXVIII (PAG), 2020年01月11日, 通常, 英語, San Diego, CA, USA, 発表資料
  6. 公共遺伝子発現データを活用するためのウェブツール: RefExとAOE, 小野浩雅, 池田秀也、大石直哉、坊農秀雅, 第42回日本分子生物学会年会, 2019年12月06日, 通常, 日本語, 日本分子生物学会, 福岡
  7. 種間トランスクリプトーム比較による有用物質を生産する昆虫の機能解析, 坊農秀雅, 第42回日本分子生物学会年会 フォーラム「虫の会(まじめ版)6:昆虫学のネクストステージ(現在から未来)」, 2019年12月04日, 招待, 日本語, 日本分子生物学会, 福岡
  8. bioRxivとは何か?, 坊農秀雅, 第42回日本分子生物学会年会 フォーラム「研究成果発表のあるべき姿:オープンサイエンス推進の潮流」, 2019年12月03日, 招待, 日本語, 日本分子生物学会, 福岡, 発表資料, bioRxivとは何か?
  9. 表皮で発現するカイコ(B.mori)miRNAの機能解析, 原田真侑子, 坂本卓磨、坊農秀雅、伊藤克彦、天竺桂弘子, 第5回蚕糸・昆虫機能利用関東地区学術講演会, 2019年11月16日, 通常, 日本語, 府中,東京
  10. カラタチ由来化合物の構造を変えるナミアゲハ代謝酵素の探索, 新堰舜, 仲里猛留、坊農秀雅、岩淵喜久男、天竺桂弘子, 第5回蚕糸・昆虫機能利用関東地区学術講演会, 2019年11月16日, 通常, 日本語, 府中,東京
  11. 国内外の有用なデータベース紹介, 坊農秀雅, 第4回 ゲノムコホート研究における遺伝統計学, 2019年11月15日, 招待, 日本語, 奄美大島,鹿児島
  12. 生命科学データ解析, 坊農秀雅, 農研機構生物機能利用部門セミナー, 2019年10月17日, 招待, 日本語, つくば
  13. 公共データベースを活用したDRYながん研究入門, 坊農秀雅, 第78回日本癌学会学術総会, 2019年09月28日, 招待, 日本語, 京都
  14. CWLの話, 坊農秀雅, Mishima.syk #14, 2019年09月21日, 通常, 日本語, 沼津, 発表資料
  15. 遺伝子発現データベース/遺伝子発現解析ツール, 坊農秀雅, 統合データベース講習会AJACS番町3, 2019年08月07日, 招待, 日本語, 東京
  16. 生命科学研究としての公共遺伝子DBのメタ解析, 坊農秀雅, 阪医pythonもくもく会, 2019年07月26日, 通常, 日本語, 大阪大学医学部Python会, 大阪, 発表資料
  17. 遺伝子発現データ解析とは?, 坊農秀雅, 統合データベース講習会AJACSa6河内, 2019年07月25日, 通常, 日本語, 枚方
  18. トランスクリプトームデータ解析ー生物学的有意性と統計学的有意性のあいだ, 坊農秀雅, 第3回・質量分析インフォマティクス・ハッカソン・プレ・ミーティング, 2019年07月07日, 招待, 日本語, 指宿, 鹿児島
  19. データベースを活用した知のめぐりのよい昆虫科学研究, 坊農秀雅, 東京農工大学農学府 大学院講義 昆虫生理化学特論, 2019年06月11日, 招待, 日本語, 府中, 東京
  20. An integrated index of public gene expression databases and its application for meta-analysis of hypoxic transcriptomes, Hidemasa Bono, The Biology of Genomes, 2019年05月07日, 通常, 英語, Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor Laboratory, New York, USA
  21. 多胚性寄生蜂の胚子期トランスクリプトームに基づくヒトホモログのパスウェイ解析, 坂本卓磨, 坊農秀雅、天竺桂弘子、岩淵喜久男, 第63回日本応用動物昆虫学会大会, 2019年03月27日, 通常, 日本語, 日本応用動物昆虫学会, つくば, 茨城
  22. 公共データベース内にある昆虫のNGSデータを用いたトランスクリプトーム解析, 坊農秀雅, 第63回日本応用動物昆虫学会大会連動企画データ解析講習会, 2019年03月24日, 招待, 日本語, 柏の葉, 発表資料
  23. 公共データベースを利用した知のめぐりのよい生命科学研究, 坊農秀雅, 平成30年度 生物機能利用研究推進会議, 2019年03月01日, 招待, 日本語, つくば
  24. RefEx: a reference gene expression dataset as a web tool for the functional analysis of genes, Hiromasa Ono, Hidemasa Bono, International Plant & Animal Genome XXVII (PAG), 2019年01月12日, 通常, 英語, San Diego, CA, USA
  25. NBDC/DBCLSにおけるデータベース統合化とその活用事例, 坊農秀雅, 農研機構 農業情報研究センター 講演会, 2018年12月27日, 招待, 日本語, 東京, 発表資料
  26. 統合TV 〜動画で学ぶ生命科学系データベース・ウェブツールの使い方〜, 小野浩雅, 坊農秀雅, 第41回日本分子生物学会年会, 2018年11月30日, 通常, 日本語, 横浜
  27. 公共データベースに登録されたNGSデータを検索・活用する, 大田達郎, 仲里猛留、坊農秀雅, 第41回日本分子生物学会年会, 2018年11月28日, 通常, 日本語, 横浜
  28. カラタチ由来化合物の構造を変えるナミアゲハ代謝酵素の探索, 新堰舜, 仲里猛留、坊農秀雅、岩淵喜久男、天竺桂弘子, 第4回蚕糸・昆虫機能利用関東地区学術講演会, 2018年11月17日, 通常, 日本語, 藤沢,神奈川
  29. Systematic functional gene annotation pipeline for application to broad insect species, Hidemasa Bono, Hiroko Tabunoki, 2018 ESA, ESC and ESBC Joint Annual Meeting (Entomology 2018), 2018年11月11日, 通常, 英語, Vancouver, BC, Canada
  30. 癌研究のための公共データベースからの低酸素トランスクリプトームのメタ解析, 坊農秀雅, 第16回がんとハイポキシア研究会, 2018年11月09日, 通常, 日本語, 幕張,千葉
  31. 生命科学研究におけるプレプリント活用の現状, 坊農秀雅, 第2回 SPARC Japan セミナー2018 「プレプリントの質の保証」, 2018年10月25日, 招待, 日本語, SPARC JAPAN, 東京, その他, 発表動画
  32. 公共遺伝子発現データベース目次AOEとそれを活用したデータ解析実例, 坊農秀雅, トーゴーの日シンポジウム201, 2018年10月05日, 通常, 日本語, 東京
  33. 遺伝子発現解析の基準となるデータを快適に検索できるウェブツールRefEx, 小野浩雅, 坊農秀雅, トーゴーの日シンポジウム2018, 2018年10月05日, 通常, 日本語, 東京
  34. 大規模塩基配列データのためのDDBJ Search検索システムの開発, 大田達郎, 仲里猛留、坊農秀雅, トーゴーの日シンポジウム2018, 2018年10月05日, 通常, 日本語, 東京
  35. NGSデータのエンリッチメント解析による生物学的な解釈, 仲里猛留, 坊農秀雅, トーゴーの日シンポジウム2018, 2018年10月05日, 通常, 日本語, 東京
  36. 昆虫学におけるデータ解析とデータベースの利用, 横井翔, 仲里猛留、坊農秀雅, トーゴーの日シンポジウム2018, 2018年10月05日, 通常, 日本語, 東京
  37. データベース統合化によるオミックス獣医学とバイオインフォマティクス, 坊農秀雅, 第161回日本獣医学会学術集会, 2018年09月12日, 招待, 日本語, つくば
  38. 統合DBの便利なサービス, 坊農秀雅, ゲノム編集特化型講習会 【講演資料】 (2018/09/11), 2018年09月11日, 招待, 日本語, 広島大学東広島キャンパス
  39. 公共データベースを活用した生命科学データ解析の実際, 坊農秀雅, セミナー, 2018年09月10日, 招待, 日本語, 岡山大学津島キャンパス
  40. 公共遺伝子発現データベースからの低酸素トランスクリプトームのメタ解析, 坊農秀雅, 平成30年度文部科学省新学術領域研究 先端モデル動物支援プラットフォーム 若手支援技術講習会, 2018年09月06日, 通常, 日本語, 茅野,長野
  41. 公共データベースを活用した知のめぐりの良い発生医学研究, 坊農秀雅, 講演会, 2018年08月31日, 招待, 日本語, 熊本大学発生医学研究所
  42. 公共データベースを利用した知のめぐりのよい医学研究, 坊農秀雅, 講演会, 2018年07月20日, 通常, 日本語, 徳島大学医学部
  43. ゲノムデータベースとそれを活用した配列解析入門, 坊農秀雅, 統合データベース講習会:AJACS筑波4, 2018年07月10日, 招待, 日本語, つくば
  44. 公共遺伝子発現データベースとそれを活用したデータ解析入門ー昆虫RNA-seqデータの再利用に向けて, 坊農秀雅, 講演会, 2018年07月09日, 招待, 日本語
  45. エンジニアのための生命科学入門, 坊農秀雅, Shizuoka.ngs #1, 2018年06月30日, 通常, 日本語, 発表資料
  46. 国際塩基配列データベース見聞録2018, 坊農秀雅, Mishima.syk #12, 2018年06月23日, 通常, 日本語, 沼津, 発表資料
  47. PythonとJavaScriptによる生命科学データ解析における可視化サービスの構築, 坊農秀雅,大石直哉, 坊農秀雅,大石直哉, みんなのPython勉強会#36, 2018年06月04日, 通常, 日本語, 東京, 発表資料
  48. データベースを活用した知のめぐりのよい生命科学データ解析, 坊農秀雅, 東京大学大学院農学生命科学研究科「情報生命工学」講義, 2018年05月28日, 招待, 日本語, 東京, 発表資料
  49. 低酸素刺激を例とした公共遺伝子発現データベースのメタ解析, 坊農秀雅, 2018年05月23日, 招待, 日本語, アジレント・テクノロジー, 東京
  50. 公共データベースを活用した知のめぐりのよいがん研究, 坊農秀雅, 2018年04月23日, 招待, 日本語, 国立がん研究センター, 東京
  51. 公開されているRNA-seqデータを使い倒すには?」 小集会「公共データベースを利用した昆虫のデータ解析」 第62回日本応用動物昆虫学会大会 鹿児島 (2018/03/26), 坊農秀雅, 第62回日本応用動物昆虫学会大会 小集会「公共データベースを利用した昆虫のデータ解析」, 2018年03月26日, 招待, 日本語, 鹿児島
  52. 公共遺伝子発現データベースのメタ解析ー低酸素刺激を例として, 坊農秀雅, ROIS-DS-JOINT共同研究集会「若手カンファレンス:がん研究とデータサイエンスのコミュニケーション」, 2018年03月20日, 通常, 日本語, 国立遺伝学研究所,静岡
  53. 遺伝子発現データベース目次AOE, 坊農秀雅, 第22回オープンバイオ研究会, 2018年03月09日, 通常, 日本語, 北陸先端科学技術大学院大学,石川, 発表資料
  54. Meta-analysis of hypoxic transcriptomes from public databases, 坊農秀雅, 第65回 人工知能学会 分子生物情報研究会(SIG-MBI), 2018年03月08日, 通常, 日本語, 北陸先端科学技術大学院大学,石川
  55. 知のめぐりのよい医学研究 公共データベースを如何に活用するか, 坊農秀雅, 2018年03月02日, 招待, 日本語, 東京
  56. 昆虫ゲノムデータベースの現状とその活用, 坊農秀雅, ROIS-DS-JOINT共同研究集会「昆虫のゲノムデータベースとそれを活用したデータ解析」, 2018年02月08日, 招待, 日本語, DBCLS柏,千葉
  57. 遺伝子発現DBをはじめとした公共オミックスDBの使い方, 坊農秀雅, 統合データベース講習会:AJACS浜松, 2018年01月16日, 招待, 日本語, 浜松
  58. CRISPRdirect & GGGenome: Web-Based Software for CRISPR-Cas9 Guide RNA Design with Fast and Sensitive OffTarget Searches, Yuki Naito, Hidemasa Bono, International Plant & Animal Genome XXVI (PAG), 2018年01月13日, 通常, 英語, San Diego, CA, USA
  59. RefEx, a Reference Gene Expression Dataset As a Web Tool for the Functional Analysis of Genes, Hiromasa Ono, Hidemasa Bono, International Plant & Animal Genome XXVI (PAG), 2018年01月13日, 通常, 英語, San Diego, CA, USA
  60. Integrated Search of Public NGS Data for Non-Canonical Model Organisms, Takeru Nakazato, Tazro Ohta, Hidemasa Bono, International Plant & Animal Genome XXVI (PAG), 2018年01月13日, 通常, 英語, San Diego, CA, USA
  61. 公共DBを利用した研究は『コロンブスの卵』である 」, 坊農秀雅, 2017年生命科学系学会合同年次大会 (ConBio2017) ワークショップ「いかにして『使える』データベースを維持し続けるか?」, 2017年12月06日, 招待, 日本語, 神戸, 発表資料
  62. 公共遺伝子発現データを活用するためのツール: RefExとAOE, 小野浩雅, 大石直哉, 坊農秀雅, 2017年度生命科学系学会合同年次大会(ConBio2017), 2017年12月06日, 通常, 日本語, 神戸
  63. デバアノテーションのひみつ, 坊農秀雅, 2017年度国立遺伝学研究所研究集会 Annotathon2017, 2017年11月16日, 招待, 日本語, 国立遺伝学研究所,三島
  64. 国際標準の表記法を準拠した医療用家系図自動作成ソフトの開発, 德富智明, 山本佳世乃、篠﨑夏子、小野浩雅、中山文予、清水厚志、坊農秀雅、佐々木真理、福島明宗, 日本人類遺伝学会第62回大会, 2017年11月15日, 通常, 日本語, 神戸
  65. Meta-analysis of hypoxic transcriptomes from public databases, 坊農秀雅, 第15回がんとハイポキシア研究会, 2017年11月10日, 通常, 日本語, 淡路島,兵庫
  66. RefEx: a reference gene expression dataset as a web tool for the functional analysis of genes, Hidemasa Bono, Hiromasa Ono, Genome Informatics, 2017年11月01日, 通常, 英語, Cold Spring Harbor Laboratory, NY, USA
  67. 開会挨拶/趣旨説明, 坊農秀雅, 第2回 SPARC Japan セミナー2017 (オープンアクセス・サミット2017) 「プレプリントとオープンアクセス, 2017年10月30日, 招待, 日本語, SPARC Japan, 国立情報学研究所,東京, その他, 発表動画
  68. 生命科学研究におけるTIBCO Spotfireを活用したデータ可視化の実例, 坊農秀雅, Spotfireユーザー会, 2017年10月20日, 通常, 日本語, 東京
  69. 公共オミックスデータ検索とそれを活用したデータ解析支援, 坊農秀雅, トーゴーの日シンポジウム2017, 2017年10月05日, 通常, 日本語, 東京
  70. ハダカデバネズミのトランスクリプトームデータの再解析, 坊農秀雅, 第76回日本癌学会学術総会, 2017年09月28日, 通常, 日本語, 横浜
  71. 遺伝子発現DBを含む公共オミックスDBの使い方, 坊農秀雅, 統合データベース講習会:AJACS河内, 2017年08月24日, 招待, 日本語, 枚方
  72. オープンで知のめぐりのよい生命科学研究者になるための10の心得, 坊農秀雅, 生化学若い研究者の会 九州支部 夏のセミナー, 2017年08月19日, 招待, 日本語, 福岡, 発表資料
  73. 統合データベース活動が提供するサービスの紹介, 坊農秀雅, 統合データベース講習会AJACSa4つくば, 2017年08月10日, 招待, 日本語, つくば, 発表資料
  74. GGGenome & CRISPRdirect:ゲノム編集の実験を支援するためのウェブツール, 内藤雄樹, 坊農秀雅, 日本ゲノム編集学会第2回大会, 2017年06月28日, 通常, 日本語, 千里,大阪
  75. Facilitating the use of Public High-Throughput Sequencing Data for Plant Omics Research, Hidemasa Bono, Tazro Ohta, Hiromasa Ono, Yuki Naito, Takeru Nakazato, Plant & Animal Genome (PAG) Asia, 2017年05月29日, 通常, 英語, Seoul, South Korea
  76. 昆虫分野におけるNGSデータのさらなる利活用のために, 仲里猛留, 坊農秀雅, 第61回日本応用動物昆虫学会大会, 2017年03月27日, 通常, 日本語, 小金井、東京
  77. ゲノム編集におけるビッグデータ活用, 坊農秀雅, JST産学共創プラットフォーム共同研究推進プログラム(OPERA)研究領域 「ゲノム編集による革新的な有用細胞・生物作成技術の創出」キックオフ・シンポジウム, 2017年03月17日, 招待, 日本語, 広島, 発表資料
  78. Differentially Expressed in Chondrocyte plays a crucial role in DNA damage response via transcriptional regulations, Keiji Tanimoto, Chiyo Oda, Hideaki Nakamura, Hidemasa Bono, Hiromasa Ono, Hidetaka Eguchi, The 1st International Symposium of the network-type Joint Usage/Research Center for Radiation Disaster Medical Science, 2017年02月21日, 通常, 英語, Hiroshima
  79. RefEx, a Reference Gene Expression Dataset As a Web Tool for the Functional Analysis of Genes, Hiromasa Ono, Hidemasa Bono, International Plant & Animal Genome XXV (PAG), 2017年01月14日, 通常, 英語, San Diego, CA, USA
  80. DBCLS SRA: Integrated Search of Public NGS Database, the Sequence Read Archive (SRA), and Its Relevant Databases, Takeru Nakazato, Tazro Ohta, Hidemasa Bono, International Plant & Animal Genome XXV (PAG), 2017年01月14日, 通常, 英語, San Diego, CA, USA
  81. 趣旨説明, 坊農秀雅, 国立遺伝学研究所研究会 次世代モデル生物におけるゲノム情報利用ワークショップ, 2016年12月15日, 通常, 日本語, 国立遺伝学研究所,三島, 発表資料
  82. DBの流通業10年目の今ー知のめぐりは果たして良くなったのか?, 坊農秀雅, 第39回日本分子生物学会年会 (MBSJ2016) フォーラム「いかにして使えるデータベースを維持し続けるか?」, 2016年12月01日, 招待, 日本語, 横浜
  83. 公共NGSデータベースを活用したマルチオミクス解析, 大田達郎, 川上英良、沖真弥、小野浩雅、内藤雄樹、仲里猛留、坊農秀雅, 第39回日本分子生物学会年会, 2016年11月30日, 通常, 日本語, 横浜
  84. 長寿・外温性齧歯類ハダカデバネズミの褐色脂肪細胞とベージュ脂肪細胞の機能解析, 大岩祐基, 岡松優子、坊農秀雅、岡野栄之、木村和弘、三浦恭子, 第39回日本分子生物学会年会, 2016年11月30日, 通常, 日本語, 横浜
  85. GGGenome & CRISPRdirect: CRISPR/Cas9システムによるゲノム編集のためのガイドRNA設計Webサーバ, 内藤雄樹, 坊農秀雅, 第39回日本分子生物学会年会, 2016年11月30日, 通常, 日本語, 横浜
  86. 統合TVウェブサイトにおけるDBCLS日本語コンテンツの「統合」, 小野浩雅, 坊農秀雅, 第39回日本分子生物学会年会, 2016年11月30日, 通常, 日本語, 横浜
  87. 公共データベースを活用した知のめぐりのよい医学研究, 坊農秀雅, 2016年11月10日, 招待, 日本語, 盛岡
  88. カイコガの新規SOD予測遺伝子の配列とmRNA発現の解析, 小林祐太, 野島陽水 、横山岳、坊農秀雅 、天竺桂弘子, 第2回蚕糸・昆虫機能利用関東地区学術講演会, 2016年11月05日, 通常, 日本語, 宇都宮
  89. 公共データベースを利用したカイコガエノラーゼ配列の抽出と特性解析, 菊地晃, 仲里猛留、坊農秀雅、伊藤克彦、横山岳、天竺桂弘子, 第2回蚕糸・昆虫機能利用関東地区学術講演会, 2016年11月05日, 通常, 日本語, 宇都宮
  90. 公共遺伝子発現データベースのメタ解析による低酸素トランスクリプトーム, 坊農秀雅, 第14回がんとハイポキシア研究会, 2016年11月04日, 通常, 日本語, 岐阜
  91. 公共データベースを使い倒した知のめぐりのよい研究―Kaiko Functional Annotation Pipelineを例に, 坊農秀雅, 天竺桂弘子, 第1回オモロイ生き物研究会, 2016年10月22日, 招待, 日本語, 札幌
  92. 公共データベース活用による知のめぐりのよい医学研究, 坊農秀雅, 2016年10月19日, 招待, 日本語, 大阪
  93. データ駆動型アプローチによる公共遺伝子発現データ解析: 遺伝子発現データベースの統合に向けて, 坊農秀雅, 第75回日本癌学会学術総会, 2016年10月06日, 通常, 日本語, 横浜
  94. 公共NGSデータ再利用のためのデータ整備, 大田達郎, 沖真弥、川上英良、仲里猛留、坊農秀雅, トーゴーの日シンポジウム2016, 2016年10月05日, 通常, 日本語, 東京
  95. NGS技術の進展と登録データ, 仲里猛留, 大田達郎、坊農秀雅, トーゴーの日シンポジウム2016, 2016年10月05日, 通常, 日本語, 東京
  96. GGGenome & CRISPRdirect:ゲノム編集のオフターゲット効果を防ぐための塩基配列検索ツール, 内藤雄樹, 坊農秀雅, トーゴーの日シンポジウム2016, 2016年10月05日, 通常, 日本語, 東京
  97. 新規モデル生物における大量塩基配列データ利用を促進する統合環境の構築, 坊農秀雅, トーゴーの日シンポジウム2016, 2016年10月05日, 通常, 日本語, 東京
  98. 人材育成教材ポータルサイトとしての統合TV, 小野浩雅, 坊農秀雅, トーゴーの日シンポジウム2016, 2016年10月05日, 通常, 日本語, 東京
  99. Can the silkworm (Bombyx mori) be used as a human disease model?, Hiroko Tabunoki, Katsuhiko Ito, Hidemasa Bono, Takeshi Yokoyama, XXV International Congress of Entomology (ICE2016), 2016年09月25日, 通常, 英語, Orlando, FL, USA
  100. Bombyx mori superoxide dismutase 1 and 2 play a role as metamorphosis initiator, Yosui Nojima, Katsuhiko Ito, Hidemasa Bono, Takeshi Yokoyama, Hiroko Tabunoki, XXV International Congress of Entomology (ICE2016), 2016年09月25日, 通常, 英語, Orlando, FL, USA
  101. GGGenome & CRISPRdirect: web tools for designing CRISPR/Cas9 guide RNA, Yuki Naito, Hidemasa Bono, Genome Informatics 2016, 2016年09月19日, 通常, 英語, Hinxton, UK
  102. 生命科学分野における研究者の投稿先雑誌選択趣向とOAへの意味づけ, 坊農秀雅, 第1回SPARC Japanセミナー 2016, 2016年09月09日, 招待, 日本語, SPARC Japan, 国立情報学研究所,東京, 発表資料
  103. GGGenome & CRISPRdirect: CRISPR/Cas9によるゲノム編集のためのガイドRNA設計ツール, 内藤雄樹, 坊農秀雅, 日本ゲノム編集学会第1回大会, 2016年09月05日, 通常, 日本語, 広島
  104. ゲノムと遺伝子発現DBの現状ートランスオミクスのための基礎知識, 坊農秀雅, jPOST Workshop 2016:プロテオームデータと生命科学データベース, 2016年07月27日, 招待, 日本語, 東京
  105. ライフサイエンス分野データの可視化と共有化, 坊農秀雅, 統合データベース講習会:AJACS安芸, 2016年07月06日, 招待, 日本語, 広島
  106. 遺伝子発現DBの使い方, 坊農秀雅, 統合データベース講習会:AJACS安芸, 2016年07月05日, 招待, 日本語, 広島
  107. GGGenome & CRISPRdirect update: efficient off-target search tools for designing CRISPR/Cas guide RNA, Yuki Naito, Hidemasa Bono, RNA 2016, 2016年06月28日, 通常, 英語, Kyoto
  108. オミックス医学とバイオインフォマティクス, 坊農秀雅, 群馬大学大学院医学研究科 博士課程「病態腫瘍制御学Ⅱ」, 2016年06月23日, 招待, 日本語, 前橋
  109. 国際塩基配列データベース見聞録, 坊農秀雅, Mishima.syk #8, 2016年05月28日, 招待, 日本語, 発表資料
  110. 公共遺伝子発現データの再利用に向けた取り組み, 坊農秀雅, 第20回オープンバイオ研究会, 2016年03月17日, 通常, 日本語, 北陸先端大学院大学,石川
  111. 遺伝子発現解析-オリエンテーション, 坊農秀雅, 統合データベース講習会:AJACSadvanced(AJACSa)三島2, 2016年02月25日, 招待, 日本語, 三島
  112. 次世代シーケンサーから得られたデータの使い方, 坊農秀雅, 統合データベース講習会:AJACS薩摩, 2016年01月27日, 招待, 日本語, 鹿児島
  113. ゲノム配列とそれに付与されたデータの使い方, 坊農秀雅, 統合データベース講習会:AJACS薩摩, 2016年01月26日, 招待, 日本語, 鹿児島
  114. DBCLS SRA: Functional characterization of public NGS data, Takeru Nakazato, Tazro Ohta, Hidemasa Bono, International Plant & Animal Genome XXIV (PAG), 2016年01月09日, 通常, 英語, San Diego, CA, USA
  115. Functional Organization of Public Gene Expression Data, Hidemasa Bono, Hiromasa Ono, International Plant & Animal Genome XXIV (PAG), 2016年01月09日, 通常, 英語, San Diego, CA, USA
  116. バイオインフォマティクス, 坊農秀雅, がんプロフェッショナル養成e-learning講義, 2016年01月04日, 招待, 日本語, 日高,埼玉, 発表資料
  117. 公共遺伝子発現データを最大限に活用するには?ーDBCLSからの提案, 坊農秀雅, 小野浩雅, 第38回日本分子生物学会年会 第88回生化学会大会 合同大会, 2015年12月01日, 通常, 日本語, 神戸
  118. 統合TV~生命科学系データベース・ツール使い倒し系チャンネル~, 小野浩雅, 坊農秀雅, 第38回日本分子生物学会年会 第88回生化学会大会 合同大会, 2015年12月01日, 通常, 日本語, 神戸
  119. カイコガの新規SOD予測遺伝子の配列およびmRNA発現の解析, 小林祐太, 野島陽水, 伊藤克彦, 横山岳, 坊農秀雅, 天竺桂弘子, 第38回日本分子生物学会年会 第88回生化学会大会 合同大会, 2015年12月01日, 通常, 日本語, 神戸
  120. カイコガABCトランスポーター ABCB, ABCC mRNA発現解析, 市野史佳, 伊藤克彦, 横山岳, 坊農秀雅, 天竺桂弘子, 第38回日本分子生物学会年会 第88回生化学会大会 合同大会, 2015年12月01日, 通常, 日本語, 神戸
  121. カイコガエノラーゼのcDNAクローニングおよび特性解析, 菊地晃, 伊藤克彦, 坊農秀雅, 横山岳, 天竺桂弘子, 第38回日本分子生物学会年会 第88回生化学会大会 合同大会, 2015年12月01日, 通常, 日本語
  122. GGRNA/GGGenome:塩基配列データベースをすばやく検索するウェブサーバ, 内藤雄樹, 坊農秀雅, 第38回日本分子生物学会年会 第88回生化学会大会 合同大会, 2015年12月01日, 通常, 日本語, 神戸
  123. 非モデル生物研究のための公共NGSデータの利活用, 仲里猛留, 大田達郎, 坊農秀雅, 第38回日本分子生物学会年会 第88回生化学会大会 合同大会, 2015年12月01日, 通常, 日本語, 神戸
  124. 公共データベースを活用した生命科学研究, 坊農秀雅, 東京大学大学院 新領域創成科学研究科 メディカル情報生命科学専攻 平成27年度冬学期「情報生命科学特別講義 II」 /HPCIセミナー2015, 2015年11月13日, 招待, 日本語, 東京, 発表資料
  125. 次世代遺伝子発現データ目次AOEとがんトランスクリプトーム解析への応用, 坊農秀雅, 第74回日本癌学会学術総会, 2015年10月08日, 通常, 日本語, 名古屋
  126. 人材育成教材ポータルサイトとしての統合TV, 小野浩雅, 坊農秀雅, トーゴーの日シンポジウム2015, 2015年10月05日, 通常, 日本語, 東京
  127. NGS データ利活用促進のための公共データベースの役割, 仲里猛留, 大田達郎、坊農秀雅, トーゴーの日シンポジウム2015, 2015年10月05日, 通常, 日本語, 東京
  128. 公共遺伝子発現データを活用するためのツールRefEx とAOE, 坊農秀雅, 小野浩雅, トーゴーの日シンポジウム2015, 2015年10月05日, 通常, 日本語, 東京
  129. 公共データベースの再解析を例としたIngenuity Variant Analysisによる変異データの絞り込み, 坊農秀雅, Ingenuityユーザーミーティング, 2015年10月02日, 招待, 日本語, 東京, 発表資料
  130. 遺伝子発現データベースの使い方, 坊農秀雅, 統合データベース講習会:AJACS津軽, 2015年09月04日, 招待, 日本語, 弘前
  131. R/Bioconductorを使った遺伝子発現解析入門, 坊農秀雅, 統合データベース講習会:AJACS津軽, 2015年09月04日, 招待, 日本語, 弘前
  132. Collective intelligence approach to transcriptome analysis of hypoxia, 坊農秀雅, 第3回低酸素研究会, 2015年07月25日, 通常, 日本語, 東京
  133. 知のめぐり、読者の目線に立った真のNGSデータ解析初心者本の発行への路, 清水厚志, 大田達郎, 大桃秀樹, 坊農秀雅, NGS現場の会第四回研究会, 2015年07月01日, 通常, 日本語, つくば
  134. ゲノム編集のオフターゲット効果を防ぐための塩基配列検索ツール, 内藤雄樹, 坊農秀雅, NGS現場の会第四回研究会, 2015年07月01日, 通常, 日本語, つくば
  135. 公共NGSデータに見る研究環境のトレンド, 仲里猛留, 大田達郎, 坊農秀雅, NGS現場の会第四回研究会, 2015年07月01日, 通常, 日本語, つくば
  136. 遺伝子発現DBの使い方, 坊農秀雅, 統合データベース講習会:AJACS千里, 2015年06月17日, 招待, 日本語, 吹田
  137. ゲノム配列DBの使い方, 坊農秀雅, 統合データベース講習会:AJACS千里, 2015年06月16日, 招待, 日本語
  138. データベースを活用した知のめぐりのよい生命科学, 坊農秀雅, 東京大学大学院農学生命科学研究科「情報生命工学」, 2015年04月27日, 招待, 日本語, 東京
  139. ウェブツール・データベースを活用した知のめぐりのよい生命科学研究, 坊農秀雅, 北海道大学遺伝子病制御研究所 セミナー, 2015年04月21日, 招待, 日本語, 札幌
  140. CRISPRdirect: web-based tool for designing CRISPR/Cas guide RNA with reduced off-target sites, Yuki Naito, Kimihiro Hino, Kumiko Ui-Tei, Hidemasa Bono, CRISPR 2015, 2015年03月23日, 通常, 英語, Oxford, UK
  141. BioDockerへの道, 坊農秀雅, Mishima.syk#5, 2015年03月07日, 通常, 日本語, 発表資料
  142. RおよびBioconductorを使ったバイオデータ解析, 坊農秀雅, 統合データベース講習会:AJACS府中, 2015年03月05日, 招待, 日本語, 発表資料
  143. 統合データベースとDBCLSとは?, 坊農秀雅, 統合データベース講習会AJACSadvanced(AJACSa)三島, 2015年01月27日, 招待, 日本語, 三島
  144. ライフサイエンス分野の公共データベースの現状とその活用法, 坊農秀雅, 2015年01月23日, 招待, 日本語
  145. Facilitating the Use of Next-Gen Sequence Data for Data-Driven Biology, Hidemasa Bono, Tazro Ohta, Hiromasa Ono, Yuki Naito, Takeru Nakazato, International Plant & Animal Genome XXIII (PAG), 2015年01月10日, 通常, 英語, San Diego, CA, USA
  146. RおよびBioconductorを使ったバイオデータ解析, 坊農秀雅, 統合データベース講習会:AJACS岩手, 2014年12月05日, 招待, 日本語, 矢巾,岩手
  147. RefEx: 遺伝子発現解析のための正常組織および細胞株のリファレンスデータセット, 小野浩雅, 坊農秀雅, 第37回日本分子生物学会年会, 2014年11月25日, 通常, 日本語, 横浜
  148. 統合遺伝子検索GGRNAと高速塩基配列検索GGGenome:塩基配列データベースをすばやく検索するウェブサーバ, 内藤雄樹, 坊農秀雅, 第37回日本分子生物学会年会, 2014年11月25日, 通常, 日本語, 横浜
  149. 低酸素刺激応答遺伝子群のデータベース解析と次世代遺伝子発現データベース目次AOE, 坊農秀雅, 第12回がんとハイポキシア研究会, 2014年11月21日, 通常, 日本語, 佐賀
  150. Promoting the use of next-gen sequence data to maintain the research environment for data-driven biology, Hidemasa Bono, Tazro Ohta, Hiromasa Ono, Yuki Naito, Takeru Nakazato, Biological Data Science, 2014年11月05日, 通常, 英語, Cold Spring Harbor Laboratory, NY, USA
  151. NGS解析(RNAseq編), 坊農秀雅, Mishima.syk#4, 2014年10月25日, 通常, 日本語, 三島, 発表資料
  152. 次世代DNAシーケンサーから得られるビッグデータの現状と活用, 坊農秀雅, Spotfireユーザー会, 2014年10月10日, 招待, 日本語, 東京
  153. ライフサイエンス分野の公共データベースの現状とTIBCO Spotfireによるデータ可視化, 坊農秀雅, Spotfireユーザー会, 2014年10月10日, 招待, 日本語, 東京
  154. ゲノム編集のオフターゲット効果を防ぐための塩基配列検索技術, 内藤雄樹, 坊農秀雅, 第4回 ゲノム編集研究会, 2014年10月06日, 通常, 日本語, 広島
  155. NGSデータの利用を促進する統合環境の構築とサービスの提供, 坊農秀雅, 大田達郎、小野浩雅、内藤雄樹、仲里猛留, トーゴーの日シンポジウム2014, 2014年10月05日, 通常, 日本語, 東京
  156. 公共NGSデータの活用を促進する検索システムの構築, 大田達郎, 仲里猛留、坊農秀雅, トーゴーの日シンポジウム2014, 2014年10月05日, 通常, 日本語, 東京
  157. 遺伝子発現リファレンスデータセット RefEx, 小野浩雅, 坊農秀雅, トーゴーの日シンポジウム2014, 2014年10月05日, 通常, 日本語, 東京
  158. 統合遺伝子検索GGRNAと高速塩基配列検索GGGenome:塩基配列データベースをすばやく検索するウェブサーバ, 内藤雄樹, 坊農秀雅, トーゴーの日シンポジウム2014, 2014年10月05日, 通常, 日本語, 東京
  159. 公共データベースからの集合知による低酸素刺激応答遺伝子群の解析, 坊農秀雅, 第73回日本癌学会学術総会, 2014年09月25日, 通常, 日本語, 横浜
  160. RefEx: Reference Expression Dataset for cell and tissue transcriptome, Hiromasa Ono, Hidemasa Bono, Genome Informatics 2014, 2014年09月21日, 通常, 英語, Chrchill College, Cambridge, UK
  161. GGRNA and GGGenome: ultrafast search engines for nucleotide sequence database, Yuki Naito, Hidemasa Bono, Genome Informatics 2014, 2014年09月21日, 通常, 英語, Chrchill College, Cambridge, UK
  162. DBCLS SRA: Functional mining and characterization of public NGS data, Takeru Nakazato, Tazro Ohta, Hidemasa Bono, 13th European Conference on Computational Biology (ECCB'14), 2014年09月07日, 通常, 英語, Strasbourg, France
  163. 配列解析基礎, 坊農秀雅, バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム(次世代シークエンサ)速習コース, 2014年09月05日, 招待, 日本語, 東京, 発表資料
  164. Identification of key uric acid synthesis pathway in a unique mutant silkworm Bombyx mori, Hiroko Tabunoki, Katsuhiko Ito, Takeshi Yokoyama, Hidemasa Bono, Hajime Fugo, Seventh International Symposium on Molecular Insect Science, 2014年07月13日, 通常, 英語, Amsterdam (Netherlands)
  165. DBCLSの紹介, 坊農秀雅, Mishima.syk#3, 2014年07月05日, 通常, 日本語, 三島
  166. DDBJ meets DBCLS: Reorganizing public database core in Japan, Hidemasa Bono, NIG Retreat, 2014年07月04日, 招待, 英語, 御殿場,静岡
  167. 公共データベースを使い倒した知のめぐりのよい生命科学研究, 坊農秀雅, 第29回 DDBJing 講習会 in 三島, 2014年06月12日, 招待, 日本語, 三島, 発表資料
  168. バイオサイエンス分野の公共データベースの現状と活用法, 坊農秀雅, 2014年06月09日, 招待, 日本語, 三島
  169. 公共データベースを使い倒した遺伝子発現データ解析研究, 坊農秀雅, マイクロアレイとNGSのいいとこどりセミナー, 2014年04月11日, 招待, 日本語, 大阪大学微生物病研究所, 吹田
  170. 新規医療開発に関わる統計学(バイオインフォマティクス), 坊農秀雅, 群馬大学未来医療研究人材養成拠点形成事業e-learning講義, 2014年04月07日, 招待, 日本語, 前橋, 発表資料
  171. Epigenetic Modification in Macrophages Critically Regulates HIF-1alpha Mediated Stress Responses, Hiroaki Semba, Norihiko Takeda, Takayuki Isagawa, Masaki Morioka, Hidemasa Bono, Hajime Abe, Katsura Soma, Katsuhiro Koyama, Ichiro Manabe, Issei Komuro and Ryozo Nagai, Keystone Symposia Conference Chromatin Mechanisms and Cell Physiology, 2014年03月23日, 通常, 英語, Oberstdorf (Germany)
  172. HIF-1alpha mediated glycolytic reprogramming regulates LPS induced macrophage activation, Hiroaki Semba, Norihiko Takeda, Takayuki Isagawa, Masaki Morioka, Hidemasa Bono, Hajime Abe, Katsura Soma, Katsuhiro Koyama, Ichiro Manabe, Issei Komuro and Ryozo Nagai, Keystone Symposia Conference Metabolism and Angiogenesis, 2014年03月16日, 通常, 英語, Whistler (Canada)
  173. 公共NGSデータアーカイブの現状と活用法, 坊農秀雅, 次世代シーケンサー研究推進のためのデータ解析ワークショップ, 2014年03月12日, 招待, 日本語, つくば
  174. 機能アノテーションパイプラインによるカイコの遺伝子発現解析, 天竺桂弘子, 伊藤克彦、坊農秀雅、横山岳、蜷木理、普後一, 日本蚕糸学会第84回大会, 2014年03月10日, 通常, 日本語, 藤沢,神奈川
  175. 公共データベースをどうやってライフサイエンス研究に活かしていくか, 坊農秀雅, 2014年02月06日, 招待, 日本語, 盛岡
  176. 生命科学分野の公共データベース統合化の現状と活用法, 坊農秀雅, 2014年02月06日, 招待, 日本語, 福島
  177. ゲノム情報を閲覧・取得し、活用する, 坊農秀雅, 統合データベース講習会:AJACS肥後, 2014年01月23日, 招待, 日本語, 熊本
  178. データベース活用による知のめぐりのよいライフサイエンス, 坊農秀雅, 九州大学農学部にて講演会, 2014年01月22日, 招待, 日本語, 福岡
  179. Epigenetic Modification in Macrophages Critically Regulates HIF-1alpha Mediated Stress Responses, Hiroaki Semba, Norihiko Takeda, Takayuki Isagawa, Masaki Morioka, Hidemasa Bono, Hajime Abe, Katsura Soma, Katsuhiro Koyama, Ichiro Manabe, Issei Komuro, Ryozo Nagai, Keystone Symposia Conference Sensing and Signaling of Hypoxia: Interfaces with Biology and Medicine, 2014年01月07日, 通常, 英語, Colorado, USA
  180. データベース統合による知の巡りのよい生命科学, 坊農秀雅, 東京大学大学院農学生命科学研究科「情報生命工学」, 2013年12月18日, 招待, 日本語, 東京
  181. 公共遺伝子発現データベースからの集合知による低酸素応答遺伝子探索, 坊農秀雅, 第11回がんとハイポキシア研究会, 2013年12月13日, 通常, 日本語, 仙台
  182. これからのライフサイエンス研究とバイオインフォマティクス, 坊農秀雅, 市民公開学術講演@富山大学, 2013年12月09日, 招待, 日本語, 富山, 発表資料
  183. 統合牧場: 次世代生命科学研究室の実験場 #togofarm - a pilot farm towards the next generation research “stable” in lifescience, 坊農秀雅, 仲里猛留、内藤雄樹、小野浩雅、大田達郎, 第36回日本分子生物学会年会, 2013年12月03日, 通常, 日本語, 神戸
  184. RefEx: 遺伝子発現解析の基準となる公共データの活用、整理および共有, 小野浩雅, 坊農秀雅, 第36回日本分子生物学会年会, 2013年12月03日, 通常, 日本語, 神戸
  185. データベースから見た次世代シーケンスによる研究のこれまでとこれから - 研究者を助けるためにデータベースは何をすべきか, 大田達郎, 仲里猛留、坊農秀雅, 第36回日本分子生物学会年会, 2013年12月03日, 通常, 日本語, 神戸
  186. 統合遺伝子検索 GGRNA:塩基配列データベースをすばやく検索するには, 内藤雄樹, 坊農秀雅, 第36回日本分子生物学会年会, 2013年12月03日, 通常, 日本語, 神戸
  187. 生命科学研究者は公共データベースをどう使い倒すべきか, 坊農秀雅, 2013年11月26日, 招待, 日本語, 大阪大学吹田キャンパス,吹田
  188. TECHNOLOGY DEVELOPMENT OF DATABASE INTEGRATION TO MAKE FULL USE OF BIG DATA IN LIFESCIENCE, Hidemasa Bono, Tazro Ohta, Hiromasa Ono, Yuki Naito, Takeru Nakazato, Functional Genomics and Systems Biology, 2013年11月21日, 通常, 英語, Hinxton, UK
  189. GGRNA: a Google-like, ultrafast search engine for genes and transcripts, Yuki Naito, Hidemasa Bono, Genome Informatics, 2013年10月30日, 通常, 英語, Cold Spring Harbor Laboratory, NY, USA
  190. RefEx—Reference expression dataset for tissue transcriptome, Hiromasa Ono, Hidemasa Bono, Genome Informatics, 2013年10月30日, 通常, 英語, Cold Spring Harbor Laboratory, NY, USA
  191. 生命科学分野の大規模データ利用技術開発の現状と今後の展開, 坊農秀雅, 第3回SPARC Japanセミナー 2013「オープンアクセス時代の研究成果のインパクトを再定義する:再利用とAltmetricsの現在」, 2013年10月25日, 招待, 日本語, SPARC Japan, 東京, 発表資料
  192. カイコ機能アノテーションパイプラインの構築とその応用, 坊農秀雅, 小野浩雅、天竺桂弘子, トーゴーの日シンポジウム2013, 2013年10月05日, 通常, 日本語, 東京
  193. 低酸素下でのEGFR活性化によって引き起こされる小胞体ストレスにおけるMMP10の機能, 金森茜, 稲塚歩佳、門之園哲哉、口丸高弘、坊農秀雅、近藤科江, 第72回日本癌学会学術総会, 2013年10月03日, 通常, 日本語, 横浜
  194. GeneChip®データの活用法, 坊農秀雅, Affymetrix Webinar, 2013年09月19日, 招待, 日本語, 東京
  195. Technology development of database integration to make sense of big data in lifescience, Hidemasa Bono, Tazro Ohta, Hiromasa Ono, Yuki Naito, Takeru Nakazato, QMB 2013, 2013年08月25日, 通常, 英語, Rydges Hotel Queenstown, New Zealand
  196. エピジェネティクスを介するマクロファージのストレス応答制御機構, 仙波宏章, 武田憲彦, 砂河孝行, 森岡勝樹, 坊農秀雅,安部元, 相馬桂, 真鍋一郎, 永井良三, 小室一成, 第1回低酸素研究会, 2013年07月06日, 通常, 日本語, 東京
  197. エピジェネティクスを介するマクロファージのストレス応答制御機構, 仙波宏章, 武田憲彦, 砂河孝行, 森岡勝樹, 坊農秀雅, 安部元, 相馬桂, 真鍋一郎, 永井良三, 小室一成, 第34回日本炎症・再生医学会, 2013年07月02日, 通常, 日本語, 京都
  198. ライフサイエンスデータベース統合化の現状と活用法, 坊農秀雅, アジレント・テクノロジー ゲノミクスフォーラム, 2013年06月12日, 招待, 日本語, 東京
  199. RNAseq か?マイクロアレイか?~ トランスクリプトーム解析研究の現状と今後, 坊農秀雅, 首都大学東京 都市教養学部 理工学系 生命科学教室セミナー, 2013年05月31日, 招待, 日本語, 八王子, 東京
  200. エピジェネティクスを介するマクロファージのストレス応答制御機構, 仙波宏章, 武田憲彦, 砂河孝行, 森岡勝樹, 坊農秀雅,安部元, 相馬桂, 真鍋一郎, 永井良三, 小室一成, 第7回日本エピジェネティクス研究会, 2013年05月30日, 通常, 日本語, 奈良
  201. バイオ研究者は大規模データをどう使い倒すべきか, 坊農秀雅, 香川大学農学部にて講演会, 2013年05月29日, 招待, 日本語, 高松
  202. 医科学研究者は大規模データをどう使い倒すべきか, 坊農秀雅, 徳島大学医学部にて講演会, 2013年05月28日, 招待, 日本語, 徳島
  203. データベース活用による知のめぐりのよい細胞生物学, 坊農秀雅, 東京理科大学にて講義と講習会, 2013年05月15日, 招待, 日本語, 流山, 千葉
  204. カイコDJ-1の尿酸代謝系における役割の解析, 川名夏生, 天竺桂弘子、伴野豊、嶋田透、中村有希、山本公子、坊農秀雅、佐藤準一, 日本薬学会第133年会, 2013年03月27日, 通常, 日本語, 横浜
  205. バイオインフォマティクス, 坊農秀雅, がんプロフェッショナル養成e-learning講義, 2012年12月27日, 招待, 日本語, 日高, 埼玉, 発表資料
  206. カイコ尿酸代謝におけるDJ-1の役割, 川名夏生, 天竺桂弘子、伴野豊、嶋田透、坊農秀雅、佐藤準一, 第85回日本生化学会大会, 2012年12月14日, 通常, 日本語, 福岡
  207. データベースから始まる分子生物学~トランスクリプトーム解析研究の新しいスタイル, 坊農秀雅, 第35回日本分子生物学会年会 福岡 ワークショップ「データベースから始まる分子生物学~研究の新しいスタイルを模索する~」, 2012年12月13日, 招待, 日本語, 福岡, 発表資料
  208. 実験情報を利用した質の高い公共オミックスデータの検索と目次サイトの構築, 仲里猛留, 大田達郎、坊農秀雅, 第35回日本分子生物学会年会, 2012年12月11日, 通常, 日本語, 福岡
  209. 遺伝子発現解析のためのリファレンスデータセット『RefEx』, 小野浩雅, 坊農秀雅, 第35回日本分子生物学会年会, 2012年12月11日, 通常, 日本語, 福岡
  210. 統合遺伝子検索GGRNA:遺伝子をGoogleのように検索できるウェブサーバ, 内藤雄樹, 坊農秀雅, 第35回日本分子生物学会年会, 2012年12月11日, 通常, 日本語, 福岡
  211. 公共の次世代シーケンスデータを効率良く検索するためのインターフェース開発, 大田達郎, 仲里猛留、坊農秀雅, 第35回日本分子生物学会年会, 2012年12月11日, 通常, 日本語, 福岡
  212. 遺伝子発現リファレンスデータセット『RefEx』の低酸素発現制御研究への応用, 小野浩雅, 坊農秀雅, 第10回がんとハイポキシア研究会, 2012年12月06日, 通常, 日本語, 横浜
  213. 非モデル生物のトランスクリプトーム解析~RNA-seq か?マイクロアレイか?~, 坊農秀雅, 岡山大学資源植物科学研究所 研究集会, 2012年11月30日, 招待, 日本語, 岡山
  214. ライフサイエンス分野の大規模データを解釈し活用する:統合データベースからのアプローチ, 坊農秀雅, 化学物質評価研究機構 セミナー, 2012年11月20日, 通常, 日本語, 埼玉
  215. バイオインフォマティクス:データベース統合化によるアプローチ, 坊農秀雅, 第57回日本人類遺伝学会大会, 2012年10月26日, 通常, 日本語, 東京, 発表資料
  216. Id4, a New Candidate Gene for Senile Osteoporosis Acts as a Molecular Switch Promoting Osteoblast Differentiation, Yoshimi Tokuzawa, Ken Yagi, Yzumi Yamashita, Yutaka Nakachi, Itoshi Nikaido,Hidemasa Bono, Yuichi Ninomiya, Yikiko Kanesaki-Yatsuka, Masumi Akita, Hiromi Motegi, Shigeharu Wakana, Tetsuo Noda, Fred Sablitzky, Shigeki Arai, Riki Kurokawa,Toru Fukuda, Takenobu Katagiri, Christian Schönbach, Tatsuo Suda, Yosuke Mizuno, Yasushi Okazaki, 生命医薬情報学連合大会2012, 2012年10月15日, 通常, 日本語, 東京
  217. GEO目次による低酸素刺激前後のトランスクリプトームの種横断的解析, 坊農秀雅, トーゴーの日シンポジウム2012, 2012年10月05日, 通常, 日本語, 東京
  218. 低酸素刺激によって発現変動する遺伝子群の種横断的トランスクリプトーム解析, 坊農秀雅, 第71回日本癌学会学術総会, 2012年09月19日, 通常, 日本語, 札幌
  219. TRA2Bによる癌関連遺伝子バリアントの探索, 和田智, 坊農秀雅、 江口英孝、 西山正彦, 第71回日本癌学会学術総会, 2012年09月19日, 通常, 日本語, 札幌
  220. データベース統合による知のめぐりの良い生命医科学, 坊農秀雅, 同志社大学大学院生命医科学研究科 セミナー, 2012年09月14日, 招待, 日本語, 京田辺,京都
  221. Updating the Survey of Read Archives - integrating GEO and BioProject with SRA, Takeru Nakazato, Tazro Ohta, Hidemasa Bono, Genome Informatics, 2012年09月06日, 通常, 英語, Robinson College, Cambridge, UK
  222. Sequence quality and metadata of all public NGSeq data in Sequence Read Archive, Tazro Ohta, Takeru Nakazato, Hidemasa Bono, Genome Informatics, 2012年09月06日, 通常, 英語, Robinson College, Cambridge, UK
  223. GGRNA: a Google-like, ultrafast search engine for genes and transcripts, Yuki Naito, Hidemasa Bono, Genome Informatics, 2012年09月06日, 通常, 英語, Robinson College, Cambridge, UK
  224. 知のめぐりの良い生命科学研究者の10の心得, 坊農秀雅, 第52回生命科学夏の学校, 2012年08月24日, 招待, 日本語, 愛知, 発表資料
  225. 新型シーケンサーから得られる大規模DNA配列データを解釈し活用する:統合データベースからのアプローチ, 坊農秀雅, Ingenuity Pathways Analysis ユーザーミーティング, 2012年08月03日, 招待, 日本語, 東京
  226. コマンドラインで遺伝子配列を解析する, 坊農秀雅, 統合データベース講習会:AJACS名古屋, 2012年07月28日, 招待, 日本語, 名古屋, 発表資料
  227. Technology development of database integration to make re-use of public biological data, Hidemasa Bono, ISMB2012, 2012年07月15日, 通常, 英語, Long Beach, CA, USA
  228. RefEx: Reference Expression Dataset for functional transcriptomics, Hiromasa Ono, Hidemasa Bono, ISMB2012, 2012年07月15日, 通常, 英語, Long Beach, CA, USA
  229. Cross species analysis of hypoxia responsive transcriptomes from public gene expression database, Hidemasa Bono, 第33回内藤コンファレンス「酸素生物学:酸素濃度に対する生物応答とその制御破綻による疾患」, 2012年06月26日, 通常, 日本語, 札幌
  230. 種横断的低酸素応答遺伝子群のトランスクリプトーム解析, 坊農秀雅, 第10回がんとハイポキシア研究会, 2012年06月, 通常, 日本語, 横浜
  231. 「使える」SRAデータにすばやくたどりつくために, 仲里猛留, 大田達郎、坊農秀雅, NGS現場の会 第二回研究会, 2012年05月23日, 通常, 日本語, 大阪
  232. データベース統合による知の巡りの良い生物学, 坊農秀雅, 第34回日本分子生物学会年会 横浜 ワークショプ「役に立つデータベース、役に立たないデータベース」, 2011年12月14日, 招待, 日本語, 横浜
  233. RefEx: Reference Expression Dataset for functional analysis of transcriptomes, Hiromasa Ono, Yuki Naito, Akinori Yonezawa, Hidemasa Bono, 第34回日本分子生物学会年会, 2011年12月13日, 通常, 日本語, 横浜
  234. Kusarinoko: developing the public next generation sequencing data search interface that works, Tazro Ohta, Takeru Nakazato, Akinori Yonezawa, Hidemasa Bono, 第34回日本分子生物学会年会, 2011年12月13日, 通常, 日本語, 横浜
  235. GGRNA: fast and convenient universal search engine for genes and transcripts, Yuki Naito, Akinori Yonezawa, Hidemasa Bono, 第34回日本分子生物学会年会, 2011年12月13日, 通常, 日本語, 横浜
  236. Functional interface for quick access to disease-relevant NGS data, Takeru Nakazato, Tazro Ohta, Akinori Yonezawa, Hidemasa Bono, 第34回日本分子生物学会年会, 2011年12月13日, 通常, 日本語, 横浜
  237. Identification and functional analysis of natural antisense transcripts during mouse adipocyte/osteoblast differentiation, Yutaka Nakachi, Yoshimi Tokuzawa, Yosuke Mizuno, Hidemasa Bono, Yasushi Okazaki, 第34回日本分子生物学会年会, 2011年12月13日, 通常, 日本語, 横浜
  238. 公共遺伝子発現データを利用した低酸素応答遺伝子の生物種横断解析, 坊農秀雅, 第9回がんとハイポキシア研究会, 2011年11月26日, 通常, 日本語, 東京
  239. データベース統合による知の巡りのよい医学研究に向けたライフサイエンス統合データベースセンターにおける人材育成活動, 坊農秀雅, 京都大学大学院医学研究科セミナー, 2011年11月21日, 招待, 日本語, 京都
  240. ライフサイエンス統合データベースセンターにおける大規模データの利用技術開発, 坊農秀雅, 京都大学化学研究所セミナー, 2011年11月21日, 招待, 日本語, 宇治,京都
  241. データベース統合によるオープンで知の巡りのよい生命科学研究, 坊農秀雅, 東京大学大学院農学生命科学研究科「情報生命工学」, 2011年11月16日, 招待, 日本語, 東京
  242. For the age of open-source biology: development of the tools for large-scale public databases, Tazro Ohta, Hiromasa Ono, Yuki Naito, Takeru Nakazato, Akinori Yonezawa, Hidemasa Bono, CBI/JSBi2011合同年会, 2011年11月08日, 通常, 日本語, 神戸
  243. Technology development for database integration to make use of huge amount of public biological data, Hidemasa Bono, Akinori Yonezawa, Genome Informatics, 2011年11月02日, 通常, 英語, Cold Spring Harbor Laboratory, NY, USA
  244. SRAs: The Survey of Read Archives, Takeru Nakazato, Tazro Ohta, Akinori Yonezawa, Hidemasa Bono, Genome Informatics, 2011年11月02日, 通常, 英語, Cold Spring Harbor Laboratory, NY, USA
  245. RefEx: Reference Expression Dataset for comparative transcriptomics, Hiromasa Ono, Akinori Yonezawa, Hidemasa Bono, Genome Informatics, 2011年11月02日, 通常, 英語, Cold Spring Harbor Laboratory, NY, USA
  246. TIBCO Spotfireによる臨床情報、ゲノム疫学、ゲノム薬理学的データの統合解析環境構築, 坊農秀雅, Spotfireユーザー会, 2011年10月07日, 招待, 日本語, 東京
  247. データベース統合に関わる基盤技術開発, 坊農秀雅, トーゴーの日シンポジウム2011 ~ライフサイエンス分野のデータベース統合の“カタチ”を探る, 2011年10月05日, 招待, 日本語, バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC), 東京, 発表資料
  248. 高齢者がん治療アルゴリズム開発のためのガイドポスト・データベースの構築, 坊農秀雅, 和田智、江口英孝、西山正彦, 第70回日本癌学会学術総会, 2011年10月03日, 通常, 日本語, 名古屋
  249. Practical approach to make biological sense of huge amount of public data for transcripts, Hidemasa Bono, Hiromasa Ono, Tazro Ohta, Yuki Naito, Takeru Nakazato, Akinori Yonezawa, QMB 2011& QMB Bioinformatics, 2011年08月29日, 通常, 英語, Rydges Hotel Queenstown, NewZealand
  250. データベース統合による知のめぐりのよい実験医学研究への招待, 坊農秀雅, 埼玉医科大学ゲノム医学研究センター講演会, 2011年07月20日, 招待, 日本語, 日高,埼玉
  251. DBCLSにおける大規模データの利用技術開発, 坊農秀雅, 統合データベース講習会: AJACS本郷9, 2011年07月15日, 招待, 日本語, 東京
  252. Rによる大規模ゲノムデータ解析の企て, 坊農秀雅, Osaka.R#6, 2011年07月02日, 通常, 日本語, 大阪
  253. TIBCO Spotfire Web Playerを利用した次世代シーケンサーによる大規模ゲノム配列データの可視化と共有化, 坊農秀雅, 第10回Spotfireユーザー会 ワークショップ, 2011年07月01日, 招待, 日本語, 大阪
  254. 統合データベースプロジェクト:オープンで知のめぐりの良い医学生物学を目指して, 坊農秀雅, 東京女子医科大学遺伝医学研究会講演会, 2011年05月27日, 招待, 日本語, 東京
  255. ライフサイエンス分野の統合データベースの活用法とその演習, 坊農秀雅, 明治薬科大学大学院ゲノム創薬学特論A, 2011年05月23日, 招待, 日本語, 東京
  256. 統合データベースプロジェクトと統合牧場, 坊農秀雅, 統合データベース講演会: AJACS本郷8, 2011年03月18日, 通常, 日本語, 東京
  257. 遺伝子発現リファレンスデータセット『RefEx』の構築および低酸素発現制御研究への応用, 坊農秀雅, 小野浩雅、大久保公策、高木利久, 第8回がんとハイポキシア研究会, 2011年01月29日, 通常, 日本語, 札幌
  258. ブタ成熟脂肪細胞および卵胞顆粒層細胞における脱分化ならびに多能性獲得機構の統合トランスクリプトミクス, 小野浩雅, 坊農秀雅、加野浩一郎, 第8回がんとハイポキシア研究会, 2011年01月29日, 通常, 日本語, 札幌
  259. データベース構築・維持・管理の現場から, 坊農秀雅, 第33回日本分子生物学会年会 第83回日本生化学会大会 合同大会 (BMB2010) 神戸 フォーラム「私たちの論文以外の活動はどう評価されている?~既存の評価軸に乗りづらい研究者の活動をどう評価するか~」, 2010年12月09日, 招待, 日本語, 神戸
  260. 新型DNAシーケンサーからのデータ解析で統合データベースを使い倒すには, 坊農秀雅, 第33回日本分子生物学会年会 第83回日本生化学会大会 合同大会 (BMB2010) 神戸 ワークショプ「新型シーケンサーから得られるデータをどう解釈し活用するか:統合データベースプロジェクトからの提案」, 2010年12月07日, 招待, 日本語
  261. 配列としての遺伝子発現データの解析とその可視化, 白石幸太郎, 坊農秀雅、大久保公策、高木利久, 第33回日本分子生物学会年会 第83回日本生化学会大会 合同大会 (BMB2010), 2010年12月07日, 通常, 日本語, 神戸
  262. 転写制御解析のための遺伝子発現リファレンスデータセット『RefEx』, 小野浩雅, 大久保公策、高木利久、坊農秀雅, 第33回日本分子生物学会年会 第83回日本生化学会大会 合同大会 (BMB2010), 2010年12月07日, 通常, 日本語, 神戸
  263. 次世代シーケンサデータを活用するための目次サイトの構築, 仲里猛留, 坊農秀雅、高木利久, 第33回日本分子生物学会年会 第83回日本生化学会大会 合同大会 (BMB2010), 2010年12月07日, 通常, 日本語, 神戸
  264. ライフサイエンス統合データベースセンターで提供している生命科学系英文執筆支援サービス, 山本泰智, 山口敦子、岩崎渉、坊農秀雅、高木利久, 第33回日本分子生物学会年会 第83回日本生化学会大会 合同大会 (BMB2010), 2010年12月07日, 通常, 日本語, 神戸
  265. 統合データベースプロジェクト, 坊農秀雅, 長浜バイオ大学 バイオサイエンス学部「ゲノム解析学」(2年生) 長浜, 2010年11月11日, 招待, 日本語, 長浜
  266. RefEx: Reference Expression Dataset for Functional Curation of Transcriptomes, Hiromasa Ono, Kosaku Okubo, Toshihisa Takagi, and Hidemasa Bono, Biocuration2010, 2010年10月11日, 通常, 英語, Tokyo
  267. 遺伝子発現参照データセットRefExを活用したがん関連分子標的の解析, 坊農秀雅, 第69回日本癌学会学術総会, 2010年09月22日, 通常, 日本語, 大阪
  268. RefEx: Reference expression dataset for practical use of gene expression data, Hidemasa Bono, Hiromasa Ono, Kousaku Okubo, Toshihisa Takagi, Genome Informatics, 2010年09月15日, 通常, 英語, Hinxton, UK
  269. Functional indexing and curation of next-generation sequencing data, Takeru Nakazato, Hidemasa Bono, Toshihisa Takagi, Genome Informatics, 2010年09月15日, 通常, 英語, Hinxton, UK
  270. 統合データベースプロジェクト:オープンで知のめぐりの良い研究社会を目指して, 坊農秀雅, 第50回生物物理若手の会夏の学校「絶対役立つ!ライフサイエンス統合データベース(LSDB)」, 2010年09月05日, 招待, 日本語, 一宮,愛知
  271. 統合データベースプロジェクトのサービスを使い倒す, 坊農秀雅, 統合データベース講習会: AJACSみちのく, 2010年08月04日, 招待, 日本語, 仙台
  272. 次世代シーケンサの活用法:データの解析法, 坊農秀雅, 統合データベース講習会: AJACSみちのく, 2010年08月04日, 招待, 日本語, 仙台
  273. 統合データベースプロジェクト:ライフ・イノベーションによる知のめぐりのよいオープンな生命科学を目指して, 坊農秀雅, 脳科学研究戦略推進プログラム 課題A,B分科会 セッション2「発見志向の神経科学に向けて」, 2010年07月28日, 招待, 日本語, さっぽろ芸術文化の館,札幌
  274. DDBJ Omics Archive with web-based read annotation pipeline: Data repository and high-throughput analysis for quantitative information from next-generation sequencers, Yuichi Kodama, Eli Kaminuma, Takako Mochizuki, Hidemasa Bono, Hideaki Sugawara, Toshihisa Takagi, Kousaku Okubo, Yasukazu Nakamura, MGED13: High Throughput Sequencing, 2010年07月13日, 通常, 英語, Boston, MA, USA
  275. ライフサイエンス分野のテキストデータのTIBCO Spotfireによる可視化, 坊農秀雅, 第9回Spotfireユーザー会 ワークショップ, 2010年07月02日, 招待, 日本語, 大阪
  276. 遺伝子発現情報を使い倒す〜発現統合のサービスを使い倒す〜, 坊農秀雅, AJACS & 第22回DDBJing 講習会 in 東京, 2010年06月23日, 招待, 日本語, 東京
  277. 統合データベースプロジェクト:オープンで知のめぐりの良い創薬研究を目指して, 坊農秀雅, 統合データベース講演会 in 明治薬科大学, 2010年05月12日, 招待, 日本語, 東京
  278. ブタ卵胞顆粒層細胞の脱分化過程における遺伝子発現の経時的変化および機能解析, 池田知, 沖嘉尚、小野浩雅、坊農秀雅、加野浩一郎, 日本畜産学会第112回大会, 2010年03月28日, 通常, 日本語, 東京
  279. はじめに:統合データベースプロジェクトとは?, 坊農秀雅, 統合データベース講演会: AJACS本郷6, 2010年03月19日, 招待, 日本語, 東京
  280. DNAデータベース総覧と検索、MiGAP、アナトモグラフィー/BodyParts3Dの使い方, 坊農秀雅, 統合データベース講習会: AJACS筑後, 2010年01月18日, 招待, 日本語, 久留米
  281. 生命科学分野のデータベースを統合する仕事:落ちこぼれ大学生が.DB(Doctor of the database)にいたるまで, 坊農秀雅, 東北大学脳科学グローバルCOE キャリアパスセミナー, 2010年01月08日, 招待, 日本語, https://doi.org/10.7875/togotv.2010.007
  282. DDBJ Read Archive and DDBJ Read Annotation Pipeline:An Archive Database and an Analyti- cal Tool for Next-Generation Sequence Data, Eli Kaminuma, Yuichi Kodama, Satoshi Saruhashi, Takeshi Konno, Takako Mochizuki, Hidemasa Bono, Hideaki Sugawara, Kousaku Okubo, Toshihisa Takagi, Yasukazu Nakamura, The 20th International Conference on Genome Informatics (GIW2009), 2009年12月14日, 通常, 英語, Yokohama
  283. 統合データベースプロジェクト:オープンで知のめぐりの良い分子生物学を目指して, 坊農秀雅, 第32回日本分子生物学会年会 ワークショップ「ウェット研究者が情報技術的に自立するために:統合データベースプロジェクトからの提案」, 2009年12月10日, 招待, 日本語, 神戸
  284. ブタ成熟脂肪細胞および顆粒層細胞における脱分化ならびに多能性獲得機構の統合トランスクリプトミクス, 小野浩雅, 坊農秀雅、加野浩一郎, 第32回日本分子生物学会年会, 2009年12月09日, 通常, 日本語, 横浜
  285. 次世代シーケンサーによる配列としての発現データの解析パイプラインと可視化手段の開発, 白石幸太郎, 坊農秀雅、大久保公策、高木利久, 第32回日本分子生物学会年会, 2009年12月09日, 通常, 日本語, 横浜
  286. Identification of non-coding transcripts during mouse adiocyte/osteoblast differentiation, 仲地豊, 徳澤佳美、水野洋介、坊農秀雅、岡崎康司, 第32回日本分子生物学会年会, 2009年12月09日, 通常, 日本語, 横浜
  287. Genome network analyses reveal Id4 as a molecular switch promoting mouse osteoblast differentiation, 徳澤佳美, 八木研、山下泉、仲地豊、二階堂愛、坊農秀雅、二宮裕一、八塚由紀子、穐田真澄、茂木浩未、若菜茂晴、野田哲生、Fred Sablitzky、荒井重紀、黒川理樹、福田亨、片桐岳信、Christian Schoenbach、須田立雄、水野洋介、岡崎康司, 第32回日本分子生物学会年会, 2009年12月09日, 通常, 日本語, 横浜
  288. Text-Related Services in DBCLS, 山本泰智, 山口敦子、坊農秀雅、高木利久, 第32回日本分子生物学会年会, 2009年12月09日, 通常, 日本語, 横浜
  289. Functional analysis pipeline of transcript sequences as gene expression data, 坊農秀雅, 第7回がんとハイポキシア研究会, 2009年12月05日, 通常, 日本語, 京都
  290. 統合データベースプロジェクト:オープンで知のめぐりの良い生命科学を目指して, 坊農秀雅, 統合データベース講演会 in 静岡県立大学, 2009年12月04日, 招待, 日本語, 静岡
  291. 次世代シーケンサーから得られる配列データのTIBCO Spotfireによる可視化, 坊農秀雅, Spotfireユーザー会, 2009年11月10日, 招待, 日本語, 東京
  292. 統合データベースプロジェクト:オープンで知のめぐりの良いバイオサイエンスを目指して, 坊農秀雅, 統合データベース講演会in 東京農業大学, 2009年11月09日, 招待, 日本語, 東京
  293. はじめに:統合データベースプロジェクトとは?」, 坊農秀雅, 統合データベース講習会: AJACSりんくう, 2009年11月06日, 招待, 日本語, 大阪府立大学りんくうキャンパス,大阪
  294. 統合データベースプロジェクト:オープンで知のめぐりの良い医薬研究開発を目指して, 坊農秀雅, 日本製薬情報協議会 情報処理技術検討交換会, 2009年11月05日, 招待, 日本語, 豊中,大阪
  295. Functional organization of transcript sequences as gene expression data, Hidemasa Bono, Kousaku Okubo, Toshihisa Takagi, GENOME INFORMATICS, 2009年10月27日, 通常, 英語, Cold Spring Harbor, New York, USA
  296. 統合データベースプロジェクト, 坊農秀雅, 長浜バイオ大学 バイオサイエンス学部「ゲノム解析学」(2年生), 2009年10月16日, 招待, 日本語, 長浜,滋賀
  297. はじめに、統合TV, 坊農秀雅, 統合データベース講習会: AJACS近江2, 2009年10月16日, 招待, 日本語, 長浜,滋賀
  298. Systematic organization of gene expression data in Japan, Hidemasa Bono, Eli Kaminuma, Yuichi Kodama, Yasukazu Nakamura, Kousaku Okubo, Toshihisa Takagi, 12th International MGED Meeting, focusing on translational genomics and high throughput sequencing, 2009年10月05日, 通常, 英語, Phoenix, Arizona, USA
  299. ライフサイエンス分野の統合データベースの学部や高校教育における活用, 坊農秀雅, 日本遺伝学会第81回大会 ミニ・シンポジウム「自分が興味を持つ遺伝子がどの範囲の環境微生物に存在するのかを探索する方法:環境微生物ゲノム配列からのお宝遺伝子発掘の学部や高校教育における活用」, 2009年09月16日, 招待, 日本語, 松本,長野
  300. はじめに:統合データベースプロジェクトとは?, 坊農秀雅, 統合データベース講習会: AJACS蝦夷2, 2009年09月07日, 招待, 日本語, 札幌
  301. DNAデータベース総覧と検索の使い方, 坊農秀雅, 統合データベース講習会: AJACS三河, 2009年07月10日, 招待, 日本語, 岡崎,愛知
  302. 統合データベースプロジェクト:オープンで知のめぐりの良いライフサイエンス研究を目指して, 坊農秀雅, 統合データベースプロジェクト シンポジウム 2009「データベースが拓くこれからのライフサイエンス」, 2009年06月12日, 招待, 日本語, 東京
  303. 使い倒し事例, 坊農秀雅, 東京大学大学院情報生命科学専攻「Perl演習」, 2009年05月22日, 招待, 日本語, 東京
  304. DBCLS目次サービス(DNAデータベース総覧と検索、遺伝子発現バンク(GEO)目次)の利用法, 坊農秀雅, 統合データベース講習会: AJACS湘南2, 2009年05月15日, 招待, 日本語, 藤沢,神奈川
  305. データベースを使いこなすための前準備, 坊農秀雅, 統合データベース講習会: AJACS本郷4, 2009年04月17日, 招待, 日本語, 東京
  306. Different contribution of retroelements to intergenic transcription units, Saneyuki Higashino, Hidemasa Bono, Kunio Kikuchi, Yasunori Aizawa, 2nd International Conference and Workshop Genomic Impact of Eukaryotic Transposable Elements, 2009年02月06日, 通常, 英語, The Asilomar Conference Center, Pacific Grove, CA, USA
  307. 統合データベースプロジェクトとは?, 坊農秀雅, 統合データベース講習会: AJACS長津田, 2009年01月23日, 招待, 日本語, 横浜
  308. Functional profiling of OMIM data using MeSH vocabulary, Takeru Nakazato, Hidemasa Bono, Hideo Matsuda, Toshihisa Takagi, The 2008 Annual Conference of the Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2008, 2008年12月15日, 通常, 英語, Osaka
  309. 統合データベース構築・維持のための人材育成活動, 坊農秀雅, 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会 合同大会(BMB2008) シンポジウム「ライフサイエンス統合データベースプロジェクト」, 2008年12月10日, 招待, 日本語, 神戸
  310. SFRS10によって癌細胞特異的に選択的スプライシングを受ける遺伝子の抽出, 和田智, 坊農秀雅, 江口英孝, 二宮裕一, 岩佐泰靖, 谷本圭司, 檜山桂子, 岡崎康司, 西山正彦, 第31回日本分子生物学会年会 第81回日本生化学会大会 合同大会 (BMB2008), 2008年12月09日, 通常, 日本語, 神戸
  311. レトロエレメントのポリA付加作用によるほ乳類トランスクリプトームの多様性増大, 東野真之, 坊農秀雅, 菊池邦生, 相澤康則, 第31回日本分子生物学会年会 第81回日本生化学会大会 合同大会 (BMB2008), 2008年12月09日, 通常, 日本語, 神戸
  312. 3T3-L1脂肪細胞分化過程でのChIP-on-chipおよび発現マイクロアレイデータの統合解析による新規PPARγ標的 遺伝子の同定, 仲地豊, 八木研, 二階堂愛, 坊農秀雅, 登内未緒, Christian Schoenbach, 岡崎康司, 第31回日本分子生物学会年会 第81回日本生化学会大会 合同大会 (BMB2008), 2008年12月09日, 通常, 日本語, 神戸
  313. Id4 は骨芽細胞分化と脂肪細胞分化のクロストークを制御する因子である, 山下泉, 八木研, 水野洋介, 徳澤佳美, 二階堂愛, 仲地豊, 八塚由紀子, 二宮裕一, 坊農秀雅, 須田立雄, 岡崎康司, 第31回日本分子生物学会年会 第81回日本生化学会大会 合同大会 (BMB2008), 2008年12月09日, 通常, 日本語, 神戸
  314. ライフサイエンス統合データベースポータルlifesciencedb.jp, 河野信, 坊農秀雅, 全弘宇, 藤枝香, 川本祥子, 高祖歩美, 箕輪真理, 三橋信孝, 永井啓一, 仲里猛留, 西川哲夫, 大野忠, 小野浩雅, 山口敦子, 山本泰智, 八塚茂, 大久保公策, 高木利久, 第31回日本分子生物学会年会 第81回日本生化学会大会 合同大会 (BMB2008), 2008年12月09日, 通常, 日本語, 神戸
  315. 統合TV - 動画によるバイオデータベースとウェブツールの活用法解説サイト, 小野浩雅, 河野信, 大村蓉子, 山口瑤子, 竹若浩一, 川本祥子, 高木利久, 坊農秀雅, 第31回日本分子生物学会年会 第81回日本生化学会大会 合同大会 (BMB2008), 2008年12月09日, 通常, 日本語, 神戸
  316. MeSHを用いた生物学的解釈によるマイクロアレイデータの解析の実際, 仲里猛留, 坊農秀雅, 松田秀雄, 高木利久, 第31回日本分子生物学会年会 第81回日本生化学会大会 合同大会 (BMB2008), 2008年12月09日, 通常, 日本語, 神戸
  317. Life Science Database Portal Site: lifesciencedb.jp, Shin Kawano, Hidemasa Bono, Shoko Kawamoto, Kousaku Okubo, Toshihisa Takagi, 19th International Conference on Genome Informatics (GIW2008), 2008年12月01日, 通常, 英語, Gold Coast, Australia
  318. Functional organization of transcript sequences as gene expression data, Hidemasa Bono, Shoko Kawamoto, Kousaku Okubo, Toshihisa Takagi, 19th International Conference on Genome Informatics (GIW2008), 2008年12月01日, 通常, 英語, Gold Coast, Australia
  319. 低酸素刺激における比較トランスクリプトーム解析, 坊農秀雅, 第6回がんとハイポキシア研究会, 2008年11月29日, 通常, 日本語, 広島
  320. 統合データベースプロジェクト, 坊農秀雅, 東京大学農学部生命化学・工学専修「生物情報科学」(3年生), 2008年11月25日, 招待, 日本語, 東京
  321. 統合データベースプロジェクト:知のめぐりのよいライフサイエンスを目指して, 坊農秀雅, Spotfireユーザー会, 2008年11月07日, 通常, 日本語, 東京
  322. はじめに, 坊農秀雅, 統合データベース講習会: AJACS近江, 2008年10月31日, 招待, 日本語, 長浜,滋賀
  323. 統合データベースプロジェクト:知のめぐりのよいライフサイエンスを目指して, 坊農秀雅, 長浜バイオ大学 バイオサイエンス学部「ゲノム解析学」, 2008年10月31日, 招待, 日本語, 長浜,滋賀
  324. SFRS10 as an immortalization-associated gene in cancer cells: The functional network and roles in alternative splicing, Satoru Wada, Hidetaka Eguchi, Hidemasa Bono, Yuichi Ninomiya, Hiroyasu Iwasa, Keiji Tanimoto, Keiko Hiyama, Yasushi Okazaki, Masahiko Nishiyama, 第67回日本癌学会学術総会, 2008年10月28日, 通常, 日本語, 名古屋
  325. その他DBCLS提供サービスの活用術, 坊農秀雅, 統合データベース講習会: AJACS博多, 2008年10月18日, 招待, 日本語, 福岡
  326. PRACTICAL ORGANIZATION OF SEQUENCE DATA AS GENE EXPRESSION DATA, Hidemasa Bono, Shoko Kawamoto, Kousaku Okubo, Toshihisa Takagi, Genome Informatics, 2008年09月10日, 通常, 英語, Hinxton, UK
  327. Japan started data-sharing center for publicly-funded biomedical science, Kousaku Okubo, Shoko Kawamoto, Hidemasa Bono, Toshihisa Takagi, Genome Informatics, 2008年09月10日, 通常, 英語, Hinxton, UK
  328. 統合データベースを使い倒す, 坊農秀雅, 統合データベース講習会: AJACS蝦夷, 2008年08月29日, 招待, 日本語, 札幌
  329. 統合データベースプロジェクト:知のめぐりのよい生命科学研究を目指して, 坊農秀雅, Ingenuity Pathways Analysis ユーザーミーティング, 2008年08月27日, 招待, 日本語, 東京
  330. 統合DBプロジェクトとライフサイエンス統合DBセンター, 坊農秀雅, 日本進化学会第10回東京大会 ワークショップ「統合データベースの活用法:ゲノム情報などを使いこなした効率的な研究のために」, 2008年08月23日, 招待, 日本語, 東京
  331. Id4 は骨芽細胞分化と脂肪細胞分化のクロストークを制御する因子である, 山下泉, 八木研、水野洋介、徳澤佳美、二階堂愛、仲地豊、八塚由紀子、二宮祐一、坊農秀雅、須田立雄、岡崎康司, 第13回アディポサイエンス研究会シンポジウム, 2008年08月21日, 通常, 日本語, 大阪
  332. ライフサイエンス統合データベースプロジェクト, 高木利久, 坊農秀雅、全弘宇、藤枝香、川本祥子、河野信、高祖歩美、峰崎雄一、箕輪真理、三橋信孝、永井啓一、仲里猛留、西川哲夫、大野忠、小野浩雅、山口敦子、山本泰智、八塚茂、大久保公策, 第28回日本糖質学会年会, 2008年08月18日, 通常, 日本語, つくば
  333. Perl基礎, 坊農秀雅, 東京大学理学部生物情報科学学部教育プログラム「生物情報科学実験」, 2008年08月04日, 招待, 日本語, 東京
  334. バイオインフォマティクス, 坊農秀雅, がんプロフェッショナル養成プラン e-ラーニング講義, 2008年08月02日, 招待, 日本語, 日高,埼玉
  335. GFIT(Gene Function Identification Tool)の歴史, 坊農秀雅, ゲノム情報利用ワークショップ2008, 2008年07月11日, 招待, 日本語, 木更津
  336. 使いこなすための最低限のコンピュータ使いこなし術、DBCLS独自サービス「目次」、「カタログ」系の使いこなし術、教育・人材育成のリソース紹介他, 坊農秀雅, 統合データベース講習会: AJACS本郷1, 2008年07月03日, 招待, 日本語, 東京
  337. 統合データベースプロジェクトとライフサイエンス統合データベースセンター, 坊農秀雅, 統合データベース講習会: AJACS湘南, 2008年05月30日, 招待, 日本語, 藤沢,神奈川
  338. ライフサイエンス統合データベースポータル lifesciencedb.jp, 河野信, 坊農秀雅、全弘宇、藤枝香、川本祥子、高祖歩美、峰崎雄一、箕輪真理、三橋信孝、永井啓一、仲里猛留、西川哲夫、大野忠、小野浩雅、山口敦子、山本泰智、八塚茂、大久保公策、高木利久, 日本分子生物学会第8回春期シンポジウム, 2008年05月26日, 通常, 日本語, 札幌
  339. バイオインフォマティクス, 坊農秀雅, 埼玉医科大学大学院講義「実用実験医学」, 2008年04月28日, 招待, 日本語, 日高,埼玉
  340. FUNCTIONAL ANALYSIS OF GROUPS OF GENES WITH MESH HIERARCHY, Takeru Nakazato, Hidemasa Bono, Hideo Matsuda, Toshihisa Takagi, SYSTEMS BIOLOGY:GLOBAL REGULATION OF GENE EXPRESSION, 2008年03月27日, 通常, 英語, Cold Spring Harbor, New York, USA
  341. ブタ成熟脂肪細胞および卵胞顆粒層細胞における脱分化機構の網羅的解析, 小野浩雅, 坊農秀雅、岡崎康司、加野浩一郎, 第7回日本再生医療学会総会, 2008年03月13日, 通常, 日本語, 名古屋
  342. 統合データベースプロジェクトとライフサイエンス統合データベースセンター, 坊農秀雅, 統合データベース講習会 AJACS東京, 2008年03月05日, 招待, 日本語, 東京
  343. 使い倒し系バイオインフォマティクス, 坊農秀雅, 岩手大学21世紀COEプログラム COEフォーラム, 2008年02月28日, 招待, 日本語, 盛岡
  344. 使い倒し系バイオインフォマティクスによる遺伝子発現情報解析, 坊農秀雅, 統合データベース講演会 in 長浜バイオ大学, 2008年01月25日, 招待, 日本語, 長浜,滋賀
  345. TogoTV - a broadcast station of tutorial movies about bioinformatics resources, Shin Kawano, Hiromoasa Ono, Hidemasa Bono, Shoko Kawamoto, Toshihisa Takagi, 2007年日本バイオインフォマティクス学会年会 (JSBi2007), 2007年12月17日, 通常, 英語, Tokyo
  346. ゲノムセントラルな遺伝子発現情報融通システムYUZ(柚子), 坊農秀雅, 第30回日本分子生物学会年会 第80回日本生化学会大会 合同大会 (BMB2007), 2007年12月11日, 通常, 日本語, 横浜
  347. ライフサイエンス統合データベースセンターにおけるデータベースポータル構築, 河野信, 小野浩雅、仲里猛留、坊農秀雅、岡本忍、中村保一、川本祥子、大久保公策、高木利久, 第30回日本分子生物学会年会 第80回日本生化学会大会 合同大会 (BMB2007), 2007年12月11日, 通常, 日本語, 横浜
  348. ライフサイエンス統合データベース基盤整備のためのデータベースポータル構築:WINGpro, 黒田雅子, 小池俊行、安田絵美、佐藤早苗、藤田晶子、河村明子、川越千晴、坊農秀雅、川島秀一、谷口丈晃、川本祥子、高木利久, 第30回日本分子生物学会年会 第80回日本生化学会大会 合同大会 (BMB2007), 2007年12月11日, 通常, 日本語, 横浜
  349. ライフサイエンス統合データベースプロジェクトの課題と成果, 川本祥子, 坊農秀雅、池田佳代子、河野信、三橋信孝、峰崎雄一、永井啓一、西川哲夫、小野浩雅、山口敦子、山本泰智、大久保公策、高木利久, 第30回日本分子生物学会年会 第80回日本生化学会大会 合同大会 (BMB2007), 2007年12月11日, 通常, 日本語, 横浜
  350. MeSH termsを用いた生物学的機能付与による遺伝子群の解析手法の開発, 仲里猛留, 滝中徹、坊農秀雅、麻生川稔、松田秀雄, 第30回日本分子生物学会年会 第80回日本生化学会大会 合同大会 (BMB2007), 2007年12月11日, 通常, 日本語, 横浜
  351. タ成熟脂肪細胞および顆粒膜細胞における脱分化機構の網羅的解析, 小野浩雅, 坊農秀雅、岡崎康司、加野浩一郎, 第30回日本分子生物学会年会 第80回日本生化学会大会 合同大会 (BMB2007), 2007年12月11日, 通常, 日本語, 横浜
  352. ゲノム創薬標的の同定と機能解析~ 遺伝子ネットワークの解析から ~, 和田智, 坊農秀雅, 檜山桂子, 谷本圭司, 岡崎康司, 西山正彦, 第30回日本分子生物学会年会 第80回日本生化学会大会 合同大会 (BMB2007), 2007年12月11日, 通常, 日本語, 横浜
  353. ChIP-on-chip Analysis for PPARg-regulated Genes in human THP-1 Macrophage, 仲地豊, 八木研、坊農秀雅、岡崎康司, 第30回日本分子生物学会年会 第80回日本生化学会大会 合同大会 (BMB2007), 2007年12月11日, 通常, 日本語, 横浜
  354. 統合TVによるがんとハイポキシア研究の推進, 坊農秀雅, 第5回 がんとハイポキシア研究会, 2007年12月01日, 通常, 日本語, 柏
  355. YUZ: an environment for integration AND ANALYSIS of gene regulatory networks, Hidemasa Bono, Shin Kawano, Shoko Kawamoto, Toshihisa Takagi, GENOME INFORMATICS, 2007年11月01日, 通常, 英語, Cold Spring Harbor, New York, USA
  356. 使い倒し系バイオインフォマティクスによる知のめぐりのよい生物学研究への招待, 坊農秀雅, 日本大学生物資源科学部大学院特別講義, 2007年10月19日, 招待, 日本語, 藤沢,神奈川
  357. トランスクリプトームからの代謝経路の解析, 坊農秀雅, 東京大学大学院農学生命科学研究科「情報生命工学」, 2007年10月16日, 招待, 日本語, 東京
  358. An approach to decifer gene regulatory networks from the federation of databases in life science, Hidemasa Bono, Shin Kawano, Shoko Kawamoto, Toshihisa Takagi, FUNCTIONAL GENOMICS & SYSTEMS BIOLOGY, 2007年10月10日, 通常, 英語, Hinxton, UK
  359. PerlとPerlモジュール、Rを用いたバイオインフォマティクスプログラミング, 坊農秀雅, 金沢工業大学大学院知的創造システム専攻「バイオインフォマティクス基礎特論」, 2007年10月03日, 招待, 日本語, 東京
  360. 遺伝子発現解析の基礎, 坊農秀雅, 金沢工業大学大学院知的創造システム専攻「バイオインフォマティクス基礎特論」, 2007年09月26日, 招待, 日本語, 東京
  361. ブタ成熟脂肪細胞および顆粒膜細胞における脱分化機構の網羅的解析, 小野浩雅, 坊農秀雅、岡崎康司、遠藤克、加野浩一郎, 日本畜産学会第108回大会, 2007年09月26日, 通常, 日本語, 岡山大学津島キャンパス
  362. ゲノム解析, 坊農秀雅, 金沢工業大学大学院知的創造システム専攻「バイオインフォマティクス基礎特論」, 2007年09月19日, 招待, 日本語, 東京
  363. バイオインフォマティクスの歴史, 坊農秀雅, 金沢工業大学大学院知的創造システム専攻「バイオインフォマティクス基礎特論」, 2007年09月12日, 招待, 日本語, 東京
  364. 分子生物学の基礎, 坊農秀雅, 金沢工業大学大学院知的創造システム専攻「バイオインフォマティクス基礎特論」, 2007年09月05日, 招待, 日本語, 東京
  365. Perl実戦ー使い倒し系バイオインフォマティクス入門, 坊農秀雅, 東京大学理学部生物情報科学学部教育プログラム「生物情報科学実験」(Perl基礎), 2007年08月27日, 招待, 日本語, 東京
  366. バイオインフォマティクス, 坊農秀雅, 埼玉医科大学大学院講義「実用実験医学」, 2007年05月17日, 招待, 日本語, 日高,埼玉
  367. Ensemblによるゲノムアノテーションの利用, 坊農秀雅, 国立感染症研究所学友会シンポジウム, 2007年03月20日, 招待, 日本語, 東京
  368. 使い倒し系バイオインフォマティクスによる知のめぐりのよい生物学研究のすすめ, 坊農秀雅, お茶の水女子大学「魅力ある大学院教育」第6回バイオインフォマティクスへの招待, 2007年03月16日, 招待, 日本語, 東京
  369. ゲノムアノテーション使い倒してますか?, 坊農秀雅, 第一回機能ゲノミクス研究会/ゲノム情報利用ワークショップ2007, 2007年02月02日, 招待, 日本語, 木更津
  370. 筋分化の転写因子結合サイトと遺伝子発現データの統合解析手法の開発, 小野浩雅, 風間智彦、岡崎康司、加野浩一郎、坊農秀雅, 日本分子生物学会2006フォーラム, 2006年12月06日, 通常, 日本語, 名古屋
  371. マイクロアレイデータからのパスウェイ解析, 坊農秀雅, 慶應義塾大学理工学研究科特別講義, 2006年11月20日, 招待, 日本語, 川崎,神奈川
  372. ハイポキシアのコミュニティーウェブサイト・データベースの構築に向けて, 坊農秀雅, 第4回がんとハイポキシア研究会, 2006年11月17日, 通常, 日本語, 京都
  373. Spotfire DecisionSiteを用いたバイオインフォマティクス事例集, 坊農秀雅, 小野浩雅、神田将和、仲里猛留、仲地豊、二階堂愛, 第四回Spotfireユーザー会, 2006年11月09日, 通常, 日本語, 汐留,東京
  374. Expression data integration: application of SayaMatcher to practical microarray analysis, Hidemasa Bono, Receptor tyrosine kinase (RTK) training cource (Workshop on The Seventh International Conference on Systems Biology), 2006年10月12日, 招待, 英語, 東京
  375. MINING GENE REGULATORY NETWORKS WITH SAYAMATCHER, Hidemasa Bono, Joint Cold Spring Harbor Laboratory/ Wellcome Trust Meeting on Genome Informatics, 2006年09月13日, 通常, 英語, Hinxton, Cambridge, UK
  376. トランスクリプトームからの代謝経路解析の実際, 坊農秀雅, 科学技術振興機構 バイオインフォマティクス推進センター(BIRD)ゲノムリテラシー講座, 2006年07月19日, 招待, 日本語, 東京
  377. Comparative transcriptomes under hypoxic stress, Hidemasa Bono, Cell Biology Summer Meeting (CBSM) 2006, 2006年07月08日, 招待, 英語, 箱根,神奈川
  378. SayaMatcher: genome scale organization and systematic analysis of transcription factor binding sites, Hidemasa Bono, 20th IUBMB International Congress of Biochemistry and Molecular Biology, 2006年06月18日, 通常, 英語, Kyoto
  379. ヒトゲノム応答配列に基づいた新規ステロイドホルモン応答遺伝子の同定, 堀江公仁子, 高山賢一、坊農秀雅、大内尉義、岡崎康司、井上聡, 第79回日本内分泌学会学術総会, 2006年05月19日, 通常, 日本語, 神戸
  380. Hacking regulome with SayaMatcher, 坊農秀雅, 2006年04月17日, 招待, 日本語, 東京大学医科学研究所
  381. Comparative transcriptome analyses of metabolic pathway activity under hypoxic stress, Hidemasa Bono, Yutaka Nakachi, Ken Yagi, Itoshi Nikaido, Yasushi Okazaki, The 50th Anniversary of Oxygenases - Advances and Reflections - ( The 14th Takeda Science Foundation Symposium on Bioscience), 2006年04月10日, 通常, 英語, Kyoto
  382. Exploring transcription regulatory network with SayaMatcher, Hidemasa Bono, Omix Informatics Symposium, 2006年03月21日, 招待, 英語, 東京
  383. Cross-species transcriptome comparisons under hypoxic stress, 坊農秀雅, 八木研、仲地豊、Lorenza D'alessandro, Alessandra Gentile, Enzo Medico, 林崎良英、岡崎康司, 第3回がんとハイポキシア研究会, 2006年03月04日, 通常, 日本語, 大阪
  384. トランスクリプトームからの代謝経路の解析ー高等真核生物における低酸素ストレスのレギュローム解析に向けて, 坊農秀雅, 産業技術総合研究所 生命情報科学研究センターセミナー, 2006年02月17日, 招待, 日本語, 東京
  385. Ensmartなゲノムブラウザーの使い方ー葉山edition, 坊農秀雅, 総合研究大学院大学特別講義, 2006年02月02日, 招待, 日本語, 葉山,神奈川
  386. 腫瘍におけるマイクロアレイデータ解析ーゲノム情報に基づいた代謝経路解析への応用, 坊農秀雅, 第4回 三島脳腫瘍シンポジウム, 2006年01月13日, 招待, 日本語, 三島
  387. SayaMatcher and its practical application to molecular biology, 坊農秀雅, 第2回オープンバイオ研究会, 2005年12月19日, 通常, 日本語, 横浜, 発表資料
  388. ゲノムスケールの転写因子結合サイト解析, 坊農秀雅, 東京大学農学生命情報科学大学院教育研究ユニット アグリバイオインフォマティクスセミナー, 2005年12月16日, 招待, 日本語, 東京
  389. マイクロアレイデータからの代謝経路の解析, 坊農秀雅, 九州大学大学院 生物資源環境科学研究府 遺伝子資源工学専攻 セミナー, 2005年12月10日, 招待, 日本語, 福岡
  390. 低酸素刺激のトランスクリプトーム比較解析, Hidemasa Bono, Ken Yagi, Yutaka Nakachi, Lorenza D'alessandro, Alessandra Gentile, Enzo Medico, Yoshihide Hayashizaki, Yasushi Okazaki, 第28回日本分子生物学会年会, 2005年12月07日, 通常, 日本語, 福岡
  391. マクロファージにおけるPPARγ結合領域同定を目的としたChIP on chip解析, Yutaka Nakachi, Itoshi Nikaido, Ken Yagi, Mio Tonouchi, Hidemasa Bono, Yasushi Okazaki, 第28回日本分子生物学会年会, 2005年12月07日, 通常, 日本語, 福岡
  392. 肝臓トランスクリプトームと血清脂質マーカーの情報を統合した連鎖解析による疾患遺伝子の発見, Itoshi Nikaido, Minowa M., Yagi K., Sakuraba Y., Bono H., Gondo Y., Noda T., Shiroishi T., Hayashizaki Y., Okazaki Y., 第28回日本分子生物学会年会, 2005年12月07日, 通常, 日本語, 福岡
  393. 代謝経路を調節するシグナル伝達ネットワークのリバースエンジニアリングに向けて, 坊農秀雅, 東京大学大学院 新領域創成科学研究科 情報生命科学専攻 セミナー, 2005年11月25日, 招待, 日本語, 柏,千葉
  394. これから始めるバイオインフォマティクス-ゲノム配列解析と遺伝子発現データ解析の基礎, 坊農秀雅, テクノシステム セミナー, 2005年11月11日, 招待, 日本語, 東京
  395. ゲノムスケールの転写因子結合サイトと遺伝子発現データの統合解析環境の構築, 坊農秀雅, 大阪大学大学院情報科学研究科 バイオ情報工学専攻 ゲノム情報工学研究発表会, 2005年11月03日, 招待, 日本語, 豊中,大阪
  396. トランスクリプトームからの代謝経路の解析, 坊農秀雅, 東京大学大学院農学生命科学研究科 大学院講義「情報生命工学」, 2005年11月01日, 招待, 日本語, 東京
  397. オープンソースのゲノム配列解析環境, 樋口千洋, 坊農秀雅, 関西オープンソース2005, 2005年10月28日, 通常, 日本語, 大阪
  398. 実戦的な遺伝子発現データと転写因子予測結合サイトの統合解析, 坊農秀雅, ゲノム情報利用ワークショップ2005, 2005年10月11日, 招待, 日本語, かずさアーク,木更津
  399. 中枢神経胚細胞腫瘍におけるcDNA array解析の可能性, 西川亮, 坊農秀雅、岡崎康司、松谷雅生, 第64回日本脳神経外科学会総会, 2005年10月05日, 通常, 日本語, 横浜
  400. SayaMatcher:ゲノムスケールの転写因子結合サイト予測とゲノムアノテーション情報の統合解析環境, 坊農秀雅, 東京大学理学部生物化学科 セミナー, 2005年09月30日, 招待, 日本語, 東京
  401. バイオインフォマティクス基礎講義-ゲノム配列解析と遺伝子発現データ解析の基礎, 坊農秀雅, 岡山大学 現代的教育ニーズ取組支援プログラム, 2005年09月05日, 招待, 日本語, 岡山
  402. 実践系バイオインフォマティクス(マイクロアレイデータ解析編), 坊農秀雅, 第45回 生化学若い研究者の会夏の学校, 2005年08月19日, 招待, 日本語, 京都
  403. Gene expression linkage analysis to predict gene regulatory networks of fat metabolism, Itoshi Nikaido, Minowa O., Yagi K., Bono H., Noda T., Shiroishi T., Hayashizaki Y., Okazaki Y., 4th Annual meeting of the complex trait consortium, 2005年06月26日, 通常, 英語, Groningen, the Netherlands
  404. The study of transcriptional regulation by genome-wide analysis of nuclear receptor response elements, 坊農秀雅, DNAチップ研究所 講演会, 2005年06月09日, 招待, 日本語, 横浜
  405. The study of transcriptional regulation by genome-wide analysis of nuclear receptor response elements, Hidemasa Bono, HGM2005 (HUGO's 10th Human Genome Meeting), 2005年04月18日, 通常, 英語, Kyoto
  406. Development of genome-scale oligonucleotide microarray system for the detection of binding sites of transcription factors, Yutaka Nakachi, Nikaido I., Yagi K., Tonouchi M., Bono H., Okazaki Y, HGM2005 (HUGO's 10th Human Genome Meeting), 2005年04月18日, 通常, 英語, Kyoto
  407. SayaMatcher: genome scale organization and systematic analysis of nuclear receptor response elements, Hidemasa Bono, Systems Biology: Global Regulation of Gene Expression, 2005年03月17日, 通常, 英語, Cold Spring Harbor, NY, USA
  408. Gene expression linkage analysis to predict gene regulatory networks of fat metabolism, Itoshi Nikaido, Ken Yagi, Hidemasa Bono, Yasushi Okazaki, Systems Biology: Global Regulation of Gene Expression, 2005年03月17日, 通常, 英語, Cold Spring Harbor, NY, USA
  409. ゲノムスケールの核内受容体標的配列コンピュータ解析システムSayaMatcher, 坊農秀雅, 第27回日本分子生物学会年会, 2004年12月08日, 通常, 日本語, 神戸
  410. ジェネティクスとトランスクリプトームの統合による脂質代謝の遺伝子ネットワークの解明, Itoshi Nikaido, Ken Yagi, Hidemasa Bono, Yasushi Okazaki, 第27回日本分子生物学会年会, 2004年12月08日, 通常, 日本語, 神戸
  411. ChIP on chip によるゲノムスケールでの転写因子結合領域探索の試み, Yutaka Nakachi, Itoshi Nikaido, Ken Yagi, Mio Tonouchi, Hidemasa Bono, Yasushi Okazaki, 第27回日本分子生物学会年会, 2004年12月08日, 通常, 日本語, 神戸
  412. ゲノム情報に基づく新規アンドロゲン応答配列群の同定, 堀江公仁子, 坊農秀雅、岡崎康司、井上聡, 第27回日本分子生物学会年会, 2004年12月08日, 通常, 日本語, 神戸
  413. ゲノムスケールの転写因子結合サイト予測とマイクロアレイデータの統合による遺伝子ネットワーク予測, 坊農秀雅, 第二回 スポットファイアー 日本ユーザー会, 2004年11月11日, 招待, 日本語, 東京
  414. 核内受容体制御配列のゲノム規模的なコンピュータ解析, 坊農秀雅, 第二回 埼玉医科大学 ゲノム医学研究センター 研究発表会, 2004年11月02日, 通常, 日本語, 埼玉
  415. Systematic analysis of nuclear receptor responsive elements in a genome scale, Hidemasa Bono, 14th International Workshop Beyond the Identification of Transcribed Sequences: Functional, Expression and Evolutionary Analysis (BITS), 2004年10月29日, 通常, 英語, Kazusa, Chiba
  416. Genome scale organization and systematic analysis of nuclear receptor responsive elements, Hidemasa Bono, 12th International conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) and 3rd European Conference on Computational Biology (ECCB), 2004年07月31日, 通常, 英語, Glasgow, UK
  417. SayaMatcher, Hidemasa Bono, 2004 Bioinformatics Open Source Conference (BOSC), 2004年07月29日, 通常, 英語, Glasgow, UK
  418. Cross referencing framework for comparative functional genomics, Hidemasa Bono, Yasushi Okazaki, 第26回日本分子生物学会年会, 2003年12月10日, 通常, 日本語, 神戸
  419. Cross referencing resource for functional genomics, Hidemasa Bono, Yasushi Okazaki, Comparative and Functional Genomics Workshop, 2003年11月02日, 通常, 英語, Hinxton Hall Conference Centre, The Wellcome Trust Genome Campus, Cambridgeshire, UK
  420. Transcriptomics, 坊農秀雅, 阪大学大学院情報科学研究科 バイオ情報工学専攻 ゲノム情報工学講座 松田研究室 研究室合宿, 2003年10月31日, 招待, 日本語, 四條畷,大阪
  421. トランスクリプトーム解析, 坊農秀雅, Genome Technology Business Forum 2003 & BioIT World Japan 2003, 2003年09月18日, 招待, 日本語, 東京
  422. 遺伝子機能予測:これまでとこれから, 坊農秀雅, かずさDNA研究所バイオインフォマティクスセミナー, 2003年09月05日, 招待, 日本語, 木更津
  423. バイオインフォマティクス ゲノム配列から機能解析へ, 坊農秀雅, 宇都宮大学遺伝子実験施設セミナー, 2003年06月23日, 招待, 日本語, 宇都宮
  424. Practical application of GO annotation in the FANTOM project, Hidemasa Bono, International Workshop on Ontology and Genome, 2003年05月20日, 招待, 英語, 東京
  425. ゲノムがトランスクリプトームに出会うとき:60,770個のマウス完全長cDNAの機能アノテーションによって可能となったマウストランスクリプトームの体系的な遺伝子発現プロファイル解析, 坊農秀雅, Spotfire主催セミナー, 2003年05月06日, 招待, 日本語, 東京
  426. 求む!バイオIT技術者 〜バイオインフォマティクス最前線の研究者からのメッセージ〜, 坊農秀雅, バイオITアカデミー 特別講演, 2003年04月05日, 招待, 日本語, 東京
  427. Comprehensive analysis of the mouse metabolome based on the transcriptome, Hidemasa Bono, Itoshi Nikaido, Takeya Kasukawa, Yoshihide Hayashizaki, Yasushi Okazaki, Systems Biology: Genomic Approaches to Transcriptional Regulation, 2003年03月06日, 通常, 英語, Cold Spring Harbor Laboratory, NY, USA
  428. Systematic expression profiling of the mouse transcriptome using RIKEN cDNA microarrays, Yasushi Okazaki, Bono, H., Yagi, K., Kasukawa, T., Nikaido, I., Tominaga, N., Miki, R., Mizuno, Y., Tomaru, Y., Goto, H., Nitanda, H., Shimizu, D., Makino, H., Morita, T., Fujiyama, J., Sakai, T., Shimoji, T., RIKEN GER Group Members, and Hayashizaki, Y., Systems Biology: Genomic Approaches to Transcriptional Regulation, 2003年03月06日, 通常, 英語, Cold Spring Harbor Laboratory, NY, USA
  429. 遺伝子発現プロフィールとプロテオームによる遺伝子ネットワーク解析, 坊農秀雅, 平成12年度採用基礎科学特別研究員研究成果発表会, 2003年01月31日, 通常, 日本語, 和光, 埼玉
  430. EnsEmblの織りなすゲノムリソースの見事な調和, 坊農秀雅, 生物学者による情報処理技術研究会・第二回交流会, 2003年01月28日, 招待, 日本語, 三島
  431. バイオインフォマティクス-機能ゲノム科学になくてはならないもの, 坊農秀雅, 埼玉大学総合情報処理センター講演会, 2003年01月21日, 招待, 日本語, さいたま
  432. Metabolome analysis of mouse transcriptome, Hidemasa Bono, Kasukawa, T., Furuno, M., Nikaido, I., Hayashizaki, Y., and Okazaki, Y., 3rd International Conference on Systems Biology, 2002年12月13日, 通常, 英語, Stockholm, Sweden
  433. マウストランスクリプトームのメタボローム解析, 坊農秀雅, Kasukawa, T., Nikaido, I., Furuno, M., Hayashizaki, Y., and Okazaki, Y, 第25回日本分子生物学会年会, 2002年12月11日, 通常, 日本語, 横浜
  434. Progress to construct the Mouse Full-Length libraries, Shiraki, T., Carninci, P., Arakawa, T., Ishii, Y., Sasaki, D., Konno, H., Nakamura, M., Sato, K., Hirozane-Kishikawa, T., Sakazume, N., Bono, H., Kondo, S., Waki, K., Okazaki, Y., Shibata, K., Itoh, M., Aizawa, K., Kawai, J., and Hayashizaki, Y., 第25回日本分子生物学会年会, 2002年12月11日, 通常, 日本語, 横浜
  435. FANTOM2アノテーションシステム, Takeya Kasukawa, Furuno, M., Nikaido, I., Bono, H., Hayashizaki, Y., and Okazaki, Y., 第25回日本分子生物学会年会, 2002年12月11日, 通常, 日本語, 横浜
  436. Discovery of the novel imprinted genes from huge transcriptome using RIKEN cDNA microarray and bioinformatics approach, Itoshi Nikaido, Saito, C., Mizuno, Y., Meguro, M., Oshimura, M., Yamanaka, I., Kiyosawa, H., Bono, H., Hayashizaki, Y., and Okazaki, Y., 第25回日本分子生物学会年会, 2002年12月11日, 通常, 日本語, 横浜
  437. 基底膜大量発現細胞における分子機構-cDNAマイクロアレイを用いた解析, Futaki, S., Hayashi, Y., Yamamoto-Sugimoto, M., Yagi, K., Bono, H., Okazaki, Y., Hayashizaki, Y., and Sekiguchi, K., 第25回日本分子生物学会年会, 2002年12月11日, 通常, 日本語, 横浜
  438. 個体変異解析のためのバイオインフォマティクス, 坊農秀雅, 計測自動制御学会 システム・情報部門学術講演会2002, 2002年11月15日, 招待, 日本語, 東京
  439. Expression profiling of parietal endoderm cells and development of systems for large scale production of laminins, Hayashi, Y., Futaki, S., Yagi, K., Bono, H., Hayashizaki, Y., Okazaki, Y., and Sekiguchi, K., The Fifteenth Annual and International Meeting of Japanese Association for Animal Cell Technology (JAACT2002 FUCHU), 2002年11月11日, 通常, 日本語, Tokyo
  440. ゲノムから機能ゲノム科学へ, 坊農秀雅, 横浜バイオテクノロジー懇談会 平成14年度第1回リカレント講座/横浜市立大学リカレント講座「バイオインフォマティクス その概要と実際」, 2002年10月30日, 招待, 日本語, 横浜
  441. bioinformatics, 坊農秀雅, 第75回日本生化学会大会 モーニングレクチャー, 2002年10月15日, 招待, 日本語, 京都
  442. Research Environment Associated with READ (RIKEN Expression Array Database), Hidemasa Bono, 5th Microarray Gene Expression Data Society Meeting, 2002年09月24日, 通常, 英語, Tokyo
  443. Practical application of GO to RIKEN mouse cDNA clones, Hidemasa Bono, Kasukawa, T., Furuno, M., Nikaido, I., Hayashizaki, Y., Okazaki, Y., and FANTOM Consortium, Gene Ontology Users Meeting, 2002年09月09日, 通常, 英語, Hinxton, UK
  444. Funtome to Transcriptome: Minging Gene Expression Patterns with FANTOM2, Hidemasa Bono, Kasukawa, T., Furuno, M., Nikaido, I., Hayashizaki, Y., Okazaki, Y., and FANTOM Consortium, 2nd Joint Cold Spring Harbor Laboratory / Wellcome Trust Conference on Genome Informatics, 2002年09月04日, 通常, 英語, Hinxton, UK
  445. 機能予測から機能注釈へ- FANTOM (Functional Annotation of Mouse) の経験から, 坊農秀雅, 日本発生生物学会第35回大会 ワークショップ 『発生研究のためのEST発現データベース構築』, 2002年05月21日, 招待, 日本語, 横浜
  446. Progress to construct the mouse full-length cDNA encyclopedia, Piero Carninci, Shibata, K., Itoh, M., Arakawa, T., Ishii, Y., Yasunishi, A., Sasaki, D., Konno, H., Sato, K., Shiraki, T., Hirozane, T., Nakamura, M., Aizawa, K., Bono, H., Kondo, S., Yoshiki, A., Okazaki, Y., Kawai, J., and Hayashizaki, Y., Genome Sequencing & Biology, 2002年05月07日, 通常, 英語, Cold Spring Harbor Laboratory, NY, USA
  447. RIKEN mouse encyclopedia: full-length cDNA collection with well curated functional annotation (FANTOM2), Yasushi Okazaki, Hayashizaki, Y., RIKEN Phase1 group, Phase2 group, microarray group, PPI group, and FANTOM consortium, Genome Sequencing & Biology, 2002年05月07日, 通常, 英語, Cold Spring Harbor Laboratory, NY, USA
  448. FANTOM EPISODE II - Metabolome Analysis of the Clones, Hidemasa Bono, Nikaido, I., Hayashizaki, Y., and Okazaki, Y., FANTOM2 Cherry Blossum Meeting, 2002年04月29日, 通常, 英語, Yokohama
  449. Transcriptome analysis of RIKEN mouse cDNA library and microarray with FANTOM2 MATRICS, Hidemasa Bono, Yagi, K., Nikaido, I., Kasukawa, T., Carninci, P., Hayashizaki, Y., and Okazaki, Y., FANTOM2 Cherry Blossum Meeting, 2002年04月29日, 通常, 英語, Yokohama
  450. MaXML: Functional Annotation of Mouse cDNA clones in XML, Hidemasa Bono, Takeya Kasukawa, Workshop on Natural Language Processing and ontology building in biology, 2002年02月18日, 招待, 日本語, 東京
  451. READ: RIKEN Expression Array Database, Hidemasa Bono, Kasukawa, T., Hayashizaki, Y. and Okazaki, Y., The Fourth International Meeting on Microarray Data Standards, Annotations, Ontologies, and Databases(MGED4), 2002年02月13日, 通常, 英語, Boston, MA, USA
  452. READ: RIKEN Expression Array Database, Hidemasa Bono, 特定領域研究C「ゲノム」公開シンポジウム, 2002年01月12日, 通常, 日本語, 神戸
  453. READ: Practical analysis system of mouse transcriptome with the FANTOM database, Hidemasa Bono, Kasukawa, T., Nikaido, I., Furuno, M., Hayashizaki, Y. and Okazaki, Y., The Twelfth International Conference on Genome Informatics (GIW2001), 2001年12月17日, 通常, 英語, Tokyo
  454. RINGENE: READ(RIKEN Expression Array Database) Integrates Gene Expression Neighbor, Hidemasa Bono, Kasukawa, T., Miki, R., Hayashizaki, Y. and Okazaki, Y., 第24回日本分子生物学会年会, 2001年12月09日, 通常, 日本語, 横浜
  455. FANTOM2 - マウス完全長 cDNA に対する高次機能アノテーションへ向けて, Furuno, M., Kasukawa, T., Bono, H., Nikaido, I., Saito, R., Suzuki, H., Sakai,K., Okazaki, Y., and Hayashizaki, Y., 第24回日本分子生物学会年会, 2001年12月09日, 通常, 日本語, 横浜
  456. cDNA microarray と NOD congenic mouse を用いた糖尿病関連疾患遺伝子群のゲノム解析, Miki, R., Yagi, K., Bono, H., Nikaido, I., Carninci, P., Kiyosawa, H., Yamanaka, I., Lyons, P., Todd, J., Hayashizaki, Y., and Okazaki, Y., 第24回日本分子生物学会年会, 2001年12月09日, 通常, 日本語, 横浜
  457. Progress to construct the Mouse Full-Length cDNA Encyclopedia, Piero Carninci, Shibata, K., Itoh, M., Arakawa, T., Ishii, Y., Yasunishi, A., Sasaki, D., Konno, H., Sato, K., Hayatsu, N., Shiraki, T., Hirozane, T., Aizawa, K., Bono, H., Kondo, S., Waki, K., Kawai, J., Yoshiki, A., Okazaki, Y., and Hayashizaki, Y., 第24回日本分子生物学会年会, 2001年12月09日, 通常, 日本語, 横浜
  458. マウスのタンパク質間相互作用データと遺伝子発現データの統合環境とその解析, Saito, R., Suzuki, H., Kagawa, I., Miki, R., Bono, H., Konno, H., Okazaki, Y., and Hayashizaki, Y., 第24回日本分子生物学会年会, 2001年12月09日, 通常, 日本語, 横浜
  459. Immune chip, RIKEN mouse 19K マイクロアレイによるMRL/MpJ-Faslpr マウスの遺伝子発現解析, Sakai, T., Kadomura, M., Carninci, P., Shiraki, T., Nikaido, I., Kasukawa, T.,Bono, H., Mizuno, Y., Fukuda, S., Arakawa, T., Ishii, Y., Kagawa, I., Kawai, J., Narita, I., Okazaki, Y., Gejo, F., and Hayashizaki, Y., 第24回日本分子生物学会年会, 2001年12月09日, 通常, 日本語, 横浜
  460. FANTOM cDNA 機能アノテーションによる cDNA マイクロアレイデータ解析, 坊農秀雅, 第212回 CBI 研究会, 2001年11月09日, 招待, 日本語, 横浜
  461. Metabolic reconstruction of mouse transcriptome using the RIKEN set of 18,816 mouse cDNA arrays, Hidemasa Bono, Matsuda, H., Kasukawa, T., Nikaido, I., Hayashizaki, Y. and Okazaki, Y., 2nd International Conference on Systems Biology (ICSB2001), 2001年11月04日, 通常, 英語, California Institute of Technology, Pasadena, USA
  462. cDNA clone-based practical analysis system of transcritome in the RIKEN mouse cDNA project: FANTOM and more, Hidemasa Bono, Kasukawa, T., Nikaido, I., Okazaki, Y., and Hayashizaki, Y., Joint Cold Spring Harbor Laboratory / Wellcome Trust Conference on Genome Informatics, 2001年08月08日, 通常, 英語, Hinxton, UK
  463. Practical transcriptome analysis system in the RIKEN mouse cDNA project, Hidemasa Bono, Kasukawa, T., Nikaido, I., Okazaki, Y., and Hayashizaki, Y., ISMB2001: 9th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 2001年07月21日, 通常, 英語, Copenhagen, Denmark
  464. Analysis of gene expression profiles between interaction protein pairs in M.musculus, Saito, R., Suzuki, H., Kagawa, I., Miki, R., Bono, H., Okazaki, Y., and Hayashizaki, Y., ISMB2001: 9th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 2001年07月21日, 通常, 英語, Copenhagen, Denmark
  465. Open access to the FANTOM (Functional ANnoTation Of Mouse), Hidemasa Bono, Kasukawa, T., Nikaido, I., Matsuda, H., Okazaki, Y., and Hayashizaki, Y., BOSC2001: Bioinformatics Open Source Conference, 2001年07月19日, 通常, 英語, Copenhagen, Denmark
  466. MaXML: Functional Annotation of Mouse cDNA Sequences in XML, Takeya Kasukawa, Matsuda, H., Bono, H., Okazaki, Y., Kohtsuki, S., Hayashizaki, Y., and Hashimoto, A., NETTAB - Network Tools and Applications in Biology CORBA and XML, 2001年05月17日, 通常, 英語, Genova, Italy
  467. Mining cDNA microarray expression profiles of RIKEN full-length mouse clones with functional annotation, Hidemasa Bono, Miki, R., Kasukawa, T., Okazaki, Y., and Hayashizaki, Y., Genome Sequencing & Biology, 2001年05月09日, 通常, 英語, Cold Spring Harbor Laboratory, NY, USA
  468. Comprehensive selection of full-length cDNAs for the completion of the mouse cDNA encyclopedia, Piero Carninci, Shibata, K., Itoh, M., Konno, H., Shibata, Y., Sato, K., Hayatsu, N., Shiraki, T., Hirozane, T., Aizawa, K., Bono, H., Kondo, S., Kawai, J., Yoshiki, A., Kusakabe, M., Okazaki, Y., and Hayashizaki, Y., Genome Sequencing & Biology, 2001年05月09日, 通常, 英語, Cold Spring Harbor Laboratory, NY, USA
  469. Genome-wide search for genes contributing to the diabetes genetic background using differential expression profile of NOD congenic mice, Rika Miki, Bono, H., Carninci, P., Kiyosawa, H., Yamanaka, I., Lyons, P., Todd, J., Hayashizaki, Y. and Okazaki, Y., Genome Sequencing & Biology, 2001年05月09日, 通常, 英語, Cold Spring Harbor Laboratory, NY, USA
  470. Practical organization of RIKEN cDNA microarray data with FANTOM annotation, Hidemasa Bono, Miki, R., Kasukawa, T., Kohtsuki, S., Okazaki, Y., and Hayashizaki, Y., The Third International Meeting on Microarray Data Standards, Annotations, Ontologies, and Databases(MGED3), 2001年03月29日, 通常, 英語, Stanford, CA, USA
  471. Delineating biological cascades in vivo by microarray expression profiling using the 19K set of RIKEN full-length cDNAs, Rika Miki, Bono, H., *Okazaki, Y., and Hayashizaki, Y, The Third International Meeting on Microarray Data Standards, Annotations, Ontologies, and Databases(MGED3), 2001年03月29日, 通常, 英語, Stanford, CA, USA
  472. Practical Organization and Functional Annotation of RIKEN cDNA Microarray, Hidemasa Bono, Kasukawa, T., Miki, R., Kadota, K., Okazaki, Y., and Hayashizaki, Y., The Eleventh Workshop on Genome Informatics(GIW2000), 2000年12月18日, 通常, 英語, Tokyo
  473. FANTOM+: The interface for functional annotation of mouse cDNA, Hidemasa Bono, Kasukawa, T., Okido, T., Sakai, K., Furuno, M., Kohtsuki, S., Yoshida, K., Okazaki, Y., and Hayashizaki, Y., The Eleventh Workshop on Genome Informatics(GIW2000), 2000年12月18日, 通常, 英語, Tokyo
  474. Representing Functional Annotation of Mouse cDNA Sequences in XML, Takeya Kasukawa, Bono, H., Matsuda, H., Okazaki, Y., Kohtsuki, S. and Hayashizaki, Y., The Eleventh Workshop on Genome Informatics(GIW2000), 2000年12月18日, 通常, 英語, Tokyo
  475. FANTOM: The functional annotation of mouse, Takeya Kasukawa, Bono, H., Sakai, K., Furuno, M., Okido, T., Aono, H., Kohtsuki, S., Yoshida, K., Okazaki, Y., and Hayashizaki, Y., 第23回日本分子生物学会年会, 2000年12月13日, 通常, 日本語, 横浜
  476. Large Coverage of the Mouse Genome with Cap-Selected Full-Length cDNAs, Piero Carninci, Shibata, K., Itoh, M., Konno, H., Shibata, Y., Sato, K., Hayatsu, N., Shiraki, T., Hirozane, T., Aizawa, K., Bono, H., Kadota, K., Kondo, S., Kawai, J., Yoshiki, A., Kusakabe, M., Muramatsu, M., Okazaki, Y. and Hayashizaki, Y., 第23回日本分子生物学会年会, 2000年12月13日, 通常, 日本語, 横浜
  477. 理研マウス完全長 cDNA を用いたタンパク間相互作用網羅的解析法の開発, Harukazu Suzuki, Fukunishi, Y., Kagawa, I., Bono, H., Saito, R., Oda, H., Endo, T., Kondo, S., Okazaki, Y. and Hayashizaki, Y., 第23回日本分子生物学会年会, 2000年12月13日, 通常, 日本語, 横浜
  478. Exploring Metabolic Pathways in 49 Tissues using RIKEN Full-Length Mouse 19K cDNA Microarray, Rika Miki, Bono, H., Mizuno, Y., Kadota, K., Tomaru, Y., Carninci, P., Shibata, K., Itoh, M., Kawai, J., Konno, H., Tokusumi, Y., Ishii, Y., Muramatsu, M., DeRisi, J., Iyer, V., Eisen, M., Brown, P.O., Okazaki, Y. and Hayashizaki, Y., 第23回日本分子生物学会年会, 2000年12月13日, 通常, 日本語, 横浜
  479. READ: RIKEN Expression Array Database, Hidemasa Bono, Miki, R., Kadota, K., Okazaki, Y., and Hayashizaki, Y., 第23回日本分子生物学会年会, 2000年12月13日, 通常, 日本語, 横浜
  480. READ: RIKEN Expression Array Database, Hidemasa Bono, Miki, R., Kadota, K., Okazaki, Y., and Hayashizaki, Y., The 14th International Mouse Genome Conference, 2000年11月06日, 通常, 英語, Narita, Chiba
  481. FANTOM+: web interface for the functional annotation of mouse, Takeya Kasukawa, Bono, H., Sakai, K., Furuno, M., Okido, T., Kohtsuki, S., Yoshida, K., Okazaki, Y., and Hayashizaki, Y., The 14th International Mouse Genome Conference, 2000年11月06日, 通常, 英語, Narita, Chiba
  482. Fluctuation and Identification of Housekeeping Genes on Large-Scale RIKEN Mouse cDNA Microarray, Koji Kadota, Okazaki, Y., Bono, H., Miki, R., Shimizu, K., and Hayashizaki, Y., The 14th International Mouse Genome Conference, 2000年11月06日, 通常, 英語, Narita, Chiba
  483. Large Coverage of the Mouse Genome with Cap-Selected Full-Length cDNAs, Piero Carninci, Shibata, K., Itoh, M., Konno, H., Shibata, Y., Sato, K., Hayatsu, N., Shiraki, T., Hirozane, T., Aizawa, K., Bono, H., Kadota, K., Kondo, S., Kawai, J., Yoshiki, A., Kusakabe, M., Muramatsu, M., Okazaki, Y. and Hayashizaki, Y., The 14th International Mouse Genome Conference, 2000年11月06日, 通常, 英語, Narita, Chiba
  484. Protein-Protein Interaction Panel Using RIKEN Mouse Full-Length cDNAs, Harukazu Suzuki, Fukunishi, Y., Kagawa, I., Bono, H., Saito, R., Oda, H., Endo, T., Kondo, S., Okazaki, Y. and Hayashizaki, Y., The 14th International Mouse Genome Conference, 2000年11月06日, 通常, 英語, Narita, Chiba
  485. Exploring Metabolic Pathways in 49 Tissues using RIKEN Full-Length Mouse 19K cDNA Microarray, Rika Miki, Bono, H., Mizuno, Y., Kadota, K., Tomaru, Y., Carninci, P., Shibata, K., Itoh, M., Kawai, J., Konno, H., Tokusumi, Y., Ishii, Y., Muramatsu, M., DeRisi, J., Iyer, V., Eisen, M., Brown, P.O., Okazaki, Y. and Hayashizaki, Y., The 14th International Mouse Genome Conference, 2000年11月06日, 通常, 英語, Narita, Chiba
  486. Efficient data processing method for large-scale cDNA microarray analysis, Koji Kadota, Okazaki, Y., Bono, H., Miki, R., Hayashizaki, Y., and Shimizu, K., 8th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB), 2000年08月19日, 通常, 英語, San Diego, CA, USA
  487. Global gene expression profileing using RIKEN full-length mouse 17K cDNA microarray, Yasushi Okazaki, Miki, R., Mizuno, Y., Tomaru, Y., Kadota, K., Carninci, P., Shibata, K., Itoh, M., Kawai, J., Konno, H., Fukunishi, Y., Endo, T., Bono, H., Muramatsu, M., Yoshiki, J., Kusakabe, M., DeRisi, J., Iyer, V., Eisen, M., Brown, P.O., and Hayashizaki, Y., Genome Sequencing & Biology, 2000年05月10日, 通常, 英語, Cold Spring Harbor Laboratory, NY, USA
  488. ゲノム比較解析による His-Asp リン酸リレーシグナル伝達系の遺伝子機能予測, 坊農秀雅, 金久實, 日本分子生物学会第22回年会 ワークショップ 「ゲノムシークエンスから細胞機能の全体像へ」, 1999年12月97日, 通常, 日本語, 福岡
  489. ポストシーケンス時代のゲノム情報解析, 坊農秀雅, 第1回ゲノム情報利用ワークショップ -実験生物学者のためのゲノム情報利用相談室-, 1999年12月21日, 招待, 日本語, 木更津
  490. ポストシーケンス時代のゲノム情報解析 -His-Asp リン酸リレーシグナル伝達系を例に-, 坊農秀雅, 第1回 ゲノム情報利用ワークショップ -実験生物学者のためのゲノム情報利用相談室-, 1999年12月21日, 通常, 日本語, かずさDNA研究所 千葉県木更津市
  491. Genome-scale gene expression analysis and pathway reconstruction in KEGG, Mitsuteru Nakao, Bono, H., Kawashima, S., Kamiya T., Sato, K., Goto, S., and Kanehisa, M., The Tenth Workshop on Genome Informatics (GIW'99), 1999年12月14日, 通常, 英語, Tokyo
  492. マイクロアレイによる発現データを基にしたパスウェイ解析, 奥地秀則, 中尾光輝、坊農秀雅、五斗進、金久實, 日本分子生物学会第22回年会, 1999年12月07日, 通常, 日本語, 福岡
  493. KEGG を使ったゲノムスケールの遺伝子発現情報解析、His-Asp リン酸リレー型シグナル伝達系のゲノム比較解析, 坊農秀雅, 生物分子工学研究所(BERI) セミナー, 1999年11月05日, 招待, 日本語, 吹田,大阪
  494. ゲノム規模的な遺伝子発現プロフィールのクラスター解析による遺伝子機能予測, 坊農秀雅, 第11回 内藤コンファレンス 「構造ゲノム科学:創薬への新しい道」, 1999年10月13日, 招待, 日本語, 湘南国際村センター 神奈川県三浦郡葉山町
  495. Cluster Analysis of Genome-wide Expression Profiles to Predict Gene Functions with KEGG, Hidemasa Bono, Mitsuteru Nakao, Minoru Kanehisa, The Microarray Meeting, 1999年09月22日, 通常, 英語, Mountain Shadows Marriott Resort Scottsdale, Arizona, USA
  496. Bioinformatics とは何か?, 坊農秀雅, 東京大学大学院農学生命科学研究科応用生命工学専攻 生物情報工学研究室(清水研究室) セミナー, 1999年06月23日, 招待, 日本語, 東京
  497. Human Genome Project と Bioinformatics, 坊農秀雅, 第21回タンパク質・核酸構造理論勉強会, 1999年06月18日, 通常, 日本語, 大原山荘 京都府左京区大原
  498. Gene Function Prediction from Sequence and Expression Information with KEGG, Hidemasa Bono, Susumu Goto, Minoru Kanehisa, Genome Sequencing & Biology, 1999年05月19日, 通常, 英語, Cold Spring Harbor Laboratory, NY, USA
  499. Analysis of gene expression profiles using KEGG pathway maps and genome maps, Mitsuteru Nakao, Hidemasa Bono, Minoru Kanehisa, The 4th International Symposium on Biology: Computational Biology: Analysis of Complex Biological Processes, 1999年02月10日, 通常, 英語, Hamamatsu
  500. 配列相同性と発現相同性によるゲノムからの遺伝子機能予測, 坊農秀雅, 中尾光輝、金久實, 微生物ゲノム研究のフロンティア, 1999年02月08日, 通常, 日本語, 千里中央、大阪
  501. ゲノムからの2成分シグナル伝達系の解析と予測, 坊農秀雅, 金久實, 日本分子生物学会第21回年会, 1998年12月16日, 通常, 日本語, 横浜
  502. Systematic Prediction of Orthologous Units of Genes in the Complete Genomes, Hidemasa Bono, Goto, S., Fujibuchi, W., Ogata, H. and Kanehisa, M., The Ninth Workshop on Genome Informatics (GIW'98), 1998年12月10日, 通常, 英語, Tokyo
  503. Constructing and Annotating GENES Database in KEGG, Susumu Goto, Shirahashi, K., Okamoto, K., Ishida, H., Asanuma, S., Bono, H, Ogata, H., Fujibuchi, W., and Kanehisa, M., The Ninth Workshop on Genome Informatics (GIW'98), 1998年12月10日, 通常, 英語, Tokyo
  504. Database of two-component signal transduction system in KEGG, Hidemasa Bono, Minoru Kanehisa, 10th International Genome Sequencing and Analysis Conference, 1998年09月17日, 通常, 英語, Fontainebleau Hilton Resort, Miami Beach, Florida, USA
  505. Reconstruction of Microbial Metabolic Pathways in KEGG, Susumu Goto, Ogata, H., Bono, H., Fujibuchi, W., Sato, K., Kanehisa, M., 1998 Annual Meeting of the Society for Industrial Microbiology, 1998年08月09日, 通常, 英語, Adam's Mark Hotel, Denver, Colorado, USA
  506. ゲノムの構造に基づく遺伝子機能予測, 坊農秀雅, 第20回タンパク質・核酸構造理論勉強会, 1998年06月19日, 通常, 日本語, 京都府立ゼミナールハウス, 京都府北桑田郡京北町
  507. 2成分シグナル伝達系のデータベースの構築とその解析, 坊農秀雅, 五斗進、金久實, 日本分子生物学会第20回年会, 1997年12月16日, 通常, 日本語, 京都
  508. Genome scale prediction of two-component signal transducers from the knowledge of regulatory interactions, Hidemasa Bono, Goto, S., Ogata, H., and Kanehisa, M., The Eighth Workshop on Genome Informatics (GIW'97), 1997年12月12日, 通常, 英語, Tokyo
  509. オーソロガス遺伝子の関係を考慮にいれたゲノムからの機能予測, 坊農秀雅, 緒方博之、五斗進、金久實, 日本生物物理学会第35回年会, 1997年10月10日, 通常, 日本語, 京都
  510. Gene Function Identification System based on the Metabolic Pathway Database, Hidemasa Bono, Ogata, H., Goto, S., Fujibuchi, W. and Kanehisa, M., Genome Mapping & Sequencing, 1997年05月14日, 通常, 英語, Cold Spring Harbor Laboratory, NY, USA
  511. Correlation between the chromosomal location of enzyme genes and the organization of metabolic pathways, Hiroyuki Ogata, Bono, H., Goto, S., Fujibuchi, W. and Kanehisa, M., Genome Mapping & Sequencing, 1997年05月14日, 通常, 英語, Cold Spring Harbor Laboratory, NY, USA
  512. Systematic Prediction of Enzyme Genes Utilizing the Metabolic Pathway Database, 坊農秀雅, 京都大学化学研究所院生発表会, 1997年02月20日, 通常, 日本語, 宇治, 京都
  513. Organizing and computing metabolic pathway data in terms of binary relations, Susumu Goto, Bono, H., Ogata, H., Fujubuchi, W., Nishioka, T., Sato, K., and Kanehisa, M., Pacific Symposium on Biocomputing '97, 1997年01月06日, 通常, 英語, Hawaii, USA
  514. Genome scale prediction of enzyme genes utilizing the knowledge of metabolic interactions, Hidemasa Bono, Ogata, H., Goto, S., and Kanehisa, M., The Seventh Workshop in Genome Informatics, 1996年12月02日, 通常, 英語, Tokyo
  515. Analysis of Binary Relations and Hierarchies of Enzymes in the Metabolic Pathways, Hiroyuki Ogata, Bono, H., Fujibuchi, W., Goto, S., and Kanehisa, M., The Seventh Workshop in Genome Informatics, 1996年12月02日, 通常, 英語, Tokyo
  516. 代謝パスウェイの解析- 生物種間比較による機能予測, 坊農秀雅, 五斗進、金久實, 日本生物物理学会第34回年会, 1996年11月07日, 通常, 日本語, つくば
  517. 代謝系とゲノム−ゲノム情報に基づく代謝経路の推論, 五斗進, 坊農秀雅、緒方博之、藤渕航、佐藤一茂、西岡孝明、金久實, 日本生物物理学会第34回年会 シンポジウム【情報生物学の夜明けPart2:ゲノム情報から展開される新しい生物学】, 1996年11月07日, 通常, 日本語, つくば
  518. Systematic prediction of enzyme genes by the metabolic pathway database, Hidemasa Bono, Goto, S., Ogata, H., and Kanehisa, M., Recent Advance in Genome Biology of Micro-organisms, 1996年10月27日, 通常, 英語, Makuhari, Chiba
  519. 酵素反応パスウエイの解析:演繹データベースによる知識の抽出, 坊農秀雅, 五斗進、金久實, 日本生化学・分子生物学会合同年会, 1996年08月26日, 通常, 日本語, 札幌

作品・演奏・競技等

  • AOE (All of gene expression), 坊農秀雅, 2014年10月, データベース
  • CRISPRdirect, 内藤雄樹, 日野公洋, 坊農秀雅, 程久美子, 2014年10月, Webサービス
  • RefEx (Reference Expression dataset), 小野浩雅, 坊農秀雅, 2011年10月, データベース
  • GGRNA, 内藤雄樹, 坊農秀雅, 2011年05月, Webサービス
  • DBCLS SRA, 大田達郎, 仲里猛留, 坊農秀雅, 2011年04月, データベース
  • Togo Picture Gallery, 小野浩雅, 坊農秀雅他, 2011年04月, その他
  • 統合TV, 河野信, 小野浩雅, 坊農秀雅, 2007年07月, 教材
  • SayaMatcher, 坊農秀雅, 2006年01月, 2007年06月, コンピュータソフト
  • MotDB, 坊農秀雅他, 2006年02月, 2011年03月, 教材
  • READ (Riken Expression Array Database), 坊農秀雅, 粕川雄也, 林﨑良英, 岡崎康司, 2002年01月, 2003年03月, データベース
  • FANTOM DB, 2002年01月, データベース

外部資金

競争的資金等の採択状況

  1. ROIS-DS-JOINT, ゲノム編集データ解析のための公共データの統合化ワークフローの開発, 2020年, 2021年
  2. 科学研究費 基盤研究(B), 酸素ホメオスターシス制御を切り口とした麻酔に伴う免疫応答変容の分子基盤解明, 2020年, 2022年
  3. 科学研究費 挑戦的萌芽研究, ハダカデバネズミの低代謝・変温性・長寿を制御する特異な細胞配置の仕組み, 2019年, 2020年
  4. 放射線災害・医科学研究拠点 共同利用・共同研究, 低酸素環境下における放射線応答ゲノムデータベース集合知解析, 2016年, 2020年
  5. 北海道大学遺伝子病制御研究所 共同利用・共同研究拠点, ハダカデバネズミを代表とした「非モデル生物」の異種間遺伝子発現比較を実現するためのパイプラインの構築, 2016年, 2017年
  6. 科学研究費 挑戦的萌芽研究, がん化耐性齧歯類ハダカデバネズミ特異的ながん化抑制バリアの形成メカニズム, 2016年, 2017年
  7. 科学研究費 基盤研究(C), パーキンソン病原因遺伝子DJ-1が関与する尿酸合成系路の解明, 2014年, 2016年
  8. 科学研究費補助金(第3次対がん総合戦略研究事業), 高齢者がん治療アルゴリズム開発のためのガイドポスト・データベースの構築と必須情報及びその推定モデルの策定, 2009年, 2011年
  9. 科学研究費 若手研究B, ゲノムスケールの転写因子結合サイトと遺伝子発現データの統合解析環境の構築, 2005年, 2007年
  10. 科学研究費 特定領域研究, 遺伝学とトランスクリプトームの統合による高脂血症の遺伝子ネットワークの解明, 2004年, 2004年
  11. 科学研究費 特定領域研究, ゲノムレベルでの遺伝子機能情報の統合化と遺伝子システム解明への応用, 2003年, 2004年
  12. 科学研究費 特定領域研究, ゲノムレベルでの遺伝子機能情報の統合化, 2001年, 2002年
  13. 科学研究費 特別研究員奨励費, ゲノムからの遺伝子機能予測とパスウェイ解析, 1998年, 1999年

社会活動

委員会等委員歴

  1. 文部科学省 「科学技術イノベーション政策における「政策のための科学」推進事業におけるオープンサイエンスに関する海外動向の調査分析」検討委員会委員, 2016年09月, 2017年03月
  2. SPARC Japan セミナー企画ワーキンググループメンバー, 2016年04月, 2018年03月, SPARC Japan
  3. BMC Genomics Associate Editor, 2008年12月, 2017年09月

学術会議等の主催

  1. 第13回 がんとハイポキシア研究会, がんとハイポキシア研究会, 2015年06月, 2015年06月