岡田 崇TAKASHI OKADA

Last Updated :2026/05/08

基本情報

主な職歴

  • 2018年09月01日, 2022年03月31日, カリフォルニア大学バークレー校, 滞在研究員
  • 2018年04月01日, 2022年03月31日, 理化学研究所, 数理創造プログラム, 上級研究員
  • 2022年04月01日, 2023年03月31日, 京都大学, 医生物学研究所, 特定准教授
  • 2023年04月01日, 2026年03月31日, 京都大学, 医生物学研究所, 准教授

学歴

  • 京都大学 大学院理学研究科 物理学・宇宙物理学専攻 博士課程 修了, 2013年03月
  • 東京大学 大学院理学系研究科 物理学専攻 修士課程 修了, 2009年03月
  • 東京大学 理学部 物理学科 学士課程 修了, 2007年03月

学位

  • 博士（理学）　(京都大学)
  • 修士（理学）　(東京大学)

研究キーワード

  • 機械学習
  • 統計物理学
  • 神経ネットワーク
  • 進化生物学
  • 集団遺伝学
  • 化学反応ネットワーク
  • 遺伝子制御ネットワーク

教育活動

授業担当

  1. 2026年, 学部専門, ４ターム, 計算数学
  2. 2026年, 学部専門, セメスター（前期）, 数学情報課題研究
  3. 2026年, 学部専門, セメスター（後期）, 数学情報課題研究

研究活動

学術論文（★は代表的な論文）

  1. Inferring Migration Networks with Time-Lagged F 2 Statistics, 20260312
  2. Uncovering heterogeneous intercommunity disease transmission from neutral allele frequency time series, Proceedings of the National Academy of Sciences, 20251202
  3. Identifying Phenotype-Indicative Molecules from the Structure of Biochemical Reaction Networks, bioRxiv, 20251023
  4. Uncovering bifurcation behaviors of biochemical reaction systems from network topology, SCIENTIFIC REPORTS, 2025
  5. Uncovering the causal relationships in plant-microbe ecosystems: A time series analysis of the duckweed cultivation system for biomass production and wastewater treatment, Science of The Total Environment, 202412
  6. BayesianSSA: a Bayesian statistical model based on structural sensitivity analysis for predicting responses to enzyme perturbations in metabolic networks, BMC BIOINFORMATICS, 20240316
  7. Stable States of a Microbial Community Are Formed by Dynamic Metabolic Networks with Members Functioning to Achieve Both Robustness and Plasticity, Microbes and Environments, 2024
  8. Lineage frequency time series reveal elevated levels of genetic drift in SARS-CoV-2 transmission in England, PLOS PATHOGENS, 2024
  9. Patterns of change in regulatory modules of chemical reaction systems induced by network modification, PNAS NEXUS, 20231221
  10. Patterns of change in regulatory modules of chemical reaction systems induced by network modification, bioRxiv, 20231124
  11. Finding regulatory modules of chemical reaction systems, Physical Review Research, 20231016
  12. Information-transfer characteristics in network motifs, PHYSICAL REVIEW RESEARCH, 20230124
  13. Information-transfer characteristics in network motifs, Physical Review Research, 20230124
  14. Origin of diverse phosphorylation patterns in the ERBB system, Biophysical Journal, 202202
  15. Structural Reduction of Hypergraphs Based on Topology, Proceedings of Blockchain in Kyoto 2021 (BCK21), 20211110
  16. Flux-augmented bifurcation analysis in chemical reaction network systems, Physical Review E, 20210615
  17. Flux-augmented bifurcation analysis in chemical reaction network systems, PHYSICAL REVIEW E, 20210615
  18. Dynamic sampling bias and overdispersion induced by skewed offspring distributions, Genetics, 219巻, 4号, 20210310
  19. Diagrammatic expansion of information flows in stochastic Boolean networks, PHYSICAL REVIEW RESEARCH, 2巻, 4号, 20201229
  20. Pyrophosphate inhibits gluconeogenesis by restricting UDP-glucose formation in vivo, Scientific Reports, 20181002
  21. Structural bifurcation analysis in chemical reaction networks, Physical Review E, 20180730
  22. Sensitivity and network topology in chemical reaction systems, PHYSICAL REVIEW E, 2017
  23. Ligand-concentration sensitivity of a multi-state receptor, Arxiv, 2017
  24. Law of localization in chemical reaction networks, Arxiv, 2016
  25. Defect branes as Alice strings, JOURNAL OF HIGH ENERGY PHYSICS, 2015
  26. Emergent bubbling geometries in the plane wave matrix model, Arxiv, 2014
  27. Exact results for perturbative partition functions of theories with SU(2|4) symmetry, JOURNAL OF HIGH ENERGY PHYSICS, 2013
  28. Solving the Naturalness Problem by Baby Universes in the Lorentzian Multiverse, PROGRESS OF THEORETICAL PHYSICS, 2012
  29. Large-N reduction for N=2 quiver Chern-Simons theories on S3 and localization in matrix models, PHYSICAL REVIEW D, 2012
  30. Rotating string in doubled geometry with generalized isometries, PHYSICAL REVIEW D, 2012
  31. Evidence for duality of conifold from fundamental string, JOURNAL OF HIGH ENERGY PHYSICS, 2011
  32. A realistic extension of gauge-mediated SUSY-breaking model with superconformal hidden sector, Physics Letters B, 200903
  33. Analysis on a relation between enterprise profit and financial state by using data mining techniques, NEW FRONTIERS IN ARTIFICIAL INTELLIGENCE, 2007

受賞

  1. 2020年10月, 若手奨励賞, 日本物理学会
  2. 2020年, 研究奨励賞, 日本数理生物学会
  3. 2017年09月, 素粒子メダル奨励賞, 素粒子論委員会

外部資金

競争的資金等の採択状況

  1. 学術変革領域研究(A), ネットワーク構造から導く代謝制御ヒエラルキーと進化の数理, 2026年04月01日, 2028年03月31日
  2. 科学研究費助成事業　基盤研究(C), 過分散を伴う遺伝的浮動の進化理論と集団遺伝学的統計手法の革新, 2025年04月01日, 2028年03月31日
    関連URL
  3. 科学研究費助成事業 基盤研究(C), 情報流のパス展開理論と神経ネットワーク活動計測に基づく生物の行動決定機構の解明, 2022年04月01日, 2025年03月31日
    関連URL
  4. 科学研究費助成事業 基盤研究(C), 適応度進行波モデルと集団遺伝学に基づくクローン干渉を伴う適応進化の解明, 2022年04月01日, 2025年03月31日
    関連URL
  5. 科学研究費助成事業 基盤研究(C), 複雑ネットワーク上の情報の流れの理論構築と生物の環境適応機構の解明, 2019年04月01日, 2022年03月31日
    関連URL
  6. 科学研究費助成事業 特別研究員奨励費, 素粒子物理における「階層性・自然性問題」の超弦理論・量子重力理論による解決, 2012年, 2013年
    関連URL
  7. 基盤研究(C), 複数入力神経回路の情報流相互作用理論と線虫の超高速計測に基づく演算機構の解明, 2025年04月01日, 2028年03月31日
    関連URL