粟津 暁紀AKINORI AWAZU

Last Updated :2020/02/03

所属・職名
大学院統合生命科学研究科理学・現象数理学(数理分子)准教授
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メールアドレス
awahiroshima-u.ac.jp
自己紹介
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基本情報

主な職歴

  • 2006年11月01日, 2007年03月31日, 広島大学, 大学院理学研究科, 助手
  • 2007年04月01日, 2011年09月30日, 広島大学, 大学院理学研究科, 助教
  • 2011年10月01日, 2019年03月31日, 広島大学, 大学院理学研究科, 准教授

学歴

  • 大阪府立大学, 大学院工学研究科博士後期, 電気情報系専攻, 日本, 1999年04月, 2001年03月
  • 茨城大学, 大学院理工学研究科博士前期, 数理科学専攻, 日本, 1997年04月, 1999年03月
  • 茨城大学, 理学部, 物理学科, 日本, 1993年04月, 1997年03月

学位

  • 博士(工学)(大阪府立大学)
  • 修士(理工学)(茨城大学)

教育担当

  • 【学士課程】 理学部 : 数学科
  • 【博士課程前期】 統合生命科学研究科 : 統合生命科学専攻 : 数理生命科学プログラム
  • 【博士課程後期】 統合生命科学研究科 : 統合生命科学専攻 : 数理生命科学プログラム

研究分野

  • 生物学 / 生物科学 / 生物物理学
  • 数物系科学 / 物理学 / 生物物理・化学物理・ソフトマターの物理

研究キーワード

  • 理論生物学

所属学会

  • 日本物理学会
  • 日本生物物理学会
  • 日本植物生理学会

教育活動

授業担当

  1. 2019年, 学部専門, 4ターム, 計算数学
  2. 2019年, 学部専門, 4ターム, 計算数学演習
  3. 2019年, 学部専門, 3ターム, 非線形数理
  4. 2019年, 学部専門, セメスター(前期), 数学情報課題研究
  5. 2019年, 学部専門, セメスター(後期), 数学情報課題研究
  6. 2019年, 修士課程・博士課程前期, 2ターム, 数学概論
  7. 2019年, 修士課程・博士課程前期, セメスター(前期), 数理分子生命理学特別研究
  8. 2019年, 修士課程・博士課程前期, セメスター(後期), 数理分子生命理学特別研究
  9. 2019年, 修士課程・博士課程前期, セメスター(前期), 現象数理学セミナー
  10. 2019年, 修士課程・博士課程前期, セメスター(後期), 現象数理学セミナー
  11. 2019年, 博士課程・博士課程後期, セメスター(前期), 数理分子生命理学特別研究
  12. 2019年, 博士課程・博士課程後期, セメスター(後期), 数理分子生命理学特別研究
  13. 2019年, 博士課程・博士課程後期, セメスター(前期), 現象数理学セミナー
  14. 2019年, 博士課程・博士課程後期, セメスター(後期), 現象数理学セミナー
  15. 2019年, 修士課程・博士課程前期, 1ターム, 統合生命科学特別講義
  16. 2019年, 修士課程・博士課程前期, 1ターム, 数理計算理学概論
  17. 2019年, 修士課程・博士課程前期, 年度, 数理生命科学特別研究
  18. 2019年, 修士課程・博士課程前期, 年度, 数理生命科学特別研究
  19. 2019年, 修士課程・博士課程前期, 1ターム, 数理計算理学特別演習A
  20. 2019年, 修士課程・博士課程前期, 2ターム, 数理計算理学特別演習A
  21. 2019年, 修士課程・博士課程前期, 3ターム, 数理計算理学特別演習B
  22. 2019年, 修士課程・博士課程前期, 4ターム, 数理計算理学特別演習B
  23. 2019年, 修士課程・博士課程前期, 3ターム, 数理モデリングA
  24. 2019年, 修士課程・博士課程前期, 2ターム, 大規模計算・データ科学
  25. 2019年, 修士課程・博士課程前期, 2ターム, 数理計算理学特論A
  26. 2019年, 修士課程・博士課程前期, 4ターム, 数理計算理学特論B

研究活動

学術論文(★は代表的な論文)

  1. Establishment of knockout adult sea urchins by using a CRISPR-Cas9 system, DEVELOPMENT GROWTH & DIFFERENTIATION, 61巻, 6号, pp. 378-388, 201908
  2. ★, Insulator Activities of Nucleosome-Excluding DNA Sequences without Bound Chromatin Looping Proteins, JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B, 123巻, 5号, pp. 1035-1043, 20190207
  3. ★, Torsional Turning Motion of Chromosomes as an Accelerating Force to Align Homologous Chromosomes during Meiosis, JOURNAL OF THE PHYSICAL SOCIETY OF JAPAN, 88巻, 2号, 20190215
  4. Verification of mathematical models of response threshold through statistical characterisation of the foraging activity in ant societies, SCIENTIFIC REPORTS, 9巻, 20190620
  5. Diverse stochasticity leads a colony of ants to optimal foraging, JOURNAL OF THEORETICAL BIOLOGY, 465巻, pp. 7-16, 20190321
  6. ★, 遺伝子発現の確率性:ばらつきの特徴・背景・機能との関係, 植物科学の最前線, 10巻, pp. 3-13, 2019
  7. Chromosomal Abnormalities in Human Lymphocytes after Computed Tomography Scan Procedure, RADIATION RESEARCH, 190巻, 4号, pp. 424-432, 201810
  8. ★, Broad distribution spectrum from Gaussian to power law appears in stochastic variations in RNA-seq data, SCIENTIFIC REPORTS, 8巻, 20180529
  9. Reciprocating Motion of a Self-Propelled Rotor Induced by Forced Halt and Release Operations, JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY C, 122巻, 6号, pp. 3482-3487, 20180215
  10. ★, The 1-Particle-per-k-Nucleotides (1PkN) Elastic Network Model of DNA Dynamics with Sequence-Dependent Geometry, FRONTIERS IN PHYSIOLOGY, 8巻, 20170314
  11. A new application of the phase-field method for understanding the mechanisms of nuclear architecture reorganization, JOURNAL OF MATHEMATICAL BIOLOGY, 74巻, 1-2号, pp. 333-354, 201701
  12. ★, Prediction of nucleosome positioning by the incorporation of frequencies and distributions three different nucleotide segment lengths into a general pseudo k-tuple nucleotide composition, BIOINFORMATICS, 33巻, 1号, pp. 42-48, 20170101
  13. Dynamic changes in the interchromosomal interaction of early histone gene loci during development of sea urchin, JOURNAL OF CELL SCIENCE, 130巻, 24号, pp. 4097-4107, 201712
  14. Risk stratification of ventricular fibrillation in Brugada syndrome using noninvasive scoring methods, HEART RHYTHM, 13巻, 10号, pp. 1947-1954, 201610
  15. Cilia play a role in breaking left-right symmetry of the sea urchin embryo, GENES TO CELLS, 21巻, 6号, pp. 568-578, 201606
  16. The Flux of Euglena gracilis Cells Depends on the Gradient of Light Intensity, PLOS ONE, 11巻, 12号, 20161229
  17. ★, Excluded volume effect enhances the homology pairing of model chromosomes, IEICE NONLINEAR THEORY AND ITS APPLICATIONS, 7巻, 2号, pp. 66-75, 2016
  18. ★, Nuclear dynamical deformation induced hetero- and euchromatin positioning, PHYSICAL REVIEW E, 92巻, 3号, 20150914
  19. ★, Noise-plasticity correlations of gene expression in the multicellular organism Arabidopsis thaliana, JOURNAL OF THEORETICAL BIOLOGY, 387巻, pp. 13-22, 20151221
  20. ★, Simple Elastic Network Models for Exhaustive Analysis of Long Double-Stranded DNA Dynamics with Sequence Geometry Dependence, PLOS ONE, 10巻, 12号, 20151201
  21. ★, Segregation and phase inversion of strongly and weakly fluctuating Brownian particle mixtures and a chain of such particle mixtures in spherical containers, PHYSICAL REVIEW E, 90巻, 4号, 20141017
  22. Deterioration of the circadian variation of heart rate variability in Brugada syndrome may contribute to the pathogenesis of ventricular fibrillation, JOURNAL OF CARDIOLOGY, 64巻, 2号, pp. 133-138, 201408
  23. Localized Bioconvection Patterns and Their Initial State Dependency in Euglena gracilis Suspensions in an Annular Container, JOURNAL OF THE PHYSICAL SOCIETY OF JAPAN, 83巻, 4号, 201404
  24. Motion with Memory of a Self-Propelled Object, JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY C, 117巻, 46号, pp. 24490-24495, 20131121
  25. ★, Influences of Excluded Volume of Molecules on Signaling Processes on the Biomembrane, PLOS ONE, 8巻, 5号, 20130502
  26. Stability of transverse dunes against perturbations: A theoretical study using dune skeleton model, AEOLIAN RESEARCH, 9巻, pp. 63-68, 201306
  27. Collective motion of symmetric camphor papers in an annular water channel, PHYSICAL REVIEW E, 88巻, 1号, 20130730
  28. Swarming of self-propelled camphor boats, PHYSICAL REVIEW E, 85巻, 5号, 20120507
  29. Collective Motion and Phase Transitions of Symmetric Camphor Boats, JOURNAL OF THE PHYSICAL SOCIETY OF JAPAN, 81巻, 7号, 201207
  30. Segregation-pattern reorientation of a granular mixture on a horizontally oscillating tray, PHYSICAL REVIEW E, 85巻, 4号, 20120416
  31. Bifurcation Analysis of the Transition of Dune Shapes under a Unidirectional Wind, PHYSICAL REVIEW LETTERS, 108巻, 15号, 20120412
  32. Localized Bioconvection of Euglena Caused by Phototaxis in the Lateral Direction, JOURNAL OF THE PHYSICAL SOCIETY OF JAPAN, 80巻, 6号, 201106
  33. Effective stochastic resonance of coupled excitable elements under noise of unequal amplitude, PHYSICAL REVIEW E, 84巻, 2号, 20110824
  34. Effective stochastic resonance under noise of heterogeneous amplitude, PHYSICAL REVIEW E, 82巻, 5号, 20101117
  35. ★, Discreteness-induced slow relaxation in reversible catalytic reaction networks, PHYSICAL REVIEW E, 81巻, 5号, 201005
  36. Collective behavior of inanimate boats, PHYSICAL REVIEW E, 81巻, 5号, 201005
  37. Three-Dimensional Dune Skeleton Model as a Coupled Dynamical System of Two-Dimensional Cross Sections, JOURNAL OF THE PHYSICAL SOCIETY OF JAPAN, 79巻, 6号, 201006
  38. Saddle-node bifurcation to jammed state for quasi-one-dimensional counter-chemotactic flow, PHYSICAL REVIEW E, 82巻, 2号, 20100721
  39. ★, Ubiquitous glassy" relaxation in catalytic reaction networks", PHYSICAL REVIEW E, 80巻, 4号, 200910
  40. Counter Chemotactic Flow in Quasi-One-Dimensional Path, JOURNAL OF THE PHYSICAL SOCIETY OF JAPAN, 78巻, 7号, 200907
  41. ★, Self-organized criticality of a catalytic reaction network under flow, PHYSICAL REVIEW E, 80巻, 1号, 200907
  42. ★, Input-dependent wave propagations in asymmetric cellular automata: Possible behavior forward loop in biological reaction network, MATHEMATICAL BIOSCIENCES AND ENGINEERING, 5巻, 3号, pp. 419-427, 200807
  43. ★, Discreteness-induced transition in catalytic reaction networks, PHYSICAL REVIEW E, 76巻, 4号, 200710
  44. ★, Network structure formation in pulsating particle populations, PHYSICAL REVIEW E, 76巻, 5号, 200711

招待講演、口頭・ポスター発表等

  1. Insulator Activities of Nucleosome-Excluding DNA Sequences Without Chromatin Loop Form, Akinori Awazu, Yuki Matsushima, Naoaki Sakamo, The 57th Annual Meeting of Biophysical Society of Japan, 2019年, 招待, 英語
  2. Chromatin segregation induced by nucleus envelope dynamical deformities, THE 3RD HIROSHIMA INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON FUTURE SCIENCE "FRONTIERS IN BIOIMAGING BASED LIFE SCIENCE", 2018年, 招待, 英語
  3. 遺伝子の発現揺らぎ・発現制御・機能間関係:RNA-seqと数理モデル, 粟津暁紀,田邊章洋,神谷麻梨,手塚あゆみ,永野惇, 日本植物学会第82回大会, 2018年, 招待, 日本語
  4. RNA-seqと数理モデルによる遺伝子発現揺らぎ・発現制御・遺伝子機能間関係の考察, 粟津暁紀, 2017年度生命科学系学会合同年次大会(第40回日本分子生物学会), 2017年, 招待, 日本語
  5. Novel statistical model of fluctuating gene expression levels of Arabidopsis thaliana, 第55回日本生物物理学会年会, 2017年, 招待, 英語
  6. 染色体の局所的-大域的挙動の理論生物学, 粟津暁紀, 第39回日本分子生物学会年会, 2016年, 招待, 日本語
  7. 網膜桿体細胞における核内染色体構造形成と光情報伝達過程の数理モデル, 粟津暁紀,高本怜, 第38回日本分子生物学会, 2015年, 招待, 日本語

外部資金

競争的資金等の採択状況

  1. 科学研究費助成事業(基盤研究(C)), 染色体構造動態の核内長距離相互作用をふまえた描像の確立, 2017年, 2019年
  2. 科学研究費助成事業(新学術領域研究(研究領域提案型)), 遺伝子発現の力学的・回路的制御機構の実験・シミュレーションデータ駆動型研究, 2014年, 2015年
  3. 科学研究費助成事業(新学術領域研究(研究領域提案型)), 植物の代謝・シグナル伝達における植物ホルモン間クロストークの数理モデル化, 2013年, 2014年
  4. 科学研究費助成事業(新学術領域研究(研究領域提案型)), 細胞内反応場の実効的分子数の少数性と状態・機能最適化の統計力学的研究, 2012年, 2013年
  5. 科学研究費助成事業(若手研究(B)), 場を介して相互作用する自己駆動粒子の集団運動, 2011年, 2012年
  6. 科学研究費助成事業(基盤研究(C)), ゆらぎと多様性を含む集団のダイナミクスと機能, 2010年, 2012年
  7. 科学研究費助成事業(若手研究(B)), 化学反応ネットワーク系の応答理論構築による生体機能実現機構の解明, 2007年, 2010年