藤井 雅史MASASHI FUJII

Last Updated :2024/06/04

所属・職名
大学院統合生命科学研究科 助教
ホームページ
メールアドレス
m-fujii0123hiroshima-u.ac.jp
自己紹介
原子・分子から細胞・組織といった多階層にまたがるスケールのシミュレーションと統計解析を専門としています。時間的・空間的・実験的に直接観察が困難な現象に対するモデル構築によって、新たな発見に繋げます!

基本情報

主な職歴

  • 2010年04月01日, 2013年03月31日, 日本学術振興会, 特別研究員DC1
  • 2013年04月01日, 2014年03月31日, 東京大学, 理学系研究科生物化学専攻, 特任研究員
  • 2014年04月01日, 2016年11月30日, 東京大学, 理学系研究科生物科学専攻, 特任助教
  • 2016年12月01日, 2019年03月31日, 東京大学, 理学系研究科附属遺伝子実験施設, 助教
  • 2019年04月01日, 広島大学, 統合生命科学研究科, 助教

学歴

  • 広島大学, 大学院理学研究科博士課程後期, 数理分子生命理学専攻, 日本, 2010年04月01日, 2013年03月23日
  • 広島大学, 大学院理学研究科博士課程前期, 数理分子生命理学専攻, 日本, 2008年04月01日, 2010年03月23日
  • 広島大学, 理学部, 数学科, 日本, 2004年04月, 2008年03月

学位

  • 修士(理学) (広島大学)
  • 博士(理学) (広島大学)

教育担当

  • 【学士課程】 理学部 : 数学科 : 数学プログラム
  • 【博士課程前期】 統合生命科学研究科 : 統合生命科学専攻 : 数理生命科学プログラム
  • 【博士課程後期】 統合生命科学研究科 : 統合生命科学専攻 : 数理生命科学プログラム

担当主専攻プログラム

  • 数学プログラム
  • 生命科学プログラム

研究分野

  • 数物系科学 / 物理学 / 生物物理・化学物理・ソフトマターの物理
  • 総合生物 / ゲノム科学 / システムゲノム科学
  • 情報学 / 人間情報学 / 感性情報学
  • 生物学 / 生物科学 / 生物物理学

研究キーワード

  • 理論生物物理学
  • システム生物学

所属学会

教育活動

授業担当

  1. 2024年, 学部専門, 2ターム, 数式処理演習
  2. 2024年, 学部専門, 4ターム, 計算数学演習
  3. 2024年, 学部専門, 1ターム, 計算数理A演習
  4. 2024年, 学部専門, セメスター(前期), 数学情報課題研究
  5. 2024年, 学部専門, セメスター(後期), 数学情報課題研究
  6. 2024年, 修士課程・博士課程前期, 3ターム, 生命科学研究法
  7. 2024年, 修士課程・博士課程前期, 年度, 数理生命科学特別研究
  8. 2024年, 修士課程・博士課程前期, 1ターム, 計算数理科学A
  9. 2024年, 修士課程・博士課程前期, 2ターム, 数理計算理学特論C
  10. 2024年, 修士課程・博士課程前期, 4ターム, 数理計算理学特論D
  11. 2024年, 修士課程・博士課程前期, セメスター(前期), 数理計算理学特別演習A
  12. 2024年, 修士課程・博士課程前期, セメスター(後期), 数理計算理学特別演習B

研究活動

学術論文(★は代表的な論文)

  1. Characteristic growth of chemical gardens from mixtures of two salts, Physical Chemistry Chemical Physics, 25巻, 18号, pp. 12974-12978, 20230510
  2. Identification of aberrant transcription termination at specific gene loci with DNA hypomethylated transcription termination sites caused by DNA methyltransferase deficiency, Genes & Genetic Systems, 97巻, 3号, pp. 139-152, 202206
  3. Methylome data derived from maternal-zygotic DNA methyltransferase 3aa(-/-) zebrafish, Data in Brief, 44巻, 202210
  4. In vivo transomic analyses of glucose-responsive metabolism in skeletal muscle reveal core differences between the healthy and obese states, Scientific Reports, 12巻, 1号, 2022
  5. Epigenetic-structural changes in X chromosomes promote Xic pairing during early differentiation of mouse embryonic stem cells, Biophysics and Physicobiology, 19巻, 2022
  6. Partial exogastrulation due to apical-basal polarity of F-actin distribution disruption in sea urchin embryo by omeprazole., Genes to cells : devoted to molecular & cellular mechanisms, 27巻, 6号, pp. 1-17, 2022
  7. Mathematical model of chromosomal dynamics during DNA double strand break repair in budding yeast, Biophysics and Physicobiology, 19巻, 2022
  8. Self-Organization of Diverse Directional Hierarchical Networks in Simple Coupled Maps with Connection Changes, Journal of The Physical Society of Japan, 91巻, 2号, 20220215
  9. Four features of temporal patterns characterize similarity among individuals and molecules by glucose ingestion in humans, npj Systems Biology and Applications, 8巻, 1号, 20220208
  10. Fat Induces Glucose Metabolism in Nontransformed Liver Cells and Promotes Liver Tumorigenesis., Cancer research, 81巻, 8号, pp. 1988-2001, 2021
  11. Trans-omic Analysis Reveals ROS-Dependent Pentose Phosphate Pathway Activation after High-Frequency Electrical Stimulation in C2C12 Myotubes, iScience, 23巻, 10号, pp. 101558, 20201023
  12. Trans-omic analysis reveals obesity-associated dysregulation of inter-organ metabolic cycles between the liver and skeletal muscle., iScience, 24巻, 3号, 2021
  13. Transomics analysis reveals allosteric and gene regulation axes for altered hepatic glucose-responsive metabolism in obesity, Science Signaling, 13巻, 660号, 20201201
  14. Spontaneous Organizations of Diverse Network Structures in Coupled Logistic Maps with a Delayed Connection Change, Journal of The Physical Society of Japan, 89巻, 11号, 20201115
  15. Monitoring and mathematical modeling of mitochondrial ATP in myotubes at single-cell level reveals two distinct population with different kinetics, Quantitative Biology, 8巻, 3号, pp. 228-237, 202009
  16. Single-Cell Information Analysis Reveals That Skeletal Muscles Incorporate Cell-to-Cell Variability as Information Not Noise, Cell Reports, 32巻, 9号, 20200901
  17. Affinity of rhodopsin to raft enables the aligned oligomer formation from dimers: Coarse-grained molecular dynamics simulation of disk membranes., PloS one, 15巻, 2号, 2020
  18. Ultrasensitive Change in Nucleosome Binding by Multiple Phosphorylations to the Intrinsically Disordered Region of the Histone Chaperone FACT, Journal of Molecular Biology, 432巻, 16号, pp. 4637-4657, 20200724
  19. Robustness against additional noise in cellular information transmission., Physical review. E, 100巻, 4-1号, pp. 042403, 2019
  20. Logical design of oral glucose ingestion pattern minimizing blood glucose in humans., npj Systems Biology and Applications, 5巻, pp. 31, 2019
  21. NMDAR-Mediated Ca2+ Increase Shows Robust Information Transfer in Dendritic Spines., Biophysical journal, 116巻, 9号, pp. 1748-1758, 2019
  22. Increase in hepatic and decrease in peripheral insulin clearance characterize abnormal temporal patterns of serum insulin in diabetic subjects., NPJ systems biology and applications, 4巻, 1号, pp. 14, 2018
  23. Reconstruction of global regulatory network from signaling to cellular functions using phosphoproteomic data., Genes to cells : devoted to molecular & cellular mechanisms, 24巻, 1号, pp. 82-93, 2019
  24. Trans-omic Analysis Reveals Selective Responses to Induced and Basal Insulin across Signaling, Transcriptional, and Metabolic Networks., iScience, 7巻, pp. 212-229, 2018
  25. System identification of signaling dependent gene expression with different time-scale data., PLoS computational biology, 13巻, 12号, pp. e1005913, 2017
  26. Small-Volume Effect Enables Robust, Sensitive, and Efficient Information Transfer in the Spine, Biophysical Journal, 112巻, 4号, pp. 813-826, 2017
  27. Selective control of up-regulated and down-regulated genes by temporal patterns and doses of insulin., Science signaling, 9巻, 455号, pp. ra112, 2016
  28. Laguerre Filter Analysis with Partial Least Square Regression Reveals a Priming Effect of ERK and CREB on c-FOS Induction., PloS one, 11巻, 8号, pp. e0160548, 2016
  29. Glucose Homeostatic Law: Insulin Clearance Predicts the Progression of Glucose Intolerance in Humans., PloS one, 10巻, 12号, pp. e0143880, 2015
  30. Stochasticity in Ca2+ increase in spines enables robust and sensitive information coding., PloS one, 9巻, 6号, pp. e99040, 2014
  31. Influences of Excluded Volume of Molecules on Signaling Processes on the Biomembrane, PLoS ONE, 8巻, 5号, pp. e62218, 2013
  32. Segregation-pattern reorientation of a granular mixture on a horizontally oscillating tray, Physical Review E, 85巻, 4号, pp. 041304, 2012
  33. Saddle-node bifurcation to jammed state for quasi-one-dimensional counter-chemotactic flow, Physical Review E, 82巻, 2号, pp. 015102, 2010
  34. Counter Chemotactic Flow in Quasi-One-Dimensional Path, Journal of the Physical Society of Japan, 78巻, 7号, pp. 073801, 2009

著書等出版物

  1. 2019年06月, 低糖質食事法およびレジスタンス運動が身体組成と血中代謝物・ホルモン濃度に与える影響, 体力科学, 伊藤 翔;唐沢 康暉;星野 太佑;藤井 雅史;衛藤 樹;鶴 純也;柏戸 千絵子;黒田 真也
  2. 2017年12月, 小さいからこそ実現できるスパインでの頑健で高感受性で効率的な情報伝達, 生物物理 / 日本生物物理学会 編, 藤井 雅史;黒田 真也
  3. 2017年, システム同定に基づく細胞内シグナル伝達機構の解明, システム・制御・情報 = Systems, control and information : システム制御情報学会誌, 小西 克巳;藤井 雅史;国田 勝行;宇田 新介;黒田 真也
  4. 2016年05月, 不等間隔サンプリングデータによるシステム同定のための繰り返し核ノルム最小化法, システム制御情報学会研究発表講演会講演論文集, 小西 克巳;土屋 貴穂;国田 勝行;藤井 雅史;宇田 新介;黒田 真也
  5. 2015年06月20日, 神経細胞スパインにおける確率的な応答と情報コーディング, 医学のあゆみ, 藤井 雅史;黒田 真也
  6. 2013年, 様々な混雑を含む粒子群の挙動の解析と普遍性の解明, [藤井雅史], 藤井雅史 [著];藤井, 雅史

外部資金

競争的資金等の採択状況

  1. 科学研究費助成事業, 粗視化分子動力学法による大規模分子運動シミュレーションのためのフレームワーク構築, 2024年04月01日, 2029年03月31日
  2. 科学研究費助成事業, 細胞に学ぶ環境の違いを感知する応答ネットワークの網羅的解析, 2019年04月01日, 2023年03月31日
  3. 科学研究費助成事業, 神経に学ぶゆらぎを利用したロバストな情報コード, 2016年04月04日, 2019年03月31日
  4. 科学研究費助成事業, 様々な混雑を含む粒子群の挙動の解析と普遍性の解明, 2010年04月01日, 2013年03月31日