Last Updated :2024/04/13

大学院統合生命科学研究科 准教授



  • 2006年11月01日, 2007年03月31日, 広島大学, 大学院理学研究科, 助手
  • 2007年04月01日, 2011年09月30日, 広島大学, 大学院理学研究科, 助教
  • 2011年10月01日, 2019年03月31日, 広島大学, 大学院理学研究科, 准教授


  • 大阪府立大学, 大学院工学研究科博士後期, 電気情報系専攻, 日本, 1999年04月, 2001年03月
  • 茨城大学, 大学院理工学研究科博士前期, 数理科学専攻, 日本, 1997年04月, 1999年03月
  • 茨城大学, 理学部, 物理学科, 日本, 1993年04月, 1997年03月


  • 博士(工学) (大阪府立大学)
  • 修士(理工学) (茨城大学)


  • 【学士課程】 理学部 : 数学科 : 数学プログラム
  • 【博士課程前期】 統合生命科学研究科 : 統合生命科学専攻 : 数理生命科学プログラム
  • 【博士課程後期】 統合生命科学研究科 : 統合生命科学専攻 : 数理生命科学プログラム


  • 総合生物 / ゲノム科学 / ゲノム生物学
  • 生物学 / 基礎生物学 / 遺伝・染色体動態
  • 情報学 / 情報学フロンティア / 生命・健康・医療情報学
  • 農学 / 動物生命科学 / 獣医学
  • 生物学 / 生物科学 / 生物物理学


  • 理論生物学
  • 実験分子細胞生物学
  • ネコとヒトの基礎医科学


  • 日本物理学会
  • 日本生物物理学会
  • 日本植物生理学会



  1. 2024年, 学部専門, 4ターム, 計算数学
  2. 2024年, 学部専門, 3ターム, 非線形数理
  3. 2024年, 学部専門, セメスター(前期), 数学情報課題研究
  4. 2024年, 学部専門, セメスター(後期), 数学情報課題研究
  5. 2024年, 学部専門, セメスター(後期), 数学特別講義(高次元生命情報の数理)
  6. 2024年, 修士課程・博士課程前期, 1ターム, 統合生命科学特別講義
  7. 2024年, 修士課程・博士課程前期, 1ターム, 数理計算理学概論
  8. 2024年, 修士課程・博士課程前期, 年度, 数理生命科学特別研究
  9. 2024年, 修士課程・博士課程前期, 4ターム, 数理モデリングD
  10. 2024年, 修士課程・博士課程前期, 2ターム, 大規模計算・データ科学
  11. 2024年, 修士課程・博士課程前期, セメスター(後期), 数理生命科学特別講義D
  12. 2024年, 修士課程・博士課程前期, 2ターム, 数理計算理学特論A
  13. 2024年, 修士課程・博士課程前期, 4ターム, 数理計算理学特論B
  14. 2024年, 修士課程・博士課程前期, セメスター(前期), 数理計算理学特別演習A
  15. 2024年, 修士課程・博士課程前期, セメスター(後期), 数理計算理学特別演習B
  16. 2024年, 博士課程・博士課程後期, 年度, 統合生命科学特別研究
  17. 2024年, 博士課程・博士課程後期, セメスター(後期), 数理生命科学特別講義H



  1. ★, Mathematical model of structural changes in nuclear speckle, BIOPHYSICS AND PHYSICOBIOLOGY, 20巻, 2号, 2023
  2. ★, Possibilities of skin coat color-dependent risks and risk factors of squamous cell carcinoma and deafness of domestic cats inferred via RNA-seq data, GENES TO CELLS, 28巻, 12号, pp. 893-905, 202312
  3. The crucial role of CTCF in mitotic progression during early development of sea urchin, DEVELOPMENT GROWTH & DIFFERENTIATION, 65巻, 7号, pp. 395-407, 202309
  4. ★, Formation of Small-World Network Containing Module Networks in Globally and Locally Coupled Map System with Changes in Global Connection with Time Delay Effects, JOURNAL OF THE PHYSICAL SOCIETY OF JAPAN, 92巻, 3号, 20230214
  5. Identification of aberrant transcription termination at specific gene loci with DNA hypomethylated transcription termination sites caused by DNA methyltransferase deficiency, GENES & GENETIC SYSTEMS, 97巻, 3号, pp. 139-152, 202206
  6. Methylome data derived from maternal-zygotic DNA methyltransferase 3aa(-/-) zebrafish, DATA IN BRIEF, 44巻, 202210
  7. Molecular dynamics analysis of biomolecular systems including nucleic acids, BIOPHYSICS AND PHYSICOBIOLOGY, 19巻, 2022
  8. ★, Epigenetic-structural changes in X chromosomes promote Xic pairing during early differentiation of mouse embryonic stem cells, BIOPHYSICS AND PHYSICOBIOLOGY, 19巻, 2022
  9. Ants Alter Collective Behavior After Feeding and Generate Shortcut Paths on a Two-Dimensional Foraging Area, FRONTIERS IN PHYSICS, 10巻, 20220511
  10. ★, Partial exogastrulation due to apical-basal polarity of F-actin distribution disruption in sea urchin embryo by omeprazole, GENES TO CELLS, 27巻, 6号, pp. 392-408, 202206
  11. ★, Mathematical model of chromosomal dynamics during DNA double strand break repair in budding yeast, BIOPHYSICS AND PHYSICOBIOLOGY, 19巻, 2022
  12. ★, Ribosomal protein L5 facilitates rDNA-bundled condensate and nucleolar assembly, LIFE SCIENCE ALLIANCE, 5巻, 7号, 202207
  13. ★, Self-Organization of Diverse Directional Hierarchical Networks in Simple Coupled Maps with Connection Changes, JOURNAL OF THE PHYSICAL SOCIETY OF JAPAN, 91巻, 2号, 20220215
  14. Structural dynamics of DNA depending on methylation pattern, PHYSICAL REVIEW E, 103巻, 1号, 20210111
  15. ★, Spontaneous Organizations of Diverse Network Structures in Coupled Logistic Maps with a Delayed Connection Change, JOURNAL OF THE PHYSICAL SOCIETY OF JAPAN, 89巻, 11号, 20201115
  16. ★, Ultrasensitive Change in Nucleosome Binding by Multiple Phosphorylations to the Intrinsically Disordered Region of the Histone Chaperone FACT, JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY, 432巻, 16号, pp. 4637-4657, 20200724
  17. ★, Affinity of rhodopsin to raft enables the aligned oligomer formation from dimers: Coarse-grained molecular dynamics simulation of disk membranes, PLOS ONE, 15巻, 2号, 20200207
  18. Simple Particle Model for Low-Density Granular Flow Interacting with Ambient Fluid, GEOSCIENCES, 10巻, 2号, 202002
  19. Histone Tail Dynamics in Partially Disassembled Nucleosomes During Chromatin Remodeling, FRONTIERS IN MOLECULAR BIOSCIENCES, 6巻, 20191128
  20. Establishment of knockout adult sea urchins by using a CRISPR-Cas9 system, DEVELOPMENT GROWTH & DIFFERENTIATION, 61巻, 6号, pp. 378-388, 201908
  21. ★, 遺伝子発現の確率性:ばらつきの特徴・背景・機能との関係, 植物科学の最前線, 10巻, pp. 3-13, 2019
  22. Verification of mathematical models of response threshold through statistical characterisation of the foraging activity in ant societies, SCIENTIFIC REPORTS, 9巻, 20190620
  23. Diverse stochasticity leads a colony of ants to optimal foraging, JOURNAL OF THEORETICAL BIOLOGY, 465巻, pp. 7-16, 20190321
  24. ★, Insulator Activities of Nucleosome-Excluding DNA Sequences without Bound Chromatin Looping Proteins, JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B, 123巻, 5号, pp. 1035-1043, 20190207
  25. ★, Torsional Turning Motion of Chromosomes as an Accelerating Force to Align Homologous Chromosomes during Meiosis, JOURNAL OF THE PHYSICAL SOCIETY OF JAPAN, 88巻, 2号, 20190215
  26. Chromosomal Abnormalities in Human Lymphocytes after Computed Tomography Scan Procedure, RADIATION RESEARCH, 190巻, 4号, pp. 424-432, 201810
  27. ★, Broad distribution spectrum from Gaussian to power law appears in stochastic variations in RNA-seq data, SCIENTIFIC REPORTS, 8巻, 20180529
  28. Reciprocating Motion of a Self-Propelled Rotor Induced by Forced Halt and Release Operations, JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY C, 122巻, 6号, pp. 3482-3487, 20180215
  29. Dynamic changes in the interchromosomal interaction of early histone gene loci during development of sea urchin, JOURNAL OF CELL SCIENCE, 130巻, 24号, pp. 4097-4107, 201712
  30. ★, Excluded volume effect enhances the homology pairing of model chromosomes, IEICE NONLINEAR THEORY AND ITS APPLICATIONS, 7巻, 2号, pp. 66-75, 2016
  31. ★, The 1-Particle-per-k-Nucleotides (1PkN) Elastic Network Model of DNA Dynamics with Sequence-Dependent Geometry, FRONTIERS IN PHYSIOLOGY, 8巻, 20170314
  32. ★, Prediction of nucleosome positioning by the incorporation of frequencies and distributions three different nucleotide segment lengths into a general pseudo k-tuple nucleotide composition, BIOINFORMATICS, 33巻, 1号, pp. 42-48, 20170101
  33. A new application of the phase-field method for understanding the mechanisms of nuclear architecture reorganization, JOURNAL OF MATHEMATICAL BIOLOGY, 74巻, 1-2号, pp. 333-354, 201701
  34. The Flux of Euglena gracilis Cells Depends on the Gradient of Light Intensity, PLOS ONE, 11巻, 12号, 20161229
  35. Risk stratification of ventricular fibrillation in Brugada syndrome using noninvasive scoring methods, HEART RHYTHM, 13巻, 10号, pp. 1947-1954, 201610
  36. ★, Cilia play a role in breaking left-right symmetry of the sea urchin embryo, GENES TO CELLS, 21巻, 6号, pp. 568-578, 201606
  37. ★, Simple Elastic Network Models for Exhaustive Analysis of Long Double-Stranded DNA Dynamics with Sequence Geometry Dependence, PLOS ONE, 10巻, 12号, 20151201
  38. ★, Noise-plasticity correlations of gene expression in the multicellular organism Arabidopsis thaliana, JOURNAL OF THEORETICAL BIOLOGY, 387巻, pp. 13-22, 20151221
  39. ★, Nuclear dynamical deformation induced hetero- and euchromatin positioning, PHYSICAL REVIEW E, 92巻, 3号, 20150914
  40. Deterioration of the circadian variation of heart rate variability in Brugada syndrome may contribute to the pathogenesis of ventricular fibrillation, JOURNAL OF CARDIOLOGY, 64巻, 2号, pp. 133-138, 201408
  41. ★, Segregation and phase inversion of strongly and weakly fluctuating Brownian particle mixtures and a chain of such particle mixtures in spherical containers, PHYSICAL REVIEW E, 90巻, 4号, 20141017
  42. Localized Bioconvection Patterns and Their Initial State Dependency in Euglena gracilis Suspensions in an Annular Container, JOURNAL OF THE PHYSICAL SOCIETY OF JAPAN, 83巻, 4号, 201404
  43. Motion with Memory of a Self-Propelled Object, JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY C, 117巻, 46号, pp. 24490-24495, 20131121
  44. Collective motion of symmetric camphor papers in an annular water channel, PHYSICAL REVIEW E, 88巻, 1号, 20130730
  45. ★, Influences of Excluded Volume of Molecules on Signaling Processes on the Biomembrane, PLOS ONE, 8巻, 5号, 20130502
  46. Stability of transverse dunes against perturbations: A theoretical study using dune skeleton model, AEOLIAN RESEARCH, 9巻, pp. 63-68, 201306
  47. Collective Motion and Phase Transitions of Symmetric Camphor Boats, JOURNAL OF THE PHYSICAL SOCIETY OF JAPAN, 81巻, 7号, 201207
  48. Swarming of self-propelled camphor boats, PHYSICAL REVIEW E, 85巻, 5号, 20120507
  49. Segregation-pattern reorientation of a granular mixture on a horizontally oscillating tray, PHYSICAL REVIEW E, 85巻, 4号, 20120416
  50. Bifurcation Analysis of the Transition of Dune Shapes under a Unidirectional Wind, PHYSICAL REVIEW LETTERS, 108巻, 15号, 20120412
  51. Effective stochastic resonance of coupled excitable elements under noise of unequal amplitude, PHYSICAL REVIEW E, 84巻, 2号, 20110824
  52. Localized Bioconvection of Euglena Caused by Phototaxis in the Lateral Direction, JOURNAL OF THE PHYSICAL SOCIETY OF JAPAN, 80巻, 6号, 201106
  53. Effective stochastic resonance under noise of heterogeneous amplitude, PHYSICAL REVIEW E, 82巻, 5号, 20101117
  54. Saddle-node bifurcation to jammed state for quasi-one-dimensional counter-chemotactic flow, PHYSICAL REVIEW E, 82巻, 2号, 20100721
  55. Three-Dimensional Dune Skeleton Model as a Coupled Dynamical System of Two-Dimensional Cross Sections, JOURNAL OF THE PHYSICAL SOCIETY OF JAPAN, 79巻, 6号, 201006
  56. Collective behavior of inanimate boats, PHYSICAL REVIEW E, 81巻, 5号, 201005
  57. ★, Discreteness-induced slow relaxation in reversible catalytic reaction networks, PHYSICAL REVIEW E, 81巻, 5号, 201005
  58. ★, Ubiquitous glassy" relaxation in catalytic reaction networks", PHYSICAL REVIEW E, 80巻, 4号, 200910
  59. ★, Self-organized criticality of a catalytic reaction network under flow, PHYSICAL REVIEW E, 80巻, 1号, 200907
  60. Counter Chemotactic Flow in Quasi-One-Dimensional Path, JOURNAL OF THE PHYSICAL SOCIETY OF JAPAN, 78巻, 7号, 200907
  61. ★, Input-dependent wave propagations in asymmetric cellular automata: Possible behavior forward loop in biological reaction network, MATHEMATICAL BIOSCIENCES AND ENGINEERING, 5巻, 3号, pp. 419-427, 200807
  62. ★, Network structure formation in pulsating particle populations, PHYSICAL REVIEW E, 76巻, 5号, 200711
  63. ★, Discreteness-induced transition in catalytic reaction networks, PHYSICAL REVIEW E, 76巻, 4号, 200710


  1. Insulator Activities of Nucleosome-Excluding DNA Sequences Without Chromatin Loop Form, Akinori Awazu, Yuki Matsushima, Naoaki Sakamo, The 57th Annual Meeting of Biophysical Society of Japan, 2019年, 招待, 英語
  2. Chromatin segregation induced by nucleus envelope dynamical deformities, THE 3RD HIROSHIMA INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON FUTURE SCIENCE "FRONTIERS IN BIOIMAGING BASED LIFE SCIENCE", 2018年, 招待, 英語
  3. 遺伝子の発現揺らぎ・発現制御・機能間関係:RNA-seqと数理モデル, 粟津暁紀,田邊章洋,神谷麻梨,手塚あゆみ,永野惇, 日本植物学会第82回大会, 2018年, 招待, 日本語
  4. RNA-seqと数理モデルによる遺伝子発現揺らぎ・発現制御・遺伝子機能間関係の考察, 粟津暁紀, 2017年度生命科学系学会合同年次大会(第40回日本分子生物学会), 2017年, 招待, 日本語
  5. Novel statistical model of fluctuating gene expression levels of Arabidopsis thaliana, 第55回日本生物物理学会年会, 2017年, 招待, 英語
  6. 染色体の局所的-大域的挙動の理論生物学, 粟津暁紀, 第39回日本分子生物学会年会, 2016年, 招待, 日本語
  7. 網膜桿体細胞における核内染色体構造形成と光情報伝達過程の数理モデル, 粟津暁紀,高本怜, 第38回日本分子生物学会, 2015年, 招待, 日本語
  8. 植物のストレス応答を担う植物ホルモン時空間動態の数理モデル, 有本真理子, 藤井雅史, 粟津暁紀, 日本生物物理学会2020年年会, 2020年09月16日, 通常, 英語, オンライン
  9. A mathematical model of chromosomal dynamics in budding yeast during DNA double strand break, 中畑伸児郎, 藤井雅史, 粟津暁紀, 日本生物物理学会2020年年会, 2020年09月16日, 通常, 英語, オンライン
  10. ArsInsC 及びDNA 反復配列の物理的特性・機能性解析, 小田竜平, 藤井雅史, 坂本尚昭, 粟津暁紀, 日本生物物理学会2020年年会, 2020年09月16日, 通常, 英語, オンライン
  11. 脳神経系の可塑的結合力学モデルにおける自己組織的ネットワーク, 小原有水佳, 藤井雅史, 粟津暁紀, 日本生物物理学会2020年年会, 2020年09月16日, 通常, 英語, オンライン
  12. ES細胞分化初期における染色体動態, 小本哲史, 藤井雅史, 粟津暁紀, 日本生物物理学会2020年年会, 2020年09月16日, 通常, 英語, オンライン
  13. Modeling of sea urchin gastrulation based on cytoskeleton imaging, Kaichi Watanabe, Yuta Kurose, Yuhei Yasui, Naoaki Sakamoto, Akinori Awazu, 日本生物物理学会2020年年会, 2020年09月16日, 通常, 英語, オンライン
  14. Dynamic and cell specific changes in intranuclear chromosomal structures during early development of sea urchin, Yuhei Yasui, Ayaka Sugiyama , Naoaki Sakamoto , Akinori Awazu, 日本生物物理学会2020年年会, 2020年09月16日, 通常, 英語, オンライン
  15. ウニ胚形態形成の細胞骨格観察によるモデル化, Kaichi Watanabe, Yuta Kurose, Yuhei Yasui, Naoaki Sakamoto, Akinori Awazu, 日本動物学会第91回大会, 2020年09月, 通常, 日本語, オンライン
  16. ウニの発生初期における核内染色体構造の動的および細胞特異的変化, 安井優平, 杉山文香 , 坂本尚昭 , 粟津曉紀, 日本動物学会第91回大会, 2020年09月, 通常, 日本語, オンライン
  17. 出芽酵母のDNA二本鎖切断時における染色体動態の数理モデル, 中畑伸児郎, 藤井雅史, 粟津暁紀, 第38回染色体ワークショップ, 2021年01月, 通常, 日本語, オンライン
  18. ArsInsC 及びDNA 反復配列の物理的特性・機能性解析, 小田竜平, 藤井雅史, 坂本尚昭, 粟津暁紀, 日本物理学会2020年秋季大会, 2020年09月, 通常, 日本語, オンライン
  19. 動的・可塑的結合logistic写像系におけるネットワーク構造の自己組織化, 小原有水佳, 藤井雅史, 粟津暁紀, 日本物理学会2020年秋季大会, 2020年09月, 通常, 日本語, オンライン
  20. 出芽酵母のDNA二本鎖切断時における染色体動態の数理モデル, 中畑伸児郎, 藤井雅史, 粟津暁紀, 日本物理学会2020年秋季大会, 2020年09月, 通常, 日本語, オンライン
  21. マウスES細胞のドメイン変化による染色体動態制御のモデル, 小本哲史, 藤井雅史, 粟津暁紀, 第38回染色体ワークショップ, 2021年01月, 通常, 日本語, オンライン



  1. 科学研究費助成事業(基盤研究(C)), 非コードDNAをコアとする核内構造体による転写制御のライブ観察駆動型数理研究, 2021年, 2023年
  2. 科学研究費助成事業(基盤研究(C)), 染色体構造動態の核内長距離相互作用をふまえた描像の確立, 2017年, 2019年
  3. 科学研究費助成事業(新学術領域研究(研究領域提案型)), 遺伝子発現の力学的・回路的制御機構の実験・シミュレーションデータ駆動型研究, 2014年, 2015年
  4. 科学研究費助成事業(新学術領域研究(研究領域提案型)), 植物の代謝・シグナル伝達における植物ホルモン間クロストークの数理モデル化, 2013年, 2014年
  5. 科学研究費助成事業(新学術領域研究(研究領域提案型)), 細胞内反応場の実効的分子数の少数性と状態・機能最適化の統計力学的研究, 2012年, 2013年
  6. 科学研究費助成事業(若手研究(B)), 場を介して相互作用する自己駆動粒子の集団運動, 2011年, 2012年
  7. 科学研究費助成事業(基盤研究(C)), ゆらぎと多様性を含む集団のダイナミクスと機能, 2010年, 2012年
  8. 科学研究費助成事業(若手研究(B)), 化学反応ネットワーク系の応答理論構築による生体機能実現機構の解明, 2007年, 2010年