粟津 暁紀AKINORI AWAZU

Last Updated :2018/08/20

所属・職名
大学院理学研究科 数理計算理学講座 准教授
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メールアドレス
awahiroshima-u.ac.jp
自己紹介
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基本情報

主な職歴

  • 2006年11月01日, 2007年03月31日, 広島大学, 大学院理学研究科, 助手
  • 2007年04月01日, 2011年09月30日, 広島大学, 大学院理学研究科, 助教
  • 2011年10月01日, 広島大学, 大学院理学研究科, 准教授

学歴

  • 大阪府立大学, 大学院工学研究科博士後期, 電気情報系専攻, 日本, 1999年04月, 2001年03月
  • 茨城大学, 大学院理工学研究科博士前期, 数理科学専攻, 日本, 1997年04月, 1999年03月
  • 茨城大学, 理学部, 物理学科, 日本, 1993年04月, 1997年03月

学位

  • 博士(工学) (大阪府立大学)
  • 修士(理工学) (茨城大学)

教育担当

  • 理学部:数学科, 理学研究科:数理分子生命理学専攻, 理学研究科:数理分子生命理学専攻

研究分野

  • 生物学 / 生物科学 / 生物物理学

研究キーワード

  • 理論生物学

所属学会

  • 日本物理学会
  • 日本生物物理学会
  • 日本植物生理学会

教育活動

授業担当

  1. 2018年, 学部専門, 4ターム, 計算数学
  2. 2018年, 学部専門, 4ターム, 計算数学演習
  3. 2018年, 学部専門, 3ターム, 計算数理B
  4. 2018年, 学部専門, 3ターム, 非線形数理
  5. 2018年, 学部専門, セメスター(前期), 数学情報課題研究
  6. 2018年, 学部専門, セメスター(後期), 数学情報課題研究
  7. 2018年, 学部専門, セメスター(前期), 数学特別講義(DNAの高次構造と物理的特性に印された生物学的情報)
  8. 2018年, 博士課程・博士課程後期, セメスター(前期), 現象数理学セミナー
  9. 2018年, 博士課程・博士課程後期, セメスター(後期), 現象数理学セミナー
  10. 2018年, 修士課程・博士課程前期, セメスター(前期), 数理計算理学概論
  11. 2018年, 修士課程・博士課程前期, セメスター(前期), 数理分子生命理学特別研究
  12. 2018年, 修士課程・博士課程前期, セメスター(後期), 数理分子生命理学特別研究
  13. 2018年, 修士課程・博士課程前期, セメスター(前期), 現象数理学セミナー
  14. 2018年, 修士課程・博士課程前期, セメスター(後期), 現象数理学セミナー
  15. 2018年, 博士課程・博士課程後期, セメスター(前期), 数理分子生命理学特別研究
  16. 2018年, 博士課程・博士課程後期, セメスター(後期), 数理分子生命理学特別研究
  17. 2018年, 修士課程・博士課程前期, セメスター(前期), 数理分子生命理学特別講義(DNAの高次構造と物理的特性に印された生物学的情報)

研究活動

学術論文(★は代表的な論文)

  1. Broad distribution spectrum from Gaussian to power law appears in stochastic variations in RNA-seq data, SCIENTIFIC REPORTS, 8巻, MAY 29 2018
  2. The 1-Particle-per-k-Nucleotides (1PkN) Elastic Network Model of DNA Dynamics with Sequence-Dependent Geometry, FRONTIERS IN PHYSIOLOGY, 8巻, MAR 14 2017
  3. A new application of the phase-field method for understanding the mechanisms of nuclear architecture reorganization, JOURNAL OF MATHEMATICAL BIOLOGY, 74巻, 1-2号, pp.333-pp.354, JAN 2017
  4. Prediction of nucleosome positioning by the incorporation of frequencies and distributions three different nucleotide segment lengths into a general pseudo k-tuple nucleotide composition, BIOINFORMATICS, 33巻, 1号, pp.42-pp.48, JAN 1 2017
  5. Dynamic changes in the interchromosomal interaction of early histone gene loci during development of sea urchin, JOURNAL OF CELL SCIENCE, 130巻, 24号, pp.4097-pp.4107, DEC 2017
  6. Risk stratification of ventricular fibrillation in Brugada syndrome using noninvasive scoring methods, HEART RHYTHM, 13巻, 10号, pp.1947-pp.1954, OCT 2016
  7. Cilia play a role in breaking left-right symmetry of the sea urchin embryo, GENES TO CELLS, 21巻, 6号, pp.568-pp.578, JUN 2016
  8. The Flux of Euglena gracilis Cells Depends on the Gradient of Light Intensity, PLOS ONE, 11巻, 12号, DEC 29 2016
  9. Excluded volume effect enhances the homology pairing of model chromosomes, IEICE NONLINEAR THEORY AND ITS APPLICATIONS, 7巻, 2号, pp.66-pp.75, 2016
  10. Nuclear dynamical deformation induced hetero- and euchromatin positioning, PHYSICAL REVIEW E, 92巻, 3号, SEP 14 2015
  11. Noise-plasticity correlations of gene expression in the multicellular organism Arabidopsis thaliana, JOURNAL OF THEORETICAL BIOLOGY, 387巻, pp.13-pp.22, DEC 21 2015
  12. Simple Elastic Network Models for Exhaustive Analysis of Long Double-Stranded DNA Dynamics with Sequence Geometry Dependence, PLOS ONE, 10巻, 12号, DEC 1 2015
  13. Segregation and phase inversion of strongly and weakly fluctuating Brownian particle mixtures and a chain of such particle mixtures in spherical containers, PHYSICAL REVIEW E, 90巻, 4号, OCT 17 2014
  14. Deterioration of the circadian variation of heart rate variability in Brugada syndrome may contribute to the pathogenesis of ventricular fibrillation, JOURNAL OF CARDIOLOGY, 64巻, 2号, pp.133-pp.138, AUG 2014
  15. Localized Bioconvection Patterns and Their Initial State Dependency in Euglena gracilis Suspensions in an Annular Container, JOURNAL OF THE PHYSICAL SOCIETY OF JAPAN, 83巻, 4号, APR 2014
  16. Motion with Memory of a Self-Propelled Object, JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY C, 117巻, 46号, pp.24490-pp.24495, NOV 21 2013
  17. Influences of Excluded Volume of Molecules on Signaling Processes on the Biomembrane, PLOS ONE, 8巻, 5号, MAY 2 2013
  18. Stability of transverse dunes against perturbations: A theoretical study using dune skeleton model, AEOLIAN RESEARCH, 9巻, pp.63-pp.68, JUN 2013
  19. Collective motion of symmetric camphor papers in an annular water channel, PHYSICAL REVIEW E, 88巻, 1号, JUL 30 2013
  20. Swarming of self-propelled camphor boats, PHYSICAL REVIEW E, 85巻, 5号, MAY 7 2012
  21. Collective Motion and Phase Transitions of Symmetric Camphor Boats, JOURNAL OF THE PHYSICAL SOCIETY OF JAPAN, 81巻, 7号, JUL 2012
  22. Segregation-pattern reorientation of a granular mixture on a horizontally oscillating tray, PHYSICAL REVIEW E, 85巻, 4号, APR 16 2012
  23. Bifurcation Analysis of the Transition of Dune Shapes under a Unidirectional Wind, PHYSICAL REVIEW LETTERS, 108巻, 15号, APR 12 2012
  24. Localized Bioconvection of Euglena Caused by Phototaxis in the Lateral Direction, JOURNAL OF THE PHYSICAL SOCIETY OF JAPAN, 80巻, 6号, JUN 2011
  25. Effective stochastic resonance of coupled excitable elements under noise of unequal amplitude, PHYSICAL REVIEW E, 84巻, 2号, AUG 24 2011
  26. Effective stochastic resonance under noise of heterogeneous amplitude, PHYSICAL REVIEW E, 82巻, 5号, NOV 17 2010
  27. Discreteness-induced slow relaxation in reversible catalytic reaction networks, PHYSICAL REVIEW E, 81巻, 5号, MAY 2010
  28. Collective behavior of inanimate boats, PHYSICAL REVIEW E, 81巻, 5号, MAY 2010
  29. Three-Dimensional Dune Skeleton Model as a Coupled Dynamical System of Two-Dimensional Cross Sections, JOURNAL OF THE PHYSICAL SOCIETY OF JAPAN, 79巻, 6号, JUN 2010
  30. Saddle-node bifurcation to jammed state for quasi-one-dimensional counter-chemotactic flow, PHYSICAL REVIEW E, 82巻, 2号, JUL 21 2010
  31. Ubiquitous glassy" relaxation in catalytic reaction networks", PHYSICAL REVIEW E, 80巻, 4号, OCT 2009
  32. Counter Chemotactic Flow in Quasi-One-Dimensional Path, JOURNAL OF THE PHYSICAL SOCIETY OF JAPAN, 78巻, 7号, JUL 2009
  33. Self-organized criticality of a catalytic reaction network under flow, PHYSICAL REVIEW E, 80巻, 1号, JUL 2009
  34. Input-dependent wave propagations in asymmetric cellular automata: Possible behavior forward loop in biological reaction network, MATHEMATICAL BIOSCIENCES AND ENGINEERING, 5巻, 3号, pp.419-pp.427, JUL 2008
  35. Discreteness-induced transition in catalytic reaction networks, PHYSICAL REVIEW E, 76巻, 4号, OCT 2007
  36. Network structure formation in pulsating particle populations, PHYSICAL REVIEW E, 76巻, 5号, NOV 2007
  37. Influences of excluded volume of molecules on signaling processes on the biomembrane., Influences of excluded volume of molecules on signaling processes on the biomembrane., 8巻, 5号, 2013
  38. Segregation and phase inversion of strongly and weakly fluctuating Brownian particle mixtures and a chain of such particle mixtures in spherical containers., Segregation and phase inversion of strongly and weakly fluctuating Brownian particle mixtures and a chain of such particle mixtures in spherical containers., 90巻, 4号, 2014
  39. Deterioration of the circadian variation of heart rate variability in Brugada syndrome may contribute to the pathogenesis of ventricular fibrillation., Journal of cardiology, 64巻, 2号, 2014
  40. Discreteness-induced slow relaxation in reversible catalytic reaction networks., Discreteness-induced slow relaxation in reversible catalytic reaction networks., 81巻, 5 Pt 1号, 2010
  41. Ubiquitous "glassy" relaxation in catalytic reaction networks., Ubiquitous "glassy" relaxation in catalytic reaction networks., 80巻, 4 Pt 1号, 2009
  42. Self-organized criticality of a catalytic reaction network under flow., Self-organized criticality of a catalytic reaction network under flow., 80巻, 1 Pt 1号, 2009
  43. Input-dependent wave propagations in asymmetric cellular automata: possible behaviors of feed-forward loop in biological reaction network., Input-dependent wave propagations in asymmetric cellular automata: possible behaviors of feed-forward loop in biological reaction network., 5巻, 3号, 2008
  44. Network structure formation in pulsating particle populations., Network structure formation in pulsating particle populations., 76巻, 5 Pt 2号, 2007
  45. Discreteness-induced transition in catalytic reaction networks., Discreteness-induced transition in catalytic reaction networks., 76巻, 4 Pt 1号, 2007

外部資金

競争的資金等の採択状況

  1. 科学研究費助成事業(新学術領域研究(研究領域提案型)), 遺伝子発現の力学的・回路的制御機構の実験・シミュレーションデータ駆動型研究, 2014年, 2015年
  2. 科学研究費助成事業(新学術領域研究(研究領域提案型)), 植物の代謝・シグナル伝達における植物ホルモン間クロストークの数理モデル化, 2013年, 2014年
  3. 科学研究費助成事業(新学術領域研究(研究領域提案型)), 細胞内反応場の実効的分子数の少数性と状態・機能最適化の統計力学的研究, 2012年, 2013年
  4. 科学研究費助成事業(若手研究(B)), 場を介して相互作用する自己駆動粒子の集団運動, 2011年, 2012年
  5. 科学研究費助成事業(基盤研究(C)), ゆらぎと多様性を含む集団のダイナミクスと機能, 2010年, 2012年
  6. 科学研究費助成事業(若手研究(B)), 化学反応ネットワーク系の応答理論構築による生体機能実現機構の解明, 2007年, 2010年
  7. 科学研究費助成事業(基盤研究(C)), 染色体構造動態の核内長距離相互作用をふまえた描像の確立, 2017年, 2019年