Last Updated :2023/09/06

大学院統合生命科学研究科 准教授
地球に存在する99%以上の微生物は培養できないことが知られています。私は、「分離培養手法の革新」や「多くの微生物が培養できない理由の解明」を軸に研究を展開し、微生物学における大きな命題の一つに挑んでいます。未だ判明していない微生物およびその生態の持つ未知なる機能を明らかにし、それを人為的に制御する新しい「術」を手に入れることが目標です。                                    具体的には、1)新規な分離培養技術の開発、2)未培養・重要微生物の獲得と生理学的性質の解明、3)未知なる増殖制御機構の解明:培養できない理由の解明です。また、上記の基盤的な研究成果を踏まえて、生命科学・創薬・環境科学分野への応用も展開しています。                                         「私は多くの科学者たちが、板の元々薄くなっている簡単に穴が空く場所を探して、皆で同じ箇所にたくさんの穴をあけている状況を見るに堪えない」。これはアインシュタインの提言です。この言葉の意味を噛みしめながら、チャレンジングでオリジナルな研究を展開していきたいと考えています。                                                                                                                                                                    https://www.hiroshima-u.ac.jp/ilife/research/biotechnology/tubuyaki/bt27                                                                                                                                        https://www.hiroshima-u.ac.jp/ilife/research/biotechnology/tubuyaki/bt41



  • 2019年04月01日, 広島大学, 大学院統合生命科学研究科, 准教授
  • 2017年04月, 2019年03月31日, 広島大学, 大学院先端物質科学研究科, 准教授
  • 2012年04月, 2017年03月, 広島大学, サステナブル・ディベロップメント実践研究センター, テニュアトラック講師
  • 2012年04月, 2017年03月, Northeastern University, Visiting Scholar
  • 2010年04月, 2012年03月, Northeastern University, Visiting Scholar (日本学術振興会海外特別研究員)
  • 2007年03月, 2010年03月, 早稲田大学, 早稲田高等研究所, 助教
  • 2004年04月, 2007年03月, 早稲田大学, 客員研究助手
  • 2003年04月, 2004年03月, 早稲田大学, 日本学術振興会特別研究員(PD)
  • 2001年04月, 2003年03月, 早稲田大学, 大学院理工学研究科, 日本学術振興会特別研究員(DC1)


  • 早稲田大学, 理工学部, 応用化学科, 1995年04月, 1999年03月
  • 早稲田大学, 大学院理工学研究科, 応用化学専攻(修士課程), 1999年04月, 2001年03月
  • 早稲田大学, 大学院理工学研究科, 応用化学専攻(博士後期課程), 2001年04月, 2003年03月


  • 博士(工学) (早稲田大学)
  • 修士(工学) (早稲田大学)


  • 生物工学プログラム


  • 農学 / 農芸化学 / 応用微生物学
  • 工学 / プロセス・化学工学 / 生物機能・バイオプロセス
  • 生物学 / 基礎生物学 / 生物多様性・分類


  • 難培養性微生物、未培養微生物、未知微生物、分離・培養、休眠・覚醒、環境微生物、バイオリソース開拓


  • 日本農芸化学会
  • 日本微生物生態学会
  • 日本生物工学会
  • 日本水環境学会
  • International Society for Microbial Ecology (ISME)
  • American Society for Microbiology



  1. 2023年, 教養教育, 2ターム, Introduction to Applied Chemistry, Chemical Engineering,and Biotechnology
  2. 2023年, 学部専門, セメスター(後期), 基礎化学実験
  3. 2023年, 学部専門, セメスター(前期), 生物工学実験I
  4. 2023年, 学部専門, 4ターム, 微生物学Ⅰ
  5. 2023年, 修士課程・博士課程前期, 4ターム, 環境バイオテクノロジーB
  6. 2023年, 修士課程・博士課程前期, 年度, 生物工学演習
  7. 2023年, 修士課程・博士課程前期, 1ターム, 生物工学特別演習A
  8. 2023年, 修士課程・博士課程前期, 2ターム, 生物工学特別演習A
  9. 2023年, 修士課程・博士課程前期, 3ターム, 生物工学特別演習B
  10. 2023年, 修士課程・博士課程前期, 4ターム, 生物工学特別演習B
  11. 2023年, 修士課程・博士課程前期, 年度, 生物工学特別研究
  12. 2023年, 博士課程・博士課程後期, 年度, 統合生命科学特別研究



  1. A targeted liquid cultivation method for previously uncultured non-colony forming microbes., Frontiers in Microbiology, 14巻, pp. 1194466, 20230609
  2. Environmental Factors Affecting the Community of Methane-oxidizing Bacteria, MICROBES AND ENVIRONMENTS, 37巻, 1号, 2022
  3. Metabolic Potential of the Superphylum Patescibacteria Reconstructed from Activated Sludge Samples from a Municipal Wastewater Treatment Plant, MICROBES AND ENVIRONMENTS, 37巻, 3号, 2022
  4. Cultivation of previously uncultured sponge-associated bacteria using advanced cultivation techniques: A perspective on possible key mechanisms, FRONTIERS IN MARINE SCIENCE, 9巻, 20220830
  5. New microbial electrosynthesis system for methane production from carbon dioxide coupled with oxidation of sulfide to sulfate, JOURNAL OF ENVIRONMENTAL SCIENCES, 125巻, pp. 786-797, 202303
  6. Reversible Hydrogenase Activity Confers Flexibility to Balance Intracellular Redox in Moorella thermoacetica, FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, 13巻, pp. 897066, 20220512
  7. Biological methane production coupled with sulfur oxidation in a microbial electrosynthesis system without organic substrates, JOURNAL OF ENVIRONMENTAL SCIENCES, 116巻, pp. 68-78, 202206
  8. Mutualistic relationship between Nitrospira and concomitant heterotrophs, ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY REPORTS, 14巻, 1号, pp. 130-137, 202202
  9. Single-Cell Time-Lapse Observation Reveals Cell Shrinkage upon Cell Death in Batch Culture of Saccharomyces cerevisiae, mBio, 12巻, 6号, pp. e03094-21, 20211221
  10. Autotrophic growth and ethanol production enabled by diverting acetate flux in the metabolically engineered Moorella thermoacetica, Journal of Bioscience and Bioengineering, 132巻, 6号, pp. 569-574, 202112
  11. Bioelectrical Methane Production with an Ammonium Oxidative Reaction under the No Organic Substance Condition, MICROBES AND ENVIRONMENTS, 36巻, 2号, pp. ME21007, 20210617
  12. Performance optimization of a chitosan/anammox reactor in nitrogen removal from synthetic wastewater, JOURNAL OF ENVIRONMENTAL CHEMICAL ENGINEERING, 9巻, 3号, pp. 105252, 202106
  13. Reactor performance and microbial community structure of single-stage partial nitritation anammox membrane bioreactors inoculated with Brocadia and Scalindua enrichment cultures, BIOCHEMICAL ENGINEERING JOURNAL, 170巻, pp. 107991, 202106
  14. Triggering Growth via Growth Initiation Factors in Nature: A Putative Mechanism for in situ Cultivation of Previously Uncultivated Microorganisms, FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, 12巻, pp. 537194, 20210504
  15. Metabolic engineering of Moorella thermoacetica for thermophilic bioconversion of gaseous substrates to a volatile chemical, AMB EXPRESS, 11巻, pp. 59, 20210423
  16. Cometabolism of the Superphylum Patescibacteria with Anammox Bacteria in a Long-Term Freshwater Anammox Column Reactor, WATER, 13巻, pp. 208, 202101
  17. Anti-bacterial Effects of MnO2 on the Enrichment of Manganese-oxidizing Bacteria in Downflow Hanging Sponge Reactors, Microbes and Environments, 35巻, 4号, pp. ME20052, 20201205
  18. Multiple organic substrates support Mn(II) removal with enrichment of Mn (II)-oxidizing bacteria, Journal of Environmental Managemen, 259巻, pp. 109771, 20200401
  19. Integrated anammox-biochar in synthetic wastewater treatment: Performance and optimization by artificial neural network, JOURNAL OF CLEANER PRODUCTION, 243巻, pp. 118638, 20200110
  20. Mn(II) oxidation and manganese-oxide reduction on the decolorization of an azo dye, International Biodeterioration & Biodegradation, 146巻, pp. 104820, 202001
  21. 分離培養手法の革新:難培養性微生物の正体と資源としての可能性, 生物工学会誌, 97巻, 9号, pp. 551-554, 20190923
  22. Integrated biological-physical process for biogas purification effluent treatment, JOURNAL OF ENVIRONMENTAL SCIENCES-CHINA, 83巻, pp. 110-122, 201909
  23. 教科書に「科学の本質」は記述されるか―日本とカナダの高等学校・生物(分子生物学分野)の比較研究―, 科学教育研究, 43巻, 2号, pp. 187-204, 201907
  24. Biogas purification performance of new water scrubber packed with sponge carriers, JOURNAL OF CLEANER PRODUCTION, 214巻, pp. 103-111, 20190320
  25. Effects of Salts on the Activity and Growth of "Candidatus Scalindua sp.", a Marine Anammox Bacterium, MICROBES AND ENVIRONMENTS, 33巻, 3号, pp. 336-339, 201809
  26. Specificities and Efficiencies of Primers Targeting Candidatus Phylum Saccharibacteria in Activated Sludge, MATERIALS, 11巻, 7号, pp. 1129, 201807
  27. Application of the filter plate microbial trap (FPMT), for cultivating thermophilic bacteria from thermal springs in Barguzin area, eastern Baikal, Russia, BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY, 82巻, 9号, pp. 1624-1632, 201806
  28. Draft Genome Sequence of Mn(II)-Oxidizing Pseudomonas resinovorans Strain MO-1, Genome Announcements, 6巻, 11号, pp. e00088-18, 20180315
  29. Production of biogenic manganese oxides coupled with methane oxidation in a bioreactor for removing metals from wastewater, WATER RESEARCH, 130巻, pp. 224-233, 201803
  30. pH-gradient ion-exchange microbial cell chromatography as a simple method for microbial separation, JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING, 123巻, 4号, pp. 431-436, 2017
  31. Dominant Candidatus Accumulibacter phosphatis Enriched in Response to Phosphate Concentrations in EBPR Process, MICROBES AND ENVIRONMENTS, 32巻, 3号, pp. 260-267, 2017
  32. In Situ Cultivation Allows for Recovery of Bacterial Types Competitive in Their Natural Environment, MICROBES AND ENVIRONMENTS, 31巻, 4号, pp. 456-459, 2016
  33. 微生物生態と水環境工学に関する最新研究動向, 日本水環境学会誌, 39巻, 12号, pp. 444-451, 2016
  34. 培養できない微生物とは?どうしたら培養できるのか?—培養手法の革新—, 環境バイオテクノロジー学会誌, 16巻, 1号, pp. 59-64, 2016
  35. Biological oxidation of Mn(II) coupled with nitrification for removal and recovery of minor metals by downflow hanging sponge reactor, WATER RESEARCH, 68巻, pp. 545-553, 2015
  36. なぜ培養できないのか? 分離培養手法の革新, 化学と生物, 53巻, 7号, pp. 429-431, 2015
  37. Isolation of Microorganisms Using Sub-Micrometer Constrictions, PLOS ONE, 9巻, 6号, pp. e101429, 2014
  38. Isolation of sublineage I Nitrospira by a novel cultivation strategy, ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY, 16巻, 10号, pp. 3030-3040, 2014
  39. Selective Enrichment of Two Different Types of Nitrospira-like Nitrite-oxidizing Bacteria from a Wastewater Treatment Plant, MICROBES AND ENVIRONMENTS, 28巻, 2号, pp. 236-243, 2013
  40. Challenges for Complex Microbial Ecosystems: Combination of Experimental Approaches with Mathematical Modeling, MICROBES AND ENVIRONMENTS, 28巻, 3号, pp. 285-294, 2013
  41. Isolation of Nitrospira belonging to Sublineage II from a Wastewater Treatment Plant, MICROBES AND ENVIRONMENTS, 28巻, 3号, pp. 346-353, 2013
  42. Microbial community structure in autotrophic nitrifying granules characterized by experimental and simulation analyses, ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY, 12巻, 1号, pp. 192-206, 2010
  43. Microbial Population Dynamics and Community Structure during the Formation of Nitrifying Granules to Treat Ammonia-Rich Inorganic Wastewater, MICROBES AND ENVIRONMENTS, 25巻, 3号, pp. 164-170, 2010
  44. 環境微生物の増殖メカニズム, 生物工学会誌 : seibutsu-kogaku kaishi, 88巻, 9号, 2010
  45. Hollow-Fiber Membrane Chamber as a Device for In Situ Environmental Cultivation, APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY, 75巻, 11号, pp. 3826-3833, 2009
  46. 新規分離培養手法の開発とその意義(<特集>物質生産を指向した基盤研究と連携研究展開上の課題(I)), 生物工学会誌 : seibutsu-kogaku kaishi, 87巻, 4号, pp. 179-182, 2009
  47. Diversity of nitrite reductase genes in "Candidatus Accumulibacter phosphatis"-Dominated cultures enriched by flow-cytometric sorting, APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY, 73巻, 16号, pp. 5331-5337, 2007
  48. Experimental and simulation analysis of community structure of nitrifying bacteria in a membrane-aerated biofilm, WATER SCIENCE AND TECHNOLOGY, 55巻, 8-9号, pp. 283-290, 2007
  49. シミュレーションによるバイオフィルムシステム解析の進展 (特集 シミュレーション技術の新展開), ケミカルエンジニヤリング, 52巻, 5号, pp. 359-363, 2007
  50. Real-time quantitative LAMP (loop-mediated isothermal amplification of DNA) as a simple method for monitoring ammonia-oxidizing bacteria, JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY, 125巻, 4号, pp. 484-491, 2006
  51. 分離培養技術の進展(<特集>微生物コミュニケーション研究の工学的応用への展開-前編-), 生物工学会誌 : seibutsu-kogaku kaishi, 84巻, 11号, pp. 444-447, 2006
  52. 生物学的窒素・リン除去プロセスにおける微生物生態と機能 (特集/活性汚泥処理における微生物生態と機能:最近の話題と展望), 用水と廃水, 48巻, 1号, pp. 53-60, 2006
  53. 窒素除去プロセスにおける複合微生物系解析とその利用, 水環境学会誌 = Journal of Japan Society on Water Environment, 28巻, 8号, pp. 474-478, 2005
  54. Single-stage autotrophic nitrogen-removal process using a composite matrix immobilizing nitrifying and sulfur-denitrifying bacteria, APPLIED MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY, 68巻, 1号, pp. 124-130, 2005
  55. Comparison of spatial organization in top-down- and membrane-aerated biofilms: a numerical study, WATER SCIENCE AND TECHNOLOGY, 52巻, 7号, pp. 173-180, 2005
  56. Expression of amoA mRNA in wastewater treatment processes examined by competitive RT-PCR, JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY, 111巻, 2号, pp. 111-120, 2004
  57. Transition of bacterial spatial organization in a biofilm monitored by FISH and subsequent image analysis, WATER SCIENCE AND TECHNOLOGY, 49巻, 11-12号, pp. 365-370, 2004
  58. Quantitative analysis of amoA mRNA expression as a new biomarker of ammonia oxidation activities in a complex microbial community, LETTERS IN APPLIED MICROBIOLOGY, 39巻, 6号, pp. 477-482, 2004
  59. In Situ Identification of Microorganisms in Bioflim Communities(ENVIRONMENTAL BIOTECHNOLOGY), Journal of bioscience and bioengineering, 94巻, 6号, pp. 552-556, 2002
  60. Real-time monitoring of ammonia-oxidizing activity in a nitrifying biofilm by amoA mRNA analysis, WATER SCIENCE AND TECHNOLOGY, 46巻, 1-2号, pp. 439-442, 2002
  61. Microbial Ecology of Nitrifying Bacteria in Wastewater Treatment Process Examined by Fluorescence In Sity Hybridization, Journal of bioscience and bioengineering, 90巻, 3号, pp. 234-240, 2000
  62. Tailoring of highly efficient nitrifying biofilms in fluidized bed for ammonia-rich industrial wastewater treatment, WATER SCIENCE AND TECHNOLOGY, 42巻, 3-4号, pp. 357-362, 2000


  1. 2023年04月27日, 未培養微生物研究の最新動向, 難培養性微生物を対象とした分離培養技術の革新(第2章), シーエムシー出版, 2023年, 04, 単行本(学術書), 分担執筆, 9784781317328, 264, 6
  2. 2016年, Manuals of Environmental Microbiology Fourth Edition, New devices for cultivation, ASM press, 2016年, 単行本(学術書), 共著, Y. Aoi, S. Epstein Edited by M. Yates, C. Nakatsu, R. Miller, S. Pillai
  3. 2011年, Nitrification, Nitrification in Wasetewater Treatment, ASM Press, 2011年, 単行本(学術書), 共著, S. Okabe, Y. Aoi, H. Satoh, Y. Suwa (Ed., B. B. Ward, M. G. Klotz, D. J. Arp)
  4. 2006年, 複合微生物系の産業利用と新産業創出(監修 倉根隆一), anammox反応を活用した新規生物学的窒素除去技術., シーエムシー出版, 2006年, 単行本(学術書), 共著, 伊達康博,青井議輝,常田聡


  1. ゲル微粒子(GMD)の凝集培養法を使用した未培養・難培養性細菌の可培養化と分離方法の構築, 下村 有美, 山本 明菜, 鈴木 陸太, 加藤 節, 中島田 豊, 青井 議輝*, 第75回日本生物工学会大会, 2023年09月03日, 通常, 英語
  2. 難培養微生物とは何か?なぜ培養できないのか?, 青井議輝, 第17回細菌学若手コロッセウム, 2023年08月17日, 招待, 日本語, 久留米シティプラザ
  3. 多くの微生物が培養困難である理由を探る, 青井議輝, 日本微生物資源学会第29回大会 公益財団法人発酵研究所 学会・研究部会助成 公開シンポジウム, 2023年06月23日, 招待, 日本語, 日本微生物資源学, 文部科学省研究交流センター
  4. 分離培養手法の革新・難培養性微生物の可培養化・多くの微生物が培養できない理由の解明を目指して, 青井議輝, 日本微生物生態学会 第35回大会, 2022年10月, 招待, 日本語
  5. 難培養性微生物とは何か?分離培養手法の革新とその可能性, 青井議輝, 第68回トキシンシンポジウム, 2022年09月05日, 招待, 日本語
  6. 難培養性微生物とは何か?どうしたら培養できるのか?, 青井 議輝, Jung Dawoon, 町田光史、中尾洋一, 日本生物工学会第73回大会, 2021年10月29日, 招待, 日本語, 日本生物工学会, 沖縄
  7. 分離培養手法の革新に向けて:さみしがり屋だけど人込みは嫌い, 青井議輝, 日本農芸化学会2021年度仙台大会, 2021年03月19日, 招待, 日本農芸化学会
  8. 微生物ダークマターへのアクセス:培養手法の革新と未知増殖制御メカニズムの解明, 青井議輝, 第71回日本生物工学会, 2019年09月16日, 招待, 日本生物工学会, 岡山
  9. なぜ多くの微生物は培養困難なのか?, 青井議輝, 第65回日本放線菌学会学術講演会, 2019年05月24日, 招待, 日本放線菌学会, 甲府
  10. 分離培養手法の革新 - 培養できない微生物とは何なのか?, 青井議輝, 2019年01月22日, 招待, 天然物創薬研究会(SNAP), 東京
  11. なぜ多くの微生物は培養困難なのか?休眠・覚醒現象から迫る, 青井議輝, バイオインダストリー協会 "未来へのバイオ技術" 勉強会(微生物・覚醒), 2018年12月12日, 招待
  12. Miniscule space designing for microbial cultivation, 青井 議輝, 日本微生物生態学会第32回大会, 2018年07月11日, 招待, 日本微生物生態学会, 沖縄
  13. 培養手法の革新:難培養性微生物の正体と資源としての可能性, 青井 議輝, 第69回日本生物工学会大会, 2017年09月13日, 招待
  14. 難培養性微生物とは何か?どうしたら培養できるのか?, 青井議輝, 日本臨床腸内微生物学会総会・学術集会, 2017年08月26日, 招待
  15. 分離培養手法の革新 - 難培養性微生物の正体と可能性, 青井議輝, 第28回微生物シンポジウム, 2016年09月02日, 招待, 日本薬学会
  16. 培養できない微生物の正体と培養手法の革新, 青井議輝, 環境バイオテクノロジー学会2016年度大会/年会シンポジウム, 2016年06月14日, 招待
  17. 培養困難な微生物の獲得とその意義, 青井議輝, 第18回日本水環境学会シンポジウム, 2015年09月15日, 招待
  18. 培養できない微生物の正体とは?どうしたら培養できるのか?, 青井議輝, 第17 回日本水環境学会シンポジウム, 2014年09月, 招待
  19. Designing miniscule space for cultivation, Yoshiteru Aoi, 15th International symposium on microbial ecology (ISME15), 2014年08月, 招待, Seoul, Korea
  20. 培養できない微生物とは何か?なぜか?どうしたら培養できるのか?, 青井議輝, 第8 回細菌学若手コロッセウム, 2014年08月, 招待
  21. New methods for cultivation of unculutreds, Yoshiteru Aoi, International workshop on in-situ enrichment of marine microbes (IEMM), 2013年11月, 招待, Xiamen, China
  22. New methods for cultivation of uncultured, Y. Aoi, Plant Protection and Plant Health in Europe (PPPHE 2013), 2013年06月, 招待, Berlin
  23. Development of new technologies for cultivation of uncluturables, Y. Aoi, H. Fujitani, S. Tsuneda, 第28回日本微生物生態学会年会, The 4th Japan-Korea Joint Symposium on Microbial Ecology, 2012年09月, 招待
  24. New cultivation methods accessing unculturables and puzzling out unculturability, Y. Aoi, 14th International symposium on microbial ecology (ISME14), 2012年08月, 招待, Copenhagen, Danmark
  25. 微生物生態解析におけるモデル化・シミュレーションと実験データとの比較・融合, 青井議輝, 第26回日本微生物生態学会シンポジウム, 2010年10月, 招待
  26. 新規分離培養手法の開発, 青井議輝, 平成19年度日本生物工学会シンポジウム(微生物による機能性物質生産), 2007年12月, 招待, 日本生物工学会
  27. 微生物間相互作用に着目した新規単離培養手法, 青井議輝、常田聡, 日本生物工学会平成17年度大会シンポジウム, 2005年11月, 招待
  28. 機能遺伝子をターゲットとしたポピュレーションダイナミクス解析~可能性・限界と工学的応用へ向けた展開~, 青井議輝,常田聡,平田彰, 第7回日本水環境学会シンポジウム, 2004年09月, 招待, 日本語
  29. 定量PCR:定量PCRによる水環境中の核酸モニタリング, 青井議輝,常田聡,平田彰, 第5回日本水環境学会シンポジウム, 2002年09月, 招待


  1. 2022年11月03日, 第8回日本微生物生態学会 奨励賞, 日本微生物生態学会
  2. 2019年09月12日, 【主指導学生の受賞】日本微生物生態学会第33回大会 優秀ポスター賞, 日本微生物生態学会
  3. 2018年, 第26回生物工学論文賞, 日本生物工学会
  4. 2017年, 【主指導学生の受賞】第52回 日本水環境学会優秀発表賞(クリタ賞), 日本水環境学会
  5. 2016年, 【主指導学生の受賞】D.C. White Award (The most innovative poster award at ISME16), International Society for Microbial Ecology
  6. 2016年, 【主指導学生の受賞】Best Poster Award (at ISME16), International Society for Microbial Ecology
  7. 2015年10月19日, 【主指導学生の受賞】日本微生物生態学会第30回大会 優秀ポスター賞, 日本微生物生態学会第30回大会大会委員長
  8. 2014年, 長瀬研究振興賞, 長瀬科学技術振興財団
  9. 2002年, 第9回生物工学論文賞, 日本生物工学会
  10. 2001年03月25日, 小野梓記念学術賞, 早稲田大学


  1. 特許権, 特許第5316983号, P5316983, 2013年07月19日, 微生物の単離培養方法及び培養キット
  2. 特許権, US10626435B2, 2020年04月21日, NanoFluidics Device for isolating, growing and characterizing microbial cells
  3. 特許権, 特許第6785465, 2020年10月29日, 微生物の分離培養方法及び凝集体含有溶液
  4. 特許権, 6719092, 2020年06月18日, マンガン酸化細菌の集積培養方法、バイオマンガン酸化物の生成方法及び金属の回収方法



  1. 科学研究費助成事業 新学術領域研究 (研究領域提案型), 極小空間の制御で切り拓く分離培養手法の革新:難培養・未知微生物の獲得(代表), 2022年, 2023年
  2. 科学研究費助成事業(挑戦的研究(萌芽)), 難培養性の本質に迫る:増殖を開始させる合図とは?固体培地で増殖しない理由とは?(代表), 2020年, 2022年
  3. 「NEDO」カーボンリサイクル実現を加速するバイオ由来製品生産技術の開発, データ駆動型統合バイオ生産マネジメントシステム(Data-driven iBMS)の研究開発(受託), 2020年, 2026年
  4. AMED 創薬支援推進事業, シャーガス病治療薬の探索(受託), 2023年04月, 2024年03月
  5. AMED 創薬支援推進事業, トリパノソーマクルージを標的にした天然物ライブラリー用のスクリーニングフロー探索(受託), 2020年, 2022年
  6. AMED 創薬支援推進事業, SRP(シグナル認識粒子)に作用する抗生剤の探索(受託), 2020年, 2023年
  7. AMED 創薬支援推進事業, 結核菌必須遺伝子を標的にした抗結核薬の探索(受託), 2020年, 2021年
  8. 科学研究費助成事業 新学術領域研究 (研究領域提案型), 極小空間の制御を鍵とする革新的分離培養手法の開発 (代表), 2020年, 2021年
  9. 科学研究費助成事業 基盤研究(B)(一般), 微生物間相互作用で導く未知微生物の培養化と増殖制御メカニズムの解明(代表), 2019年, 2021年
  10. AMED 創薬支援事業, カルバペネマーゼ等産生多剤耐性菌を抑制する阻害物質及び抗菌性物質の探索(受託), 2018年04月01日, 2019年12月31日
  11. 科学研究費助成事業(挑戦的研究(萌芽)), なぜ多くの微生物は培養困難なのか?未知増殖制御メカニズムの発見と解明(代表), 2018年, 2019年
  12. 科学研究費助成事業(特別研究員奨励費), 革新的な培養手法の開発で導く未培養・重要微生物の獲得(外国人特別研究員 受入研究者), 2017年, 2018年
  13. 科学研究費助成事業(挑戦的萌芽研究), 革新的手法で導く未培養重要微生物の世界初の分離培養(代表), 2015年, 2017年
  14. 科学研究費助成事業(若手研究(A)), 極小空間のデザインで実現する未培養微生物獲得手法の革新(代表), 2014年, 2018年
  15. 長瀬科学技術振興財団 研究助成, 眠っている微生物を起こす異種間相互作用の解明 -難培養性微生物の培養化-(代表), 2014年04月, 2015年03月
  16. 科学研究費助成事業(挑戦的萌芽研究), in vivo 培養システム:生体内に生息する未培養細菌の獲得と解明(代表), 2013年, 2014年
  17. National Science Foundation (NSF) Grant, Collaborative Research: Direction and Mechanisms of Seasonal Change in Arctic Microbial Communities (ARC-1203857) (Co-PI), 2012年09月, 2015年08月
  18. NEDO産業技術研究助成(若手グラント), 難培養性である環境微生物の新規な単離培養技術の開発と取得・解明・利用戦略の提案(代表), 2006年, 2008年
  19. 科学研究費助成事業(若手研究(B)), 相互作用に着目した環境微生物の新規分離培養法(代表), 2006年, 2006年
  20. 鉄鋼環境基金 環境助成, 重金属除去プロセスの開発を志向した硫酸塩還元細菌群の重金属耐性機構についてコミュニティーレベルでの解明(代表), 2005年, 2005年



  1. 日本微生物生態学会 評議員(第20期), 2023年01月, 2024年12月, 日本微生物生態学会
  2. 日本微生物生態学会 国際担当会長補佐, 2022年, 2025年
  3. Journal of Bioscience and Biotechnology誌, Editor, 2021年06月, 2025年05月, 公益社団法人 日本生物工学会
  4. 日本微生物生態学会 評議員(第17期、18期), 2017年01月, 2020年12月, 日本微生物生態学会
  5. Microbes and Environments誌 Associate Editor, 2017年, 2025年
  6. 日本生物工学会「未培養培養微生物(微生物ダークマター)資源工学研究会」, 2016年, 2022年, 日本生物工学会
  7. ISME Young Ambassador (Interanational Sosciety for Microbial Ecology), 2015年, 2022年, International Society for Microbial Ecology
  8. 日本水環境学会 微生物生態と水環境工学研究委員会, 2014年, 2022年, 日本水環境学会


  1. 日本農芸化学会2023年度大会, 開催実行委員, 2023年03月, 2023年03月
  2. 3rd International Conference on Nitrification (ICoN3), Organizing committee, 2013年09月
  3. International Symposium on Microbial Ecology Asia 2007 (ISME Asia 2007), Organizing committee, 2007年09月
  4. 日本土壌微生物学会2018年度大会, 大会実行委員, 2018年06月, 2018年06月
  5. The 8th IWA Microbial Ecology and Water Engineering Specialist Conference (MEWE2019), 大会組織委員, 2019年11月, 2019年11月