広島大学

基本情報

主な職歴

• 2025年04月, 富山県立大学, 工学部, 環境・社会基盤工学科, 准教授
• 2025年04月, 広島大学, IDEC国際連携機構, PHIS, 特任准教授
• 2021年04月, 2025年03月, 広島大学, IDEC国際連携機構, PHIS, 助教
• 2018年09月, 2023年03月, ラ・フロンテラ大学, Scientific and Biotechnological Bioresource Nucleus, 在外研究員（SATREPS）
• 2018年04月, 2023年03月, JST/JICA SATREPS, JICA専門家
• 2020年04月01日, 2021年03月31日, 広島大学, 学術・社会連携室, 助教
• 2018年04月, 2020年03月, 京都大学, 大学院人間・環境学研究科, 特定助教
• 2017年04月, 2018年03月, 京都大学, 大学院医学研究科, 特定助教
• 2014年04月, 2017年03月, 京都大学, 大学院農学研究科, 特別研究員（DC1)
• 2012年04月, 2014年03月, 吉田育英会, マスター２１

学位

• 博士（農学）　(京都大学)
• 修士（水産科学）　(北海道大学)
• 修士（水産学）　(北海道大学)
• 博士（農学）　(京都大学)

研究キーワード

• 大気微生物
• 微生物学
• 微生物生態学
• メタゲノム
• ゲノム微生物学
• 細菌群集
• 高速シーケンサー
• 相互作用

所属学会

• 日本エアロゾル学会, 2025年12月, 9999年
• 日本細菌学会, 2023年07月, 9999年
• 日本微生物生態学会
• 日本ゲノム微生物学会

教育活動

授業担当

1. 2025年, 教養教育, ４ターム, Food and Life Science［旧パッケージ］
2. 2025年, 修士課程・博士課程前期, 集中, Innovation and Practice for Smart Society
3. 2025年, 学部専門, ４ターム, Introduction to Applied Biological Science II
4. 2025年, 修士課程・博士課程前期, 集中, Introduction and Topics in Environmental Genomics and Ecology

研究活動

学術論文（★は代表的な論文）

1. Suburban-urban differences in coarse and fine atmospheric particulate matter with key chemical compositions influencing bacterial communities in Toyama and Yokohama, Japan, Journal of Hazardous Materials, 202601
2. Temporal and spatial dynamics of bioaerosol particles through integrated monitoring approach of local air distribution patterns, 20250318
3. Development of a Dual-Chamber Atmospheric Simulation System for Bioaerosol Research: Size-Dependent Analysis and Surface Interaction Studies, 20250318
4. Size Distribution and Pathogenic Potential of Culturable Airborne Clostridium spp. in a Suburb of Toyama City, Japan, Microbes and Environments, 40巻, 1号, pp. n/a-n/a, 2025
5. Causal interactions among phytoplankton and Pseudo-nitzschia species revealed by empirical dynamic modelling, Marine Pollution Bulletin, 211巻, 2025
6. Differentiation of microbial communities in coastal seawater before and during an Akashiwo sanguinea (Dinophyceae) bloom in the urban area of Antofagasta city (northern Chile), Harmful Algae, 142巻, 2025
7. Fungal Community and Diversity in a Frequently Ventilated Traditional and Modern Japanese House, 2025
8. Identification of bacteria in potential mutualism with toxic Alexandrium catenella in Chilean Patagonian fjords by in vitro and field monitoring, PLoS ONE, 19巻, 6 June号, 20240604
9. Environmental evaluation of the Reloncaví estuary in southern Chile based on lipophilic shellfish toxins as related to harmful algal blooms, Science of the Total Environment, 928巻, 202406
10. Correlation between bacterial microbiome and Legionella species in water from public bath facilities by 16S rRNA gene amplicon sequencing, Microbiology Spectrum, 20240216
11. Emerging Microbial Intervention Technologies and Innovations for Enhanced Food Quality and Safety from a Halalan Toyyiban Perspective and One Health Approach, Solving Halal Industry Issues Through Research in Halal Sciences, 2024
12. Resistomes in freshwater bioaerosols and their impact on drinking and recreational water safety: A perspective, Environment International, 183巻, pp. 108377-108377, 202401
13. Airborne bacterial communities associated with particulate matter in Temuco (Chile), one of the most air-polluted cities in South America, Aerobiologia, 20231218
14. Contribution of a surface salt bridge to the protein stability of deep-sea Shewanella benthica cytochrome c', Journal of Structural Biology, 215巻, 4号, 202312
15. Potential airborne human pathogens: A relevant inhabitant in built environments but not considered in indoor air quality standards, Science of The Total Environment, 901巻, pp. 165879-165879, 202311
16. Indoor temperature, humidity, and microorganisms in traditional and modern houses in Japan, E3S Web of Conferences, 396巻, 20230616
17. Perspectives on Sampling and New Generation Sequencing Methods for Low-Biomass Bioaerosols in Atmospheric Environments, J Indian Inst Sci, 103巻, 3号, pp. 687-697, 20230512
18. The holobiome of marine harmful algal blooms (HABs): A novel ecosystem-based approach for implementing predictive capabilities and managing decisions, Environmental Science & Policy, 143巻, pp. 44-54, 202305
19. Learning from mistakes: challenges in finding holobiont factors from environmental samples and the importance of methodological consistency, Current Opinion in Biotechnology, 80巻, pp. 102897-102897, 202304
20. Monitoring bacterial composition and assemblage in the Gulf of Corcovado, southern Chile: Bacteria associated with harmful algae, Current Research in Microbial Sciences, 4巻, pp. 100194-100194, 2023
21. Zooplankton act as cruise ships promoting the survival and pathogenicity of pathogenic bacteria, Microbiology and Immunology, 66巻, 12号, 202212
22. Protocol of living cell separation using the microfluidic dielectrophoresis integrated chip., STAR protocols, 20220701
23. Understanding effects of ventilation on airborne microorganisms in build environments, CLIMA 2022 conference, 20220506
24. Fabrication of a new all-in-one microfluidic dielectrophoresis integrated chip and living cell separation, iScience, 25巻, 2号, pp. 103776, 20220218
25. Airborne bacterial community associated with fine particulate matter (PM2.5) under different air quality indices in Temuco city, southern Chile, Archives of Microbiology, 204巻, 2号, 202202
26. Characteristics of PM2.5 Pollution in Osorno, Chile: Ion Chromatography and Meteorological Data Analyses, Atmosphere, 13巻, 2号, pp. 168-168, 20220117
27. Relationship between the Microbiome and Indoor Temperature/Humidity in a Traditional Japanese House with a Thatched Roof in Kyoto, Japan, DIVERSITY-BASEL, 13巻, 10号, pp. 475-475, 202110
28. A Standardized Procedure for Monitoring Harmful Algal Blooms in Chile by Metabarcoding Analysis, Journal of Visualized Experiments, 174号, 20210826
29. Structure of bacterial communities in Japanese-style bathrooms: Comparative sequencing of bacteria in shower water and showerhead biofilms using a portable nanopore sequencer, bioRxiv, 20210714
30. 16S rRNA–Based Analysis Reveals Differences in the Bacterial Community Present in Tissues of Choromytilus chorus (Mytilidae, Bivalvia) Grown in an Estuary and a Bay in Southern Chile, Diversity, 13巻, 5号, pp. 209-209, 20210514
31. Thermal destabilization mechanism of cytochrome c' from psychrophilic Shewanella violacea, Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry, 85巻, 5号, pp. zbab007-1127, 20210116
32. Airborne bacterial communities of outdoor environments and their associated influencing factors, Environment International, 145巻, pp. 106156-106156, 20201201
33. Suitcase Lab: new, portable, and deployable equipment for rapid detection of specific harmful algae in Chilean coastal waters, Environmental Science and Pollution Research, pp. 1-12, 20201118
34. 16S and 18S Metabarcoding analysis for Chilean coastal waters harmful algal blooms, protocols.io, 20201023
35. Protocols for Monitoring Harmful Algal Blooms for Sustainable Aquaculture and Coastal Fisheries in Chile, International Journal of Environmental Research and Public Health, 17巻, 20号, pp. 7642-7642, 20201020
36. Evaluation of PCR conditions for characterizing bacterial communities with full-length 16S rRNA genes using a portable nanopore sequencer, Scientific Reports, 10巻, 1号, 20200728
37. Size resolved characteristics of urban and suburban bacterial bioaerosols in Japan as assessed by 16S rRNA amplicon sequencing, Scientific Reports, 10巻, 1号, pp. 12406-12406, 20200722
38. Airborne Microbial Communities at High-Altitude and Suburban Sites in Toyama, Japan Suggest a New Perspective for Bioprospecting., Frontiers in bioengineering and biotechnology, 20190205
39. 口腔内における複合微生物感染症のホロゲノム動態を時空間的に理解する, 最新医学, 73巻, 4号, pp. 509-522, 201804
40. Transmission of Airborne Bacteria across Built Environments and Its Measurement Standards: A Review., Frontiers in microbiology, 20171129
41. マイクロバイオーム研究からホロビオーム研究への新展開 (特集 細菌叢解析の光と影), 生体の科学, 68巻, 2号, pp. 97-101, 201703
42. Effects of Hemagglutination Activity in the Serum of a Deep-Sea Vent Endemic Crab, Shinkaia Crosnieri, on Non-Symbiotic and Symbiotic Bacteria, Microbes and Environments, 20150725
43. 目指せ!細菌学の星☆2015 深海底熱水活動域における固有甲殻類血清の性状解析(We'll be the stars of bacteriology! 2015 Hemagglutination activity in the serum of deep-sea vent endemic crab), 日本細菌学雑誌, 70巻, 1号, pp. 113-113, 201502
44. Allying with armored snails: the complete genome of gammaproteobacterial endosymbiont., The ISME journal, 8巻, 1号, pp. 40-51, 20130808
45. Method for obtaining microbial samples from concrete and its effects on microbial community structure, CASE STUDIES IN CONSTRUCTION MATERIALS, 23巻, 202512
    DOIを用いた論文検索結果へのリンク

招待講演、口頭・ポスター発表等

1. 定量的な浮遊微生物分析の課題解決に向けた試み, 藤吉 奏, 第98回日本細菌学会総会, 2025年05月29日
2. Temporal and spatial dynamics of bioaerosol particles through integrated monitoring approach of local air distribution patterns, European Geosciences Union, 2025年05月02日
3. 現場好きの環境遺伝生態学者が取り組むオンサイトゲノム解析, 藤吉 奏, 春の水産育種研究会, 2024年03月29日
4. An approach to forecast harmful algal blooms in Chile using empirical dynamic modelling, Ishara Uhanie Perera, 日本微生物生態学会第35回大会, 2022年11月03日, 日本微生物生態学会, 会場札幌コンベンションセンター
5. 南米チリ沿岸ホロビオームモニタリングに基づく赤潮発生・消長に関わる細菌探索, 藤吉 奏, 日本微生物生態学会第35回大会, 2022年11月02日, 日本微生物生態学会, 札幌コンベンションセンター
6. 大気中における細菌群集構造と化学組成の関係, 田中大祐、藤吉奏、丸山史人、遠里由佳子、嶋田崇志、小山慎一、関誠、酒徳昭宏、中村省吾, 日本微生物生態学会第35回大会, 2022年10月31日, 日本微生物生態学会, 札幌コンベンションセンター
7. 制御された住環境のDNA量から微生物増殖の要因を推察する, 侯建建, 第75回日本細菌学会中国・四国支部総会, 2022年10月01日, 日本細菌学会中国・四国支部総会, オンライン
8. H'OME〜身近な微生物と共に生きるための古くて新しい住まい方, 藤吉奏, 第3回微生物や微生物菌叢への革新的機能付与・機能制御の新展開, 2022年08月18日, 日本学術会議 食料科学委員会・農学委員会合同 農芸化学分科会主催, オンライン
9. Structure of bacterial communities in Japanese-style bathrooms: Comparative sequencing of bacteria in shower water and showerhead biofilms using a portable nanopore sequencer, Fumito Maruyama, Colorado Mycobacteria Conference 2022: Focus on NTM, 2022年06月01日, Colorado State University, Fort Collins, CO, USA
10. Understanding effects of ventilation on airborne microorganisms in build environments: A perspective, So Fujiyoshi, CLIMA 2022 the 14th HVAC World Congress, 2022年05月25日, Rotterdam, The Netherlands
    Related URL
11. Potential use of a novel all-in-one microfluidic dielectrophoresis integrated chip for cell living separation in aquatic microbiology research, Jacquelinne J. Acuña, XLI Marine Science Congress 2022, 2022年05月24日, Concepción, Chile
12. 南⽶チリ北部 San Jorge 湾の有害藻類モニタリング, 藤吉 奏, 第１６回ゲノム微生物学会年会, 2022年03月04日
13. Lessons from bioaerosol analysis in Japan and ongoing projects, Fujiyoshi S, Aerobiology Seminar, 2021年12月15日, Temuco, Chile
14. 茅葺古民家の温湿度と微生物種組成の特徴, 藤吉 奏, 日本微生物生態学会第３４回大会, 2021年11月01日
15. Harmful Algae Monitoring onSan Jorge Bay in Antofagasta, Chile, Kyoko Yarimizu, 19th International Conference on Harmful Algae (ICHA), 2021年10月12日
16. 住環境の微生物と物理化学因子、住まい方の関係 -美山の茅葺民家における微生物量と温湿度の関係について, 小久保舞香, 令和3年度(2021年度) 日本建築学会 近畿支部研究発表会, 2021年06月27日, オンライン
17. 2021年06月22日
18. Microbiome and indoor temperature/humidity in a traditional Japanese house with a thatched roof, Maruyama F, ASM Microbe, 2021年06月10日, Washington DC, USA
19. Water supply provides bacteria for the shower head, but the environment selects, Fujiyoshi So, World Microbe Forum, 2021年06月, Online
20. 模擬古墳における環境計測と微生物群集特性, 藤吉 奏, 第15回日本ゲノム微生物学会, 2021年03月06日
21. ハイブリッドアプローチによる環境ホロゲノム解析, 藤吉 奏, 第15回 日本ゲノム微生物学会 若手賞受賞講演, 2021年03月05日, オンライン
22. ハイブリッドアプローチによる環境ホロゲノム研究, So Fujiyoshi, 第1５回日本ゲノム微生物学会年会, 2021年03月05日
23. IT 万歳、教える側が楽：チリで夏期短期集中ゲノム情報解析講習会を主催して, 河合幹彦, 第１５回日本ゲノム微生物学会, 2021年03月, オンライン
24. 浴室微生物の特性とオンサイト解析に向けた取り組み, 藤吉奏, 広島大学 第4回 HiHA Young Researchers Workshop, 2021年01月20日
25. Characteristics of the microbial community in bioaerosol in Chile and Japan, Fujiyoshi S, XVII Coloquios de Microbiología, 2020年07月30日, Online
26. アンダーセンエアサンプラーとIllumina MiSeqを用いた富山市と横浜市における細菌バイオエアロゾルの特徴, 田中大祐, 第１３回大気バイオエアロゾルシンポジウム, 2020年02月, 大阪
27. The locality of airborne microbial community, Fujiyoshi S, Bioaerosol Meeting, 2020年01月08日, Universidad de Magallanes, Punta Arenas, Chile
28. Suitcase lab: A new portable and deployable equipment for arapid detection of specific harmful algae in Chilean coastal waters, Fujiyoshi S, 7th International Workshop: Advances in Science and Technology of Bioresource, 2019年12月02日, Pucon, Chile
29. Bioinformatics in microbiome analysis, Fujiyoshi S, El 1o Workshop Konün Wenü 2019, 2019年09月26日, Centro de Excelencia de Modelación y ComputaciónCientífica (CMCC), Universidad de La Frontera, Temuco, Chile
30. Diferencia específica en la composición bacteriana entre el biofilm de la ducha y el agua de la ducha en el baño japonés, So Fujiyoshi, 1st. ISME-LATIN AMERICA CONGRESS Technical University Federico Santa Maria Valparaiso, 2019年09月11日, Chile
31. Bacterial bioaerosols at Yokohama and Toyama in Japan, Fumito Maruyama, 1st. ISME-LATIN AMERICA CONGRESS Technical University Federico Santa Maria Valparaiso, 2019年09月11日, Chile
32. Specific difference in bacterial composition between shower-head biofilm and shower water in Japanese bathroom, So Fujiyoshi, 1st. ISME-LATIN AMERICA CONGRESS Technical University Federico Santa Maria Valparaiso, 2019年09月11日, Chile
33. SATREPS progress update, Fujiyoshi S, 2019年09月09日, Taller Actividades SATREPS y otros proyectos en Magallanes, Punta Arenas, Chile
34. 細菌群集構造から見えた日本のシャワー水とシャワーヘッドバイオフィルムの関係, 藤吉奏, 第13回日本ゲノム微生物学会, 2019年03月06日, 東京
35. Bacterial community analysis by metagenomic approaches, Fujiyoshi S, Bioinformatics meeting, Centro Austral de technologia genómica, 2018年12月12日, Universidad de Magallanes, Punta Arenas, Chile
36. Bacterial community analysis by metagenomic approaches, Fujiyoshi S, 2018年11月26日, Universidad Tecnica Federico Santa Maria, Viña del mar, Chile
37. エアロゾル発生源となる浴室環境の微生物群集構造解析, 丸山史人, 第6回大気エアロゾル 「シミュレーションと観測からのアジアダスト解析」, 2018年11月09日, 北海道
38. Bacterial community analysis by metagenomic approaches, Fujiyoshi S, Lecture in Lembaga llmu Pengetahuan Indonesia (LIPI), 2018年10月22日, Jakarta, Indonesia
39. Bacterial community analysis by metagenomic approaches, Fujiyoshi S, Seminar in the laboratory of technological research in pattern recognitions (LITRP), 2018年08月31日, Scientific-Technological Park, Catholic University of Maule, Talca, Chile
40. Metagenomic techniques applied to monitor algal holobiome, Fujiyoshi S, Lecture in Facultad de Ciencias, 2018年08月07日, Universidad de Chile, Santiago, Chile
41. Metagenomic techniques applied to monitor algal holobiome, Fujiyoshi S, Lecture in Centro de investigación Oceanografica (COPAS) Sur-Austra, 2018年08月06日, Universidad de Concepción, Concepción, Chile
42. Identification of biomarkers by metagenomic analysis ~toward on-site monitoring of holobiome dynamics, Fujiyoshi S, Conocimiento y Naturaleza, Special Invitation seminar, 2018年08月02日, Instituto de Bioquimeica y Mivrobiología, Universidad Austral de Chile, Valdivia, Chile
43. Bacteria living in Japanese bathroom, Fujiyoshi S, Planetary Protection Center of Excellence: Capabilities for ISS Research, 2018年07月26日, NASA, Los Angeles, USA
44. Metagenomic analysis revealed biomarkers of specific pathogen, Fujiyoshi S, A Special Summer Presentation, 2018年07月24日, Minnesota University, Minnesota, USA
45. Connect to microorganisms whenever, wherever, Fujiyoshi S, Microbiology and Immunology, Special Seminar, 2018年07月23日, Minnesota University, Minnesota, USA
46. Bacterial 16S rRNA gene profiling by portable DNA sequencer from shower water, shower head, bathtub inlet in Japan, So Fujiyoshi, Microbiology of the Built Environment, Gordon Research Conference, 2018年07月15日, ME, United States
47. MinION実演: MinION入門, 藤吉奏, バイオインフォマティクス最新情報セミナー, 2018年04月27日, 大阪市立大学刀根山結核研究所
48. 屋内エアロゾル発生源である浴室環境の微生物群集構造解析, 丸山史人, 第１１回大気バイオエアロゾルシンポジウム, 2018年02月20日, 長野
49. 携帯型ナノポアDNAシーケンサーを用いた現場サンプリング現場解析, 藤吉奏, 異分野融合セミナー, 2017年09月27日, 金沢大学がん進展制御
50. 携帯型DNAシーケンサーを用いた生活環境微生物の解析, 藤吉奏, 生物圏環境科学科セミナー, 2017年09月26日, 富山大学理学部
51. 携帯型DNAシーケンサーを用いた生活環境の細菌群集構造解析, 藤吉奏, 環境微生物系学会合同大会2017, 2017年08月29日, 宮城
52. Terrestrial adaptation from a depth of 1,500 meters, 藤吉奏, バイオサイエンス研究会セミナー, 2017年07月11日, 奈良先端大学
53. 深海底熱水活動域に生息する固有甲殻類と外部共生機構, 藤吉奏, 第 90 回日本細菌学会総会, 2017年03月19日, 宮城
54. Unique morphological features of deep-sea endemic crab ventral setae, Fujiyoshi S, 5th International workshop on deep-sea microbiology, 2016年09月10日, Kyoto, Japan
55. 深海底熱水活動域に生息する固有甲殻類の共生器官“腹部剛毛”の構造的特徴, 藤吉 奏, 日本微生物生態学会３１回大会, 2016年, 神奈川
56. Hemagglutination activity in the serum of deep-sea vent endemic crab, Fujiyoshi S, 第 88 回日本細菌学会総会, 2015年03月, 岐阜
57. 深海底熱水活動域に生息する甲殻類の血リンパ中異物認識因子の探索－ゴエモンコシオリエビの胸毛ファーム－, 藤吉 奏, 第８回細菌学若手コロッセウム, 2014年, 北海道
58. 海底熱水活動域に生息する無脊椎動物の血リンパ中レクチンの探索と性状解析, 藤吉 奏, 環境微生物系学会合同大会２０１４, 2014年, 静岡
59. 深海底熱水活動域に生息する甲殻類の血清中血球凝集因子の探索と性状解析, 藤吉 奏, 極限環境生物学会, 2014年, 沖縄
60. Purification and characterization of serum lectin from a deep-sea hydrothermal vent invertebrate, Fujiyoshi S, 5th International symposium on chemosynthesis-based ecosystems, 2013年, Victoria BC, Canada
61. Characterization of serum lectins from a deep-sea hydrothermal vent invertebrate, 藤吉 奏, 第２８回日本微生物生態学会・第４回日韓微生物生態シンポジウム, 2012年, 愛知
62. 深海底熱水活動域に固有の無脊椎動物が有する血清中レクチンの性状, 藤吉 奏, 第３１回日本糖質学会年会, 2012年, 鹿児島
63. 通常, 日本語

受賞

1. 2021年04月15日, FEMS Congress attendance grants, World Microbe Forum
2. 2021年03月05日, 若手賞, 第15回日本ゲノム微生物学会
3. 2014年08月, 若手奨励賞最優秀賞, 第８回細菌学若手コロッセウム