坂本 尚昭Naoaki Sakamoto
Last Updated :2021/02/02
- 所属・職名
- 大学院統合生命科学研究科 准教授
- メールアドレス
- naosaka
hiroshima-u.ac.jp
- 自己紹介
- ウニの初期発生では、遺伝子を取り巻く環境は劇的に変化する。このような核内環境の変化の中でも、膨大なゲノム情報の中から必要な遺伝情報が正確に発現する。このような遺伝子発現の制御機構を解明するために、バフンウニを使って、初期胚の核内環境・遺伝子の核内配置・染色体の境界配列(インスレーター)について解析を行っている。また、ウニの発生の分子メカニズムについても解析を行っている。
基本情報
主な職歴
- 1997年06月01日, 2000年05月25日, テキサスA&M大学, ポスドク研究員
- 2000年06月01日, 2002年04月30日, 理化学研究所 脳科学総合研究センター, ポスドク研究員/基礎科学特別研究員
- 2002年05月01日, 2004年03月31日, 広島大学大学院 理学研究科 数理分子生命理学専攻, ポスドク研究員
学歴
- 広島大学, 理学研究科, 生物科学専攻, 日本, 1994年04月, 1997年03月
- 山口大学, 理学部, 生物学科, 日本, 1988年04月, 1992年03月
学位
- 博士(理学) (広島大学)
- 修士(理学) (広島大学)
教育担当
- 【学士課程】 理学部 : 生物科学科
- 【博士課程前期】 統合生命科学研究科 : 統合生命科学専攻 : 数理生命科学プログラム
- 【博士課程前期】 統合生命科学研究科 : 統合生命科学専攻 : 生命医科学プログラム
- 【博士課程後期】 統合生命科学研究科 : 統合生命科学専攻 : 数理生命科学プログラム
- 【博士課程後期】 統合生命科学研究科 : 統合生命科学専攻 : 生命医科学プログラム
担当主専攻プログラム
研究分野
- 総合生物 / ゲノム科学 / ゲノム生物学
- 生物学 / 生物科学 / 分子生物学
- 生物学 / 生物科学 / 発生生物学
研究キーワード
所属学会
- 日本分子生物学会
- 日本発生生物学会
- 日本進化学会
- 日本ゲノム編集学会
教育活動
授業担当
- 2020年, 教養教育, 1ターム, 情報活用演習[1理生]
- 2020年, 教養教育, 3ターム, 生物学入門
- 2020年, 教養教育, 2ターム, 教養ゼミ
- 2020年, 学部専門, 1ターム, 生物科学セミナー
- 2020年, 学部専門, 2ターム, 先端生物学
- 2020年, 学部専門, 1ターム, 分子遺伝学A
- 2020年, 学部専門, セメスター(後期), 分子遺伝学演習
- 2020年, 学部専門, セメスター(前期), 卒業研究
- 2020年, 学部専門, セメスター(後期), 卒業研究
- 2020年, 学部専門, セメスター(前期), 生物科学基礎実験I
- 2020年, 学部専門, セメスター(後期), 生物科学基礎実験II
- 2020年, 学部専門, セメスター(後期), 生物科学基礎実験IV
- 2020年, 学部専門, 3ターム, 生物学実験A
- 2020年, 修士課程・博士課程前期, 3ターム, 生命科学研究法
- 2020年, 修士課程・博士課程前期, 1ターム, 生命理学概論
- 2020年, 修士課程・博士課程前期, 年度, 数理生命科学特別研究
- 2020年, 修士課程・博士課程前期, 1ターム, 生命理学特別演習A
- 2020年, 修士課程・博士課程前期, 2ターム, 生命理学特別演習A
- 2020年, 修士課程・博士課程前期, 3ターム, 生命理学特別演習B
- 2020年, 修士課程・博士課程前期, 4ターム, 生命理学特別演習B
- 2020年, 修士課程・博士課程前期, 2ターム, 分子遺伝学
- 2020年, 修士課程・博士課程前期, 2ターム, 生命理学特論C
- 2020年, 修士課程・博士課程前期, 4ターム, 生命理学特論D
- 2020年, 修士課程・博士課程前期, 3ターム, 生命医科学セミナー A
- 2020年, 修士課程・博士課程前期, 3ターム, 生命医科学セミナー B
- 2020年, 修士課程・博士課程前期, 1ターム, 先端生命技術概論
- 2020年, 博士課程・博士課程後期, 3ターム, 生命医科学セミナーC
- 2020年, 博士課程・博士課程後期, 3ターム, 生命医科学セミナーD
- 2020年, 修士課程・博士課程前期, 4ターム, ゲノム機能学概論
研究活動
学術論文(★は代表的な論文)
- Recycling endosomes associate with Golgi stacks in sea urchin embryos., Communicative and Integrative Biology, 13巻, 1号, pp. 59-62, 20200430
- ★, Establishment of knockout adult sea urchins by using a CRISPR-Cas9 system., Development, Growth & Differentiation, 61巻, 6号, pp. 378-388, 2019
- Insulator Activities of Nucleosome-Excluding DNA Sequences without Bound Chromatin Looping Proteins, JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B, 123巻, 5号, pp. 1035-1043, 20190207
- Biased genome editing using the local accumulation of DSB repair molecules system., Nature Communications, 9巻, 1号, pp. 3270, 2018
- ★, Dynamic changes in the interchromosomal interaction of early histone gene loci during development of sea urchin, JOURNAL OF CELL SCIENCE, 130巻, 24号, pp. 4097-4107, 201712
- The 1-Particle-per-k-Nucleotides (1PkN) Elastic Network Model of DNA Dynamics with Sequence-Dependent Geometry, FRONTIERS IN PHYSIOLOGY, 8巻, 20170314
- Establishment of expanded and streamlined pipeline of PITCh knock-in - a web-based design tool for MMEJ-mediated gene knock-in, PITCh designer, and the variations of PITCh, PITCh-TG and PITCh-KIKO, BIOENGINEERED, 8巻, 3号, pp. 302-308, 2017
- ★, Cilia play a role in breaking left–right symmetry of the sea urchin embryo., Genes to Cells, 2016
- In vivo tracking of histone H3 lysine 9 acetylation in Xenopus laevis during tail regeneration., Genes to Cells, 2016
- Simple Elastic Network Models for Exhaustive Analysis of Long Double-Stranded DNA Dynamics with Sequence Geometry Dependence., PLoS One, 211巻, 4号, pp. 775-784, 2015
- Viable neuronopathic Gaucher disease model in Medaka (Oryzias latipes) displays axonal accumulation of alpha-synuclein., PLoS Genetics, 11巻, pp. e1005065, 2015
- LOC-Based High-Throughput Cell Morphology Analysis System., IEEE transactions on automation science and engineering, 12巻, 4号, pp. 1346-1356, 2015
- Targeted mutagenesis in sea urchin embryos using TALENs., Development Growth and Differentiation, 56巻, 1号, pp. 92-97, 2014
- Microhomology-mediated end-joining-dependent integration of donor DNA in cells and animals using TALENs and CRISPR/Cas9., Nature Communications, 5巻, pp. 5560, 2014
- Repeating pattern of non-RVD variations in DNA-binding modules enhances TALEN activity., Scientific Reports, 3巻, pp. 3379, 2013
- The 3 ' UTR of nanos2 directs enrichment in the germ cell lineage of the sea urchin, Developmental Biology, 377巻, 1号, pp. 275-283, 2013
- ★, Nucleosome exclusion from the interspecies conserved central AT-rich region of the Ars insulator., Journal of Biochemistry, 151巻, 1号, pp. 75-87, 2012
- Zinc-finger nuclease-mediated targeted insertion of reporter genes for quantitative imaging of gene expression in sea urchin embryos., Proc Natl Acad Sci U S A, 109巻, 27号, pp. 10915-10920, 2012
- HpSumf1 is involved in the activation of sulafatases responsible for regulation of skeletogenesis during sea urchin development., Development Genes and Evolution, 221巻, 3号, pp. 157-166, 2011
- Targeted mutagenesis in the sea urchin embryo using zinc-finger nucleases., Genes to Cells, 15巻, 8号, pp. 875-885, 2010
- HpSulf, a heparan sulfate 6-O-endosulfatase, is involved in the regulation of VEGF signaling during sea urchin development., Mechanisms of Development, 127巻, 3-4号, pp. 235-245, 2010
- Mammalian arlysulfatase A functions as a novel component of the extracellular matrix., Connective Tissue Research, 51巻, 5号, pp. 388-396, 2010
- Implication of HpEts in gene regulatory networks responsible for specification of sea urchin skeletogenic primary mesenchyme cells., Zoological Science, 27巻, 8号, pp. 638-646, 2010
- ★, Dicer is required for the normal development of sea urchin, Hemicentrotus pulcherrimus., Zoological Science, 27巻, 6号, pp. 477-486, 2010
- Suppressor of Hairless (Su(H)) is required for foregut development in the sea urchin embryo., Zoological Science, 26巻, 10号, pp. 686-690, 200910
- Role of nanos homolog during sea urchin development., Developmental Dynamics, 238巻, 10号, pp. 2511-2521, 2009
- Analysis of cis-regulatory elements controlling spatio-temporal expression of T-brain gene in sea urchin, Hemicentrotus pulcherrimus., Mechanisms of Development, 125巻, 1-2号, pp. 2-17, 2008
- The Ars insulator facilitates I-SceI meganuclease-mediated transgenesis in the sea urchin embryo., Developmental Dynamics, 237巻, 9号, pp. 2475-2482, 2008
- DNA variations within the sea urchin Otx gene enhancer., FEBS Letter, 581巻, 27号, pp. 5234-5240, 200711
- ★, Unichrom, a novel nuclear matrix protein, binds to the ars insulator and canonical Mars., Zoological Science, 23巻, 1号, pp. 9-21, 2006
- Developmental expression of HpNanos, the Hemicentrotus pulcherrimus homologue of nanos., Gene Expression Patterns, 6巻, 5号, pp. 572-577, 2006
- Sodium channel beta4 subunit: down-regulation and possible involvement in neuritic degeneration in Huntington's disease transgenic mice., Journal of Neurochemistry, 98巻, 2号, pp. 518-529, 2006
- Functional analysis of the sea urchin-derived arylsulfatase (Ars)-element in mammalian cells., Genes to Cells, 11巻, 9号, pp. 1009-1021, 2006
- Decreased expression of hypothalamic neuropeptides in Huntington disease transgenic mice with expanded polyglutamine-EGFP fluorescent aggregates., Journal of Neurochemistry, 93巻, 3号, pp. 641-653, 2005
- The Otx binding site is required for the activation of HpOtxL mRNA expression in the sea urchin, Hemicentrotus pulcherrimus., Development Growth and Differentiation, 46巻, 1号, pp. 61-67, 2004
- A new G-stretch-DNA-binding protein, Unichrom, displays cell-cycle-dependent expression in sea urchin embryos., Development Growth and Differentiation, 46巻, 4号, pp. 335-341, 2004
- Utilization of a particle gun DNA introduction system for the analysis of cis-regulatory elements controlling the spatial expression pattern of the arylsulfatase gene (HpArs) in sea urchin embryos., Development Genes and Evolution, 213巻, 1号, pp. 44-49, 2003
- Pro-apoptotic protein kinase C delta is associated with intranuclear inclusions in a transgenic model of Huntington's disease., Journal of Neurochemistry, 87巻, 2号, pp. 395-406, 2003
- T-brain homologue (HpTb) is involved in the archenteron induction signals of micromere descendant cells in the sea urchin embryo., Development, 129巻, 22号, pp. 5205-5216, 2002
- Functional annotation of a full-length mouse cDNA collection., Nature, 409巻, 6821号, pp. 685-690, 2001
- ★, Sticky DNA, a self-associated complex formed at long GAA•TTC repeats in intron 1 of the frataxin gene, inhibits transcription., Journal of Biological Chemistry, 276巻, 29号, pp. 27171-27177, 2001
- ★, GGA•TCC-interrupted triplets in long GAA•TTC repeats inhibit the formation of triplex and sticky DNA structures, alleviate transcription inhibition, and reduce genetic instabilities., Journal of Biological Chemistry, 276巻, 29号, pp. 27178-27187, 2001
- ★, Self-Association Properties of Long GAA•TTC Repeats in R•R•Y Triplex Structures from Friedreich's Ataxia., Molecular Cell, 3巻, 3号, pp. 465-475, 1999
- A nonpathogenic GAAGGA repeat in the Friedreich gene: implications for pathogenesis., Neurology, 53巻, 8号, pp. 1854-1857, 1999
- Structure and Function of Sea Urchin Orthodenticle-Related Gene (HpOtx)., Developmental Biology, 193巻, 2号, pp. 139-145, 1998
- Differential expression of sea urchin Otx isoform (HpOtxE and HpOtxL) mRNAs during early development., International Journal of Developmental Biology, 42巻, 5号, pp. 645-651, 1998
- ★, Two Isoforms of Orthodenticle-Related Proteins (HpOtx) Bind to the Enhancer Element of Sea Urchin Arylsulfatase Gene., Developmental Biology, 181巻, 2号, pp. 284-295, 1997
- ★, A Triplex DNA Structure of the Polypyrimidine: Polypurine Stretch in the 5' Flanking Region of the Sea Urchin Arylsulfatase Gene., Zoological Science, 13巻, 1号, pp. 105-109, 1996
- Corrected Structure of the 5' Flanking Region of Arylsulfatase Gene of the Sea Urchin, Hemicentrotus pulcherrimus., Development Growth and Differentiation, 36巻, 4号, pp. 633-636, 1994
- The Egg Nucleus Regulates the Behavior of Sperm Nuclei as well as Cycling of MPF in Physiologically Polyspermic Newt Eggs., Developmental Biology, 160巻, 1号, pp. 15-27, 1993
著書等出版物
- 2006年04月, DNA Structure, Chromatin and Gene Expression, Chapter 14, "Involvement of nuclear matrix and chromatin loop formation in the function of insulators.", Transworld Research Network, 2006年, 04, 単行本(学術書), 共編著, Akasaka K. , 8178952289
- 2009年03月31日, Shall We 遺伝学, 講談社, 2009年, 3, 単行本(学術書), 単著, 日本語, 坂本 尚昭, 4061554514, 184
受賞
- 2013年09月11日, 日本生化学会JB論文賞, 公益社団法人日本生化学会会長