中前 和恭KAZUKI NAKAMAE

Last Updated :2024/07/03

所属・職名
ゲノム編集イノベーションセンター　共同研究講座助教
ホームページ
https://www.pt-bio.com/
https://bonohu.hiroshima-u.ac.jp/
https://github.com/KazukiNakamae
メールアドレス
kazuki-nakamaehiroshima-u.ac.jp
その他連絡先
〒739-0046 広島県東広島市鏡山３丁目10-23 イノベーションプラザ1C-01 広島大学イノベーションプラザ1C-01
TEL:082-424-3989
自己紹介
プラチナバイオ共同研究講座、バイオDX研究室（坊農研）所属。ゲノム編集技術にかかわるバイオインフォマティクス・ソフトウェア開発に携わりつつ、様々な細胞や生物での産学利用を推進しています。

基本情報

主な職歴

  • 2022年04月01日, 広島大学, ゲノム編集イノベーションセンター, 共同研究講座助教
  • 2020年04月01日, プラチナバイオ株式会社, 主任研究員
  • 2020年04月01日, 2022年03月31日, 広島大学, ゲノム編集イノベーションセンター, 博士研究員

学歴

  • 広島大学, 大学院理学研究科, 数理分子生命理学専攻, 日本, 2017年04月01日, 2020年03月23日

学位

  • 博士（理学）　(広島大学)
  • 修士（理学）　(広島大学)

研究分野

  • 情報学 / 情報学フロンティア / 生命・健康・医療情報学
  • 総合生物 / ゲノム科学 / システムゲノム科学
  • 総合生物 / ゲノム科学 / ゲノム医科学
  • 総合生物 / ゲノム科学 / ゲノム生物学

研究キーワード

  • プライムエディティング
  • バイオインフォマティクス
  • バイオDX
  • 遺伝子ノックアウト
  • 遺伝子ノックイン
  • CRISPR-Cas9
  • シーケンス解析
  • ノックイン設計
  • ゲノム編集

所属学会

研究活動

学術論文（★は代表的な論文）

  1. PtWAVE: A High-Sensitive deconvolution software of sequencing trace for the Detection of Large Indels in Genome Editing, bioRxiv, 20240417
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク
  2. ★, DANGER analysis: risk-averse on/off-target assessment for CRISPR editing without a reference genome, Bioinformatics Advances, vbad114巻, 20230823
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク
  3. Danger Analysis: Risk-Averse on/off-Target Assessment for CRISPR Editing Without a Reference Genome, bioRxiv, 20230313
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク
  4. Frame Editors for Precise, Template-Free Frameshifting, bioRxiv, 20221206
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク
  5. ★, Genome editing and bioinformatics, Gene and Genome Editing, 3–4巻, 100018号, 20221108
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク
  6. Detailed profiling with MaChIAto reveals various genomic and epigenomic features affecting the efficacy of knock-out, short homology-based knock-in and Prime Editing, bioRxiv, 20220630
  7. Biased genome editing using the local accumulation of DSB repair molecules system, NATURE COMMUNICATIONS, 9巻, 1号, pp. 3270, 20180816
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク
  8. ★, Establishment of expanded and streamlined pipeline of PITCh knock-in - a web-based design tool for MMEJ-mediated gene knock-in, PITCh designer, and the variations of PITCh, PITCh-TG and PITCh-KIKO, BIOENGINEERED, 8巻, 3号, pp. 302-308, 20170428
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク

著書等出版物

  1. 2021年11月19日, みんなのバイオDX〜公共データの海で宝探しをはじめよう, ゲノム編集のドライ系ツール, 羊土社, 2021年, 11, 共著, 日本語, 中前和恭、奥原啓輔、山本　卓
  2. 2019年12月05日, 完全版 ゲノム編集実験スタンダード, 遺伝子改変の戦略①：ノックアウト, 羊土社, 2019年, 12, 共著, 佐久間 哲史, 中前 和恭, 山本　卓

招待講演、口頭・ポスター発表等

  1. Computational Resources for Industrial Application of Genome Editing, Kazuki Nakamae, JAACT2023, 2023年11月30日, 招待, 英語, 名古屋
  2. [1AS-17-03]ゲノム編集の安全性評価ソフトウェアの開発〜安心してゲノム育種に取り組める社会を目指して, 中前 和恭, 第46回日本分子生物学会年会, 2312年06月, 通常, 日本語, 坊農秀雅,中前 和恭, 神戸
  3. DANGER Analysis：表現型への影響を評価する新規オフターゲット解析ツール, 中前和恭, 坊農秀雅, 日本ゲノム編集学会 第8回大会, 2023年06月06日, 通常, 英語
  4. Pitch Designer 2.0: Fully Automated Sequence Design Tool for CRISPR-Cas9-Mediated Knock-in Using Template for Short Homology-Based DSB Repair, Kazuki Nakamae, Shota Nakade, Naoaki Sakamoto, Tetsushi Sakuma, Takashi Yamamoto, PAG30, 2023年01月13日, 通常, 英語, San Diego, CA, USA
  5. Pitch Designer 2.0: Fully Automated Sequence Design Tool for CRISPR-Cas9-Mediated Knock-in Using Template for Short Homology-Based DSB Repair, Kazuki Nakamae, Shota Nakade, Naoaki Sakamoto, Tetsushi Sakuma, Takashi Yamamoto, PAG 30, 2023年01月13日, 通常, 英語, San Diego, CA, USA
  6. Sequence-based parameters contributing to the efficiency and accuracy of MMEJ-assisted knock-in and Prime Editing, Kazuki Nakamae, Kunihisa Yamamoto, Mitsumasa Takenaga, Shota Nakade, Naomi Tagashira, Ichiro Nazuka, Akinori Awazu, Naoaki Sakamoto, Tetsushi Sakuma, Takashi Yamamoto, FASEB: The Genome Engineering Conference: Cutting-edge Research and Applications, 2022年06月26日, 通常, 英語
  7. 適切なガイド RNA 選択のための in slico 解析リソース, 中前和恭, 日本ゲノム編集学会第7回大会, 2022年06月06日, 招待, 日本語, 日本ゲノム編集学会, オンライン
  8. プラチナバイオ株式会社「ゲノム編集支援オープンプラットフォームの開発」, 中前和恭, BioJapan 2021, 2021年10月15日, 通常, 日本語, BioJapan 組織委員会 / (株)JTBコミュニケーションデザイン, パシフィコ横浜、日本
  9. ウェブツールを使ってゲノム編集の標的サイトを検索する, 中前和恭, 遺伝子発現データを解釈しゲノム編集に応用する（AJACSオンライン８）, 2021年08月19日, 招待, 日本語, JST バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC), オンライン
  10. Sequence-based parameters contributing to the efficiency of MMEJ-assisted knock-in and Prime Editing, Kazuki Nakamae, CSHL meetings: GENOME ENGINEERING: CRISPR FRONTIERS, 2021年08月18日, 通常, 英語, Online
  11. MaChIAto: detailed profiling tool for various genomic features affecting the efficacy of CRISPR-based genome editing, Kazuki Nakamae, 第43回日本分子生物学会年会, 2020年12月02日, 通常, 日本語, 日本分子生物学会, オンライン
  12. Extended analysis of amplicon sequencing data with MaChIAto for prime editing, Kazuki Nakamae, Mitsumasa Takenaga, Shota Nakade, Ichiro Nazuka, Akinori Awazu, Naoaki Sakamoto, Tetsushi Sakuma, Takashi Yamamoto., CSHL meeting: GENOME ENGINEERING: CRISPR FRONTIERS, 2020年08月19日, 通常, 英語, Online
  13. Analysis of genomic and epigenomic features affecting the efficacy of MMEJ-assisted knock-in using machiato, Kazuki Nakamae, Frontiers in Genome Engineering 2019, 2019年11月26日, 通常, 英語, Kobe Convention Center, Kobe
  14. Detailed profiling with MaChIAto reveals various genomic and epigenomic features affecting the efficacy of MMEJ-assisted knock-in, Kazuki Nakamae, Genome Engineering: Frontiers of CRISPR/Cas, 2019年10月12日, 通常, 英語, Cold Spring Horbor Laboratory, Cold Spring Horbor, New York
  15. MMEJ依存的ノックインの効率に寄与するゲノム・エピゲノム要因の解析, 中前和恭, 日本ゲノム編集学会第4回大会, 2019年06月05日, 通常, 日本語, 日本ゲノム編集学会, タワーホール船堀、東京
  16. PITCh designer 2.0:MMEJを利用したノックインのための自動設計ウェブツール, 中前和恭, 日本ゲノム編集学会第3回大会, 2018年06月19日, 通常, 日本語, 日本ゲノム編集学会, 広島国際会議場、広島
  17. PITCh designer 2.0: fully automated sequence design tool for the generation and validation of MMEJ mediated knock in, Kazuki Nakamae, Keystone Symposia, Precision Genome Editing with Programmable Nucleases（B1）, 2018年01月30日, 通常, 英語, Keystone Resort, Keystone, Colorado
  18. Automated web-based design tool for MMEJ-mediated gene knock-in, Kazuki Nakamae, Cold Spring Harbor meeting, Genome Engineering: The CRISPR-Cas Revolution, 2017年07月23日, 通常, 英語, Cold Spring Horbor Laboratory, Cold Spring Horbor, New York
  19. MMEJを利用したノックイン法のための自動設計ウェブツール, 中前和恭, 日本ゲノム編集学会第2回大会, 2017年06月29日, 通常, 日本語, 日本ゲノム編集学会, 千里ライフサイエンスセンター、大阪

受賞

  1. 2023年06月08日, 日本ゲノム編集学会 第8回大会 ポスター賞 研究員・ポスドクの部, 大会長, DANGER Analysis：表現型への影響を評価する新規オフターゲット解析ツール

作品・演奏・競技等

  • DANGER Analysis, 中前和恭, コンピュータソフト
    関連URL
  • Genome Editing Software Guide, 中前和恭, 2022年, Webサービス
    関連URL
  • MaChIAto, 中前和恭, 2022年, コンピュータソフト
    関連URL
  • PITCh designer, 中前和恭, コンピュータソフト
    関連URL
  • PITCh designer2.0, 中前和恭, コンピュータソフト
    関連URL

外部資金

競争的資金等の採択状況

  1. ROIS-DS-JOINT 2023：Joint Research Program／一般共同研究, 公共遺伝子発現データに基づいたCRISPR-Cas9におけるRNAオフターゲット予測ソフトウェアの開発, 2023年, 2023年
  2. ROIS-DS-JOINT 2022：Joint Research Program／一般共同研究, 公共遺伝子発現データに基づいたCRISPR-Cas9におけるRNAオフターゲット予測ソフトウェアの開発, 2022年, 2022年
  3. 科学研究費助成事業(若手研究), パーソナルゲノム治療にむけたPrime Editingゲノム編集データベース構築, 2021年, 2022年

社会活動

委員会等委員歴

  1. 教育実習委員, 2022年07月15日, （社）日本ゲノム編集学会