丸山 史人FUMITO MARUYAMA

Last Updated :2022/12/01

所属・職名
IDEC国際連携機構 教授
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メールアドレス
fumitohiroshima-u.ac.jp
自己紹介
環境遺伝生態学に関わる教育研究へ産官学民連携で取り組んでいます。

基本情報

主な職歴

  • 2005年04月, 2006年03月, 大阪大学 大学院薬学研究科 遺伝情報解析学分野, 特任研究員
  • 2006年04月, 2006年07月, 鳥取大学 農学部 乾燥地環境化学教室, プロジェクト研究員
  • 2006年07月, 2009年03月, 東京大学 医科学研究所 国際感染症研究センター, 特別教育研究員
  • 2009年04月, 2010年06月, 東京工業大学 大学院生命理工学研究科 生命情報専攻, 助教
  • 2010年07月, 2012年03月, 東京医科歯科大学 大学院医歯学総合研究科 細菌感染制御学分野, 准教授
  • 2012年04月, 2014年06月, 東京医科歯科大学 大学院生命理工学研究科 環境遺伝生態学分野, 准教授
  • 2014年04月, 2017年11月, ラフロンテラ大学 先端科学生物資源研究所, 客員教授
  • 2014年07月, 2019年06月, 京都大学 大学院医学研究科 微生物感染症学分野, 准教授
  • 2017年12月, ラフロンテラ大学 先端科学生物資源研究所, 栄誉教授

学歴

  • 大阪大学, 大学院薬学研究科, 博士後期課程生命情報環境科学専攻, 日本, 2002年04月, 2005年03月
  • 大阪大学, 大学院薬学研究科, 博士前期課程生命情報環境科学専攻, 日本, 2000年04月, 2002年03月
  • 国際基督教大学, 教養学部, 理学科, 日本, 1996年04月, 2000年03月

学位

  • 修士(薬学) (大阪大学)
  • 博士(薬学) (大阪大学)

研究分野

  • 医歯薬学 / 社会医学 / 衛生学・公衆衛生学
  • 環境学 / 環境解析学 / 環境動態解析
  • 総合生物 / ゲノム科学 / ゲノム医科学
  • 生物学 / 基礎生物学 / 生態・環境
  • 医歯薬学 / 薬学 / 環境・衛生系薬学
  • 医歯薬学 / 基礎医学 / 細菌学(含真菌学)

研究キーワード

  • 微生物免疫システム
  • 進化・生態
  • 外来因子
  • 微生物ゲノム・メタゲノム
  • 恒常性、生物間・生物-無生物相互作用
  • 細菌叢・細菌群集
  • 微生物・感染症学
  • 環境感染症

所属学会

  • 日本進化学会
  • 日本化学療法学会
  • 日本臨床微生物学会
  • 日本感染症学会
  • ゲノム微生物学会
  • 日本微生物生態学会
  • 日本細菌学会

教育活動

授業担当

  1. 2022年, 学部専門, セメスター(後期), 生物科学特別講義(環境遺伝生態学概説と最新トピックス)
  2. 2022年, 学部専門, 通年, 全身性疾患制御学
  3. 2022年, 学部専門, 4ターム, 基礎ゲノム医学
  4. 2022年, 博士課程・博士課程後期, セメスター(前期), 環境遺伝生態学特別演習
  5. 2022年, 博士課程・博士課程後期, セメスター(後期), 環境遺伝生態学特別演習
  6. 2022年, 博士課程・博士課程後期, セメスター(前期), 環境遺伝生態学特別研究
  7. 2022年, 博士課程・博士課程後期, セメスター(後期), 環境遺伝生態学特別研究
  8. 2022年, 修士課程・博士課程前期, セメスター(後期), 基礎生物学特別講義(環境遺伝生態学概説と最新トピックス)

研究活動

学術論文(★は代表的な論文)

  1. Protocol of living cell separation using the microfluidic dielectrophoresis integrated chip, STAR Protoc., 3巻, 3号, pp. 101527, 20220916
  2. Understanding effects of ventilation on airborne microorganisms in build environments: A perspective, CLIMA 2022 Conference., 20220506
  3. Direct Attachment with Erythrocytes Augments Extracellular Growth of Pathogenic Mycobacteria, Microbiol Spectr., 10巻, 2号, pp. e0245421, 20220427
  4. Characteristics of PM2.5 Pollution in Osorno, Chile: Ion Chromatography and Meteorological Data Analyses, Atmosphere., 13巻, 2号, pp. 168, 202202
  5. Fabrication of a new all-in-one microfluidic dielectrophoresis integrated chip and living cell separation, iScience., 25巻, 2号, pp. 103776, 20220218
  6. The effect of iron on Chilean Alexandrium catenella growth and paralytic shellfish toxin production as related to algal blooms, Biometals., 35巻, 1号, pp. 39-51, 202202
  7. Label-Free Separation of Living Bacteria and Eukaryotic Cells by a Novel Microfluidic Dielectrophoresis Integrated Chip System, SSRN., 202108
  8. Genomic features of Mycobacterium avium subsp. hominissuis isolated from pigs in Japan, Gigabyte., 20211112
  9. Impact of Hinoki Cypress Wood on Diversity of Microflora: A Case Study from Owase City Hall, Diversity., 13巻, 10号, pp. 473, 202110
  10. Capsular polysaccharide switching in Streptococcus suis modulates host cell interactions and virulence, Sci Rep., 11巻, 1号, pp. 6513, 20210322
  11. Genomic features of Mycobacterium avium subsp. hominissuis isolated from pigs in Japan, bioRxiv., 20210615
  12. 16S rRNA-Based Analysis Reveals Differences in the Bacterial Community Present in Tissues of Choromytilus chorus (Mytilidae, Bivalvia) Grown in an Estuary and a Bay in Southern Chile, Diversity, 13巻, 5号, pp. 209, 20210514
  13. CRISPR loci-PCR as Tool for Tracking Azospirillum sp. Strain B510, Microorganisms., 9巻, 7号, pp. 1351, 20210622
  14. Genome-wide association study reveals putative bacterial risk factors for cavitary Mycobacterium avium complex lung disease, bioRxiv., 20210706
  15. Structure of bacterial communities in Japanese-style bathrooms: Comparative sequencing of bacteria in shower water and showerhead biofilms using a portable nanopore sequencer, bioRxiv., 20210714
  16. A Standardized Procedure for Monitoring Harmful Algal Blooms in Chile by Metabarcoding Analysis, J Vis Exp., pp. 174, 20210826
  17. Relationship between the Microbiome and Indoor Temperature/Humidity in a Traditional Japanese House with a Thatched Roof in Kyoto, Japan, Diversity., 13巻, 10号, pp. 475, 202110
  18. Diversification of the restriction–modification system of Streptococcus pyogenes through its acquisition of mobile elements, bioRxiv., 20200630
  19. Complete genome sequence of Helicobacter pylori strain ATCC 43504, a type strain that can infect Gerbils, Microbiol Resour Announc., 9巻, 18号, pp. e00105-20, 20200430
  20. Emergence of a multidrug-resistant Enterobacter hormaechei clinical isolate from Egypt co-harboring MCR-9 and bla(VIM-4), Microorganisms., 8巻, 4号, pp. 595, 20200420
  21. Ecogenomics of the marine benthic filamentous cyanobacterium Adonisia, Microb Ecol., 80巻, 2号, pp. 249-265, 20200214
  22. Size resolved characteristics of urban and suburban bacterial bioaerosols in Japan as assessed by 16S rRNA amplicon sequencing, Sci Rep., 10巻, 1号, pp. 12406, 20200722
  23. ★, Evaluation of PCR conditions for characterizing bacterial communities with full-length 16S rRNA genes using a portable nanopore sequencer, Sci Rep., 10巻, 1号, pp. 12580, 20200728
  24. Isolation and characterization of antimicrobial-resistant Escherichia coli from retail meats from roadside butcheries in Uganda, Foodborne Pathog Dis., 17巻, 11号, pp. 666-671, 20200617
  25. ★, Continuation and replacement of Vibrio cholerae non‐O1 clonal genomic groups isolated from Plecoglossus altivelis fish in freshwaters, Environ Microbiol., 22巻, 10号, pp. 4473-4484, 20200816
  26. Capsular polysaccharide switching in Streptococcus suis modulates host cell interactions and virulence, bioRxiv., 20201014
  27. Protocols for monitoring Harmful Algal Blooms for sustainable aquaculture and coastal fisheries in Chile, Int J Environ Res Public Health., 17巻, 20号, pp. 7642, 20201020
  28. Suitcase Lab: New, portable and deployable equipment for rapid detection of specific harmful algae in Chilean coastal waters, Environ Sci Pollut Res Int., 18巻, pp. 1-12, 20201118
  29. Isolation and characterization of cold-tolerant hyper-ACC-degrading bacteria from the rhizosphere, endosphere and phyllosphere of Antarctic vascular plants, Microoganisms., 8巻, 11号, pp. 1788, 20201114
  30. Vibrio sp. ArtGut-C1, a polyhydroxybutyrate (PHB) producer isolated from the gut of the aquaculture live diet Artemia (Crustacea), Electron J Biotechnol., 49巻, pp. 22-28, 20201030
  31. Airborne bacterial communities of outdoor environments and their associated influencing factors, Environ Int., 145巻, pp. 106156, 202012
  32. 16S and 18S Metabarcoding analysis for Chilean coastal waters harmful algal blooms, Protocols.io, 20201023
  33. Application of serial tests for Mycobacterium tuberculosis detection to active lung tuberculosis cases in Indonesia, BMC Res Notes., 12巻, 1号, pp. 313, 20190603
  34. Antarctic Streptomyces fildesensis So13.3 strain as a promising source for antimicrobials discovery, Sci Rep., 9巻, 1号, pp. 7488, 20190516
  35. Genetic relatedness of Mycobacterium avium subsp. hominissuis isolates from bathrooms of healthy volunteers, rivers, and soils in Japan with human clinical isolates from different geographical areas, Infect Genet Evol., 74巻, pp. 103923, 201910
  36. Draft genome sequences of Mycolicibacterium peregrinum isolated from a pig with lymphadenitis and from soil on the same Japanese pig farm, BMC Res Notes., 12巻, 1号, pp. 341, 20190617
  37. Genomewide assessment of Mycobacterium tuberculosis conditionally essential metabolic pathways, mSystems., 4巻, 4号, pp. e00070-19, 20190625
  38. Airborne microbial communities at high-altitude and suburban sites in Toyama, Japan suggest a new perspective for bioprospecting, Front Bioeng Biotechnol., 7巻, pp. 12, 20190205
  39. The recombination-cold region as an epidemiological marker of recombinogenic opportunistic pathogen Mycobacterium avium, BMC Genomics., 20巻, 1号, pp. 752, 20191017
  40. Persistent colonization of non-lymphoid tissue-resident macrophages by Stenotrophomonas maltophilia, Int Immunol., 32巻, 2号, pp. 133-141, 20191020
  41. Editorial: Bioprospecting and Biotechnology of Extremophiles, Front Bioeng Biotechnol., 7巻, pp. 204, 20190823
  42. Genotypic diversity of Streptococcus suis and the S. suis-like bacterium Streptococcus ruminantium in ruminants, Vet Res., 50巻, 1号, pp. 94, 20191114
  43. Genome-wide assessment of Mycobacterium tuberculosis conditionally essential metabolic pathways, bioRxiv., 20190514
  44. Acquired and innate immunity in prokaryotes define their evolutionary story, DNA traffic in the environment, Springer., pp. 47-75, 201901
  45. Current opinion on methods and perspectives for tracking and monitoring of plant growth‒promoting bacteria, Soil Biol Biochem., 130巻, pp. 205-219, 201903
  46. Science with industry: Microbes are us. But how can we see them?, KYOTO U Research News Spring, 15号, 2019
  47. Change the Oceans, Change the World: CHILE - Japan and Chile Team up Against Red Tide, JICA's World April 2018, 10巻, 2号, pp. 8-9, 2019
  48. Loss of bacitracin resistance due to a large genomic deletion among Bacillus anthracis strains, mSystems., 3巻, 5号, pp. e00182-18, 20181030
  49. Assessment of pig saliva as a Streptococcus suis reservoir and potential source of infection on farms by use of a novel quantitative polymerase chain reaction assay, Am J Vet Res., 79巻, 9号, pp. 941-948, 20180900
  50. Draft genome sequences of Mycolicibacter senuensis isolate GF74 and Mycobacterium colombiense isolates GF28 and GF76 from a swine farm in Japan, Microbiol Resour Announc., 7巻, 10号, pp. e00936-18, 20180913
  51. Phenotypic and genotypic analyses of antimicrobial resistant bacteria in livestock in Uganda, Transboundary Emerg Dis., 66巻, 1号, pp. 317-326, 20180927
  52. Draft Genome Sequence of Mycobacterium virginiense Strain GF75, Isolated from the Mud of a Swine Farm in Japan, Genome Announc., 6巻, 17号, pp. e00362-18, 20180426
  53. Draft genome sequence of a Shewanella halifaxensis strain isolated from the intestine of marine red seabream (Pagrus major), which includes an integrative conjugative element with macrolide resistance genes, Genome Announc., 6巻, 16号, pp. e00297-18, 20180419
  54. 口腔内における複合微生物感染症のホロゲノム動態を時空間的に理解する, 最新医学, 73巻, 4号, pp. 509-522, 201804
  55. Interplay of a non-conjugative integrative element and a conjugative plasmid in the spread of antibiotic resistance via suicidal plasmid transfer from an aquaculture Vibrio isolate, PloS one., 13巻, 6号, pp. e0198613, 20180607
  56. Complete genome sequence of the nonheterocystous cyanobacterium Pseudanabaena sp. ABRG5-3, Genome Announc., 6巻, 6号, pp. e01608-17, 20180208
  57. Vibrio cholerae embraces two major evolutionary traits as revealed by targeted gene sequencing, Sci Rep., 8巻, 1号, pp. 1631, 20180126
  58. Draft genome sequences of bacteria isolated from the Deschampsia antarctica phyllosphere, Extremophiles., 22巻, 3号, pp. 537-552, 20180228
  59. 肺MAC症原因菌Mycobacterium aviumのゲノム進化, 医学のあゆみ, 265巻, 7号, pp. 600-601, 20180519
  60. ★, Population Structure and Local Adaptation of MAC Lung Disease Agent Mycobacterium avium subsp. hominissuis, Genome Biol Evol., 9巻, 9号, pp. 2403-2417, 20170901
  61. インプラント周囲炎と歯周炎の細菌学的な違いを科学する 〜口腔細菌生態系の解明へ、メタトランスクリプトーム解析からのアプローチ〜, 歯界展望, 129巻, 5号, pp. 823-826, 20170515
  62. Infection sources of a common nontuberculous mycobacterial pathogen, Mycobacterium avium complex, Front Med (Lausanne)., 4巻, pp. 27, 20170307
  63. Genetic diversity of environmental Vibrio cholerae O1 strains isolated in Northern Vietnam, Infect Genet Evol., 54巻, pp. 146-151, 201710
  64. Investigation of potential targets of Porphyromonas CRISPRs among the genomes of Porphyromonas species, PloS One., 12巻, 8号, pp. e0183752, 20170824
  65. ★, A locus encoding variable defence systems against invading DNA identified in Streptococcus suis, Genome Biol Evol., 9巻, 4号, pp. 1000-1012, 20170401
  66. Genomic characteristics of Bifidobacterium thermacidophilum pig isolates and wild boar isolates reveal the unique presence of a putative mobile genetic element with tetW for pig farm isolates, Front Microb., 8巻, pp. 1540, 20170815
  67. Erratum to: Rhizobacterial community structures associated with native plants grown in Chilean extreme environments, Microb Ecol., 73巻, 1号, pp. 253, 201701
  68. YvqE and CovRS of Group A Streptococcus play a pivotal role in viability and phenotypic adaptations to multiple environmental stresses., PLoS One., 12巻, 1号, pp. e0170612, 20170125
  69. Active microbiota show specific correlationships in peri-implantitis and periodontitis, J Stomatol Soc., 84巻, pp. 25-35, 2017
  70. Transmission of airborne bacteria across built environments and its measurement standards: a review, Front Microbiol., 8巻, pp. 2336, 20171129
  71. マイクロバイオーム研究からホロビオーム研究への新展開 (特集 細菌叢解析の光と影), 生体の科学, 68巻, 2号, pp. 97-101, 201703
  72. 特集:海洋保全(インタビュー記事)共に見つけ出す赤潮対策への道筋, JICA広報誌「mundi」, 50巻, pp. 12-13, 201711
  73. 持ち運び可能な小型NGS(インタビュー記事), 日経バイオテク, 859巻, pp. 46-47, 2017
  74. 獲得免疫機構に着目した病原細菌のゲノム進化に関する研究, 日本ゲノム微生物学会ニュースレター, 15巻, pp. 12-13, 20170612
  75. Evolution and phylogeny of large DNA viruses, Mimiviridae and Phycodnaviridae including newly characterized Heterosigma akashiwo virus, Front Microbiol., 7巻, pp. 1942, 20161130
  76. Streptococcus pyogenes Genomics, Streptococcus pyogenes : Basic Biology to Clinical Manifestations, pp. NBK333426, 20160210
  77. ★, DNA-based culture-independent analysis detects the presence of group a streptococcus in throat samples from healthy adults in Japan, BMC Microbiol., 16巻, 1号, pp. 237, 20161011
  78. Distinct interacting core taxa in co-occurrence networks enable discrimination of polymicrobial oral diseases with similar symptoms, Sci Rep., 6巻, pp. 30997, 20160808
  79. Comparative genome analyses of Streptococcus suis isolates from endocarditis demonstrate persistence of dual phenotypic clones, PloS One., 11巻, 7号, pp. e0159558, 20160719
  80. Rhizobacterial community structures associated with native plants grown in Chilean extreme environments, Microb Ecol., 72巻, 3号, pp. 633-646, 201610
  81. Effect of phosphorus addition on total and alkaline phosphomonoesterase-harboring bacterial populations in ryegrass rhizosphere microsites, Biol Fertil Soils., 52巻, 7号, pp. 1007-1019, 20160727
  82. Sequencing and analysis of the complete organellar genomes of Parmales, a closely related group to Bacillariophyta (diatoms), Curr Genet., 62巻, 4号, pp. 887-896, 20160418
  83. Enantioselective utilization of D-amino acids by deep-sea microorganisms, Front Microbiol., 7巻, pp. 511, 20160419
  84. Complete genome sequences of broad-host-range Pseudomonas aeruginosa bacteriophages ΦR18 and ΦS12-1, Genome Announc., 4巻, 3号, pp. e00041-16-16, 20160505
  85. One side gone, other side born, 日本微生物生態学会誌, 31巻, pp. 81, 2016
  86. CRISPR/Cas システム: 微生物における新規機能とゲノム編集適用例, 日本乳酸菌学会誌, 26巻, 1号, pp. 14-21, 20150316
  87. Current overview on the study of bacteria in the rhizosphere by modern molecular techniques: a mini-review, J Soil Sci Plant Nutr., 15巻, 2号, pp. 504-523, 201501
  88. Deep sequencing analysis of the heterogeneity of seed and commercial lots of the bacillus Calmette-Guérin (BCG) tuberculosis vaccine substrain Tokyo-172, Sci Rep., 5巻, pp. 17827, 20151204
  89. Time-series metagenomic analysis reveals robustness of soil microbiome against chemical disturbance, DNA Res., 22巻, 6号, pp. 413-424, 201512
  90. Domestication and cereal feeding developed domestic pig-type intestinal microbiota in animals of suidae, Anim Sci J., 87巻, 6号, pp. 413-424, 201507
  91. Identification of a gene cluster responsible for hydrogen evolution in Vibrio tritonius strain AM2 with transcriptional analyses, Int J Hydrogen Energy., 40巻, 30号, pp. 9137-9146, 20150810
  92. Characterization of 3 megabase-sized circular replicons from Vibrio cholerae, Emerg Infect Dis., 21巻, 7号, pp. 1262-1263, 201507
  93. Genetic profiles of Propionibacterium acnes and identification of a unique transposon with novel insertion sequences in sarcoid and non-sarcoid isolates, Sci Rep., 5巻, pp. 9832, 20150512
  94. Novel macrolide-resistance genes, mef(C) and mph(G), carried by plasmids from Vibrio and Photobacterium isolated from sediment and seawater of a coastal aquaculture site, Let Appl Microbiol., 61巻, 1号, pp. 1-6, 201507
  95. ★, Comparative genome analysis and identification of competitive and cooperative interactions in a polymicrobial disease, ISME J., 9巻, 3号, pp. 629-642, 201503
  96. Reappraisal of the taxonomy of Streptococcus suis serotypes 20, 22 and 26: Streptococcus parasuis sp. nov, Int J Syst Evol Microbiol., 65巻, Pt 2号, pp. 438-443, 201502
  97. 原核生物の獲得免疫に見られる新機構から紐解かれてきたゲノム進化, 化学療法の領域, 31巻, 11号, pp. 118-128, 20151025
  98. 口腔細菌研究の新展開, 日本細菌学雑誌, 70巻, 2号, pp. 333-338, 20150530
  99. Intraindividual variation in core microbiota in peri-implantitis and periodontitis, Sci Rep., 4巻, pp. 6602, 20141013
  100. Rab17-mediated recycling endosomes contribute to autophagosome formation in response to Group A Streptococcus invasion, Cell Microbiol., 16巻, 12号, pp. 1806-1821, 201412
  101. The nitrogen cycle in cryoconites: naturally occurring nitrification-denitrification granules on a glacier, Environ Microbiol., 16巻, 10号, pp. 3250-3262, 201410
  102. Bacterial community structures in rhizosphere microsites of ryegrass (Lolium perenne var. Nui) as revealed by pyrosequencing, Biol Fertil Soils., 50巻, 8号, pp. 1253-1266, 20140704
  103. Klebsormidium flaccidum genome reveals primary factors for plant terrestrial adaptation, Nature Commun., 5巻, pp. 3978, 20140528
  104. Comparative genomic characterization of a Thailand-Myanmar isolate, MS6, of Vibrio cholerae O1 El Tor, which is phylogenetically related to a "US Gulf Coast" clone, PLoS One., 9巻, 6号, pp. e98120, 20140602
  105. Various pAQU plasmids possibly contribute to disseminate tetracycline resistance gene tet(M) among marine bacterial community, Front Microbiol., 5巻, pp. 152, 20140512
  106. Analysis of the complete plastid genome of the unicellular red alga Porphyridium purpureum, J Plant Res., 127巻, 3号, pp. 389-397, 201405
  107. Genome Sequence of a Bacillus anthracis Outbreak Strain from Zambia, 2011, Genome Announc., 2巻, 2号, pp. e00116-14, 20140306
  108. Development of a two-step multiplex PCR assay for typing of capsular polysaccharide synthesis gene clusters of Streptococcus suis, J Clin Microbiol., 52巻, 5号, pp. 1714-1719, 201405
  109. Analysis of the factors affecting the formation of the microbiome associated with chronic osteomyelitis of the jaw, Clin Microbiol Infect., 20巻, 5号, pp. 309-317, 201405
  110. 遺伝子改変育種に革新技術“異次元”のゲノム編集(インタビュー記事), 日経バイオテク, pp. 11-10, 2014
  111. 感染特異的遺伝子発現ネットワークからの新展開, 日本細菌学雑誌, 69巻, 3号, pp. 539-546, 20140829
  112. Design and experimental application of a novel non-degenerate universal primer set that amplifies prokaryotic 16S rRNA genes with a low possibility to amplify eukaryotic rRNA genes, DNA Res., 21巻, 2号, pp. 217-227, 20131125
  113. 原核生物の新規な獲得免疫機構CRISPR/Casシステム, 化学と生物, 51巻, 7号, pp. 441-444, 20130701
  114. Updating the Vibrio clades defined by multilocus sequence phylogeny: proposal of eight new clades, and the description of Vibrio tritonius sp. nov., Front Microbiol., 4巻, pp. 414, 20131227
  115. Whole-genome sequence of the purple photosynthetic bacterium Rhodovulum sulfidophilum strain W4, Genome Announc., 1巻, 4号, pp. e00577-13, 20130808
  116. CRISPR regulation of intraspecies diversification by limiting is transposition and intercellular recombination, Genome Biol Evol., 5巻, 6号, pp. 1099-1114, 20130509
  117. Genetic analysis of capsular polysaccharide synthesis gene clusters from all serotypes of Streptococcus suis: potential mechanisms for generation of capsular variation, Appl Environ Microbiol., 79巻, 8号, pp. 2796-2806, 201304
  118. Complete genome sequence of a Propionibacterium acnes isolate from a sarcoidosis patient, Genome Announc., 1巻, 1号, pp. e00016-12, 201301
  119. Phytate addition to soil induces changes in the abundance and expression of Bacillus ß-propeller phytase genes in the rhizosphere, FEMS Microbiol Ecol., 83巻, 2号, pp. 352-360, 20130201
  120. Diversity and universality of capsular polysaccharide synthesis gene clusters in Streptococcus suis, Appl Environ Microbiol., 79巻, pp. 2493, 2013
  121. 単細胞紅藻チノリモ (Porphyridium purpureum)の葉緑体ゲノム解析, 光合成研究, 22巻, 3号, pp. 156-159, 201212
  122. Complete genome sequence of acidovorax sp. strain KKS102, a polychlorinated-biphenyl degrader, J Bacteriol., 194巻, 24号, pp. 6970-6971, 20121203
  123. The small GTPases Rab9A and Rab23 function at distinct steps in autophagy during Group A Streptococcus infection, Cell Microbiol., 14巻, 8号, pp. 1149-1165, 20120327
  124. Complete genome sequence of the serotype k Streptococcus mutans strain LJ23, J Bacteriol., 194巻, 10号, pp. 2754-2755, 20120424
  125. Novel conjugative transferable multiple drug resistance plasmid pAQU1 from photobacterium damselae subsp. damselae isolated from marine aquaculture environment, Microbes Environ., 27巻, 3号, pp. 263-272, 20120000
  126. Transition metal ions induce carnosinase activity in PepD-homologous protein from Porphyromonas gingivalis, Microb Pathog., 52巻, 1号, pp. 17-24, 201201
  127. Genomic structure of the cyanobacterium synechocystis sp. PCC 6803 strain GT-S, DNA Res., 18巻, 5号, pp. 393-399, 201110
  128. Complete genome sequence of the bacterium Porphyromonas gingivalis TDC60, which causes periodontal disease, J Bacteriol., 193巻, 16号, pp. 4259-4260, 201108
  129. CRISPR inhibition of prophage acquisition in Streptococcus pyogenes, PLoS One., 6巻, 5号, pp. e19543, 20110506
  130. The dawning era of comprehensive transcriptome analysis in cellular microbiology, Front Microbiol., 1巻, pp. 118, 20101105
  131. VITCOMIC: visualization tool for taxonomic compositions of microbial communities based on 16S rRNA gene sequences, BMC Bioinfo., 11巻, pp. 332, 20100118
  132. Commensal Proteobacteria in colonic CD11b+ cells induce intestinal T cell responses, Int Immunol., 22巻, supplement号, pp. Thursday iv9, 20100000
  133. Specific behavior of intracellular Streptococcus pyogenes that has undergone autophagic degradation is associated with bacterial streptolysin O and host small G proteins Rab5 and Rab7, J Biol Chem., 285巻, 29号, pp. 22666-22675, 20100716
  134. 第2章メタゲノムデータベース, メタゲノム解析技術の最前線, pp. 42-53, 201012
  135. 第8章 メタゲノムインフォマティクス. 難培養微生物研究の最新技術 II —ゲノム解析を中心とした最前線と将来展望—, 難培養微生物研究の最新技術 II —ゲノム解析を中心とした最前線と将来展望—, pp. 82-91, 201004
  136. ★, Comparative genomic analyses of Streptococcus mutans provide insights into chromosomal shuffling and species-specific content, BMC Genomics., 10巻, pp. 358, 20090805
  137. Cost effective DNA sequencing and template preparation from bacterial colonies and plasmids, J Biosci Bioeng., 107巻, 4号, pp. 471-473, 200904
  138. Current and future biotechnological applications of bacterial phytases and phytase-producing bacteria, Microbes Environ., 23巻, 3号, pp. 182-191, 20080000
  139. Application of real-time long and short polymerase chain reaction for sensitive monitoring of the fate of extracellular plasmid DNA introduced into river waters, Microbes Environ., 23巻, 3号, pp. 229-236, 2008
  140. Streptococcus pyogenes degrades extracellular matrix in chondrocytes via MMP-13, Biochem Biophys Res Commun., 373巻, 3号, pp. 450-454, 20080829
  141. Molecular evidence for the ancient origin of the ribosomal protection protein that mediates tetracycline resistance in bacteria, J Mol Evol., 65巻, 3号, pp. 228-235, 20070804
  142. 感染防御:新規細胞内分解システム(リサーチ最前線), 日本微生物生態学会誌, 22巻, 1号, pp. 17-18, 20070331
  143. 環境微生物学実験プロトコール, 2007
  144. Quantitative determination of free-DNA uptake in river bacteria at the single-cell level by in situ rolling-circle amplification, Appl Environ Microbiol., 72巻, 9号, pp. 6248-6256, 20060906
  145. 自然生態系における細胞外 DNA の動態と遺伝子伝播, 環境バイオテクノロジー学会誌, 4巻, 2号, pp. 131-137, 20050000
  146. Visualization and enumeration of bacteria carrying a specific gene sequence by in situ rolling circle amplification, Appl Environ Microbiol., 71巻, 12号, pp. 7933-7940, 20051206
  147. Simplified sample preparation using frame spotting method for direct counting of bacteria by fluorescence microscopy, J Microbiol Methods., 59巻, 3号, pp. 427-431, 200412
  148. Detection of bacteria carrying the stx2 gene by in situ loop-mediated isothermal amplification, Appl Environ Microbiol., 69巻, 8号, pp. 5023-5028, 20030805
  149. Unique genomic sequences in novel Mycobacterium avium subsp. hominissuis lineage enabled fine scale tracing the transmission route during pig movement, bioRxiv., 20220404
  150. Corrigendum: Updating the Vibrio clades defined by multilocus sequence phylogeny: proposal of eight new clades, and the description of Vibrio tritonius sp. nov., Front Microbiol., 5巻, pp. 583, 20141104
  151. Reactive oxygen species induced by Streptococcus pyogenes invasion trigger apoptotic cell death in infected epithelial cells, Cell Microbiol., 12巻, 6号, pp. 814-830, 201006

招待講演、口頭・ポスター発表等

  1. 緑膿菌のフルオロキノロン系抗菌薬耐性機構の偏好性及びMexXYの発現調節に関与する遺伝子変異の解析, 和木坂樹, 鳥丸顕正, 森田大地, 熊谷孝則, 丸山史人, 黒田照夫, 第75回日本細菌学会中国・四国支部総会, 2022年10月01日, 通常, 日本語, 日本細菌学会中国・四国支部総会, オンライン
  2. 制御された住環境のDNA量から微生物増殖の要因を推察する, 侯建建, 藤吉奏, 中嶋麻起子, 小久保舞香, 小椋大輔, 丸山史人, 第75回日本細菌学会中国・四国支部総会, 2022年10月01日, 通常, 日本語, 日本細菌学会中国・四国支部総会, オンライン
  3. 2022年11月03日, 通常, 英語
  4. 南米チリ沿岸ホロビオームモニタリングに基づく赤潮発生・消長に関わる細菌探索, 藤吉 奏, 鎗水 京子, Ishara Perera, 丸山 史人, 日本微生物生態学会第35回大会, 2022年11月02日, 通常, 日本語, 日本微生物生態学会, 札幌コンベンションセンター
  5. Microbiome and indoor temperature/humidity in a traditional Japanese house with a thatched roof, Maruyama F, Fujiyoshi S, Kokubo M, Nakajima M, Ogura D, ASM Microbe, 2022年06月10日, 通常, 英語, Washington DC, USA
  6. Structure of bacterial communities in Japanese-style bathrooms: Comparative sequencing of bacteria in shower water and showerhead biofilms using a portable nanopore sequencer, Fumito Maruyama, So Fujiyoshi, Yukiko Nishiuchi, Colorado Mycobacteria Conference 2022: Focus on NTM, 2022年06月01日, 英語, Colorado State University, Fort Collins, CO, USA
  7. 日本の2地点で捕集した粒子状物質における細菌群集構造と化学組成の関係, 関誠, 藤吉奏,丸山史人,遠里由佳子,嶋田崇志,小山慎一,酒徳昭宏,中村省吾,田中大祐, 環境化学物質3学会合同大会, 2022年06月00日, 通常, 日本語, 富山
  8. Understanding effects of ventilation on dynamics and fate of air microorganisms in the indoor environments, So Fujiyoshi, Mateja Dovjak, Janja Vaupotič, Fumito Maruyama, CLIMA 2022 the 14th HVAC World Congress, 2022年05月25日, 通常, 日本語, Rotterdam, The Netherlands
  9. Potential use of a novel all-in-one microfluidic dielectrophoresis integrated chip for cell living separation in aquatic microbiology research, Jacquelinne J. Acuña, Milko A. Jorquera, Joaquin-Ignacio Rilling, Marco Campos, Tay Ruiz, Andrés Ávila, Mariela Gonzalez, Henry Cameron, Carlos Riquelme, Karen Vergara, Gonzalo Gajardo, Jonnathan Vilugrón, Gonzalo Fuenzalida, Oscar Espinoza-González, Leonardo Guzmán, Kyoko Yarimizu, So Fujiyoshi, Fumito Maruyama, XLI Marine Science Congress 2022, 2022年05月24日, 通常, 英語, Concepción, Chile
  10. Bioaerosol and microbiology of the built environments in Japan, Fumito Maruyama, workshop on BIOGEOCHEMICAL DRIVERS AND NUTRIENT CYCLING IN COASTAL SOILS AND WATERS, 2022年05月05日, 招待, 英語, University of Delaware, USA
  11. ヒト患者由来Campylobacter jejuniの薬剤感受性とレジストーム解析, 荒井大樹, 森田大地, 磯部順子, 前西絵美, 熊谷孝則, 丸山史人, 黒田照夫, 第95回日本細菌学会総会, 2022年03月31日, 通常, 日本語, オンライン
  12. 微生物と共生できる家そして街づくりへ, 丸山史人, 丸の内100人論文, 2022年03月22日, 通常, 日本語, オンライン
  13. 南米チリ北部 San Jorge 湾の有害藻類モニタリング, 藤吉 奏, 鎗水 京子、長井 敏、丸山 史人, 第16回ゲノム微生物学会年会, 2022年03月04日, 通常, 日本語, オンライン
  14. 茅葺古民家の温湿度と微生物種組成の特徴, 藤吉奏, 小久保舞香、中嶋麻起子、小椋大輔、丸山史人, 微生物生態学会34回大会, 2021年11月01日, 通常, 日本語, オンライン
  15. Harmful Algae Monitoring on San Jorge Bay in Antofagasta, Chile, Kyoko Yarimizu, Carlos Riquelme Carlos, Henry Cameron, Vladimir Ávalos, Stephanie Barría, So Fujiyoshi, Joaquin-Ignacio Rilling, Emma-Karin Cascales, Jonnathan Vilugrón, Oscar Espinoza-González, Leonardo Guzmán, Milko A. Jorquera, Satoshi Nagai, Fumito Maruyama, 19th International Conference on Harmful Algae (ICHA), 2021年10月21日, 通常, 英語, La Paz, Mexico
  16. Harmful Algae Monitoring on San Jorge Bay in Antofagasta, Chile, Kyoko Yarimizu, Carlos Riquelme, Henry Cameron, Vladimir Ávalos, Stephanie Barría, So Fujiyoshi, Ignacio Rilling, Emma Cascales, Jonnathan Vilugrón, Oscar Espinoza, Leonardo Guzmán, Milko A. Jorquera, Satoshi Nagai, Fumito Maruyama, 19th International Conference on Harmful Algae (ICHA), 2021年10月12日, 通常, 英語, La Paz, Mexico, Online
  17. Long-term composition of 16S-based bacterial communities associated with algal bloom events in northern Chile, Andrés Ávila, Mariela González-Flores, Milko Jorquera, Joaquín Rilling, Carlos Riquelme, Henry Cameron, Leonardo Guzmán, Gonzalo Gajardo, Fumito Maruyama, Satoshi Nagai, Shoko Ueki, 19th International Conference on Harmful Algae (ICHA), 2021年10月00日, 通常, 英語, La Paz, Mexico
  18. A GWAS approach reveals putative bacterial risk factors for cavitary Mycobacterium avium Complex lung disease, Hirokazu Yano, Yukiko Nishiuchi, Kentaro Arikawa, Atsushi Ota, Fumito Maruyama, Mari Miki, Hiroshi Kida, Seigo Kitada, Tomotada Iwamoto, The 19th Awaji forum on Infection and Immunity, 2021年09月28日, 招待, 英語
  19. 微生物と共生できる家、街づくり, 15. 丸山史人, 2021年度 京大100人論文 [オンライン全国拡大版 ], 2021年09月15日, 通常, 日本語
  20. 住環境の微生物と物理化学因子、住まい方の関係 ―美山の茅葺民家における微生物量と温湿度の関係についてー, 小久保舞香, 小椋大輔, 伊庭千恵美, 中嶋麻起子, 藤枝絢子, 丸山史人, 藤吉奏, 能田淳, 令和3年度 日本建築学会, 2021年09月00日, 通常, 日本語, オンライン
  21. 身近な極限環境微生物群衆構造解明とホームプロバイオティクス創生に向けた基盤研究, 飯野 隆夫, 丸山 史人, 2021年度キックオフ・ワークショップ, 2021年08月27日, 招待, 日本語, 理研-広大 科学技術ハブ共同研究プログラム
  22. Long-term composition of 16S-based bacterial communities associated with algal bloom events in northern Chile, Andrés Ávila, Mariela González-Flores, Milko Jorquera, Joaquín Rilling, Carlos Riquelme, Henry Cameron, Leonardo Guzmán, Gonzalo Gajardo, Fumito Maruyama, Satoshi Nagai, Shoko Ueki, Congreso ISME Latino Americano, ISME-LAT 2021, 2021年07月00日, 通常, 英語, Bogotá, Colombia
  23. 環境遺伝生態学のススメ, 丸山史人, 再生・免疫・感染・アレルギー 研究グループ会議, 2021年06月30日, 招待, 日本語, 広島大学 医系科学研究科, オンライン
  24. 住環境の微生物と物理化学因子、住まい方の関係 -美山の茅葺民家における微生物量と温湿度の関係について-, 小久保舞香, 小椋大輔、伊庭千恵美、中嶋麻起子、藤枝絢子、丸山史人、藤吉奏、能田淳, 令和3年度(2021年度) 日本建築学会 近畿支部研究発表会, 2021年06月27日, 通常, 日本語, オンライン
  25. "ゲノムから紐解く、細菌の個性と臨床像とのつながり", 矢野大和, 西内由紀子、有川健太郎、大田篤、三木真理、丸山史人、木田博、北田清悟、岩本朋忠, 第96回日本結核・非結核性抗酸菌症学会総会・学術講演会, 2021年06月19日, 招待, 日本語, 小川賢二, WEB開催
  26. Water supply provides bacteria for the shower head, but the environment selects, Fujiyoshi So, Maruyama Fumito, World Microbe Forum, 2021年06月00日, 通常, 英語, Online
  27. 緑膿菌の抗菌薬耐性~ラボと臨床現場ではなにかが違う?~, 和木坂 樹, 遠藤 正也、森田 大地、鹿山 鎭男、大田 篤、熊谷 孝則、丸山 史人、菅井 基行、黒田 照夫, 日本薬学会第141年会, 2021年03月27日, 通常, 日本語, オンライン
  28. 模擬古墳における環境計測と微生物群集特性, 藤吉奏, 中嶋麻起子、髙取伸光、謝華栄、小椋大輔、丸山史人, 第15回日本ゲノム微生物学会年会, 2021年03月06日, 通常, 日本語, オンライン
  29. プロファージ上の Type II メチル化酵素を介した Streptococcus pyogenes のゲノム多様化, 大田篤, 鎗水京子、藤吉奏、丸山史人, 第94回日本細菌学会総会, 2021年03月00日, 通常, 日本語, オンライン
  30. 病原因子と生態防御(感染モデル・寄生・免疫・ワクチン)/病原体と感染症 GWASアプローチによる肺MAC症の病態に関連する細菌側因子の探索, 矢野 大和, 西内 由紀子、有川 健太郎、大田 篤、三木 真理、丸山 史人、木田 博、北田 清悟、 岩本 朋忠, 第94回日本細菌学会総, 2021年03月00日, 通常, 日本語, オンライン
  31. プロファージによりもたらされるA群レンサ球菌制限修飾系の多様性, 大田篤, 西内由紀子、丸山史人, 第15回日本ゲノム微生物学会年会, 2021年03月00日, 通常, 日本語, オンライン
  32. IT万歳、教える側が楽:チリで夏期短期集中ゲノム情報解析講習会を主催して, 河合幹彦, Andrés Ávila、Giovanni Larama、Raphael Verdugo、藤吉 奏、Miche Abanto、丸山史人、Enrique Ostria-Gallardo, 第15回日本ゲノム微生物学会, 2021年03月00日, 通常, 日本語, オンライン
  33. COVID-19で考えた:「研究」ってなんだろう, 丸山史人, 2020年12月11日, 招待, 日本語, オンライン
  34. ヒトと微生物が共に住まう, 丸山史人, 京大100人論文:オンライン全国拡大版, 2020年12月00日, 通常, 日本語, オンライン
  35. 科研費獲得オンラインセミナー, 丸山史人, 2020年08月26日, 招待, 日本語, 広島大学, オンライン
  36. マルチゲノミック解析による非結核性抗酸菌の環境適応機構解明と対応技術基盤構築, 丸山史人, 第94回日本感染症学会・学術講演会, 2020年08月20日, 招待, 日本語, 東京
  37. Genome-based inspection if transplantation of juvenile ayu is the cause of spread of Vibrio cholerae, 河合 幹彦, 大田 篤, 竹村 太地郎, 中井 敏博, 丸山 史人, 第14回日本ゲノム微生物学会年会, 2020年03月19日, 通常, 日本語, 名古屋(新型コロナウイルスの影響によりキャンセル)
  38. Local diversification of MAC lung disease agent Mycobacterium avium, Hirokazu Yano, Fumito Maruyama, Yukiko Nishiuchi, Tomotada Iwamoto, 日米医学協力計画 抗酸菌専門部会 第52回日米合同部会, 2020年03月19日, 通常, 英語, 沖縄(新型コロナウイルスの影響によりキャンセル)
  39. Past, current, future academic research and industry-government collaboration, Fumito Maruyama, A special research presentation, 2019年12月10日, 招待, 英語, Universidad de La Frontera, Temuco, Chile
  40. チリにおける持続可能な沿岸漁業及び養殖に資する赤潮早期予測システムの構築と運用の現状, 丸山史人, 令和元年度 漁場環境保全関係研究開発推進会議 赤潮・貝毒部会, 2019年12月04日, 通常, 日本語, 広島
  41. Suitcase lab: A new portable and deployable equipment for a rapid detection of specific harmful algae in Chilean coastal waters, So Fujiyoshi, Fumito Maruyama, 7th International Workshop: Advances in Science and Technology of Bioresource, 2019年12月02日, 通常, 英語, Pucon, Chile
  42. 衛生微生物学的安全性評価に資する環境常在性病原細菌ゲノムデータ利用の展望, 丸山史人, 応用獣医学特別講義, 2019年11月28日, 招待, 日本語, 酪農学園大学, 北海道
  43. 肺MAC症原因菌Mycobacterium aviumのゲノム疫学, 矢野大和, 丸山史人、西内由紀子、岩本朋忠, 第4回抗酸菌研究会, 2019年11月16日, 通常, 日本語, 東京
  44. プロファージによりもたらされるA群レンサ球菌メチローム、制限修飾系の多様性, 大田篤, 西内由紀子、丸山史人, 2019年環境ウイルス部会, 2019年11月02日, 通常, 日本語, 京都
  45. Bacterial bioaerosols at Yokohama and Toyama in Japan, Fumito Maruyama, So Fujiyoshi, Daisuke Tanaka, 1st. ISME-LATIN AMERICA CONGRESS, 2019年09月11日, 通常, 英語, Technical University Federico Santa Maria Valparaiso, Chile
  46. Specific difference in bacterial composition between shower-head biofilm and shower water in Japanese bathroom, So Fujiyoshi, Fumito Maruyama, 1st. ISME-LATIN AMERICA CONGRESS, 2019年09月11日, 通常, 英語, Technical University Federico Santa Maria Valparaiso, Chile
  47. Resumen general y avance del Proyecto MACH, Fumito Maruyama, Taller Actividades SATREPS y otros Proyectos en Magallanes, 2019年09月09日, 招待, 英語, Punta Arenas, Chile
  48. Resumen general y avance del Proyecto MACH, Fumito Maruyama, Cooperation Tecnica del Gobierno de Japon Introduccion a Proyecto MACH (Monitoreo de Algas en Chile), 2019年09月03日, 招待, 英語, Castro, Chile
  49. DNA伝搬防御システムから病原細菌のゲノム多様化を考える, 丸山史人, 2019年度(令和元年度) 国立遺伝学研究所研究会 「環境中のDNA循環」プログラム, 2019年08月08日, 招待, 日本語, 静岡県
  50. 抗酸菌研究における環境遺伝生態学的アプローチと新感染症対策の観点から, 丸山史人, 環境衛生学演習におけるゼミ生特別指導, 2019年06月23日, 招待, 日本語, 酪農学園大学獣医学類, 北海道
  51. 環境遺伝生態学の基礎とトピックス, 丸山史人, 千葉大, 微生物工学特論, 2019年06月21日, 招待, 日本語, 千葉大学園芸学部, 千葉
  52. インドネシアにおける抗酸菌と薬剤耐性菌に関わる国際共同研究の現状と展望, 丸山史人, 第4回環境薬剤耐性菌研究の最前線(科研費16H01782研究集会), LaMer研究集会, 第1回愛媛大学東南アジア環境健康研究ユニット研究集会, 2019年05月31日, 招待, 日本語, 愛媛
  53. Overview of SATREPS-MACH project, Fumito Maruyama, CREAN Seminar, 2019年05月08日, 招待, 英語, Puerto Montt, Chile
  54. Satreps project Chile-Japan: Predicting algal blooms in Chile, Fumito Maruyama, 1st Workshop "Biotechnological Challenges and Improvements for sustainable aquaculture in the X region", 2019年05月03日, 招待, 英語, Osorno, Chile
  55. JCC Members meeting for outreach strategy and activity "Development of harm algal bloom monitoring methods and forecast system for sustainable aquaculture and coastal fisheries in Chile." (MACH), Fumito Maruyama, Milko Jorquera, Leonardo Guzman, Gonzalo Gajardo, 2019年05月03日, 招待, 英語, Osorno, Chile
  56. Molecular research of infectious diseases, Fumito Maruyama, 2019年03月27日, 招待, 英語, Makassar, Indonesia
  57. ゲノム疫学・衛生微生物学的アプローチにより見出された浴室細菌叢の特性, 丸山史人, 第2回 感染症診断と治療におけるゲノム解析, 2019年03月15日, 招待, 日本語, 神奈川
  58. 細菌群集構造から見えた日本のシャワー水とシャワーヘッドバイオフィルムの関係, 藤吉奏, 丸山史人, 第13回日本ゲノム微生物学会, 2019年03月06日, 通常, 日本語, 東京
  59. 南米チリにおける科学技術協力の現場とその目指す道筋, 丸山史人, 平成30年度西大和学園高等学校SGH生徒研究発表会, 2019年02月23日, 招待, 日本語, 奈良
  60. Bacterial 16S rRNA gene profiling by portable DNA sequencer from shower water, shower head, bathtub inlet in Japan, 丸山史人, 第30回日本臨床微生物学会総会, 2019年02月02日, 招待, 日本語, 東京
  61. Kyoto University and SATREPS Project, Fumito Maruyama, Bioinformatics Meeting, CENTRO AUSTRAL DE TECHNOLOGIA GENOMICA, 2018年12月30日, 招待, 英語, University of Magallanes, Punta Arenas, Chile
  62. Population structure and local adaptation of MAC lung disease agent Mycobacterium avium and their surrounding microbial community, Fumito Maruyama, International Symposium: "Advances in Environmental Microbiology and Microbial Biotechnology", 2018年12月06日, 招待, 英語, Núcleo Científico Tecnológico de la Universidad de La Frontera BIOREN-UFRO, Pucon, Chile
  63. Kyoto University and SATREPS Project, Fumito Maruyama, International Talk, Genomics and Applied Microbiology for Biodegradation and Bioproducts, 2018年11月26日, 招待, 英語, Universidad Técnica Federico Santa María, Valparaiso, Chile
  64. エアロゾル発生源となる浴室環境の微生物群集構造解析, 丸山史人, 藤吉奏, 第6回大気エアロゾルシンポジウム「シュミレーションと観測からのアジアダスト解析」, 2018年11月09日, 招待, 日本語, 北海道
  65. ~国際的な感染症対策~環境遺伝生態学的アプローチがもたらす新感染症対策と地球規模課題対応国際科学技術協力プログラム, 丸山史人, 国際的感染症対策セミナー, 2018年11月08日, 招待, 日本語, 酪農学園大学, 北海道
  66. Bioinformatics and The Role in Tracing Evolution and Transmission of Mycobacteria, Fumito Maruyama, Workshop of Universitas Airlangga, 2018年10月18日, 招待, 英語, Surabaya, Indonesia
  67. Population structure and local adaptation of MAC lung disease agent Mycobacterium avium subsp. hominissuis, Fumito Maruyama, The 1st International Scientific Meeting on Clinical Microbiology and Infectious Diseases (ISM-CMID), 2018年10月11日, 招待, 英語, Surabaya, Indonesia
  68. フィールドマイクロバイオームからハウスマイクロバイオームまでの道のり, 丸山史人, 第91回日本生化学会, 2018年09月25日, 招待, 日本語, 京都
  69. Kyoto University and SATREPS Project, Fumito Maruyama, Seminar in The Laboratory of Technological Research in Pattern Recognition (LITRP), Scientific-Technological Park, Catholic University of Maule, 2018年08月30日, 招待, 英語, Talca, Chile
  70. Past, current, future of the SATREPS project, Monitoring of algae in Chile, Fumito Maruyama, Lecture in University of Chile, 2018年08月07日, 招待, 英語, Santiago, Chile
  71. Past, current, future of the SATREPS project, Monitoring of algae in Chile, Fumito Maruyama, Lecture in University of Concepction, 2018年08月06日, 招待, 英語, Concepcion, Chile
  72. From "genome analysis of environmental pathogens" to "development of harmful algal bloom monitoring methods and forecast system for sustainable aquaculture and coastal fisheries in Chile", Fumito Maruyama, CENTRO DE INVESTIGACIÓN EN SUELOS VOLCÁNICOS PROGRAMA DE CHARLAS CISVo, 2018年08月02日, 招待, 英語, Valdivia, Chile
  73. Population structure and local adaptation of MAC lung disease agent Mycobacterium avium subsp. hominissuis, Fumito Maruyama, 352 I Planetary Protection Center of Excellence: Capabilities for ISS Research, 2018年07月26日, 招待, 英語, NASA, Los Angeles, USA
  74. From "genome analysis of environmental pathogens" to "development of harmful algal bloom monitoring methods and forecast system for sustainable aquaculture and coastal fisheries in Chile", Fumito Maruyama, A Special Summer Presentation, 2018年07月24日, 招待, 英語, Minnesota, USA
  75. Population structure and local adaptation of MAC lung disease agent Mycobacterium avium subsp. hominissuis, Fumito Maruyama, Microbiology and Immunology, Special Seminar, 2018年07月23日, 招待, 英語, Minnesota, USA
  76. Population Structure and Local Adaptation of MAC Lung Disease Agent Mycobacterium avium subsp, Hirokazu Yano, Tomotada Iwamoto, Yukiko Nishiuchi Maruyama Fumito, Microbiology of the Built Environment, Gordon Research Conference, 2018年07月15日, 通常, 英語, ME, United States
  77. Bacterial 16S rRNA gene profiling by portable DNA sequencer from shower water, shower head, bathtub inlet in Japan, So Fujiyoshi, Ai Muto, Fumito Maruyama, Microbiology of the Built Environment, Gordon Research Conference, 2018年07月15日, 通常, 英語, ME, United States
  78. Population Structure and Local Adaptation of MAC Lung Disease Agent Mycobacterium avium subsp. Hominissuis, Hirokazu Yano, Tomotada Iwamoto, Yukiko Nishiuchi, Maruyama Fumito, Microbiology of the Built Environment, Gordon Research Conference, 2018年07月00日, 通常, 英語, ME, United States
  79. メタゲノムから見出された家畜に拡がる薬剤耐性遺伝子の分布とその特徴, 丸山史人, 続・環境薬剤耐性菌研究の最前線, 2018年06月09日, 招待, 日本語, 山形
  80. 環境遺伝生態学的立場からの新規細菌感染症対策を提案する, 丸山史人, 結核予防会結核研究所セミナー, 2018年05月24日, 招待, 日本語, 東京
  81. ゲノム科学が拓く新たなワンヘルス研究への道筋, 丸山史人, 家畜感染症フォーラム, 2018年03月19日, 招待, 日本語, 岐阜
  82. Towards state-of-art one-health approach to prevent infectious diseases, Fumito Maruyama, Annual Meeting in Awaji Systems and Synthetic Bacterial biology, 2018年03月12日, 招待, 英語, Hyogo
  83. 先端型フィールドマイクロバイオーム研究構想, 丸山史人, Nanopore Day, Kyoto, 2018年03月08日, 招待, 日本語, 京都
  84. 屋内エアロゾル発生源である浴室環境の微生物群集構造解析, 丸山史人, 藤吉奏, 第11回大気バイオエアロゾルシンポジウム, 2018年02月20日, 通常, 日本語, 長野
  85. Bathroom Microbiome as a source of bioaerosol in indoor environment, So Fujiyoshi, Fumito Maruyama, 11th Bioaerosol symposium, 2018年02月00日, 通常, 英語, Nagano, Japan
  86. ワンヘルスに基づく感染症防止策の提案, 丸山史人, 2017年度 第8回 産と学をつなぐSENRIの会, 2018年01月25日, 招待, 日本語, 大阪
  87. 若手研究者が超大型研究費を獲得する方法~チリとの国際共同研究を例として~, 丸山史人, 金沢大学新学術創生研究機構 異分野融合セミナー, 2017年09月27日, 招待, 日本語, 金沢大学がん進展制御研究所, 石川
  88. 大型国際共同研究費を獲得するには?:チリとの共同研究を例として, 丸山史人, 富山大学理学部生物圏環境科学セミナー, 2017年09月26日, 招待, 日本語, 石川
  89. 携帯型DNAシーケンサーを用いた生活環境の細菌群集構造解析, 藤吉奏, 丸山史人, 環境微生物系学会合同大会2017, 2017年08月29日, 通常, 日本語, 宮城
  90. Evaluation of sanitary microbiological health of indoor environment based on NTM, So Fujiyoshi, Fumito Maruyama, Research group on genetic ecology of NTM, 2017年08月00日, 通常, 英語, Kyoto, Japan
  91. 自然環境における薬剤耐性病原細菌研究のための基盤構築, 丸山史人, 岐阜大学獣医学研究科 感染症セミナー, 2017年07月25日, 招待, 日本語, 岐阜
  92. 養殖環境における薬剤耐性病原細菌研究のための基盤構築, 丸山史人, 環境薬剤耐性菌研究の最前線 第2回科研費H1601782研究集会, 第9回LaMer共催研究集会, 2017年07月15日, 招待, 日本語, 愛媛
  93. チリにおける持続可能な養殖確立に向けた赤潮早期警戒のための研究基盤の構築, 丸山史人, 奈良先端科学技術大学院大学 バイオサイエンス研究科セミナー, 2017年07月12日, 招待, 日本語, 奈良
  94. 獲得免疫機構に着目した病原細菌のゲノム進化に関する研究—そして次に何を目指すのか—, 丸山史人, 第11回日本ゲノム微生物学会, 2017年03月03日, 招待, 日本語, 神奈川
  95. 1. "How can bacterial community keep its resilience?", and 2. "What we should learn from Vibrio spp. in the normal environments", Fumito Maruyama, Strengthening postgraduate training capacities for innovation and science competition Acuácas the University of Antofagasta, 2016年12月12日, 招待, 英語, Antofagasta, Chile
  96. The earth Vibrio project: collections from normal to extreme environments: the NEXT, Fumito Maruyama, International Seminar on Applied Microbial Ecology, 2016年12月05日, 招待, 英語, Temuco, Chile
  97. Robustness of soil bacterial community against chemical disturbance, Fumito Maruyama, PGPR Latin America, 2016年11月28日, 招待, 英語, Pucon, Chile
  98. Vibrio sp., Algal bloom, and Next, Fumito Maruyama, Graduate course: Comparative microbial genomics and Taxonomy, 2016年11月21日, 招待, 英語, UFRJ, Rio de Janeiro, Brazil.
  99. 医科微生物生態学の創成に関する研究—そして次に何を目指すのか—, 丸山史人, 日本微生物生態学会, 2016年10月23日, 招待, 日本語, 神奈川
  100. ビブリオプロジェクト—地球規模での水の衛生微生物学的安全性を保証する, 丸山史人, 第二回 LaMer共同利用研究集会「遺伝子汚染の新しい視点: 環境中の抗菌剤耐性菌・耐性遺伝子の動態解明とそのリスク評価へむけて」, 2016年07月27日, 招待, 日本語, 愛媛
  101. 複合感染症に見られるゲノム・メタゲノムレベルでの共創機構, 丸山史人, 兵庫医科大学 平成28年度特別講義 第1回, 2016年05月17日, 招待, 日本語, 兵庫
  102. 最も複雑な土壌の微生物集団と恒常性の維持, 丸山史人, 岡山大学資源植物科学研究所拠点共同研究ワークショップ「微小生態系の構成原理~Wet/Dry双方からのアプローチによる理解と制御の試み」, 2016年02月15日, 招待, 日本語, 岡山
  103. 微生物群集に「たおやかさ」をもたらすダークマター, 丸山史人, 第88回 先端新興感染症病態制御学特論, 2016年02月12日, 招待, 日本語, 長崎大学, 長崎
  104. Strategy of group A streptococci to adapt inside host cell, Fumito Maruyama, International Symposium on Intracellular Pathogens, 2016年02月05日, 招待, 英語, Yamaguchi, Japan
  105. 環境コレラ菌 (Vibrio cholerae) ゲノム多様性とゲノム疫学, 丸山史人, 京都府立大学生命環境科学研究科 マケレレ大学獣医畜産防疫学部交流協定締結記念, ウガンダセミナー, 2016年01月31日, 招待, 日本語, 京都
  106. “What we learn from evolutionary strategies of bacteria in the point of view of original niche.”, “What makes micro-ecosystem robust revealed by metagenomic information”, Fumito Maruyama, International Seminar on Applied Microbial Ecology, 2015年12月16日, 招待, 英語, Temuco, Chile
  107. Evolution of Phage Selfishness by CRISPR in Diverse Bacteria and Archaea, Fumito Maruyama, 5th international workshop: Advances in Science and Technology of Bioresources, 2015年12月02日, 招待, 英語, Pucon, Chile
  108. 微生物生態学的アプローチから紐解く「病原」細菌ゲノムの適応戦略, 丸山史人, 第6回愛媛微生物学ネットワークフォーラム, 2015年10月24日, 招待, 日本語, 愛媛
  109. ファージと獲得免疫システムCRISPRの割り切れない関係とその生態学的意義, 丸山史人, 第30回微生物生態学会, 2015年10月20日, 招待, 日本語, 茨城
  110. Similarity, dissimilarity and robustness of micro-ecosystem in intractable polymicrobial infectious disease, Fumito Maruyama, International Seminars: Brazil-Japan cooperation in microbiology and marine sciences, 2015年09月30日, 招待, 英語, Rio de Janeiro, Brazil
  111. 非遺伝子領域CRISPRを用いた高解像度タイピング法の現状と展望, 丸山史人, 中川一路, 第158回日本獣医学会, 2015年09月08日, 招待, 日本語, 青森
  112. Robustness of micro-ecosystem in intractable polymicrobial infectious disease, Fumito Maruyama, 2015年日本数理生物学会/日中韓数理生物学コロキウム合同大会, 2015年08月26日, 招待, 英語, 京都
  113. CRISPRから病原細菌の進化を捉える, 丸山史人, 国立感染症研究所学友会セミナー, 2015年06月05日, 招待, 日本語, 東京
  114. A群レンサ球菌の宿主細胞内適応機構, 丸山史人, 第88回 日本細菌学会総会, 2015年03月26日, 招待, 日本語, 岐阜
  115. 自然生態から病原細菌を捉えてわかる展望, 丸山史人, 京都大学野生動物研究センター異分野ゼミ, 2015年03月24日, 招待, 日本語, 京都
  116. 完全ゲノム配列決定経験者がPacBio RS Ⅱを使って思うところ, 丸山史人, 第9回日本ゲノム微生物学会, 2015年03月07日, 招待, 日本語, 兵庫
  117. Competitive and cooperative microbial interactions support polymicrobial diseases predicted from comparative genome analysis, Fumito Maruyama, Ichiro Nakagawa, CER International Workshop: Microbes beyond borders, 2015年03月05日, 招待, 英語, Kyoto University, Shiga
  118. A polymicrobial disease caused by novel competitive and cooperative microbial interactions predicted from comparative genome analysis, Fumito Maruyama, 2nd international symposium: soil, plant and microorganism, 2014年11月24日, 招待, 英語, Pucon, Chile
  119. Diversification mechanism of intracelluarly invading bacteria revealed by comparative genomic analysis of multiple isolates, Fumito Maruyama, 長崎大学ベトナム拠点セミナー, 2014年10月07日, 招待, 英語, Hanoi, Vietnam
  120. Genome information clarifies the backstage of polymicrobial infection, 丸山史人, 感染症特別講演会 共催:北海道大学人獣共通感染症リサーチセンター, 日本細菌学会北海道支部, 2014年07月25日, 招待, 日本語, 北海道
  121. 細菌ゲノム・細菌叢解析より紐解く慢性感染症の実態と新展開, 丸山史人, 2014年05月23日, 招待, 日本語, カルピス株式会社, 神奈川
  122. 微生物相互作用解析を通じたヒトの疾患および健康とのつながりに関する研究とその展望, 丸山史人, ライオン大学院講演会, 2014年05月07日, 招待, 日本語, 株式会社ライオン平井研究所, 東京
  123. 多次元的解析により見えつつあるA群レンサ球菌の新常識, 丸山史人, 平成26年度第1回環保研セミナー, 2014年04月16日, 招待, 日本語, 神戸市環境保健研究所, 兵庫
  124. 口腔病原細菌ゲノム情報から紐解く恒常性破綻機構解析, 丸山史人, 第87回 日本細菌学会総会, 2014年03月26日, 招待, 日本語, 東京
  125. Diversification mechanism of group A streptococcus revealed by comparative genomic analysis of multiple isolates, Fumito Maruyama, The 12th Japan-Korea International Symposium on Microbiology, 2014年03月24日, 招待, 英語, Tokyo, Japan
  126. 我々の生活における環境微生物学入門, 丸山史人, 千葉大学, 2年生講義, 2014年01月10日, 招待, 日本語, 千葉大学園芸学部, 千葉
  127. 原核生物における獲得免疫の種特異的ゲノム進化・生態学的意義, 丸山史人, 第90回 東北大学生態適応セミナー, 2013年12月18日, 招待, 日本語, 宮城
  128. 投稿論文A to Z, 丸山史人, 微生物生態学会若手交流会, 2013年11月22日, 招待, 日本語, 鹿児島
  129. 原核生物における獲得免疫であるCRISPRの基礎と真核ゲノム編集技術への応用の現状, 丸山史人, 2013年09月26日, 招待, 日本語, ヤクルト中央研究所, 東京
  130. CRISPR/Casシステム:その生物における意味とゲノム編集, 丸山史人, The 115th RIKEN BRC SEMINAR, 2013年09月25日, 招待, 日本語, 理化学研究所, 千葉
  131. バクテリア多株ゲノム解析から見えた種特異的進化機構, 丸山史人, 第38回GCOE談話会, 2013年04月12日, 招待, 日本語, 東京大学医科学研究所, 東京
  132. 高速シーケンサーの基礎、現場、そして細菌ゲノム解析手法, 丸山史人, 大阪大学微生物病研究所タイ国際研究センターセミナー, 2011年10月21日, 招待, 日本語, Bangkok, Thailand
  133. Species-specific strategy of genome diversification in genus streptococci via prophage acquisition and its defense system, Fumito Maruyama, International Union of Microbiological Societies 2011 Congress, 2011年09月06日, 招待, 英語, Hokkaido, Japan
  134. レンサ球菌属ゲノム情報に基づく種特異的進化機構の解析, 丸山史人, 第83回日本細菌学会総会, The Rising Generation’s Forum, 2010年03月27日, 招待, 日本語, 神奈川
  135. バクテリアゲノム情報に基づく種特異的進化機構〜ヒト病原細菌を例として〜, 丸山史人, 北海道大学低温科学研究所内セミナー, 2010年01月31日, 招待, 日本語, 北海道
  136. 次世代シーケンサーの基礎と細菌学への応, 丸山史人, 第3回細菌学・若手コロセウム, 2009年10月26日, 招待, 日本語, 宮崎

受賞

  1. 2019年08月30日, クリタ水・環境科学研究優秀賞, クリタ水・環境科学財団理事長, 水環境の微生物学的安全性評価に資する環境ビブリオゲノムデータベースの構築
  2. 2017年06月15日, JPR 論文賞Most-Cited Paper Awards 2017, 日本植物学会, Analysis of the complete plastid genome of the unicellular red alga Porphyridium purpureum. Journal of Plant Research
  3. 2017年03月00日, 日本ゲノム微生物学会研究奨励賞
  4. 2016年05月00日, 日本微生物生態学会奨励賞
  5. 2015年02月00日, 手島精一記念研究賞

社会活動

学術会議等の主催

  1. Aerobiology Seminar, 2021年12月
  2. RUCポストコロナ研究グループワークショップ, 安心安全な住環境デザイン, 2022年03月
  3. RUCポストコロナ研究グループワークショップ, 安心安全な住環境デザイン, 2022年01月
  4. Tokyo RNA Club, The 28th Meeting, Canceled by COVID-19
  5. 学会ブース出展「MACH」第14回日本ゲノム微生物学会年会, 新型コロナウイルスの影響によりキャンセル
  6. 広島大学 日本食・発酵食品の革新的研究開発拠点 令和元年度 特別セミナー, 新型コロナウイルスの影響によりキャンセル, 2020年03月, 2020年03月
  7. International Symposium on SDGs: Tackling the Red Tide on the Chilean Coast with Bilateral Cooperation between Chile and Japan, Canceled by COVID-19, 2020年03月, 2020年03月
  8. 広島大学 日本食・発酵食品の革新的研究開発拠点 令和元年度 第2回 セミナー, 2020年01月, 2020年01月
  9. 広島大学 日本食・発酵食品の革新的研究開発拠点 令和元年度 セミナー, 2019年12月, 2019年12月
  10. 環境ウイルス研究集会, 2019年11月, 2019年11月
  11. 2018年度 抗酸菌の遺伝生態研究会, 2018年08月, 2018年02月
  12. 学会ブース出展「MACH」第30回日本臨床微生物学会総会・学術集会, 2019年02月, 2019年02月
  13. 環境ウイルス研究集会(新学術領域ネオウイルス共催)
  14. Nanopore Day, Kyoto, 2018年03月, 2018年03月
  15. 環境ウイルス研究部会(ファージ研究会、新学術領域ネオウイルス共催), 2017年08月, 2017年08月

その他社会貢献活動(広大・部局主催含)

  1. Harmful Algae Blooms in Chile and Coastal Monitoring with Metabarcoding Analysis, XLIII Annual Meeting of the Society of Microbiology of Chile 2021, 2021年/11月/30日, 2021年/12月/02日, その他, セミナー・ワークショップ, 研究者
  2. Harmful Algae Monitoring on San Jorge Bay in Antofagasta, Chile, ICHA 2021/19th International Conference on Harmful Algae La Paz, Baja California Sur, Mexico (virtual meeting), 2021年/10月/10日, 2021年/10月/15日, その他, セミナー・ワークショップ, 研究者
  3. VIBE(Viruses in the Built Environment)ミーティングレポート, 2021年/06月/27日, その他, その他, 社会人・一般
  4. FAQ : 建築環境の微生物学 : 2015年9月にワシントンDCで開催されたAcademy of Microbiology会議の報告, 2021年/06月/27日, その他, その他, 社会人・一般
  5. 建物を健康にするには、なんでもかんでも消毒するのはやめよう, 2021年/06月/27日, その他, その他, 社会人・一般
  6. A Chilean Harmful Algal Bloom Monitoring Program using Metabarcoding Analysis by SATREPS-MACH, the SATREPS-MACH project, 2021年/09月/01日, https://www.mach-satreps.org/, その他, その他, 社会人・一般