菊池 裕YUTAKA KIKUCHI

Last Updated :2022/12/02

所属・職名
大学院統合生命科学研究科 教授
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メールアドレス
yutakahiroshima-u.ac.jp

基本情報

学位

  • 博士(農学) (東京大学)

研究分野

  • 情報学 / 情報学フロンティア / 生命・健康・医療情報学
  • 総合生物 / 腫瘍学 / 腫瘍生物学
  • 総合生物 / ゲノム科学 / ゲノム生物学

研究キーワード

  • バイオインフォマティクス、イメージング、ガン、エピジェネティクス

所属学会

  • 日本分子生物学会
  • 日本癌学会

教育活動

授業担当

  1. 2022年, 教養教育, 3ターム, 生物学入門
  2. 2022年, 学部専門, 4ターム, 生物科学概説B
  3. 2022年, 教養教育, 2ターム, 教養ゼミ
  4. 2022年, 学部専門, セメスター(後期), 生物科学英語演習
  5. 2022年, 学部専門, 2ターム, 先端生物学
  6. 2022年, 学部専門, 2ターム, 発生生物学B
  7. 2022年, 学部専門, セメスター(後期), 発生生物学演習
  8. 2022年, 学部専門, セメスター(前期), 卒業研究
  9. 2022年, 学部専門, セメスター(後期), 卒業研究
  10. 2022年, 学部専門, セメスター(前期), 生物科学基礎実験III
  11. 2022年, 学部専門, セメスター(後期), 生物科学基礎実験IV
  12. 2022年, 学部専門, 4ターム, 情報生物学
  13. 2022年, 博士課程・博士課程後期, セメスター(前期), 発生生物学演習
  14. 2022年, 博士課程・博士課程後期, セメスター(後期), 発生生物学演習
  15. 2022年, 修士課程・博士課程前期, 2ターム, 生命科学社会実装論
  16. 2022年, 修士課程・博士課程前期, 1ターム, 基礎生物学特別演習A
  17. 2022年, 修士課程・博士課程前期, 2ターム, 基礎生物学特別演習A
  18. 2022年, 修士課程・博士課程前期, 3ターム, 基礎生物学特別演習B
  19. 2022年, 修士課程・博士課程前期, 4ターム, 基礎生物学特別演習B
  20. 2022年, 修士課程・博士課程前期, 年度, 基礎生物学特別研究
  21. 2022年, 修士課程・博士課程前期, 4ターム, セルダイナミクス・ゲノミクス学特論
  22. 2022年, 博士課程・博士課程後期, 年度, 統合生命科学特別研究
  23. 2022年, 博士課程・博士課程後期, 年度, 統合生命科学特別研究
  24. 2022年, 修士課程・博士課程前期, 3ターム, 生命医科学セミナー A
  25. 2022年, 修士課程・博士課程前期, 3ターム, 生命医科学セミナー B
  26. 2022年, 修士課程・博士課程前期, 3ターム, 疾患モデル生物概論
  27. 2022年, 博士課程・博士課程後期, 3ターム, 生命医科学セミナーC
  28. 2022年, 博士課程・博士課程後期, 3ターム, 生命医科学セミナーD
  29. 2022年, 博士課程・博士課程後期, 3ターム, 生命医科学セミナーE

研究活動

学術論文(★は代表的な論文)

  1. Radiomic Analysis for Pretreatment Prediction of Recurrence Post-Radiotherapy in Cervical Squamous Cell Carcinoma Cancer, Diagnostics, 12巻, 10号, pp. 2346, 20220928
  2. ★, Understanding Breast Cancers through Spatial and High-Resolution Visualization Using Imaging Technologies, Cancers, 14巻, 17号, pp. 4080, 20220823
  3. ★, Methylome data derived from maternal-zygotic DNA methyltransferase 3aa−/− zebrafish, Data in Brief, in press巻, 20220805
  4. ★, Analysis of Melanoma Gene Expression Signatures at the Single-Cell Level Uncovers 45-Gene Signature Related to Prognosis, Biomedicines, 10巻, 7号, pp. 1478, 20220622
  5. ★, Identification of aberrant transcription termination at specific gene loci with DNA hypomethylated transcription termination sites caused by DNA methyltransferase deficiency, Genes & Genetic Systems, in press巻, 20220618
  6. ★, 3D in vitro co-culture disc for spatiotemporal image analysis of cancer-stromal cell interaction, BIOMATERIALS SCIENCE, 9巻, 12号, pp. 4448-4458, 20210621
  7. ★, Identification of transcription termination defects at DNA hypomethylated transcription termination sites in DNA methyltransferase 3a-deficient vertebrates., bioRxiv, 20210813
  8. Anticancer polymers designed for killing dormant prostate cancer cells, SCIENTIFIC REPORTS, 9巻, 20190131
  9. The N-terminal domain of gastrulation brain homeobox 2 (Gbx2) is required for iridophore specification in zebrafish., Biochemical and Biophysical Research Communications, 502巻, pp. 104-109, 20180701
  10. ★, Leucine/glutamine and v-ATPase/lysosomal acidification via mTORC1 activation are required for position-dependent regeneration., Scientific Reports, 8巻, 1号, pp. 8278, 20180329
  11. Unusual light-reflecting pigment cells appear in the Xenopus neural tube culture system in the presence of guanosine., Tissue and Cell, 54巻, pp. 55-58, 20180809
  12. Histone H3 lysine 27 trimethylation leads to loss of mesendodermal competence during gastrulation in zebrafish ectodermal cells., Zoological Science, 34巻, pp. 64-71, 20170201
  13. Magnetically tunable control of light reflection in an unusual optical protein of squid., AIP ADVANCES, 7巻, pp. 056722-056722-6, 201702
  14. A limited role for zebrafish Planar Cell Polarity during early endoderm morphogenesis., Biology Open, 6巻, pp. 531-539, 201703
  15. Sfrp5 identifies murine cardiac progenitors for all myocardial structures except for the right ventricle., Nature Communications, 8巻, pp. 14664, 201703
  16. ★, Nuclear movement regulated by non-Smad Nodal signaling via JNK is associated with Smad signal transduction during zebrafish endoderm specification., Development, 144巻, 21号, pp. 4015-4025, 20171101
  17. Temporal effects of Notch signaling and potential cooperation with multiple downstream effectors on adenohypophysis cell specification in zebrafish, Gnens to Cells, 21巻, 5号, pp. 492-504, 201603
  18. Expression patterns of dnmt3aa, dnmt3ab, and dnmt4 during development and fin regeneration in zebrafish, Gene Expression Patterns, 14巻, 2号, pp. 105-110, 201403
  19. ★, Nipbl and Mediator Cooperatively Regulate Gene Expression to Control Limb Development, PLOS Genetics, 10巻, 9号, pp. e1004671, 201409
  20. Decrease in cytosine methylation at CpG island shores and increase in DNA fragmentation during zebrafish aging, Age, 36巻, 1号, pp. 103-115, 201402
  21. ★, Mechanistic target of rapamycin complex 1 signaling regulates cell proliferation, cell survival, and differentiation in regenerating zebrafish fins, BMC Developmental Biology, 14巻, pp. 42, 20141206
  22. No Evidence for AID/MBD4-Coupled DNA Demethylation in Zebrafish Embryos, PLOS ONE, 9巻, 12号, pp. e114816, 20141223
  23. ★, Ddx46 Is Required for Multi-Lineage Differentiation of Hematopoietic Stem Cells in Zebrafish, Stem Cells and Development, 22巻, 18号, pp. 2532-2542, 20130915
  24. ★, Transient reduction of 5-methylcytosine and 5-hydroxymethylcytosine is associated with active DNA demethylation during regeneration of zebrafish fin, Epigenetics, 8巻, 9号, pp. 899-906, 20130901
  25. DEAD-Box Protein Ddx46 Is Required for the Development of the Digestive Organs and Brain in Zebrafish, PLOS ONE, 7巻, 3号, 20120319
  26. Expression patterns of lgr4 and lgr6 during zebrafish development, Gene Expression Patterns, 11巻, 7号, pp. 378-383, 201110
  27. Zebrafish Dmrta2 regulates neurogenesis in the telencephalon, Genes to Cells, 16巻, 11号, pp. 1097-1109, 201111
  28. Cyp26 enzymes function in endoderm to regulate pancreatic field size, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 106巻, 19号, pp. 7864-7869, 20090512
  29. Identification and characterization of nucleoplasmin 3 as a histone-binding protein in embryonic stem cells, Development Growth & Differentiation, 50巻, 5号, pp. 307-320, 200806
  30. Extensive expansion and diversification of the chemokine gene family in zebrafish: Identification of a novel chemokine subfamily CX, BMC Genomics, 9巻, 20080515
  31. ★, Sdf1/Cxcr4 signaling controls the dorsal migration of endodermal cells during zebrafish gastrulation, Development, 135巻, 15号, pp. 2521-2529, 20080801
  32. Translational enhancement of recombinant protein synthesis in transgenic silkworms by a 5 '-untranslated region of polyhedrin gene of Bombyx mori Nucleopolyhedrovirus, Journal of Bioscience and Bioengineering, 105巻, 6号, pp. 595-603, 200806
  33. Mtx2 directs zebrafish morphogenetic movements during epiboly by regulating microfilament formation., Developmental Biology, 314号, pp. 12-22, 200802
  34. Identification and characterization of nucleoplasmin 3 as a histone-binding protein in embryonic stem cells, Development, growth & differentiation, 50巻, 5号, pp. 307-320, 20080601
  35. Initial specification of the epibranchial placode in zebrafish embryos depends on the fibroblast growth factor signal., Developmental Dynamics, 236巻, pp. 564-571, 200702
  36. Fgf signaling negatively regulates Nodal-dependent endoderm induction in zebrafish., Developmental biology, 300巻, 2号, 200612
  37. The yolk syncytial layer regulates myocardial migration by influencing extracellular matrix assembly in zebrafish., Development, 133巻, 20号, pp. 4063-4072, 200610
  38. ★, Eomesodermin is a localized maternal determinant required for endoderm induction in zebrafish., Developmental Cell, 9巻, pp. 523-533, 200510
  39. Notch signaling can regulate endoderm formation in zebrafish., Developmental Dynamics, 229巻, 4号, pp. 756-762, 200404
  40. ★, The POU domain protein spg (pou2/Oct4) is essential for endoderm formation in cooperation with the HMG domain protein casanova., Developmental Cell, 6巻, pp. 91-101, 200401
  41. ★, casanova encodes a novel Sox-related protein necessary and sufficient for early endoderm formation in zebrafish., Genes & Development, 15巻, pp. 1493-1505, 200106
  42. Multiple roles for Gata5 in zebrafish endoderm formation., Development, 128巻, pp. 125-135, 200101
  43. Functional repression of Islet-2 by disruption of complex with Ldb impairs pripheral axonal outgrowth in embryonic zebrafish., Neuron, 30巻, pp. 423-436, 200103
  44. Molecular diversity in zebrafish NCAM family: three members with different VASE usage and distinct localization., Molecular and Cellular Neuroscience, 18巻, pp. 119-130, 200107
  45. Two zebrafish (Danio rerio) antizymes with different expression and activities., Biochemical Journal, 345巻, pp. 99-106, 200001
  46. ★, The zebrafish bonnie and clyde gene encodes a Mix family homeodomain protein that regulates the generation of endodermal precursors. , Genes & Development, 14巻, pp. 1279-1289, 200005
  47. Compartmentalized expression of zebrafish ten-m3 and ten-m4, homologues of the Drosophila tenm/odd Oz gene, in the central nervous system., Mechanisms of Development, 87巻, pp. 223-227, 199909
  48. ★, Ocular and cerebellar defects in zebrafish induced by overexpression of the LIM domains of the Islet-3 LIM/homeodomain protein., Neuron, 18巻, pp. 369-382, 199703
  49. Mermaid : A family of short interspersed repetitive elements widespread in vertebrates., Biochemical and Biophysical Research Communications, 220巻, pp. 226-232, 199603
  50. Mermaid, A family of short interspersed repetitive element, is useful for the zebrafish genome mapping., Biochemical and Biophysical Research Communications, 220巻, pp. 233-237, 199603
  51. Pseudomonas fluorescens KKL101, a benzoic acid degrader in a mixed culture that degrades biphenyl and polychlorinated biphenyls., Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry, 59巻, pp. 2303-2304, 199512
  52. Identification of the bphA and bphB genes of Pseudomonas sp. strain KKS102 involved in degradation of biphenyl and polychlorinated biphenyls., Biochemical and Biophysical Research Communications, 202巻, pp. 850-856, 199407
  53. ★, Identification of the bphA4 gene encoding ferredoxin reductase involved in biphenyl and polychlorinated biphenyl degradation in Pseudomonas sp. strain KKS102., Journal of Bacteriology, 176巻, pp. 1689-1694, 199403
  54. ★, Nucleotide sequence and functional analysis of the meta-cleavage pathway involved in biphenyl and polychlorinated biphenyl degradation in Pseudomonas sp. strain KKS102., Journal of Bacteriology, 176巻, pp. 4269-4276, 199407

招待講演、口頭・ポスター発表等

  1. Correlation between nuclear membrane-less organelle positioning in the nucleus and chromatin rheology., 奈良拓也, 高橋治子、菊池 裕, 2022 年日本バイオインフォマティクス学会年会・第 11 回生命医薬情報学連合大会, 2022年09月15日, 招待, 日本語, 日本バイオインフォマティクス学会, 大阪
  2. Engineering-assisted muscle-tendon assemble organoids (assembloids) for analysis of musculotendinous junction formation mechanism., Haruko Takahashi, Shin-Yu Lee, Ikkei Kumoyama, Ruolin Hao, Hikaru Ikeda, Mingcong Xu, Mototsugu Eiraku, Yutaka Kikuchi, 第44回 日本分子生物学会年会, 2021年12月03日, 招待, 英語
  3. 哺乳類における運動器の筋―腱接合部の形成と成熟機構の統合的理解, 高橋 治子, 山本 泰久、雲山 一慧、池田 皓、Mingcong Xu、菊池 裕, 第43回日本分子生物学会年会, 2020年12月04日, 招待, 英語, 日本分子生物学会, オンライン開催
  4. 3次元in vitro培養系によるがん微小環境理解のための組織構成的アプローチ, 高橋 治子, 菊池 裕, 第42回日本分子生物学会年会, 2019年12月03日, 招待, 日本語, 日本分子生物学会, 福岡国際会議場・福岡サンパレス ホテル&ホール・マリンメッセ福岡
  5. 沖縄科学技術大学院大学 セミナー, 2018年09月12日, 招待, 英語, 沖縄科学技術大学院大学 神経発生ユニット, 沖縄科学技術大学院大学
  6. 沖縄科学技術大学院大学 セミナー, 2018年09月11日, 招待, 英語, 沖縄科学技術大学院大学 神経発生ユニット, 沖縄科学技術大学院大学
  7. 炎症が引き起こす再生・癌化―脱分化・初期化の役割―, 菊池 裕, 日本臓器製薬株式会社セミナー, 2016年09月16日, 招待, 日本語
  8. 脊椎動物の中内胚葉分離における時空間的制御機構の解析, 菊池 裕, 穂積俊矢,青木 駿, 第88回日本遺伝学会大会ワークショップ, 2016年09月07日, 招待, 日本語, 日本遺伝学会, 日本大学国際関係学部 三島駅北口校舎
  9. ゼブラフィッシュ尾ビレ再生におけるmTORC1の機能解析, 菊池 裕, 廣瀬健太郎,高山和也,塩見太志,穂積俊矢, 第38回日本分子生物学会年会ワークショップ, 2015年12月04日, 招待, 日本語, 日本分子生物学会, 神戸ポートアイランド
  10. 脊椎動物の中内胚葉分離における時空間的制御機構の解析, 穂積俊矢, 青木 駿,菊池 裕, 第38回日本分子生物学会年会ワークショップ, 2015年12月03日, 招待, 日本語, 日本分子生物学会, 神戸ポートアイランド
  11. 脊椎動物の中内胚葉分離における時空間的制御機構の解析, 穂積俊矢, 青木 駿,菊池 裕, 第87回日本遺伝学会, 2015年09月26日, 通常, 日本語, 日本遺伝学会, 宮城県仙台市(東北大学)
  12. 三胚葉分化過程における細胞運命決定の可塑性制御機構の解明, 塩見太志, 武藤彰彦,木村 宏,菊池 裕, 第87回日本遺伝学会, 2015年09月26日, 通常, 日本語, 日本遺伝学会, 宮城県仙台市(東北大学)
  13. ゼブラフィッシュの尾びれ再生における位置特異的再生機能の解析, 髙山和也, 菊池 裕, 第86回日本動物学会, 2015年09月17日, 通常, 日本語, 日本動物学会, 新潟県新潟市(朱鷺メッセ)
  14. 四肢発生過程における染色体高次構造形成を介した遺伝子発現調節機構, 武藤彰彦, 池田晋悟,Lopez-Burks Martha, 菊池 裕,Calof Anne, Lander Arthur, Schilling Thomas, 第37回日本分子生物学会年会ワークショップ, 2014年11月27日, 招待, 日本語, 日本分子生物学会, パシフィコ横浜
  15. 遺伝子発現制御解析による細胞可塑性コントロール機構の解明, 菊池 裕, 穂積 俊矢,宮本 良祐,粂 昭苑, 第87回日本生化学会年会シンポジウム, 2014年10月16日, 招待, 日本語, 日本生化学会, 国立京都国際会館
  16. 四肢発生過程における染色体高次構造形成を介した遺伝子発現調節機構, 武藤彰彦, 池田晋悟,Lopez-Burks Martha, 菊池裕,Calof Anne, Lander Arthur, Schilling Thomas, 第86回日本遺伝学会, 2014年09月19日, 通常, 日本語, 日本遺伝学会, 滋賀県長浜市(長浜バイオ大学)
  17. bHLH型転写因子による神経細胞での内胚葉・中胚葉性遺伝子発現誘導機構の解明, 穂積俊矢, 宮本良祐,粂昭苑,菊池裕, 第86回日本遺伝学会, 2014年09月18日, 通常, 日本語, 日本遺伝学会
  18. ゼブラフィッシュHer4, Hey1は,Notchシグナルの下流因子として体節形成期後期で発現し脳下垂体形成を制御している, 中原良成, 武藤彰彦,粂昭苑,佐久間哲史,山本卓,菊池裕, 第86回日本遺伝学会, 2014年09月18日, 通常, 日本語, 日本遺伝学会, 滋賀県長浜市(長浜バイオ大学)
  19. 初期発生過程における細胞運命決定の可塑性制御機構の解明, 塩見太志, 武藤彰彦,木村 宏,菊池裕, 第86回日本遺伝学会, 2014年09月18日, 通常, 日本語, 日本遺伝学会, 滋賀県長浜市(長浜バイオ大学)
  20. ゼブラフィッシュの発生・再生過程におけるマウスdnmt3相同遺伝子の発現・機能解析, 髙山和也, 下田修義,高永俊祐,穂積俊矢,菊池裕, 第86回日本遺伝学会, 2014年09月18日, 通常, 日本語, 日本遺伝学会, 滋賀県長浜市(長浜バイオ大学)
  21. AIDとMBD4による脱メチル化はゼブラフィッシュ胚で起こるのか?, 菊池裕, 下田修義,廣瀬健太朗,井澤俊明,横井勇人,橋本有弘, 第86回日本遺伝学会, 2014年09月17日, 通常, 日本語, 日本遺伝学会, 滋賀県長浜市(長浜バイオ大学)
  22. ターゲットオブラパマイシン複合体1(TORC1)は,ゼブラフィッシュ尾ビレ再生を制御する, 廣瀬健太朗, 塩見太志,穂積俊矢,菊池裕, 2014年09月11日, 通常, 日本語, 日本動物学会, 宮城県仙台市(東北大学)
  23. ゼブラフィッシュの発生・再生過程におけるマウスdnmt3相同遺伝子の発現・機能解析, 髙山和也, 下田修義,高永俊祐,穂積俊矢,菊池裕, 第66回日本動物学会中国四国支部大会, 2014年05月11日, 通常, 日本語, 日本動物学会中国四国支部, 岡山県岡山市(岡山理科大)
  24. ゼブラフィッシュ尾ビレ再生における脱分化機構の解析, 菊池 裕, 廣瀬健太朗, 塩見大志, 穂積俊矢, 第119回日本解剖学会総会シンポジウム招待講演, 2014年03月27日, 招待, 日本語, 日本解剖学会, 自治医科大学
  25. ゼブラフィッシュ尾ビレ再生におけるDNAメチル化の変化, 廣瀬健太朗, 下田修義, 菊池 裕, 日本動物学会第83回大会シンポジウム, 2012年09月14日, 招待, 日本語, 日本動物学会, 大阪大学豊中キャンパス

受賞

  1. 2016年07月31日, 平成27年度特別研究員等審査会専門委員(書面担当)及び国際事業委員会書面審査員表彰, 独立行政法人日本学術振興会理事長

外部資金

競争的資金等の採択状況

  1. JST CREST, 魚のバイオリフレクターで創るバイオ・光デバイス融合技術の開発, 2016年