本田 直樹NAOKI HONDA

Last Updated :2024/02/01

所属・職名
大学院統合生命科学研究科 教授
ホームページ
メールアドレス
nhondahiroshima-u.ac.jp
自己紹介
データ駆動生物学・理論生物学

基本情報

主な職歴

  • 2021年04月01日, 京都大学大学院 生命科学研究科, 特命教授
  • 2021年04月01日, 自然科学研究機構 生命創成探究センター, 客員教授(理論生物学研究グループPI)
  • 2020年02月01日, 2021年03月31日, 自然科学研究機構 生命創成探究センター, 客員准教授(理論生物学研究グループPI)
  • 2018年04月01日, 2021年03月31日, 京都大学, 大学院生命科学研究科, 准教授
  • 2017年04月01日, 2018年03月31日, 京都大学, 大学院生命科学研究科, 特定准教授
  • 2013年05月01日, 2017年03月31日, 京都大学, 大学院医学研究科・生命動態システム科学推進拠点, 特定准教授
  • 2012年04月01日, 2013年04月30日, 京都大学, 大学院情報学研究科, 特任助教
  • 2009年02月01日, 2012年03月31日, 京都大学, 大学院情報学研究科, 特定研究員
  • 2008年04月01日, 2009年01月31日, 九州大学, 大学院理学研究院, 学術振興会特別研究員(PD)
  • 2007年04月01日, 2008年03月31日, 奈良先端科学技術大学院大学, 大学院大学情報科学研究科, 学術振興会特別研究員(DC2)

学歴

  • 奈良先端科学技術大学院大学, 情報科学研究科情報生命科学専攻, 博士後期課程, 日本, 2005年04月, 2008年03月
  • 奈良先端科学技術大学院大学, 情報科学研究科情報生命科学専攻, 博士前期課程, 日本, 2003年07月, 2005年03月
  • 奈良先端科学技術大学院大学, バイオサイエンス研究科, 博士前期課程, 日本, 2003年04月, 2003年06月
  • 同志社大学, 大学院工学研究科工業化学専攻, 修士課程, 日本, 2002年04月, 2002年08月
  • 同志社大学, 工学部, 物質化学工学科, 日本, 1998年04月, 2002年03月

学位

  • 修士(工学) (奈良先端科学技術大学院大学)
  • 博士(理学) (奈良先端科学技術大学院大学)

教育担当

  • 【学士課程】 理学部 : 数学科 : 数学プログラム
  • 【博士課程前期】 統合生命科学研究科 : 統合生命科学専攻 : 数理生命科学プログラム
  • 【博士課程後期】 統合生命科学研究科 : 統合生命科学専攻 : 数理生命科学プログラム

研究分野

  • 総合生物 / ゲノム科学 / システムゲノム科学
  • 生物学 / 生物科学 / 発生生物学
  • 情報学 / 情報学フロンティア / 生命・健康・医療情報学
  • 情報学 / 人間情報学 / 認知科学

所属学会

  • 日本神経回路学会
  • 日本生物物理学会
  • 日本神経科学学会
  • 日本数理生物学会
  • 日本生化学会
  • 日本分子生物学会
  • 日本発生生物学会

教育活動

授業担当

  1. 2023年, 教養教育, 1ターム, 線形代数学演習I[1理数]
  2. 2023年, 学部専門, 3ターム, 数学英語演習
  3. 2023年, 学部専門, 4ターム, 現象数理
  4. 2023年, 学部専門, セメスター(前期), 数学情報課題研究
  5. 2023年, 学部専門, セメスター(後期), 数学情報課題研究
  6. 2023年, 学部専門, 1ターム, グローバル対策セミナーA
  7. 2023年, 学部専門, セメスター(前期), 数学特別講義(主成分分析及びテンソル分解を用いた教師無し学習法による変数選択法のバイオインフォマティクスへの応用)
  8. 2023年, 修士課程・博士課程前期, 年度, 数理生命科学特別研究
  9. 2023年, 修士課程・博士課程前期, 1ターム, 計算数理科学A
  10. 2023年, 修士課程・博士課程前期, セメスター(前期), 数理生命科学特別講義A
  11. 2023年, 修士課程・博士課程前期, セメスター(前期), 数理計算理学特別演習A
  12. 2023年, 修士課程・博士課程前期, セメスター(後期), 数理計算理学特別演習B
  13. 2023年, 博士課程・博士課程後期, 年度, 統合生命科学特別研究
  14. 2023年, 博士課程・博士課程後期, セメスター(前期), 数理生命科学特別講義E

研究活動

学術論文(★は代表的な論文)

  1. Single-cell transcriptome atlas of Drosophila gastrula 2.0., Cell Reports, 20230710
  2. Multidimensional fractal scaling analysis using higher order moving average polynomials and its fast algorithm, Signal Processing, 208巻, 108997号, 20230701
  3. ★, Decoding reward–curiosity conflict in decision-making from irrational behaviors., Nature Computational Science, 3巻, pp. 418-432, 20230515
  4. Intercellular exchange of Wnt ligands reduces cell population heterogeneity in embryogenesis, Nature Communications, 14巻, 1924号, 20230406
  5. Dopamine error signal to actively cope with lack of expected reward, Science Advances, 9巻, 10号, 20230310
  6. Optimal COVID-19 testing strategy on limited resources, PLoS One, 18巻, 2号, 20230224
  7. ★, Adaptive discrimination between harmful and harmless antigens in the immune system by predictive coding, iScience, 26巻, 1号, 20230120
  8. Zero-shot reconstruction of mutant spatial transcriptomes., bioRxiv, 20221219
  9. ★, Stem cell homeostasis regulated by hierarchy and neutral competition, Communications Biology, 5巻, 1号, 20221118
  10. Prediction of amyloid beta accumulation from multiple biomarkers using a hierarchical Bayesian model., bioRxiv, 20221024
  11. Regulation of male germline transmission patterns by the Trp53-Cdkn1a pathway, Stem Cell Reports, 17巻, 9号, pp. 1924-1941, 20220913
  12. ★, Model-based prediction of spatial gene expression via generative linear mapping., Nature Communications, 12巻, pp. 3731, 20210617
  13. Hierarchical modeling of mechano-chemical dynamics of epithelial sheets across cells and tissue., Scientific Reports, 11巻, pp. 4069, 20210218
  14. Somite boundary determination in normal and clock-less vertebrate embryos., Development, Growth & Differentiation, 62巻, pp. 177-187, 20200228
  15. ★, Noise-resistant developmental reproducibility in vertebrate somite formation., PLoS Computational Biology, 15巻, 2号, pp. e1006579, 20190204
  16. ★, Identification of animal behavioral strategies by inverse reinforcement learning., PLoS Computational Biology, 14巻, 5号, pp. e1006122, 20180502
  17. Time-lapse observation of stepwise regression of Erk activity in zebrafish presomitic mesoderm, Scientific Reports, 8巻, pp. 4335, 20180312
  18. Nonrandom contribution of left and right testes to germline transmission from mouse spermatogonial stem cells., Biology of Reproduction, 97巻, 6号, pp. 902-910, 20171109
  19. Propagating wave of ERK activation orients collective cell migration., Developmental Cell, 43巻, pp. 305-317, 20171106
  20. ★, Revisiting chemoaffinity theory: Chemotactic implementation of topographic axonal projection., PLoS Computational Biology, 13巻, 8号, pp. e1005702, 20170808
  21. Self-organization mechanism of microtubule orientation patterns in axons and dendrites., bioRxiv, 20170723
  22. Discovery of long-range inhibitory signaling to ensure single axon formation., Nature Communications, 8巻, pp. 33, 20170626
  23. ★, Multi-phasic bi-directional chemotactic responses of the growth cone., Scientific Reports, 6巻, pp. 36256, 20161103
  24. Two new FRET imaging measures: linearly proportional to and highly contrasting the fraction of active molecules., PLoS One, 11巻, 10号, pp. e0164254, 20161025
  25. ★, Uncertainty-dependent extinction of fear memory in an amygdala-mPFC neural circuit model., PLoS Computational Biology, 12巻, 9号, pp. e1005099, 20160912
  26. ★, Nonrandom germline transmission of mouse spermatogonial stem cells., Developmental Cell, 38巻, pp. 248-261, 20160808
  27. Reconstruction of spatial thermal gradient encoded in thermosensory neuron AFD in Caenorhabditis elegans., Journal of Neuroscience, 36巻, 9号, pp. 2571-2581, 20160302
  28. ★, Distinct predictive performance of Rac1 and Cdc42 in cell migration., Scientific Reports, 5巻, pp. 17527, 20151204
  29. Heterogeneity in ERK activity as visualized by in vivo FRET imaging of mammary tumor cells developed in MMTV-Neu mice., Oncogene, 34巻, 8号, pp. 1051-1057, 20150317
  30. Intercellular propagation of extracellular signal-regulated kinase activation revealed by in vivo imaging of mouse skin., eLIFE, 4巻, pp. e05178, 20150210
  31. Fluctuation of Rac1 activity is associated with the phenotypic and transcriptional heterogeneity of glioma cells., Journal of Cell Science, 127巻, 8号, pp. 1805-1815, 20140415
  32. Mathematical Modeling of Neuronal Polarization During Development., Progress in Molecular Biology and Translational Science, 123巻, pp. 127-141, 20140218
  33. Dynamic Regulation of Myosin Light Chain Phosphorylation by Rho-kinase., PLoS One, 7巻, 6号, pp. e39269, 20120619
  34. Multi-cellular logistics of collective cell migration., PLoS One, 6巻, 12号, pp. e27950, 20111221
  35. A multiphysical model of cell migration integrating reaction-diffusion, membrane and cytoskeleton., Neural Networks, 24巻, pp. 979-989, 20110622
  36. Flexible Search for Single-Axon Morphology during Neuronal Spontaneous Polarization., PLoS One, 6巻, 4号, pp. e19034, 20110429
  37. Noise-Induced collective migration for neural crest cells., Lecture Notes in Computer Science, 6352巻, pp. 155-163, 20100101
  38. Stochastic control of spontaneous signal generation for gradient sensing in chemotaxis., Journal of Theoretical Biology, 255巻, pp. 259-266, 20080822
  39. One-chip sensing device (biomedical photonic LSI) enabled to assess hippocampal steep and gradual up-regulated proteolytic activities., Journal of Neuroscience Methods, 173巻, pp. 114-120, 20080815
  40. ★, Local signaling with molecular diffusion as a decoder of Ca2+ signals in synaptic plasticity., Molecular Systems Biology, 1巻, pp. 2005.0027, 20051213

招待講演、口頭・ポスター発表等

  1. Prediction of Mutant Spatial Transcriptomes by Zero-shot Learning, Honda Naoki, Okochi Yasushi, Takaaki Matsui, International Symposium on Neural Development and Diseases, 2023年03月, 招待, 英語, Kyoto University
  2. Decoding mental conflict between reward and curiosity from irrational behaviors., Honda Naoki, The 14th Prediction Science Seminar, 2023年01月, 招待, 英語, Online
  3. Multi-modal Data Integration for Predicting Spatial Transcriptome, Honda Naoki, The 30th Hot Spring Harbor International Symposium, 2022年11月, 招待, 英語, Online
  4. データ駆動生物学:データに潜在する生命機能のデータ駆動的解読, 本田直樹, 第6回・理論合成インシリコ生物学セミナー, 2022年10月, 招待, 日本語, 筑波大学
  5. データ駆動生物学:幹細胞・免疫・空間トランスクリプトーム, 本田直樹, 生命理学セミナー, 2022年10月, 招待, 日本語, 名古屋大学
  6. 生命現象に潜在する規則性・ルールのデータ駆動的解読, 本田直樹, 生命金属科学セミナー, 2022年09月, 招待, 日本語, ベーコンラボ京都駅
  7. 心の揺れ・葛藤の行動データ駆動的解読, 本田直樹, NARA Psychiatry Conference, 2022年09月, 招待, 日本語, THE KASHIHARA
  8. データ駆動生物学, 本田直樹, 第62回生物物理若手の会夏の学校 2022, 2022年08月, 招待, 日本語, ぎふ長良川温泉ホテルパーク
  9. Data-Driven Decoding of Psychological Conflict., Honda Naoki, Yuki Konaka, NEURO2022, 2022年07月, 招待, 英語, Okinawa convention center
  10. Data-driven decoding of decision-making and mental conflict by machine learning, Honda Naoki, HU-RIKEN-OIST Joint workshop, 2022年06月, 招待, 英語, Hiroshima University
  11. 基礎からわかる数理モデルの考え方:仮説駆動型・データ駆動型アプローチ, 本田直樹, 第63回日本神経学会学術大会, 2022年05月, 招待, 日本語, 東京国際フォーラム
  12. 心の揺れ・葛藤の行動データ駆動的解読, 本田直樹, 高橋MS×合原MS 合同シンポジウム2022, 2022年03月, 招待, 日本語
  13. Marrの3レベルに基づくデータ駆動生物学, 本田直樹, MIMS共同利用研究集会「現象と数理モデル」, 2022年01月, 招待, 日本語, オンライン
  14. Decoding reward-curiosity conflict in probabilistic bandit task, N. Honda, International workshop: The free energy principle of the brain: experiments and verification, 2021年12月, 招待, 英語
  15. Deciphering Mental Conflict in Decision-Making from Animal Behavioral Data, N. Honda, ASHBi Seminar, 2021年11月, 招待, 英語, online
  16. 細胞ジグソーパズルを解く機械学習 -1細胞RNA-seqデータ駆動的に空間的トランスクリプトームを解読-, 本田直樹, 第94回日本生化学大会, シンポジウム「生命科学におけるデータ駆動型アプローチ」, 2021年11月, 招待, 日本語
  17. 集中講義「データ駆動生物学のための機械学習入門」, 本田直樹, 2021年11月, 招待, 日本語, 名古屋大学
  18. データ駆動生物学, 本田直樹, 慶應義塾大学, 講義「先端研究」, 2021年10月, 通常, 日本語, オンライン
  19. 空間情報を失った1細胞RNA-seqデータから空間的遺伝子発現パターンの再構成, 本田直樹, 神経回路学会シンポジウム「物理学・情報科学から学ぶ、全体性の神経科学の可能性」, 2021年09月, 招待, 日本語
  20. 1細胞RNA-seqデータから空間的細胞ダイバースを読み解く機械学習, 本田直樹, 新学術領域「細胞社会ダイバーシティーの統合的解明と制御」第6回公開シンポジウム, 2021年09月, 招待, 日本語
  21. Data-driven hierarchical modeling of collective cell migration, H. Naoki, Society for Mathematical Biology, Minisymposium: Diverse quantitative approaches integrating data and modelling in development and medicine., 2021年06月, 招待, 英語, online
  22. 生命システムのデータ駆動的解読, 本田直樹, 数理生物学セミナー2020@TMDU, 2020年11月, 招待, 日本語
  23. 生物リズムの機能的意義:体節形成・集団的細胞移動, 本田直樹, 生物リズム 若手研究者の集い, 2020年10月, 招待, 日本語, オンライン
  24. 多細胞動態を司る支配方程式のデータ駆動的解読, 本田直樹, 日本数理生物学会年会シンポジウム「生命の形づくりとパターン形成の数理」, 2020年09月, 招待, 日本語, オンライン
  25. Decoding animal behavioral strategy by inverse reinforcement learning, Honda N, 第43回日本神経科学大会 シンポジウム:Neuroscience meets ecology: sensing and AI technologies, 2020年07月, 招待, 英語, online
  26. 生命システムのデータ駆動モデリング, 本田直樹, 第3回分子ロボティクス年次大会, 2020年03月, 招待, 日本語, 九州工業大学
  27. 多細胞動態のデータ駆動モデル, 本田直樹, 第16回 生物数学の理論とその応用, 2020年01月, 招待, 日本語, 京都大学
  28. 多細胞上皮ダイナミクスを司る支配方程式のデータ駆動的解読, 本田直樹, 分子生物学会年会 ワークショップ「生命のロジックに迫る機械学習」, 2019年12月, 招待, 日本語, 博多
  29. 機械学習による生物データ解析 〜機械学習の理学的応用〜, 本田直樹, 九州大学理学部集中講義「統合生命科学特別講義Ⅴ」, 2019年11月, 招待, 日本語, 九州大学
  30. 脊椎動物の体節が正確に作られる仕組み 〜分節時計によるノイズ耐性メカニズム〜, 本田直樹, 九州大学理学部セミナー, 2019年11月, 招待, 日本語, 九州大学
  31. Identification of animal behavioral strategies by inverse reinforcement learning, Honda N, Neuroscience Institute workshop 2019 "Neural mechanisms underlying behavior", 2019年11月, 招待, 英語, Nagoya University
  32. 逆強化学習による「動物の行動戦略」のデータ駆動的解読, 本田直樹, 生物工学会シンポジウム「新しいデータ駆動型サイエンスによる複雑な生命現象の理解」, 2019年09月, 招待, 日本語, 岡山大学
  33. 逆強化学習による動物行動戦略の解読, 本田直樹, 生理研研究会2019 認知神経科学の先端「脳の理論から身体・世界へ」, 2019年09月, 招待, 日本語, 生理学研究所
  34. System Identification of mechano-chemical dynamics in epithelial collective cell migration, Honda N, Annual Meeting of Korean Society for Mathematical Biology, 2019年06月, 招待, 英語, Jeju Island, Korea
  35. Identification of animal behavioral strategies by inverse reinforcement learning., Honda N, The A3 Workshop on Mathematical Life Science, 2019年05月, 招待, 英語, Peking University, China
  36. Noise-resistant developmental reproducibility in vertebrate somite formation, Honda N, BDR symposium 2019 'Control and Design of Biosystems', 2019年03月, 招待, 英語, RIKEN, Kobe
  37. Identification of animal behavioral strategies by inverse reinforcement learning, Honda N, Workshop for Reinforcement Learning & Biological Intelligence, 2019年03月, 招待, 英語, University of Tokyo
  38. Seminar for ANM/Collective Dynamics/Mathematical Biology (2019.2 University of Bristol, UK), Honda N, Seminar for ANM/Collective Dynamics/Mathematical Biology, 2019年02月, 招待, 英語, University of Bristol, UK
  39. 逆強化学習による「動物の行動戦略」の解読, 本田直樹, 川上研セミナー, 2019年02月, 招待, 日本語, 理研横浜キャンパス
  40. 動物の行動戦略を解読する逆強化学習法と線虫行動への応用, 本田直樹, 池田宗樹, 定量生物学の会, 2019年01月, 招待, 日本語, 大阪大学
  41. 逆強化学習による「動物の行動戦略」の解読, 本田直樹, 黒田研セミナー, 2018年12月, 招待, 日本語, 東京大学
  42. ライブイメージングで観測される複雑な生命動態の裏に潜むルールの抽出, 本田直樹, 基礎生物学研究所所長セミナー, 2018年12月, 招待, 日本語, 基礎生物学研究所
  43. 機械学習による動物行動戦略の解読, 本田直樹, 分子生物学会年会 ワークショップ「人工知能に負けない研究」, 2018年11月, 招待, 日本語, パシフィコ横浜
  44. 逆強化学習〜行動系列のデータが明らかにする報酬系〜, 本田直樹, Data Ship Update Lecture, 2018年08月, 招待, 日本語, 五反田 DEJIMA
  45. 逆強化学習による「動物の行動戦略」の同定, 本田直樹, Motor Control研究会 シンポジウム「機械学習が切り拓く身体運動研究の新展開」, 2018年08月, 招待, 日本語, 上智大学
  46. Noise-resistant developmental reproducibility in vertebrate somite formation, Honda N, The 17th NTU-Kyoto-Tsukuba Joint Symposium, 2018年06月, 招待, 英語, Kyoto University
  47. 動物の行動時系列データから行動戦略を逆問題的に解き明かす, 本田直樹, 名古屋大学理学研究科セミナー, 2018年01月, 招待, 日本語, 名古屋大学
  48. 予測的アプローチによる生体情報処理の同定, 本田直樹, 生理学研究所部門公開セミナー, 2017年10月, 招待, 日本語, 生理学研究所
  49. 神経軸索における誘引・忌避の切り替えとトポグラフィックな神経回路の配線,, 本田直樹, シンポジウム:生命動態の分子メカニズムと数理, 2017年03月, 招待, 日本語, 理研QBiC
  50. Neural wiring regulated by bi-directional chemotaxis of the growth cone., Honda N, The 4th Cell, Developmental, and Systems Biology Course Meeting, 2017年01月, 招待, 英語, Kyoto University
  51. Mathematical modeling in stem cell dynamics., Honda N, The 6th Ritsumeikan-Monash Symposium on Probability and Related Fields, 2016年11月, 招待, 英語, Ritsumeikan University
  52. Decoding of intracellular signal transfer from FRET imaging: distinct functions of Rac1 and Cdc42 in cell migration., Honda N, Yamao M, Ishii S, The 11th AIMS Conference on Dynamical Systems, Differential Equations and Applications, 2016年07月, 招待, 英語, Orland, USA
  53. 神経成長円錐の走化性によるトポグラフィックな軸索投射の数理モデル, 本田直樹, 第48回生命機能数理モデル検討会, 2016年07月, 招待, 日本語, 大阪大学
  54. 神経軸索の走化性と神経回路形成の数理的アプローチ, 本田直樹, 第121回日本解剖学会総会 シンポジウム 神経・血管の発生と新生 -多角的アプローチで目指す未踏峰-, 2016年03月, 招待, 日本語, 郡山
  55. Mathematical model for development of neural circuit based on chemotaxis of growth cone., Honda N, Joint Meeting of JSMB and CJK Colloquium on Mathematical Biology, 2015年08月, 招待, 英語, Doshisha University
  56. Predictive computational approach on FRET imaging of Rac1 and Cdc42 in cell migration., Honda N, The 3rd Cell, Developmental, and Systems Biology Course Meeting, 2015年04月, 招待, 英語, 京都大学
  57. 定量生物データ+機械学習, 本田直樹, , 研究会:大規模多次元実データと機械学習の邂逅, 2015年02月, 招待, 日本語, 京都タワービル
  58. 神経軸索誘導における誘引的および忌避的走化性の数理モデル, 本田直樹, 数学協働プログラムワークショップ 生命ダイナミックスの数理とその応用:異分野とのさらなる融合, 2014年12月, 招待, 日本語, 東京大学
  59. FRETデータから細胞内分子シグナルが細胞形態変化を動的に制御する様式を同定する, 本田直樹, 第4回 Vivid Workshop, 2014年02月, 招待, 日本語, 石川
  60. 細胞内シグナルが制御する細胞移動のシステム同定, 本田直樹, 数学協働プログラムワークショップ 生命ダイナミックスの数理とその応用, 2014年01月, 招待, 日本語, 東京大学
  61. Theoretical modelling for neuronal polarization and axon guidance., Honda N, Symposium on Multi-dimensional Quantitative Imaging and Mathematical Modeling, 2013年05月, 招待, 英語
  62. 神経発生における数理モデリング, 本田直樹, 第3回計算アルゴリズム研究会, 2012年03月, 招待, 日本語, 京都大学
  63. Theoretical modeling for axon guidance and polarization., Honda N, Nishiyama M, Hong K, Ishii S, 第34回日本神経科学大会 シンポジウム:Gradients of guidance cues in axon and dendrite patterning, 2011年09月, 招待, 英語
  64. 細胞骨格系・細胞膜・細胞内シグナル伝達を連成した細胞移動のためのマルチフィジカルモデル, 本田直樹, 野中成吾, 石井信, 第3回バイオスーパーコンピューティングシンポジウム, 2011年02月, 招待, 日本語
  65. 細胞骨格系に依存した細胞形態変化のシミュレーション, 本田直樹, 生命体統合シミュレーションサマースクール2010, 2010年07月, 招待, 日本語
  66. 神経発生過程への理論的アプローチ〜極性形成と濃度勾配検知〜, 本田直樹, 第7回形態形成機構学教室セミナー(主催:三浦岳), 2009年07月, 招待, 日本語, 京都大学
  67. 走化性細胞における自発的シグナル生成と濃度勾配検知, 本田直樹, JST戦略的創造研究推進事業 講演会「細胞が持つゆらぎ発生機構とその機能」(主催:橋本浩一), 2008年03月, 招待, 日本語

外部資金

競争的資金等の採択状況

  1. 学術変革領域研究(B)(総括班分担), あいまい環境に対峙する脳・生命体の情報獲得戦略の解明, 2021年10月, 2024年03月
  2. 学術変革領域研究(B)「あいまい環境に対峙する脳・生命体の情報獲得戦略の解明」, 新自由エネルギー原理の確立(計画班代表), 2021年10月, 2024年03月
  3. AMED 脳とこころの研究推進プログラム(領域横断的かつ萌芽的脳研究プロジェクト), 光学的膜電位計測を応用した神経ネットワーク解析技術の開発(分担), 2021年08月, 2024年03月
  4. AMED 脳とこころの研究推進プログラム(領域横断的かつ萌芽的脳研究プロジェクト), 数理モデルに基づいたニューロモデュレーションによる前頭前野機能と自閉症状への効果に関する研究開発(分担), 2021年08月, 2024年03月
  5. AMED 脳とこころの研究推進プログラム(精神・神経疾患メカニズム解明プロジェクト), 精神疾患横断的なひきこもり病理における意思決定行動異常とその脳回路・分子ネットワークの解明(分担), 2021年07月, 2025年03月
  6. 基盤研究(B), 多細胞動態を司る支配方程式のデータ駆動的解読(代表), 2021年04月, 2025年03月
  7. JST ムーンショット型研究開発事業, 臓器連関の包括的理解に基づく認知症関連疾患の克服に向けて(数理AI班統括), 2020年12月, 2025年03月
  8. ExCELLS連携研究, 生体情報処理のデータ駆動的解読と数理モデリング(代表), 2020年02月, 2025年01月
  9. 新学術領域研究(研究領域提案型), 脳回路構築における軸索配線原理の解読(代表), 2019年04月, 2021年03月
  10. 挑戦的研究(萌芽), ライブセル観察と機械学習を用いた細胞表層骨格のダイナミクス解析(分担), 2019年06月, 2021年03月
  11. ExCELLS課題研究(シーズ発掘), 生体イメージングで観測される時空間ダイナミクスの階層的モデリング(代表), 2018年06月, 2020年01月
  12. 若手研究(B), 逆強化学習法による「動物の行動戦略を制御する神経基盤」の同定(代表), 2016年04月, 2020年03月
  13. 若手研究(B), 細胞骨格モデルから神経細胞の形態形成メカニズムに迫る(代表), 2013年04月, 2016年03月
  14. 特別研究員奨励費, 走化性における確率的なシグナル伝達のシステム生物学(代表), 2007年04月, 2009年03月